seq1 = pF1KE3381.tfa, 3453 bp
seq2 = pF1KE3381/gi568815590f_105218942.tfa (gi568815590f:105218942_105903535), 684594 bp

>pF1KE3381 3453
>gi568815590f:105218942_105903535 (Chr8)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-199  (200203-200361)   100% ->
200-301  (225339-225440)   100% ->
302-420  (342422-342540)   100% ==
531-739  (569775-569983)   100% ->
740-964  (579783-580007)   100% ->
965-3453  (582106-584594)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCGGCGAAAGCAAAGCAAACCCCGGCAGATCAAAC         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGTCCCGGCGAAAGCAAAGCAAACCCCGGCAGATCAAACGTA...AAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCGCTTGAAGATGCCATTGAAGATGAGGAAGAAGAATGTCCATCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200204 GCCGCTTGAAGATGCCATTGAAGATGAGGAAGAAGAATGTCCATCAGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAACAGACATCATCTCCAAAGGAGACTTTCCATTGGAGGAAAGCTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200254 AAACAGACATCATCTCCAAAGGAGACTTTCCATTGGAGGAAAGCTTTTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGAATTTGGGCCTGAAAATCTGAGCTGCGAAGAAGTGGAATACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200304 ACAGAATTTGGGCCTGAAAATCTGAGCTGCGAAGAAGTGGAATACTTTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAACAAAG         GTGATGATGAAGGAATCCAGGAGACAGCAGAAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 200354 TAACAAAGGTA...CAGGTGATGATGAAGGAATCCAGGAGACAGCAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGATGGGGACACACAGTCAGAGAAACCGGGGCAACCTGGAGTTGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225372 CAGATGGGGACACACAGTCAGAGAAACCGGGGCAACCTGGAGTTGAGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACGACTGGGATGGACCAG         GAGAGCTGGAGGTGTTTCAGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 225422 GACGACTGGGATGGACCAGGTA...CAGGAGAGCTGGAGGTGTTTCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATGGGGAACGAAAAATTCAGAGTCGACAGCAACTTCCAGTGGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342444 AGATGGGGAACGAAAAATTCAGAGTCGACAGCAACTTCCAGTGGGAACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    374 CCTGGGGGCCGTTTCCTGGGAAGATGGACTTGAATAATAATTCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342494 CCTGGGGGCCGTTTCCTGGGAAGATGGACTTGAATAATAATTCTTTG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    531 AGGGGGTCAGCTTTGGTGTACAACTACGAAGGCCATCTCTGAGGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569775 AGGGGGTCAGCTTTGGTGTACAACTACGAAGGCCATCTCTGAGGGTGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    581 AGCTAATTGCCTTTGTGGTGGATTTTGACTCAAGGCTACAAGCTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569825 AGCTAATTGCCTTTGTGGTGGATTTTGACTCAAGGCTACAAGCTGCCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    631 CAGATGACTCTCACAGAAGGGATGTACCCTGCACGCCTGCTGGACTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569875 CAGATGACTCTCACAGAAGGGATGTACCCTGCACGCCTGCTGGACTCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    681 TCAGCTGCTTCCTCAGCAAGCTGCCATGGCTTCTATTTTGCCCACAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569925 TCAGCTGCTTCCTCAGCAAGCTGCCATGGCTTCTATTTTGCCCACAGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731 TTGTCAATA         AGGATATATTCCCTTGCAAGTCCTGTGGCATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 569975 TTGTCAATAGTA...CAGAGGATATATTCCCTTGCAAGTCCTGTGGCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772 TGGTATCGGAGTGAGCGGAATCTGCAGGCCCATTTGATGTACTACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 579815 TGGTATCGGAGTGAGCGGAATCTGCAGGCCCATTTGATGTACTACTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 TGGGAGGCAAAGAGAAGCTGCTCCGGTGTCAGAGGAAAATGAAGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 579865 TGGGAGGCAAAGAGAAGCTGCTCCGGTGTCAGAGGAAAATGAAGACAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872 CCCATCAGATTTCCAGCCTGTGCCCCTTCCCACAGTGCACCAAGAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 579915 CCCATCAGATTTCCAGCCTGTGCCCCTTCCCACAGTGCACCAAGAGCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922 TCAAATGCTCGAGCTCTAGAAATGCACCTGAATTCACACAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 579965 TCAAATGCTCGAGCTCTAGAAATGCACCTGAATTCACACAGTGGTA...T

