seq1 = pF1KE3396.tfa, 3825 bp
seq2 = pF1KE3396/gi568815595r_41146932.tfa (gi568815595r:41146932_42054759), 907828 bp

>pF1KE3396 3825
>gi568815595r:41146932_42054759 (Chr3)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-238  (116563-116662)   100% ->
239-378  (118820-118959)   100% ->
379-541  (122754-122916)   100% ->
542-643  (134942-135043)   100% ->
644-727  (136220-136303)   100% ->
728-803  (138708-138783)   100% ->
804-896  (141861-141953)   100% ->
897-1015  (143101-143219)   100% ->
1016-1085  (143374-143443)   98% ->
1086-1182  (146819-146915)   100% ->
1183-1287  (153931-154035)   100% ->
1288-1348  (156268-156328)   100% ->
1349-1530  (157757-157938)   100% ->
1531-1577  (159196-159242)   100% ->
1578-1656  (170808-170886)   98% ->
1657-1764  (218789-218896)   99% ->
1765-1848  (235254-235337)   100% ->
1849-2010  (254467-254628)   99% ->
2011-2193  (264917-265099)   99% ->
2194-2321  (300272-300399)   99% ->
2322-2455  (336899-337032)   100% ->
2456-2577  (339192-339313)   98% ->
2578-2634  (339467-339523)   100% ->
2635-2686  (349455-349506)   100% ->
2687-2781  (349609-349703)   100% ->
2782-2833  (372956-373007)   100% ->
2834-2978  (373108-373252)   100% ->
2979-3071  (391061-391153)   100% ==
3120-3226  (488629-488735)   100% ->
3227-3393  (591507-591673)   100% ->
3394-3492  (599165-599263)   100% ->
3493-3678  (656496-656681)   100% ->
3679-3764  (805186-805271)   100% ->
3765-3825  (807768-807828)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAACTTTATTCTGTATGAGGAGATCGGAAGAGGAAGCAAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAACTTTATTCTGTATGAGGAGATCGGAAGAGGAAGCAAGACTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCTATAAAGGGCGACGGAAGGGAACAATCAATTTTGTAGCCATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCTATAAAGGGCGACGGAAGGGAACAATCAATTTTGTAGCCATTCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTACTGATAAGTGCAAAAGGCCTGAAATAACCAACTGG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 GTACTGATAAGTGCAAAAGGCCTGAAATAACCAACTGGGTA...TAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGTCTCACCCGTGAAATAAAACACAAGAATATTGTAACTTTTCATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116566 CGTCTCACCCGTGAAATAAAACACAAGAATATTGTAACTTTTCATGAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTATGAAACAAGCAACCACCTCTGGCTAGTGGTGGAACTCTGCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116616 GTATGAAACAAGCAACCACCTCTGGCTAGTGGTGGAACTCTGCACAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GTGGTTCCTTAAAAACAGTTATTGCTCAAGATGAAAACCTCCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116666 ...CAGGTGGTTCCTTAAAAACAGTTATTGCTCAAGATGAAAACCTCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGATGTTGTGAGAGAATTTGGAATTGACCTGATTAGTGGATTACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118864 GAAGATGTTGTGAGAGAATTTGGAATTGACCTGATTAGTGGATTACATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTTCATAAACTTGGCATTCTCTTTTGTGACATTTCTCCTAGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118914 TCTTCATAAACTTGGCATTCTCTTTTGTGACATTTCTCCTAGGAAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      ATACTCTTGGAAGGGCCTGGCACACTGAAGTTTAGCAACTTTTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118964 ..TAGATACTCTTGGAAGGGCCTGGCACACTGAAGTTTAGCAACTTTTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGCAAAAGTGGAAGGTGAAAATTTGGAAGAGTTCTTTGCTTTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122799 TTGGCAAAAGTGGAAGGTGAAAATTTGGAAGAGTTCTTTGCTTTGGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCAGAGGAAGGAGGAGGTGATAATGGGGAAAATGTCCTGAAGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122849 AGCAGAGGAAGGAGGAGGTGATAATGGGGAAAATGTCCTGAAGAAAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAAAGTAGAGTCAAAG         GATCTCCTGTATATACAGCACCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 122899 TGAAAAGTAGAGTCAAAGGTA...TAGGATCTCCTGTATATACAGCACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGTTGTGAGGGGTGCTGACTTTTCCATCTCCAGTGACCTCTGGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134965 GAAGTTGTGAGGGGTGCTGACTTTTCCATCTCCAGTGACCTCTGGTCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCTGTCTGCTTTATGAAATGTTTTCAG         GAAAACCTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 135015 GGGCTGTCTGCTTTATGAAATGTTTTCAGGTA...CAGGAAAACCTCCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTTCTCAGAAAGTATTTCAGAATTAACTGAAAAGATCTTATGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136232 TCTTCTCAGAAAGTATTTCAGAATTAACTGAAAAGATCTTATGTGAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTTTGCCACCTATTCCGAAAG         ATTCTTCTCGTCCTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 136282 CCTTTGCCACCTATTCCGAAAGGTA...TAGATTCTTCTCGTCCTAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTCTTCAGATTTTATTAATTTGCTTGATGGGTTACTTCAAAGAGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138727 TTCTTCAGATTTTATTAATTTGCTTGATGGGTTACTTCAAAGAGATCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAAAAG         ATTGACTTGGACAAGGCTACTGCAGCATTCATTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138777 AGAAAAGGTA...AAGATTGACTTGGACAAGGCTACTGCAGCATTCATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGGAAGAAAGCTTTTGCTGGAGCAGATCAGGAATCAAGCGTCGAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141895 TGGAAGAAAGCTTTTGCTGGAGCAGATCAGGAATCAAGCGTCGAAGATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGTCTCAG         CAGAAACACTATGGAGTGTTCTGGGCCACAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 141945 CAGTCTCAGGTA...TAGCAGAAACACTATGGAGTGTTCTGGGCCACAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATTCCAAGGAGCTTTTGCAGAACTCTCAGAGTAGACAAGCAAAAGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143133 ATTCCAAGGAGCTTTTGCAGAACTCTCAGAGTAGACAAGCAAAAGGGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGAGTGGTCAACCACTAGGTCACTCTTTCAGACTAG         AAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 143183 AAGAGTGGTCAACCACTAGGTCACTCTTTCAGACTAGGTA...CAGAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCAACTGAGTTTCGGCCTAAGGGTACTCTTGAGGGTCAATTGAATGAAT
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 143378 TCCAACTGAGTTTCGGCCTAAGAGTACTCTTGAGGGTCAATTGAATGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCATGTTTCTTCTCAG         TTCTCGTCCTACTCCCAGAACTAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 143428 CCATGTTTCTTCTCAGGTA...CAGTTCTCGTCCTACTCCCAGAACTAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACTGCAGTGGAAGTAAGTCCTGGTGAGGATATGACTCACTGTTCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146844 ACTGCAGTGGAAGTAAGTCCTGGTGAGGATATGACTCACTGTTCACCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAAGACTTCTCCTCTGACCAAG         ATTACAAGTGGACACCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 146894 GAAGACTTCTCCTCTGACCAAGGTG...CAGATTACAAGTGGACACCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTCAGCAGGACCTGGAATCCCAGATGAGAGAGCTTATCTACACGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153950 GTCAGCAGGACCTGGAATCCCAGATGAGAGAGCTTATCTACACGGACTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GATCTTGTTGTCACCCCCATTATCGACAATCCAAAG         ATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 154000 GATCTTGTTGTCACCCCCATTATCGACAATCCAAAGGTG...CAGATAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAAACAGCCACCAGTTAAATTTGATGCAAAAATATTGCATCTACCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156273 GAAACAGCCACCAGTTAAATTTGATGCAAAAATATTGCATCTACCAACAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATTCAG         TGGATAAGTTATTATTTCTGAAAGATCAAGATTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156323 ATTCAGGTA...CAGTGGATAAGTTATTATTTCTGAAAGATCAAGATTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AATGACTTTTTGCAACAAGTGTGCTCGCAGATCGACTCCACTGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157792 AATGACTTTTTGCAACAAGTGTGCTCGCAGATCGACTCCACTGAGAAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CATGGGGGCCTCCCGAGCCAAGCTGAATCTCCTTTGCTATTTGTGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157842 CATGGGGGCCTCCCGAGCCAAGCTGAATCTCCTTTGCTATTTGTGCGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGGCTGGTCACCAGGAGGTGGCCACCAGGCTCCTCCATTCCCCCCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 157892 TGGCTGGTCACCAGGAGGTGGCCACCAGGCTCCTCCATTCCCCCCTGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1531       TTCCAATTGCTAATCCAGCATTTGCGGATAGCTCCAAACTGGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157942 ...TAGTTCCAATTGCTAATCCAGCATTTGCGGATAGCTCCAAACTGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TAT         ACGGGCCAAGGTTGCTCACGTGATTGGTTTACTGGCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 159240 TATGTA...CAGACGGGCCAAGGTTGCTCACGTAATTGGTTTACTGGCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CGCACACAGCTGAGCTCCAGGAAAATACACCTGTTGTTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 170846 CGCACACAGCTGAGCTCCAGGAAAATACACCTGTTGTTGAGGTA...CAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GCAATTGTTCTCTTAACTGAATTAATTAGGGAAAACTTCAGGAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 218789 GCAATTGTTCTCTTAACTGAATTAATTAGGGAAAACTTCAGGAACAGCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 ATTAAAACAGTGCCTTTTACCAACCCTTGGGGAGCTGATCTATCTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218839 ATTAAAACAGTGCCTTTTACCAACCCTTGGGGAGCTGATCTATCTTGTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CCACCCAG         GAAGAAAAAAAAAAGAACCCTAGAGAGTGCTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 218889 CCACCCAGGTG...TAGGAAGAAAAAAAAAAGAACCCTAGAGAGTGCTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GCTGTTCCCTTGGCTGCATACACAGTGCTAATGAGGTGCCTTCGGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235287 GCTGTTCCCTTGGCTGCATACACAGTGCTAATGAGGTGCCTTCGGGAAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 G         GAAGAGCGTGTTGTGAATCACATGGCAGCAAAAATTATTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235337 GGTA...TAGGAAGAGCGTGTTGTGAATCACATGGCAGCAAAAATTATTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 AAAATGTCTGTACCACCTTTTCTGCTCAGGCCCAGGGCTTTATTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 254507 AAAATGTCTGTACCACCTTTTCTGCTCAGTCCCAGGGCTTTATTACAGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GAAATAGGACCCATTTTGTGGTACCTATTCAGACACTCCACTGCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254557 GAAATAGGACCCATTTTGTGGTACCTATTCAGACACTCCACTGCTGATTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 TCTTAGGATAACAGCAGTATCG         GCCTTGTGTAGAATCACTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 254607 TCTTAGGATAACAGCAGTATCGGTA...TAGGCCTTGTGTAGAATCACTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 GCCATTCTCCTACTGCCTTCCAGAATGTTATTGAAAAGGTGGGACTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264936 GCCATTCTCCTACTGCCTTCCAGAATGTTATTGAAAAGGTGGGACTGAAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 TCAGTAATAAACTCCCTGGCCTCTGCCATCTGCAAAGTTCAGCAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264986 TCAGTAATAAACTCCCTGGCCTCTGCCATCTGCAAAGTTCAGCAGTACAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 GTTGACCTTATTCACTGCCATGTTGTCCTGTGGGATTCATCTTCAAAGAC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265036 