seq1 = pF1KE3356.tfa, 3144 bp
seq2 = pF1KE3356/gi568815578r_53471756.tfa (gi568815578r:53471756_53682826), 211071 bp

>pF1KE3356 3144
>gi568815578r:53471756_53682826 (Chr20)

(complement)

1-1366  (100001-101366)   100% ->
1367-1483  (104377-104493)   100% ->
1484-3037  (105547-107100)   100% ->
3038-3144  (110974-111080)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAATCGAAAGTGACAGGAAACATGCCAACTCAATCCCTCTTAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAATCGAAAGTGACAGGAAACATGCCAACTCAATCCCTCTTAATGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGATGGGCCAGAAGTGATTGGCAGCTCTCTTGGCAGTCCGATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGATGGGCCAGAAGTGATTGGCAGCTCTCTTGGCAGTCCGATGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGGATGCCTTGTCAATGAAAGGGACCGCTGTTGTTCCATTCCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGGATGCCTTGTCAATGAAAGGGACCGCTGTTGTTCCATTCCGAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACACAAGAAAAAAATGTCATCCAAATCGAGGGGTATATGCCCTTGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACACAAGAAAAAAATGTCATCCAAATCGAGGGGTATATGCCCTTGGATTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGTTCTGCAGCCAGACCTTCACACATTCAGAAGACCTTAATAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGTTCTGCAGCCAGACCTTCACACATTCAGAAGACCTTAATAAACATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTAATGCAACACCGGCCTACCCTCTGTGAACCAGCAGTTCTTCGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTAATGCAACACCGGCCTACCCTCTGTGAACCAGCAGTTCTTCGGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAGCAGAGTATCTCAGTCCGCTTGATAAAAGTCAAGTGCGAACAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAGCAGAGTATCTCAGTCCGCTTGATAAAAGTCAAGTGCGAACAGAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCCAAGGAAAAGAATTGCAAGGAAAATGAATTTAGCTGTGAGGTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCCAAGGAAAAGAATTGCAAGGAAAATGAATTTAGCTGTGAGGTATGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCAGACATTTAGAGTCGCTTTTGATGTTGAGATCCACATGAGAACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGCAGACATTTAGAGTCGCTTTTGATGTTGAGATCCACATGAGAACACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAGATTCTTTCACTTACGGGTGTAACATGTGCGGAAGAAGATTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAGATTCTTTCACTTACGGGTGTAACATGTGCGGAAGAAGATTCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCTTGGTTTCTTAAAAATCACATGCGGACACATAATGGCAAATCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCTTGGTTTCTTAAAAATCACATGCGGACACATAATGGCAAATCGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAGAAGCAAACTGCAGCAAGGCTTGGAGAGTAGTCCAGCAACGATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAGAAGCAAACTGCAGCAAGGCTTGGAGAGTAGTCCAGCAACGATCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGGTCGTCCAGGTGCACGCGGCCGAGAGCATCTCCTCTCCTTACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGGTCGTCCAGGTGCACGCGGCCGAGAGCATCTCCTCTCCTTACAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGCATGGTTTGTGGCTTCCTATTTCCAAATAAAGAAAGTCTAATTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGCATGGTTTGTGGCTTCCTATTTCCAAATAAAGAAAGTCTAATTGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCGCAAGGTGCACACCAAAAAAACTGCTTTCGGTACCAGCAGCGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACCGCAAGGTGCACACCAAAAAAACTGCTTTCGGTACCAGCAGCGCGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACAGACTCTCCACAAGGAGGAATGCCGTCCTCGAGGGAGGACTTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACAGACTCTCCACAAGGAGGAATGCCGTCCTCGAGGGAGGACTTCCTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTTGTTCAACTTGAGACCAAAATCTCACCCTGAAACGGGGAAGAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTTGTTCAACTTGAGACCAAAATCTCACCCTGAAACGGGGAAGAAGCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCAGATGCATCCCTCAGCTCGATCCGTTCACCACCTTCCAGGCTTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCAGATGCATCCCTCAGCTCGATCCGTTCACCACCTTCCAGGCTTGGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGGCTACCAAAGGAAAAGTTGCCATTTGCCAAGAAGTGAAGGAATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGGCTACCAAAGGAAAAGTTGCCATTTGCCAAGAAGTGAAGGAATCGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCAAGAAGGGAGCACCGACAACGACGATTCGAGTTCCGAGAAGGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCAAGAAGGGAGCACCGACAACGACGATTCGAGTTCCGAGAAGGAGCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGAAACAAATAAGGGCAGTTGTGCAGGCCTCTCGCAAGAGAAAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGAAACAAATAAGGGCAGTTGTGCAGGCCTCTCGCAAGAGAAAGAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGCAAACACTCCCACGGCGAAGCGCCCTCCGTGGACGCGGATCCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGCAAACACTCCCACGGCGAAGCGCCCTCCGTGGACGCGGATCCCAAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 