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965   GAGTGAAAATGGAAGAATTCCTGCCCCCTGGTGCTAGTCTAAAATGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582104 AGGAGTGAAAATGGAAGAATTCCTGCCCCCTGGTGCTAGTCTAAAATGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013 CCGTCTGTAGCTACACTGCTGATTCCGTGATCAACTTTCACCAACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582154 CCGTCTGTAGCTACACTGCTGATTCCGTGATCAACTTTCACCAACACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1063 TTCTCCCATCTCACTCAAGCTGCCTTCCGATGTAATCACTGCCATTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582204 TTCTCCCATCTCACTCAAGCTGCCTTCCGATGTAATCACTGCCATTTCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1113 CTTCCAGACTCAGAGGGAGTTATTGCAGCACCAGGAGCTCCATGTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582254 CTTCCAGACTCAGAGGGAGTTATTGCAGCACCAGGAGCTCCATGTCCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1163 GCGGCAAACTTCCAAGAGAAAGTGACATGGAACACTCTCCAAGTGCAACT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582304 GCGGCAAACTTCCCAGAGAAAGTGACATGGAACACTCTCCAAGTGCAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1213 GAAGACAGCTTACAGCCAGCCACAGACTTATTGACCAGAAGCGAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582354 GAAGACAGCTTACAGCCAGCCACAGACTTATTGACCAGAAGCGAACTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1263 CCAGAGCCAAAAGGCCATGCAGACTAAAGATGCGAGCTCTGACACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582404 CCAGAGCCAAAAGGCCATGCAGACTAAAGATGCGAGCTCTGACACAGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313 TGGACAAGTGTGAGAAAAAGACTCAGCTCTTTCTCACGAACCAGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582454 TGGACAAGTGTGAGAAAAAGACTCAGCTCTTTCTCACGAACCAGAGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1363 GAGATACAGCCTACAACAAATAAACAAAGCTTTTCTTACACAAAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582504 GAGATACAGCCTACAACAAATAAACAAAGCTTTTCTTACACAAAAATAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1413 GTCTGAGCCCTCTAGCCCAAGACTTGCCTCATCTCCAGTTCAGCCTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582554 GTCTGAGCCCTCTAGCCCAAGACTTGCCTCATCTCCAGTTCAGCCTAATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1463 TTGGGCCTTCTTTCCCTGTGGGCCCTTTCCTATCTCAGTTTTCTTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582604 TTGGGCCTTCTTTCCCTGTGGGCCCTTTCCTATCTCAGTTTTCTTTCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1513 CAAGATATCACCATGGTCCCTCAAGCTTCAGAGATCTTAGCTAAGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582654 CAAGATATCACCATGGTCCCTCAAGCTTCAGAGATCTTAGCTAAGATGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1563 TGAACTGGTGCATCGGCGACTGAGGCATGGCAGTAGTAGCTACCCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582704 TGAACTGGTGCATCGGCGACTGAGGCATGGCAGTAGTAGCTACCCTCCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1613 TCATTTACAGCCCTTTGATGCCCAAGGGGGCTACTTGTTTTGAGTGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582754 TCATTTACAGCCCTTTGATGCCCAAGGGGGCTACTTGTTTTGAGTGTAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1663 ATAACATTCAATAATTTGGATAATTATCTAGTGCACAAAAAGCATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582804 ATAACATTCAATAATTTGGATAATTATCTAGTGCACAAAAAGCATTATTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1713 