GTTGACCTTATTCGCTGCCATGTTGTCCTGTGGGATTCATCTTCAAAGAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 TAATCCAAGAAAAG         GGTTTTGTCTCCACAATTATCCGTTTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 265086 TAATCCAAGAAAAGGTT...CAGGGTTTTGTCTCCACAATTATCCGTTTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CTTGACAGCCCCTCAACATGCATTAGAGCAAAAGCCTTCCTGGTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300299 CTTGACAGCCCCTCAACATGCATTAGAGCAAAAGCCTTCCTGGTTCTTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 ATATATTTTGATTTATAACCGCGAGATGTTGCTGCTCAGTTGCCAAGCAA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 300349 ATATATTTTGATTTATAACCGTGAGATGTTGCTGCTCAGTTGCCAAGCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 G         ACTGGTGATGTACATCGAGAGAGACAGCAGAAAGACCACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300399 GGTA...TAGACTGGTGATGTACATCGAGAGAGACAGCAGAAAGACCACT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 CCAGGCAAGGAGCAGCAAAGTGGCAATGAATACCTGTCCAAATGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336939 CCAGGCAAGGAGCAGCAAAGTGGCAATGAATACCTGTCCAAATGCCTGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 TCTTCTCATCTGTCACATTGTGCAGGAGCTGCCACGAATCCTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 336989 TCTTCTCATCTGTCACATTGTGCAGGAGCTGCCACGAATCCTGGGTA...

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2456    GTGACATTCTTAACTCCTTGGCTAATGTTTCTGGACGTAAACACCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339189 CAGGTGACATTCTTAACTCCTTGGCTAATGTTTCTGGACGTAAACACCCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 TCAACAGTTCAAGTGAAACAGCTGAAGATGTGTCTCCCCCTGATGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
 339239 TCAACAGTTCAAGTGAAACAGCTGAAGTTGTGTCTCCCCCTGATGCCTGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 AGTGCTTCACCTCGTAACTTCACAG         GTATTTCGACCTCAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 339289 AGTGCTTCACCTCGTAACTTCACAGGTA...CAGGTATTTCGACCTCAAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 TTGTGACAGAAGAGTTTCTTTTCAGCTATGGAACTATTCTT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 339483 TTGTGACAGAAGAGTTTCTTTTCAGCTATGGAACTATTCTTGTG...CAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2635 AGTCATATTAAATCTGTAGACTCAGGAGAAACGAACATAGATGGAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349455 AGTCATATTAAATCTGTAGACTCAGGAGAAACGAACATAGATGGAGCCAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2685 AG         GACTGACAGCATCAGAAGAATTTATCAAGATCACATTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349505 AGGTG...TAGGACTGACAGCATCAGAAGAATTTATCAAGATCACATTGT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2726 CAGCTTTTGAAGCAATAATACAGTATCCTATTTTATTGAAAGACTATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349648 CAGCTTTTGAAGCAATAATACAGTATCCTATTTTATTGAAAGACTATCGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2776 TCCACG         GTTGTTGACTATATACTGCCACCCTTGGTGTCCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349698 TCCACGGTC...TAGGTTGTTGACTATATACTGCCACCCTTGGTGTCCTT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2817 GGTTCAAAGCCAAAATG         TGGAGTGGAGACTCTTTAGCTTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 372991 GGTTCAAAGCCAAAATGGTA...AAGTGGAGTGGAGACTCTTTAGCTTGC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2858 GGTTGCTCTCAGAAACCACATCTCTACTCGTGAACCAGGAGTTTGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373132 GGTTGCTCTCAGAAACCACATCTCTACTCGTGAACCAGGAGTTTGGGGAT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2908 GGCAAGGAGAAGGCCAGTGTTGATTCTGACAGCAATCTTCTGGCTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373182 GGCAAGGAGAAGGCCAGTGTTGATTCTGACAGCAATCTTCTGGCTCTCAT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2958 TCGAGATGTCTTACTTCCCCA         GTATGAGCACATTCTTTTAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 373232 TCGAGATGTCTTACTTCCCCAGTA...CAGGTATGAGCACATTCTTTTAG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2999 AACCTGACCCAGTACCAGCATATGCTCTGAAACTGCTAGTCGCGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391081 AACCTGACCCAGTACCAGCATATGCTCTGAAACTGCTAGTCGCGATGACT

