seq1 = pF1KE3405.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KE3405/gi568815595r_128991099.tfa (gi568815595r:128991099_129221489), 230391 bp

>pF1KE3405 636
>gi568815595r:128991099_129221489 (Chr3)

(complement)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-388  (126321-126504)   100% ->
389-636  (130144-130391)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGGCCGGGCCCAGGCCCGGGGGACCCGGACGAGCAGTACGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGGCCGGGCCCAGGCCCGGGGGACCCGGACGAGCAGTACGATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTTCAAGCTGGTGCTGGTGGGCGACGCAAGCGTGGGCAAGACGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGTTCAAGCTGGTGCTGGTGGGCGACGCAAGCGTGGGCAAGACGTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGCAGCGCTTCAAGACCGGCGCCTTCTCGGAGCGCCAGGGAAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGCAGCGCTTCAAGACCGGCGCCTTCTCGGAGCGCCAGGGAAGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGGCGTCGACTTCACCATGAAGACGCTGGAGATCCAGGGCAAGCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCGGCGTCGACTTCACCATGAAGACGCTGGAGATCCAGGGCAAGCGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAG         CTGCAGATCTGGGACACGGCCGGCCAGGAGCGGTTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGTG...TAGCTGCAGATCTGGGACACGGCCGGCCAGGAGCGGTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCACCATCACCCAGAGCTACTACCGCAGTGCCAATGGGGCCATCCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126358 GCACCATCACCCAGAGCTACTACCGCAGTGCCAATGGGGCCATCCTTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACGACATCACCAAGAGGAGCTCCTTCCTGTCGGTGCCTCACTGGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126408 TACGACATCACCAAGAGGAGCTCCTTCCTGTCGGTGCCTCACTGGATTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGATGTGAGGAAGTATGCGGGCTCCAACATTGTGCAGCTGCTGATCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 126458 GGATGTGAGGAAGTATGCGGGCTCCAACATTGTGCAGCTGCTGATCGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389       GGAACAAGTCAGACCTCAGCGAGCTTCGGGAGGTCTCCTTGGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126508 ...CAGGGAACAAGTCAGACCTCAGCGAGCTTCGGGAGGTCTCCTTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGCACAGAGCCTGGCTGAGCACTATGACATCCTGTGTGCCATTGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130188 GAGGCACAGAGCCTGGCTGAGCACTATGACATCCTGTGTGCCATTGAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCTGCCAAGGACTCGAGCAACGTGGAGGAGGCCTTCCTGAGGGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130238 GTCTGCCAAGGACTCGAGCAACGTGGAGGAGGCCTTCCTGAGGGTGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGAGCTCATCATGCGGCACGGGGGCCCCTTGTTCAGCGAGAAGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130288 CGGAGCTCATCATGCGGCACGGGGGCCCCTTGTTCAGCGAGAAGAGCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACCACATCCAGCTGAACAGCAAGGACATCGGAGAAGGCTGGGGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130338 GACCACATCCAGCTGAACAGCAAGGACATCGGAGAAGGCTGGGGCTGCGG

    650 
    633 GTGC
        ||||
 130388 GTGC