CAGCAGCCGATGGCAGCAGATGGCTAAGTCCCCAGAGTTCCCTAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582854 CAGCAGCCGATGGCAGCAGATGGCTAAGTCCCCAGAGTTCCCTAGTGTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1763 CAGAAAAGATGCCTGAAGCTTTGAGTCCCAACACTGGCCAAACCTCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582904 CAGAAAAGATGCCTGAAGCTTTGAGTCCCAACACTGGCCAAACCTCCATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1813 AACCTTCTCAACCCAGCTGCTCATTCTGCTGATCCTGAGAATCCACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582954 AACCTTCTCAACCCAGCTGCTCATTCTGCTGATCCTGAGAATCCACTTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1863 TCAAACATCTTGCATCAATTCTTCCACTGTCTTAGATTTAATTGGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583004 TCAAACATCTTGCATCAATTCTTCCACTGTCTTAGATTTAATTGGGCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1913 ATGGGAAGGGCCATGACAAGGACTTTTCCACTCAAACTAAGAAGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583054 ATGGGAAGGGCCATGACAAGGACTTTTCCACTCAAACTAAGAAGCTCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1963 ACCTCCAGTAACAATGATGACAAAATTAATGGAAAACCTGTTGATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583104 ACCTCCAGTAACAATGATGACAAAATTAATGGAAAACCTGTTGATGTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2013 AAATCCCAGTGTCCCCTTAGTGGATGGGGAAAGTGACCCAAATAAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583154 AAATCCCAGTGTCCCCTTAGTGGATGGGGAAAGTGACCCAAATAAGACTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2063 CCTGTGAAGCTTGCAACATTACCTTCAGCCGGCACGAAACATACATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583204 CCTGTGAAGCTTGCAACATTACCTTCAGCCGGCACGAAACATACATGGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2113 CACAAACAGTATTACTGTGCTACACGCCACGACCCTCCACTGAAGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583254 CACAAACAGTATTACTGTGCTACACGCCACGACCCTCCACTGAAGAGGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2163 TGCTTCCAACAAAGTGCCTGCCATGCAGAGAACCATGCGCACACGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583304 TGCTTCCAACAAAGTGCCTGCCATGCAGAGAACCATGCGCACACGCAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2213 GCAGAAAGATGTATGAGATGTGCCTACCTGAGCAGGAACAAAGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583354 GCAGAAAGATGTATGAGATGTGCCTACCTGAGCAGGAACAAAGGCCTCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2263 CTGGTTCAGCAGAGATTTCTTGACGTAGCCAACCTCAATAATCCTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583404 CTGGTTCAGCAGAGATTTCTTGACGTAGCCAACCTCAATAATCCTTGTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2313 CTCCACTCAAGAACCCACAGAAGGGCTAGGAGAGTGCTACCACCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583454 CTCCACTCAAGAACCCACAGAAGGGCTAGGAGAGTGCTACCACCCAAGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2363 GTGATATCTTTCCAGGAATTGTCTCTAAACACTTGGAAACTTCTCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583504 GTGATATCTTTCCAGGAATTGTCTCTAAACACTTGGAAACTTCTCTGACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2413 ATCAACAAGTGTGTTCCAGTTTCCAAATGTGATACTACTCATTCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583554 ATCAACAAGTGTGTTCCAGTTTCCAAATGTGATACTACTCATTCCAGTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2463 TTCCTGCCTAGAGATGGACGTGCCCATAGATCTCAGCAAAAAGTGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583604 TTCCTGCCTAGAGATGGACGTGCCCATAGATCTCAGCAAAAAGTGTTTAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2513 CTCAGTCTGAGCGGACGACCACGTCTCCCAAAAGGCTGCTGGACTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583654 CTCAGTCTGAGCGGACGACCACGTCTCCCAAAAGGCTGCTGGACTATCAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2563 GAGTGCACTGTGTGCAAGATCAGTTTCAATAAGGTAGAAAACTATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583704 