   3300     .    :    .    :
   3049 GAACACAACCCAACTTTCACAAG
        |||||||||||||||||||||||
 391131 GAACACAACCCAACTTTCACAAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3120 GGAACATCAGGAGAGCATTCTGGGTAATACCATGCAAAGTGTGATTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488629 GGAACATCAGGAGAGCATTCTGGGTAATACCATGCAAAGTGTGATTGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3170 TACTCAGCAATCTAGTTGCCTGCAAAGATTCGAATATGGAACTACTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488679 TACTCAGCAATCTAGTTGCCTGCAAAGATTCGAATATGGAACTACTTTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3220 GAACAAG         GACTTGTCAGTCACATCTGTAACCTGCTCACTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488729 GAACAAGGTA...CAGGACTTGTCAGTCACATCTGTAACCTGCTCACTGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3261 AACTGCCACACTGTGCTTGGATGTGGACAATAAAAACAACAATGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 591541 AACTGCCACACTGTGCTTGGATGTGGACAATAAAAACAACAATGAGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3311 CAGCTCCACTGCTCTTTTCCCTGCTTGATATTTTGCACAGCATGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 591591 CAGCTCCACTGCTCTTTTCCCTGCTTGATATTTTGCACAGCATGCTGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3361 TATACCTCCGGTATTGTACGGCTGGCTTTGCAG         GCCCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 591641 TATACCTCCGGTATTGTACGGCTGGCTTTGCAGGTA...CAGGCCCAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3402 GTCTGGCTCAGGAGAGGACCCTCAGGCTGCAGAAGACCTGCTGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 599173 GTCTGGCTCAGGAGAGGACCCTCAGGCTGCAGAAGACCTGCTGCTGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3452 ACAGACCTCTGACAGACCTGATTAGCCTGCTCATTCCACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 599223 ACAGACCTCTGACAGACCTGATTAGCCTGCTCATTCCACTGGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3493 CTTCCTAATGAAGATCCTGAGATTTTTGATGTTTCATCCAAGTGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 656496 CTTCCTAATGAAGATCCTGAGATTTTTGATGTTTCATCCAAGTGCCTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3543 TATACTGGTTCAGCTGTATGGAGGGGAAAACCCGGACAGCCTCTCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 656546 TATACTGGTTCAGCTGTATGGAGGGGAAAACCCGGACAGCCTCTCTCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3593 AAAATGTGGAAATTTTTGCTCATTTACTGACATCCAAGGAGGACCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 656596 AAAATGTGGAAATTTTTGCTCATTTACTGACATCCAAGGAGGACCCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3643 GAGCAGAAGCTTCTGTTAAGGATTCTCAGAAGAATG         ATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 656646 GAGCAGAAGCTTCTGTTAAGGATTCTCAGAAGAATGGTG...CAGATCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3684 CTCCAATGAGAAGCACTTGGAGAGCCTCAAGAATGCAGGCAGCCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 805191 CTCCAATGAGAAGCACTTGGAGAGCCTCAAGAATGCAGGCAGCCTCCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3734 GGGCTCTGGAGCGGCTGGCCCCTGGGAGTGG         TTCATTTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 805241 GGGCTCTGGAGCGGCTGGCCCCTGGGAGTGGGTA...CAGTTCATTTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3775 GACAGTGCGGTGGCTCCCTTGGCCCTGGAAATCCTCCAAGCCGTTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 807778 GACAGTGCGGTGGCTCCCTTGGCCCTGGAAATCCTCCAAGCCGTTGGGCA

    750 
   3825 C
        |
 807828 C