seq1 = pF1KE3353.tfa, 3132 bp
seq2 = pF1KE3353/gi568815597f_9610456.tfa (gi568815597f:9610456_9827043), 216588 bp

>pF1KE3353 3132
>gi568815597f:9610456_9827043 (Chr1)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-370  (105086-105314)   100% ->
371-600  (105394-105623)   100% ->
601-780  (105985-106164)   100% ->
781-930  (106504-106653)   100% ->
931-1020  (107082-107171)   100% ->
1021-1242  (108239-108460)   100% ->
1243-1339  (109466-109562)   100% ->
1340-1470  (109657-109787)   100% ->
1471-1521  (110156-110206)   100% ->
1522-1689  (110287-110454)   100% ->
1690-1811  (110672-110793)   100% ->
1812-1955  (110989-111132)   100% ->
1956-2055  (111306-111405)   100% ->
2056-2234  (111520-111698)   100% ->
2235-2347  (111789-111901)   100% ->
2348-2426  (112073-112151)   100% ->
2427-2594  (112670-112837)   100% ->
2595-2718  (113514-113637)   100% ->
2719-2864  (113821-113966)   99% ->
2865-2997  (114349-114481)   100% ->
2998-3132  (116454-116588)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCCTGGGGTGGACTGCCCCATGGAATTCTGGACCAAGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCCTGGGGTGGACTGCCCCATGGAATTCTGGACCAAGGAGGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGAGCGTTGTGGTTGACTTCCTGCTGCCCACAGGGGTCTACCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGAGCGTTGTGGTTGACTTCCTGCTGCCCACAGGGGTCTACCTGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCTGTGTCCCGCAATGCCAACCTCAGCACCATCAAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 TCCCTGTGTCCCGCAATGCCAACCTCAGCACCATCAAGCAGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTGTGGCACCGCGCCCAGTATGAGCCGCTCTTCCACATGCTCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105086 CTGCTGTGGCACCGCGCCCAGTATGAGCCGCTCTTCCACATGCTCAGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCGAGGCCTATGTGTTCACCTGCATCAACCAGACAGCGGAGCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105136 CCCCGAGGCCTATGTGTTCACCTGCATCAACCAGACAGCGGAGCAGCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTGGAGGACGAGCAACGGCGTCTGTGTGACGTGCAGCCCTTCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105186 AGCTGGAGGACGAGCAACGGCGTCTGTGTGACGTGCAGCCCTTCCTGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCCTGCGCCTGGTGGCCCGTGAGGGCGACCGCGTGAAGAAGCTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105236 GTCCTGCGCCTGGTGGCCCGTGAGGGCGACCGCGTGAAGAAGCTCATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCACAGATCAGCCTCCTCATCGGCAAAG         GCCTCCACGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105286 CTCACAGATCAGCCTCCTCATCGGCAAAGGTA...CAGGCCTCCACGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGACTCCTTGTGCGACCCAGAAGTGAACGACTTTCGCGCCAAGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105406 TTGACTCCTTGTGCGACCCAGAAGTGAACGACTTTCGCGCCAAGATGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAATTCTGCGAGGAGGCGGCCGCCCGCCGGCAGCAGCTGGGCTGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105456 CAATTCTGCGAGGAGGCGGCCGCCCGCCGGCAGCAGCTGGGCTGGGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGGCTGCAGTACAGTTTCCCCCTGCAGCTGGAGCCCTCGGCTCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105506 CTGGCTGCAGTACAGTTTCCCCCTGCAGCTGGAGCCCTCGGCTCAAACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGGGGCCTGGTACCCTGCGGCTCCCGAACCGGGCCCTTCTGGTCAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105556 GGGGGCCTGGTACCCTGCGGCTCCCGAACCGGGCCCTTCTGGTCAACGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGTTTGAGGGCAGCGAG         GAGAGCTTCACCTTCCAGGTGTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105606 AAGTTTGAGGGCAGCGAGGTG...CAGGAGAGCTTCACCTTCCAGGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACCAAGGACGTGCCGCTGGCGCTGATGGCCTGTGCCCTGCGGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106008 CACCAAGGACGTGCCGCTGGCGCTGATGGCCTGTGCCCTGCGGAAGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCACAGTGTTCCGGCAGCCGCTGGTGGAGCAGCCGGAAGACTACACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106058 CCACAGTGTTCCGGCAGCCGCTGGTGGAGCAGCCGGAAGACTACACGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGGTGAACGGCAGGCATGAGTACCTGTATGGCAGCTACCCGCTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106108 CAGGTGAACGGCAGGCATGAGTACCTGTATGGCAGCTACCCGCTCTGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTTCCAG         TACATCTGCAGCTGCCTGCACAGTGGGTTGACCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106158 