seq1 = pF1KE3410.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE3410/gi568815592f_41950542.tfa (gi568815592f:41950542_42177241), 226700 bp

>pF1KE3410 930
>gi568815592f:41950542_42177241 (Chr6)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-202  (100816-100972)   100% ->
203-301  (104990-105088)   100% ->
302-364  (105411-105473)   100% ->
365-489  (106848-106972)   100% ->
490-637  (115771-115918)   100% ->
638-780  (117924-118066)   100% ->
781-922  (126559-126700)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACGCGGCGGCCACAGCTGGGGCCGGTGGCTCCGGAACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGCCGACGCGGCGGCCACAGCTGGGGCCGGTGGCTCCGGAACGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     AGATCGGGAAGTAAACAGTCCACTAACCCTGCCGATAACTATCATC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGAGATCGGGAAGTAAACAGTCCACTAACCCTGCCGATAACTATCATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCCGGAGGAGAACCCTGCAGGTGGTTGTGAGCTCCTTGCTGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100862 TGGCCCGGAGGAGAACCCTGCAGGTGGTTGTGAGCTCCTTGCTGACAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGGGTTTGAGAGTGCCGAGAAAGCATCCGTGGAAACGCTGACAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100912 GCAGGGTTTGAGAGTGCCGAGAAAGCATCCGTGGAAACGCTGACAGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGCAGAGCT         ACATTTCAGAAATTGGGAGAAGTGCCAAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100962 GCTGCAGAGCTGTG...TAGACATTTCAGAAATTGGGAGAAGTGCCAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTACTGTGAGCACACAGCCAGGACCCAGCCCACACTGTCCGATATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105020 CTTACTGTGAGCACACAGCCAGGACCCAGCCCACACTGTCCGATATCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCACACTTGTTGAGATGG         GTTTCAATGTGGACACTCTCCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105070 GTCACACTTGTTGAGATGGGTG...TAGGTTTCAATGTGGACACTCTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCTTATGCAAAACGGTCTCAGAGGATGGTCATCACTGCTC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105433 TGCTTATGCAAAACGGTCTCAGAGGATGGTCATCACTGCTCGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTCCGGTGACCAATCAGCCAGTGACCCCCAAGGCCCTCACTGCAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106848 CTCCGGTGACCAATCAGCCAGTGACCCCCAAGGCCCTCACTGCAGGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACCGACCCCACCCGCCGCACATCCCCAGCCATTTTCCTGAGTTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106898 AACCGACCCCACCCGCCGCACATCCCCAGCCATTTTCCTGAGTTCCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCCCACACCTACATCAAAACTCCG         ACGTACCGTGAGCCCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106948 TCCCCACACCTACATCAAAACTCCGGTG...TAGACGTACCGTGAGCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGTCAGACTACCAGGTCCTGCGGGAGAAGGCTGCATCCCAGAGGCGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115787 TGTCAGACTACCAGGTCCTGCGGGAGAAGGCTGCATCCCAGAGGCGCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGAGCGGGCACTTACCCGTTTCATGGCCAAGACAGGCGAGACTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115837 GTGGAGCGGGCACTTACCCGTTTCATGGCCAAGACAGGCGAGACTCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTTTTCAAAGATGACGTCAGCACATTTCCAT         TGATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115887 TCTTTTCAAAGATGACGTCAGCACATTTCCATGTG...CAGTGATTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCAGACCTTTCACCATCCCCTACCTGACAGCTCTTCTTCCGTCTGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117933 CCAGACCTTTCACCATCCCCTACCTGACAGCTCTTCTTCCGTCTGAACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGATGCAACAAATGGAAGAGACAGATTCCTCGGAGCAGGATGAACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117983 GAGATGCAACAAATGGAAGAGACAGATTCCTCGGAGCAGGATGAACAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGACACAGAGAACCTTGCTCTTCATATCAGCATG         GAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118033 AGACACAGAGAACCTTGCTCTTCATATCAGCATGGTG...AAGGAGGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGGAGCCGAGAAGGAGAACACCTCTGTCCTGCAGCAGAACCCCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126566 CTGGAGCCGAGAAGGAGAACACCTCTGTCCTGCAGCAGAACCCCTCCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCGGGTAGCCGGAATGGGGAGGAGAACATCATCGATAACCCTTATCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126616 TCGGGTAGCCGGAATGGGGAGGAGAACATCATCGATAACCCTTATCTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .
    888 ACCGGTGAAGAAGCCCAAGATCCGCAGGAAGAAGT
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126666 GCCGGTGAAGAAGCCCAAGATCCGCAGGAAGAAGT