seq1 = pF1KE3408.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KE3408/gi568815591f_64714917.tfa (gi568815591f:64714917_64932199), 217283 bp

>pF1KE3408 879
>gi568815591f:64714917_64932199 (Chr7)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-879  (116535-117283)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACCACTGACATTTATGGATGTGGCCATAGAGTTCTCTTTGGAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGACCACTGACATTTATGGATGTGGCCATAGAGTTCTCTTTGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGCAGTGCCTGGACACTGCACAGCGGAATGTATATAGGCATGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGCAGTGCCTGGACACTGCACAGCGGAATGTATATAGGCATGTGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGAGAACTACAGAAACCTGGTTTTCTTGG         CTCTGTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 TAGAGAACTACAGAAACCTGGTTTTCTTGGGTG...CAGCTCTGTGTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGTTTTGCCCAAGACCTTTGGCTAGAGCAGAACATAAAAGATTCTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116546 CGTTTTGCCCAAGACCTTTGGCTAGAGCAGAACATAAAAGATTCTTTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAAGTGACACTGAGCAGATATGGAAAATATGGACATAAGAATTTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116596 AAAAGTGACACTGAGCAGATATGGAAAATATGGACATAAGAATTTACAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAAGAAAAGGCTGTAAAAGTGTGGATGAGTGTAAGGGACACCAAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116646 TAAGAAAAGGCTGTAAAAGTGTGGATGAGTGTAAGGGACACCAAGGAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATAATGGACTTAACCAATGTTTGAAAATTACCACAAGCAAAATATTTCA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116696 TTTAATGGACTTAACCAATGTTTGAAAATTACCACAAGCAAAATATTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATGTAATAAATATGTAAAAGTCATGCATAAATTTTCAAATTCAAATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116746 ATGTAATAAATATGTAAAAGTCATGCATAAATTTTCAAATTCAAATAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACAAGATAAGACATACTGAAAATAAACATTTCAGATGTAAAGAATGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116796 ACAAGATAAGACATACTGAAAATAAACATTTCAGATGTAAAGAATGTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAATCACTTTGCATGCTTTCACGCCTAACTCAACATAAAAAAATTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116846 AAATCACTTTGCATGCTTTCACGCCTAACTCAACATAAAAAAATTCATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAGAGAGAATTTCTACAAATGTGAAGAGTGTGGAAAAACCTTTAACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116896 TAGAGAGAATTTCTACAAATGTGAAGAGTGTGGAAAAACCTTTAACTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCACAAACCTTTCTAAACCTAAGAAAATTCATACTGGAGAAAAACCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116946 CCACAAACCTTTCTAAACCTAAGAAAATTCATACTGGAGAAAAACCCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAATGTGAAGTATGTGGAAAAGCCTTTCACCAATCCTCAATCCTTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116996 AAATGTGAAGTATGTGGAAAAGCCTTTCACCAATCCTCAATCCTTACTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACATAAGATAATTCGTACTGGAGAAAAACCCTATAAATGTGCACACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117046 ACATAAGATAATTCGTACTGGAGAAAAACCCTATAAATGTGCACACTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCAAAGCCTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAGACATAAGATAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117096 GCAAAGCCTTTAAACAGTCCTCACACCTTACTAGACATAAGATAATTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACTGAAGAGAAACCCTACAAATGTGAACAATGTGGCAAGGTCTTTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117146 ACTGAAGAGAAACCCTACAAATGTGAACAATGTGGCAAGGTCTTTAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTCCCCAACCCTTACTAAACATCAGATAATTTATACTGGAGAGGAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117196 GTCCCCAACCCTTACTAAACATCAGATAATTTATACTGGAGAGGAACCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .
    842 ACAAATGTGAGGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117246 ACAAATGTGAGGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCTATCT