seq1 = pF1KE3411.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE3411/gi568815596r_39079169.tfa (gi568815596r:39079169_39329532), 250364 bp

>pF1KE3411 945
>gi568815596r:39079169_39329532 (Chr2)

(complement)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-290  (103573-103694)   100% ->
291-363  (116061-116133)   100% ->
364-454  (124916-125006)   100% ->
455-652  (139031-139228)   100% ->
653-735  (141824-141906)   100% ->
736-792  (144886-144942)   100% ->
793-945  (150212-150364)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAAGTATGAAAAATTAGCTAAGACTGGAGAAGGGTCTTATGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAAGTATGAAAAATTAGCTAAGACTGGAGAAGGGTCTTATGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTATTCAAATGCAGAAACAAAACCTCTGGACAAGTAGTAGCTGTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTATTCAAATGCAGAAACAAAACCTCTGGACAAGTAGTAGCTGTTAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATTTGTGGAATCTGAAGATGATCCTGTTGTTAAGAAAATAGCACTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATTTGTGGAATCTGAAGATGATCCTGTTGTTAAGAAAATAGCACTAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAATACGTATGTTGAAG         CAATTAAAACATCCAAATCTTGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GAAATACGTATGTTGAAGGTA...CAGCAATTAAAACATCCAAATCTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACCTCATCGAGGTGTTCAGGAGAAAAAGGAAAATGCATTTAGTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103596 GAACCTCATCGAGGTGTTCAGGAGAAAAAGGAAAATGCATTTAGTTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATACTGTGATCATACACTTTTAAATGAGCTGGAAAGAAACCCAAATGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103646 AATACTGTGATCATACACTTTTAAATGAGCTGGAAAGAAACCCAAATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291         AGTTGCTGATGGAGTGATCAAAAGCGTATTATGGCAAACACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103696 TA...CAGAGTTGCTGATGGAGTGATCAAAAGCGTATTATGGCAAACACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAAGCTCTTAATTTCTGTCATATACATAAC         TGTATTCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116103 TCAAGCTCTTAATTTCTGTCATATACATAACGTA...CAGTGTATTCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGATATAAAACCTGAAAATATTCTAATAACTAAGCAAGGAATAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124926 GAGATATAAAACCTGAAAATATTCTAATAACTAAGCAAGGAATAATCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTTGTGACTTCGGGTTTGCACAAATTCTGA         TTCCAGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124976 ATTTGTGACTTCGGGTTTGCACAAATTCTGAGTA...CAGTTCCAGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCCTACACCGATTATGTAGCTACGAGATGGTACCGAGCTCCTGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139041 TGCCTACACCGATTATGTAGCTACGAGATGGTACCGAGCTCCTGAACTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGTGGGAGATACTCAGTATGGTTCTTCAGTCGATATATGGGCTATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139091 TTGTGGGAGATACTCAGTATGGTTCTTCAGTCGATATATGGGCTATTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGTGTTTTTGCAGAGCTCCTGACAGGCCAGCCACTGTGGCCTGGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139141 TGTGTTTTTGCAGAGCTCCTGACAGGCCAGCCACTGTGGCCTGGAAAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATGTGGACCAACTTTATCTGATAATCAGAACACTAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 139191 AGATGTGGACCAACTTTATCTGATAATCAGAACACTAGGTA...CAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AATTAATCCCAAGACATCAATCAATCTTTAAAAGTAACGGGTTTTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141827 AATTAATCCCAAGACATCAATCAATCTTTAAAAGTAACGGGTTTTTCCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCATCAGTATACCTGAGCCAGAAGACATG         GAAACTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 141877 GGCATCAGTATACCTGAGCCAGAAGACATGGTA...CAGGAAACTCTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAAAAGTTCTCAGATGTTCATCCTGTGGCTCTGAACTTCATGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 144897 GGAAAAGTTCTCAGATGTTCATCCTGTGGCTCTGAACTTCATGAAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793      GGGTGTCTGAAGATGAATCCAGATGACAGATTAACCTGTTCCCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144947 ..AAGGGGTGTCTGAAGATGAATCCAGATGACAGATTAACCTGTTCCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCCTGGAGAGCTCCTACTTTGATTCTTTTCAAGAGGCCCAAATTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150257 CTCCTGGAGAGCTCCTACTTTGATTCTTTTCAAGAGGCCCAAATTAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAAGCACGTAATGAAGGAAGAAACAGAAGACGCCAACAGGTACTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150307 AAAAGCACGTAATGAAGGAAGAAACAGAAGACGCCAACAGGTACTTCCGC

   1000     .
    938 TCAAAAGT
        ||||||||
 150357 TCAAAAGT