seq1 = pF1KE3355.tfa, 3141 bp
seq2 = pF1KE3355/gi568815589f_35692409.tfa (gi568815589f:35692409_35909442), 217034 bp

>pF1KE3355 3141
>gi568815589f:35692409_35909442 (Chr9)

1-667  (100001-100667)   100% ->
668-873  (101490-101695)   100% ->
874-987  (107210-107323)   100% ->
988-1123  (107614-107749)   100% ->
1124-1218  (107981-108075)   100% ->
1219-1351  (108301-108433)   100% ->
1352-1436  (108662-108746)   100% ->
1437-1557  (109235-109355)   100% ->
1558-1632  (109518-109592)   100% ->
1633-1710  (109798-109875)   100% ->
1711-1815  (110095-110199)   100% ->
1816-1887  (110324-110395)   100% ->
1888-2047  (113103-113262)   100% ->
2048-2203  (113422-113577)   100% ->
2204-2372  (113657-113825)   100% ->
2373-2519  (113984-114130)   100% ->
2520-2643  (114615-114738)   100% ->
2644-2712  (114922-114990)   100% ->
2713-2887  (116101-116275)   100% ->
2888-2986  (116347-116445)   100% ->
2987-3078  (116748-116839)   100% ->
3079-3141  (116972-117034)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGCCATCACTTCTGCTGTTGGTGGCAGCCCTGGCAGGTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGCCATCACTTCTGCTGTTGGTGGCAGCCCTGGCAGGTGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGTCCTCCCGGGGCGCGGAACCTGACGCTGGCGGTGGTGCTGCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGTCCTCCCGGGGCGCGGAACCTGACGCTGGCGGTGGTGCTGCCAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAACCTGAGCTATGCCTGGGCCTGGCCACGGGTGGGACCCGCTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAACCTGAGCTATGCCTGGGCCTGGCCACGGGTGGGACCCGCTGTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGCTGTGGAGGCTCTGGGCCGGGCACTGCCCGTGGACCTGCGGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGCTGTGGAGGCTCTGGGCCGGGCACTGCCCGTGGACCTGCGGTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCTCCGAACTGGAAGGCGCCTGCTCTGAGTACCTGGCACCGCTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCTCCGAACTGGAAGGCGCCTGCTCTGAGTACCTGGCACCGCTGAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTGGACCTCAAGCTGTACCATGACCCCGACCTGCTGTTAGGTCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGTGGACCTCAAGCTGTACCATGACCCCGACCTGCTGTTAGGTCCCGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCGTGTACCCTGCTGCCTCTGTGGCCCGCTTTGCCTCCCACTGGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCGTGTACCCTGCTGCCTCTGTGGCCCGCTTTGCCTCCCACTGGCGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCCCTGCTGACTGCGGGTGCTGTGGCCTCTGGTTTTTCGGCTAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCCCTGCTGACTGCGGGTGCTGTGGCCTCTGGTTTTTCGGCTAAGAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCATTATCGTACCCTGGTTCGCACTGGCCCCTCTGCTCCCAAGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCATTATCGTACCCTGGTTCGCACTGGCCCCTCTGCTCCCAAGCTGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGTTTGTGGTGACACTACACGGGCACTTCAATTGGACTGCCCGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGTTTGTGGTGACACTACACGGGCACTTCAATTGGACTGCCCGTGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTGCTGTACCTGGATGCTCGCACAGATGACCGGCCTCACTACTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTGCTGTACCTGGATGCTCGCACAGATGACCGGCCTCACTACTTCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCGAGGGCGTCTTTGAGGCCCTGCAGGGCAGCAACCTCAGTGTGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCGAGGGCGTCTTTGAGGCCCTGCAGGGCAGCAACCTCAGTGTGCAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGGTGTATGCCCGAGAGCCAGGGGGCCCCGAGCAGGCCACCCACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGGTGTATGCCCGAGAGCCAGGGGGCCCCGAGCAGGCCACCCACTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGGGCCAACGGGCGCA         TTGTGTATATCTGCGGCCCTCTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGGGCCAACGGGCGCAGTG...CAGTTGTGTATATCTGCGGCCCTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGATGCTGCATGAGATCCTGCTTCAGGCCCAGAGGGAGAATCTGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101514 AGATGCTGCATGAGATCCTGCTTCAGGCCCAGAGGGAGAATCTGACCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGGGATTATGTCTTCTTTTACCTGGATGTCTTTGGGGAGAGTCTCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101564 GGGGATTATGTCTTCTTTTACCTGGATGTCTTTGGGGAGAGTCTCCGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGGCCCCACACGTGCTACAGGCCGGCCCTGGCAGGACAATCGCACCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101614 AGGCCCCACACGTGCTACAGGCCGGCCCTGGCAGGACAATCGCACCCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AACAGGCCCAGGCCCTCAGAGAGGCCTTTCAG         ACTGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101664 AACAGGCCCAGGCCCTCAGAGAGGCCTTTCAGGTA...CAGACTGTATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTGATCACGTACCGAGAACCCCCAAATCCTGAGTATCAGGAATTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107219 GTGATCACGTACCGAGAACCCCCAAATCCTGAGTATCAGGAATTCCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCGTCTGCTGATAAGAGCCCGGGAAGACTTTGGTGTGGAGCTGGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107269 TCGTCTGCTGATAAGAGCCCGGGAAGACTTTGGTGTGGAGCTGGGCCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCCTG         ATGAACCTCATCGCTGGCTGCTTCTATGATGGGATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107319 CCCTGGTA...CAGATGAACCTCATCGCTGGCTGCTTCTATGATGGGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CTGCTATATGCTGAAGTCCTGAATGAGACAATACAGGAAGGAGGCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107650 CTGCTATATGCTGAAGTCCTGAATGAGACAATACAGGAAGGAGGCACCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGAGGATGGACTTCGAATTGTGGAAAAGATGCAGGGACGAAGATATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107700 GGAGGATGGACTTCGAATTGTGGAAAAGATGCAGGGACGAAGATATCACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124          GTGTAACTGGGCTGGTTGTCATGGACAAGAACAATGACCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107750 GTA...TAGGTGTAACTGGGCTGGTTGTCATGGACAAGAACAATGACCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGACTGACTTTGTCCTCTGGGCCATGGGAGACCTGGATTCTGGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108022 GAGACTGACTTTGTCCTCTGGGCCATGGGAGACCTGGATTCTGGGGACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TCAG         CCTGCAGCCCACTACTCGGGAGCTGAGAAGCAGATTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108072 TCAGGTG...CAGCCTGCAGCCCACTACTCGGGAGCTGAGAAGCAGATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GGTGGACGGGACGGCCTATTCCCTGGGTGAAGGGGGCTCCTCCCTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108338 GGTGGACGGGACGGCCTATTCCCTGGGTGAAGGGGGCTCCTCCCTCGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AATCCCCCCTGTGCCTTTGACTTGGACGACCCATCCTGTGATAAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108388 AATCCCCCCTGTGCCTTTGACTTGGACGACCCATCCTGTGATAAAAGTG.

