seq1 = pF1KE3409.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KE3409/gi568815596f_219146000.tfa (gi568815596f:219146000_219348556), 202557 bp

>pF1KE3409 915
>gi568815596f:219146000_219348556 (Chr2)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-306  (100658-100877)   100% ->
307-440  (101114-101247)   100% ->
441-561  (101416-101536)   100% ->
562-657  (101663-101758)   100% ->
658-779  (102194-102315)   100% ->
780-915  (102422-102557)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCACGCGCTGTGTGTCTGCTCTCGGGGAACTGTCATCATTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCACGCGCTGTGTGTCTGCTCTCGGGGAACTGTCATCATTGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAGCGCTACCTCTTCATCCAGAAACTGGGGGAGGG         TGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 TAAGCGCTACCTCTTCATCCAGAAACTGGGGGAGGGGTG...CAGTGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGCTATGTGGACCTAGTGGAAGGGTTACATGATGGACACTTCTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100663 TCAGCTATGTGGACCTAGTGGAAGGGTTACATGATGGACACTTCTACGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAAGCGAATCCTGTGTCACGAGCAGCAGGACCGGGAGGAGGCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100713 CTGAAGCGAATCCTGTGTCACGAGCAGCAGGACCGGGAGGAGGCCCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAGCCGACATGCATCGCCTCTTCAATCACCCCAACATCCTTCGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100763 AGAAGCCGACATGCATCGCCTCTTCAATCACCCCAACATCCTTCGCCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGCTTACTGTCTGAGGGAACGGGGTGCTAAGCATGAGGCCTGGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100813 TGGCTTACTGTCTGAGGGAACGGGGTGCTAAGCATGAGGCCTGGCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTACCATTCTTCAAG         AGAGGTACGCTGTGGAATGAGATAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100863 CTACCATTCTTCAAGGTC...CAGAGAGGTACGCTGTGGAATGAGATAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGGCTGAAGGACAAAGGCAACTTCCTGACCGAGGATCAAATCCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101140 AAGGCTGAAGGACAAAGGCAACTTCCTGACCGAGGATCAAATCCTTTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTGCTGGGGATCTGCAGAGGCCTTGAGGCCATTCATGCCAAGGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101190 TGCTGCTGGGGATCTGCAGAGGCCTTGAGGCCATTCATGCCAAGGGTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCCACAG         AGACTTGAAGCCCACCAATATATTGCTTGGAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101240 GCCCACAGGTC...CAGAGACTTGAAGCCCACCAATATATTGCTTGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGGGGCAGCCAGTTTTAATGGACTTGGGTTCCATGAATCAAGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 TGAGGGGCAGCCAGTTTTAATGGACTTGGGTTCCATGAATCAAGCATGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCATGTGGAGGGCTCCCGCCAGGCTCTGACCCTGCAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101499 TCCATGTGGAGGGCTCCCGCCAGGCTCTGACCCTGCAGGTA...CAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGGCAGCCCAGCGGTGCACCATCTCCTACCGAGCCCCAGAGCTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101666 TGGGCAGCCCAGCGGTGCACCATCTCCTACCGAGCCCCAGAGCTCTTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTGCAGAGTCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101716 TGTGCAGAGTCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCTGGGTG...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658   TCCCTAGGCTGCGTGCTATATGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102192 AGTCCCTAGGCTGCGTGCTATATGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACATGGTGTTCCAAAAGGGTGACAGTGTGGCCCTTGCTGTGCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102242 GACATGGTGTTCCAAAAGGGTGACAGTGTGGCCCTTGCTGTGCAGAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACTCAGCATCCCACAAAGCCCCAG         GCATTCTTCAGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102292 ACTCAGCATCCCACAAAGCCCCAGGTG...CAGGCATTCTTCAGCATTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGCAGCTCCTGAACTCGATGATGACCGTGGACCCGCATCAGCGTCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102439 GGCAGCTCCTGAACTCGATGATGACCGTGGACCCGCATCAGCGTCCTCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTCCTCTCCTCCTCAGTCAGCTGGAGGCGCTGCAGCCCCCAGCTCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 102489 ATTCCTCTCCTCCTCAGTCAGCTGGAGGCGCTTCAGCCCCCAGCTCCTGG

    950     .    :    .
    897 CCAACATACTACCCAAATC
        |||||||||||||||||||
 102539 CCAACATACTACCCAAATC