GAGTGCACTGTGTGCAAGATCAGTTTCAATAAGGTAGAAAACTATCTGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2613 CCACAAGCAGAATTTCTGCCCGGTTACTGCACATCAGCGTAATGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583754 CCACAAGCAGAATTTCTGCCCGGTTACTGCACATCAGCGTAATGACCTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2663 GTCAACTGGACGGCAAAGTGTTTCCGAATCCAGAAAGCGAACGAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583804 GTCAACTGGACGGCAAAGTGTTTCCGAATCCAGAAAGCGAACGAAACAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2713 CCTGATGTCAGCTACGAAAGAAGCATAATAAAATGTGAGAAAAATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583854 CCTGATGTCAGCTACGAAAGAAGCATAATAAAATGTGAGAAAAATGGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2763 TTTGAAGCAGCCTTCCCCCAATGGAAACTTATTTTCATCCCACCTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583904 TTTGAAGCAGCCTTCCCCCAATGGAAACTTATTTTCATCCCACCTAGCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2813 CCCTGCAAGGCTTGAAGGTCTTTAGTGAAGCTGCTCAGCTCATTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 583954 CCCTGCAAGGCTTGAAGGTCTTTAGTGAAGCTGCTCAGCTCATTGCTACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2863 AAAGAAGAAAACAGACATTTGTTTCTTCCACAATGCCTTTACCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584004 AAAGAAGAAAACAGACATTTGTTTCTTCCACAATGCCTTTACCCTGGAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2913 AATAAAGAAAGCAAAAGGAGCCGACCAGCTTTCTCCATATTATGGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584054 AATAAAGAAAGCAAAAGGAGCCGACCAGCTTTCTCCATATTATGGAATCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2963 AGCCAAGTGATTATATTTCTGGTTCTCTTGTCATCCATAACACTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584104 AGCCAAGTGATTATATTTCTGGTTCTCTTGTCATCCATAACACTGACATC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3013 GAGCAAAGCAGAAATGCAGAAAATGAATCTCCTAAAGGCCAGGCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584154 GAGCAAAGCAGAAATGCAGAAAATGAATCTCCTAAAGGCCAGGCTTCCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3063 AAATGGGTGTGCTGCGCTGAAGAAAGATTCTCTGCCATTGTTGCCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584204 AAATGGGTGTGCTGCGCTGAAGAAAGATTCTCTGCCATTGTTGCCCAAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3113 ATCGAGGAATGGTAATAGTGAATGGTGGACTGAAACAAGATGAGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584254 ATCGAGGAATGGTAATAGTGAATGGTGGACTGAAACAAGATGAGAGACCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3163 GCTGCCAACCCACAGCAAGAGAACATTTCCCAGAATCCTCAGCACGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584304 GCTGCCAACCCACAGCAAGAGAACATTTCCCAGAATCCTCAGCACGAAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3213 CGACCACAAATCTCCCTCGTGGATCTCTGAGAACCCATTAGCTGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584354 CGACCACAAATCTCCCTCGTGGATCTCTGAGAACCCATTAGCTGCCAATG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3263 AGAATGTCTCACCAGGAATTCCCTCAGCAGAGGAACAGTTGTCTAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584404 AGAATGTCTCACCAGGAATTCCCTCAGCAGAGGAACAGTTGTCTAGTATA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3313 GCAAAAGGTGTGAATGGTTCCAGCCAGGCTCCAACCAGTGGGAAATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584454 GCAAAAGGTGTGAATGGTTCCAGCCAGGCTCCAACCAGTGGGAAATATTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3363 CCGGCTATGTGATATCCAGTTCAACAACCTTTCAAACTTTATAACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584504 CCGGCTATGTGATATCCAGTTCAACAACCTTTCAAACTTTATAACTCACA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :
   3413 AGAAGTTTTATTGCTCATCACATGCAGCAGAACATGTCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584554 AGAAGTTTTATTGCTCATCACATGCAGCAGAACATGTCAAA