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352      CTCCACTTTCAACCCTGGCAATTGTGGCTCTGGGCACAGGAATCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108438 ..CAGCTCCACTTTCAACCCTGGCAATTGTGGCTCTGGGCACAGGAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CCTTCATCATGTTTGGTGTTTCCAGCTTCCTAATTTTCCG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108707 CCTTCATCATGTTTGGTGTTTCCAGCTTCCTAATTTTCCGGTG...CAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGCTGATGCTGGAGAAGGAGCTGGCTAGCATGTTGTGGCGTATTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109236 AAGCTGATGCTGGAGAAGGAGCTGGCTAGCATGTTGTGGCGTATTCGCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GGAAGAACTGCAGTTTGGCAACTCAGAGCGTTATCACAAAGGTGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109286 GGAAGAACTGCAGTTTGGCAACTCAGAGCGTTATCACAAAGGTGCAGGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GTCGCCTCACACTGTCGCTG         CGGGGATCCAGTTACGGCTCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109336 GTCGCCTCACACTGTCGCTGGTG...CAGCGGGGATCCAGTTACGGCTCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTCATGACAGCCCATGGGAAATACCAGATCTTTGCCAACACCGGTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109539 CTCATGACAGCCCATGGGAAATACCAGATCTTTGCCAACACCGGTCACTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CAAG         GGAAATGTTGTCGCCATCAAACATGTGAATAAGAAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109589 CAAGGTG...CAGGGAAATGTTGTCGCCATCAAACATGTGAATAAGAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GCATTGAGCTGACCCGGCAGGTTCTGTTTGAACTCAAACAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109835 GCATTGAGCTGACCCGGCAGGTTCTGTTTGAACTCAAACATGTA...CAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 ATGAGAGATGTTCAGTTCAACCATCTCACTCGCTTCATTGGCGCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110095 ATGAGAGATGTTCAGTTCAACCATCTCACTCGCTTCATTGGCGCCTGCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AGACCCTCCCAACATTTGCATTGTCACTGAATACTGTCCTCGTGGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110145 AGACCCTCCCAACATTTGCATTGTCACTGAATACTGTCCTCGTGGGAGTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TACAG         GATATTCTAGAAAATGACAGCATCAACTTGGACTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110195 TACAGGTG...CAGGATATTCTAGAAAATGACAGCATCAACTTGGACTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ATGTTTCGTTATTCACTCATTAATGACCTTGTTAAG         GGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110360 ATGTTTCGTTATTCACTCATTAATGACCTTGTTAAGGTG...CAGGGCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGCCTTTCTCCACAACAGCATTATTTCATCGCATGGGAGTCTCAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113108 GGCCTTTCTCCACAACAGCATTATTTCATCGCATGGGAGTCTCAAGTCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CCAACTGTGTGGTGGATAGTCGTTTTGTGCTCAAAATCACAGACTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113158 CCAACTGTGTGGTGGATAGTCGTTTTGTGCTCAAAATCACAGACTATGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CTGGCCAGCTTCCGATCAACTGCTGAACCTGATGACAGCCATGCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113208 CTGGCCAGCTTCCGATCAACTGCTGAACCTGATGACAGCCATGCCCTCTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGCCA         AGAAGCTGTGGACTGCCCCAGAACTGCTCAGTGGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113258 TGCCAGTG...CAGAGAAGCTGTGGACTGCCCCAGAACTGCTCAGTGGGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 ACCCCTTGCCAACCACAGGCATGCAGAAGGCTGACGTCTATAGCTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113458 ACCCCTTGCCAACCACAGGCATGCAGAAGGCTGACGTCTATAGCTTTGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 ATCATCCTGCAGGAGATAGCACTTCGCAGTGGTCCTTTCTACTTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113508 ATCATCCTGCAGGAGATAGCACTTCGCAGTGGTCCTTTCTACTTGGAGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CCTGGACCTCAGCCCCAAAG         AGATTGTCCAGAAGGTACGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113558 CCTGGACCTCAGCCCCAAAGGTA...CAGAGATTGTCCAGAAGGTACGAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 ATGGTCAGCGGCCATATTTCCGGCCAAGCATTGACCGGACCCAACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113678 