ACCCAGTAGCAAGGAGAAGCCCACTCACTGCTCCGAGTGCGGCAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 ACCCAGTAGCAAGGAGAAGCCCACTCACTGCTCCGAGTGCGGCAAAGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCAGAACCTACCACCAGCTGGTCTTGCACTCCAGGGTCCACAAGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCAGAACCTACCACCAGCTGGTCTTGCACTCCAGGGTCCACAAGAAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CGGAGGGCCGGCGCGGAGTCGCCCACCATGTCTGTGGACGGGAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CGGAGGGCCGGCGCGGAGTCGCCCACCATGTCTGTGGACGGGAGGCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGGGACGTGTTCTCCTGACCTCGCCGCCCCTCTGGATGAAAATGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGGGACGTGTTCTCCTGACCTCGCCGCCCCTCTGGATGAAAATGGAGCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGGATCGAGGGGAAGGTGGTTCTGAAGACGGATCTGAGGATGGGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGGATCGAGGGGAAGGTGGTTCTGAAGACGGATCTGAGGATGGGCTTCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GAAGGAATCCATCTGG         ATAAAAATGATGATGGAGGAAAAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101351 GAAGGAATCCATCTGGGTA...AAGATAAAAATGATGATGGAGGAAAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 AAAACATCTTACATCTTCAAGAGAGTGTAGTTATTGTGGAAAGTTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104402 AAAACATCTTACATCTTCAAGAGAGTGTAGTTATTGTGGAAAGTTTTTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GTTCAAATTATTACCTCAATATTCATCTCAGAACGCATACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104452 GTTCAAATTATTACCTCAATATTCATCTCAGAACGCATACAGGTA...TA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484  GTGAAAAACCATACAAATGTGAATTTTGTGAATATGCTGCAGCCCAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105546 GGTGAAAAACCATACAAATGTGAATTTTGTGAATATGCTGCAGCCCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GACATCTCTGAGGTATCACTTGGAGAGACATCACAAGGAAAAACAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105596 GACATCTCTGAGGTATCACTTGGAGAGACATCACAAGGAAAAACAAACCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ATGTTGCTGCTGAAGTCAAGAACGATGGTAAAAATCAGGACACTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105646 ATGTTGCTGCTGAAGTCAAGAACGATGGTAAAAATCAGGACACTGAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GCACTATTAACCGCTGACAGTGCGCAAACCAAAAATTTGAAAAGATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105696 GCACTATTAACCGCTGACAGTGCGCAAACCAAAAATTTGAAAAGATTTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGATGGTGCCAAAGATGTTACAGGCAGTCCACCTGCAAAGCAGCTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105746 TGATGGTGCCAAAGATGTTACAGGCAGTCCACCTGCAAAGCAGCTTAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AGATGCCTTCTGTTTTTCAGAATGTTCTGGGCAGCGCTGTCCTCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105796 AGATGCCTTCTGTTTTTCAGAATGTTCTGGGCAGCGCTGTCCTCTCACCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 GCACACAAAGATACTCAGGATTTCCATAAAAATGCAGCTGATGACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105846 GCACACAAAGATACTCAGGATTTCCATAAAAATGCAGCTGATGACAGTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 TGATAAAGTGAATAAAAACCCTACCCCTGCTTACCTGGACCTGTTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105896 TGATAAAGTGAATAAAAACCCTACCCCTGCTTACCTGGACCTGTTAAAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 AGAGATCAGCAGTTGAAACTCAGGCAAATAACCTCATCTGTAGAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105946 AGAGATCAGCAGTTGAAACTCAGGCAAATAACCTCATCTGTAGAACCAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 GCGGATGTTACTCCTCCTCCGGATGGCAGTACCACCCATAACCTTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105996 GCGGATGTTACTCCTCCTCCGGATGGCAGTACCACCCATAACCTTGAAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 TAGCCCCAAAGAGAAGCAAACGGAGACCGCAGCTGACTGCAGATACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106046 TAGCCCCAAAGAGAAGCAAACGGAGACCGCAGCTGACTGCAGATACAGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 CAAGTGTGGATTGTCACGAAAAACCTTTAAATTTATCCGTGGGGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106096 CAAGTGTGGATTGTCACGAAAAACCTTTAAATTTATCCGTGGGGGCTCTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 CACAATTGCCCGGCAATTTCTTTGAGTAAAAGTTTGATTCCAAGTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106146 