ATGGTCAGCGGCCATATTTCCGGCCAAGCATTGACCGGACCCAACTGAAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 GAAGAGCTAGTTTTGCTGATGGAGCGATGTTGGGCTCAGGACCCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113728 GAAGAGCTAGTTTTGCTGATGGAGCGATGTTGGGCTCAGGACCCAGCTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GCGGCCAGACTTTGGACAGATTAAGGGCTTCATTCGGCGCTTTAACAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113778 GCGGCCAGACTTTGGACAGATTAAGGGCTTCATTCGGCGCTTTAACAAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2373        GGAGGGTGGCACCAGCATATTGGACAACCTCCTGCTGCGCATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113828 G...TAGGGAGGGTGGCACCAGCATATTGGACAACCTCCTGCTGCGCATG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 GAACAGTATGCCAATAACTTGGAGAAGCTGGTGGAGGAACGCACACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114027 GAACAGTATGCCAATAACTTGGAGAAGCTGGTGGAGGAACGCACACAGGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 CTATCTGGAGGAAAAACGCAAGGCTGAAGCTCTGCTCTACCAAATCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114077 CTATCTGGAGGAAAAACGCAAGGCTGAAGCTCTGCTCTACCAAATCCTAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 CCCA         TTCAGTGGCAGAGCAGTTAAAACGGGGAGAGACTGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114127 CCCAGTG...TAGTTCAGTGGCAGAGCAGTTAAAACGGGGAGAGACTGTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 CAGGCTGAGGCCTTTGACAGTGTTACCATCTACTTCAGTGACATTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114652 CAGGCTGAGGCCTTTGACAGTGTTACCATCTACTTCAGTGACATTGTTGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 CTTCACAGCATTGTCAGCAGAGAGCACCCCCATGCAG         GTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114702 CTTCACAGCATTGTCAGCAGAGAGCACCCCCATGCAGGTG...TAGGTAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 TGACACTTCTTAATGACCTGTATACCTGCTTTGATGCCATAATTGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114926 TGACACTTCTTAATGACCTGTATACCTGCTTTGATGCCATAATTGACAAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 TTTGATGTCTACAAG         GTGGAGACGATTGGGGATGCTTACAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114976 TTTGATGTCTACAAGGTG...CAGGTGGAGACGATTGGGGATGCTTACAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 GGTGGTATCTGGCCTCCCAGGCCGAAATGGTCAACGCCATGCACCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116127 GGTGGTATCTGGCCTCCCAGGCCGAAATGGTCAACGCCATGCACCAGAAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 TTGCTCGTATGGCCCTAGCATTACTAGATGCAGTTTCTTCCTTTCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116177 TTGCTCGTATGGCCCTAGCATTACTAGATGCAGTTTCTTCCTTTCGCATC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 CGCCACCGACCCCATGACCAGCTGAGGCTACGCATAGGGGTCCATACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116227 CGCCACCGACCCCATGACCAGCTGAGGCTACGCATAGGGGTCCATACTGG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2888         GGCCAGTCTGTGCTGGGGTTGTTGGCCTGAAGATGCCCCGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116277 TA...AAGGGCCAGTCTGTGCTGGGGTTGTTGGCCTGAAGATGCCCCGTT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2930 ATTGTCTTTTTGGAGACACAGTGAACACTGCTTCTCGAATGGAGTCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116389 ATTGTCTTTTTGGAGACACAGTGAACACTGCTTCTCGAATGGAGTCTAAT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2980 GGTCAAG         CGCTGAAGATCCATGTCTCCTCTACCACCAAGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116439 GGTCAAGGTA...CAGCGCTGAAGATCCATGTCTCCTCTACCACCAAGGA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3021 TGCCCTAGATGAGCTAGGATGCTTCCAGCTAGAGCTTCGGGGGGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116782 TGCCCTAGATGAGCTAGGATGCTTCCAGCTAGAGCTTCGGGGGGATGTGG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3071 AAATGAAG         GGAAAAGGAAAGATGCGAACATACTGGCTCTTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116832 AAATGAAGGTG...CAGGGAAAAGGAAAGATGCGAACATACTGGCTCTTA

   3300     .    :    .    :    .    :
   3112 GGAGAGCGGAAAGGACCTCCTGGACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 117005 GGAGAGCGGAAAGGACCTCCTGGACTCCTG