CACAATTGCCCGGCAATTTCTTTGAGTAAAAGTTTGATTCCAAGTATCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 CTGTCCATTTTGTACCTTCAAGACATTTTATCCAGAAGTTTTAATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106196 CTGTCCATTTTGTACCTTCAAGACATTTTATCCAGAAGTTTTAATGATGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 ACCAGAGACTGGAGCATAAATACAATCCTGACGTTCATAAAAACTGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106246 ACCAGAGACTGGAGCATAAATACAATCCTGACGTTCATAAAAACTGTCGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 AACAAGTCCTTGCTTAGAAGTCGACGTACCGGATGCCCGCCAGCGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106296 AACAAGTCCTTGCTTAGAAGTCGACGTACCGGATGCCCGCCAGCGTTGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 GGGAAAAGATGTGCCTCCCCTCTCTAGTTTCTGTAAACCCAAGCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106346 GGGAAAAGATGTGCCTCCCCTCTCTAGTTTCTGTAAACCCAAGCCCAAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 CTGCTTTCCCGGCGCAGTCCAAATCCCTGCCATCTGCGAAGGGGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106396 CTGCTTTCCCGGCGCAGTCCAAATCCCTGCCATCTGCGAAGGGGAAGCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 AGCCCTCCTGGGCCAGGCAAGGCCCCTCTGACTTCAGGGATAGACTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 AGCCCTCCTGGGCCAGGCAAGGCCCCTCTGACTTCAGGGATAGACTCTAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 CACTTTAGCCCCAAGTAACCTGAAGTCCCACAGACCACAGCAGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106496 CACTTTAGCCCCAAGTAACCTGAAGTCCCACAGACCACAGCAGAATGTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 GGGTCCAAGGGGCCGCCACCAGGCAACAGCAATCTGAGATGTTTCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106546 GGGTCCAAGGGGCCGCCACCAGGCAACAGCAATCTGAGATGTTTCCTAAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 ACCAGTGTTTCCCCTGCACCGGATAAGACAAAAAGACCCGAGACAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106596 ACCAGTGTTTCCCCTGCACCGGATAAGACAAAAAGACCCGAGACAAAATT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 GAAACCTCTTCCAGTAGCTCCTTCTCAGCCCACCCTCGGCAGCAGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106646 GAAACCTCTTCCAGTAGCTCCTTCTCAGCCCACCCTCGGCAGCAGTAACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2633 TCAATGGTTCCATCGACTACCCCGCCAAGAACGACAGCCCGTGGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106696 TCAATGGTTCCATCGACTACCCCGCCAAGAACGACAGCCCGTGGGCACCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2683 CCGGGAAGAGACTATTTCTGTAATCGGAGTGCCAGCAATACTGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106746 CCGGGAAGAGACTATTTCTGTAATCGGAGTGCCAGCAATACTGCAGCAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2733 ATTTGGTGAGCCCCTTCCAAAAAGACTGAAGTCCAGCGTGGTTGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106796 ATTTGGTGAGCCCCTTCCAAAAAGACTGAAGTCCAGCGTGGTTGCCCTTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2783 ACGTTGACCAGCCCGGGGCCAATTACAGAAGAGGCTATGACCTTCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106846 ACGTTGACCAGCCCGGGGCCAATTACAGAAGAGGCTATGACCTTCCCAAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2833 TACCATATGGTCAGAGGCATCACATCACTGTTACCGCAGGACTGTGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106896 TACCATATGGTCAGAGGCATCACATCACTGTTACCGCAGGACTGTGTGTA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2883 TCCGTCGCAGGCGCTGCCTCCCAAACCAAGGTTCCTGAGCTCCAGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106946 TCCGTCGCAGGCGCTGCCTCCCAAACCAAGGTTCCTGAGCTCCAGCGAGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2933 TCGATTCTCCAAATGTGCTGACTGTTCAGAAGCCCTATGGTGGCTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106996 TCGATTCTCCAAATGTGCTGACTGTTCAGAAGCCCTATGGTGGCTCCGGG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2983 CCACTTTACACTTGTGTGCCTGCTGGTAGTCCAGCATCCAGCTCGACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107046 CCACTTTACACTTGTGTGCCTGCTGGTAGTCCAGCATCCAGCTCGACGTT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3033 AGAAG         GAAAAAGGCCTGTGTCATATCAACACTTATCTAACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107096 AGAAGGTA...CAGGAAAAAGGCCTGTGTCATATCAACACTTATCTAACA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3074 GCATGGCACAAAAGAGAAACTATGAGAATTTTATTGGGAATGCACATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111010 GCATGGCACAAAAGAGAAACTATGAGAATTTTATTGGGAATGCACATTAT

   3150     .    :    .    :
   3124 CGACCAAATGACAAAAAAACT
        |||||||||||||||||||||
 111060 CGACCAAATGACAAAAAAACT