GTTCCAGGTG...CAGTACATCTGCAGCTGCCTGCACAGTGGGTTGACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTCACCTGACCATGGTCCATTCCTCCTCCATCCTCGCCATGCGGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106538 CTCACCTGACCATGGTCCATTCCTCCTCCATCCTCGCCATGCGGGATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGAGCAACCCTGCCCCCCAGGTCCAGAAACCGCGTGCCAAACCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106588 CAGAGCAACCCTGCCCCCCAGGTCCAGAAACCGCGTGCCAAACCACCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATTCCTGCGAAGAAG         CCTTCCTCTGTGTCCCTGTGGTCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106638 CATTCCTGCGAAGAAGGTG...CAGCCTTCCTCTGTGTCCCTGTGGTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGAGCAGCCGTTCCGCATCGAGCTCATCCAGGGCAGCAAAGTGAACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107107 TGGAGCAGCCGTTCCGCATCGAGCTCATCCAGGGCAGCAAAGTGAACGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GACGAGCGGATGAAG         CTGGTGGTGCAGGCCGGGCTTTTCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107157 GACGAGCGGATGAAGGTG...CAGCTGGTGGTGCAGGCCGGGCTTTTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CGGCAACGAGATGCTGTGCAAGACGGTGTCCAGCTCGGAGGTGAGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108265 CGGCAACGAGATGCTGTGCAAGACGGTGTCCAGCTCGGAGGTGAGCGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCTCGGAGCCCGTGTGGAAGCAGCGGCTGGAGTTCGACATCAACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108315 GCTCGGAGCCCGTGTGGAAGCAGCGGCTGGAGTTCGACATCAACATCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACCTGCCCCGCATGGCCCGTCTCTGCTTTGCGCTGTACGCCGTGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108365 GACCTGCCCCGCATGGCCCGTCTCTGCTTTGCGCTGTACGCCGTGATCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAAAGCCAAGAAGGCTCGCTCCACCAAGAAGAAGTCCAAGAAGGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108415 GAAAGCCAAGAAGGCTCGCTCCACCAAGAAGAAGTCCAAGAAGGCGGTG.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243      GACTGCCCCATTGCCTGGGCCAACCTCATGCTGTTTGACTACAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108465 ..CAGGACTGCCCCATTGCCTGGGCCAACCTCATGCTGTTTGACTACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GACCAGCTTAAGACCGGGGAACGCTGCCTCTACATGTGGCCCTCCGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109511 GACCAGCTTAAGACCGGGGAACGCTGCCTCTACATGTGGCCCTCCGTCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AG         ATGAGAAGGGCGAGCTGCTGAACCCCACGGGCACTGTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109561 AGGTC...CAGATGAGAAGGGCGAGCTGCTGAACCCCACGGGCACTGTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCAGTAACCCCAACACGGATAGCGCCGCTGCCCTGCTCATCTGCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109696 GCAGTAACCCCAACACGGATAGCGCCGCTGCCCTGCTCATCTGCCTGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAGGTGGCCCCGCACCCCGTGTACTACCCCGCCCTGGAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109746 GAGGTGGCCCCGCACCCCGTGTACTACCCCGCCCTGGAGAAGGTC...CA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1471  ATCTTGGAGCTGGGGCGACACAGCGAGTGTGTGCATGTCACCGAGGAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110155 GATCTTGGAGCTGGGGCGACACAGCGAGTGTGTGCATGTCACCGAGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AG         CAGCTGCAGCTGCGGGAAATCCTGGAGCGGCGGGGGTCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110205 AGGTG...CAGCAGCTGCAGCTGCGGGAAATCCTGGAGCGGCGGGGGTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGGGAGCTGTATGAGCACGAGAAGGACCTGGTGTGGAAGCTGCGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110326 GGGGAGCTGTATGAGCACGAGAAGGACCTGGTGTGGAAGCTGCGGCATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGTCCAGGAGCACTTCCCGGAGGCGCTAGCCCGGCTGCTGCTGGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110376 AGTCCAGGAGCACTTCCCGGAGGCGCTAGCCCGGCTGCTGCTGGTCACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGTGGAACAAGCATGAGGATGTGGCCCAG         ATGCTCTACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110426 AGTGGAACAAGCATGAGGATGTGGCCCAGGTG...CAGATGCTCTACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTGTGCTCCTGGCCGGAGCTGCCCGTCCTGAGCGCCCTGGAGCTGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110684 CTGTGCTCCTGGCCGGAGCTGCCCGTCCTGAGCGCCCTGGAGCTGCTAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CTTCAGCTTCCCCGATTGCCACGTAGGCTCCTTCGCCATCAAGTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110734 CTTCAGCTTCCCCGATTGCCACGTAGGCTCCTTCGCCATCAAGTCGCTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GGAAACTGAC         GGACGATGAGCTGTTCCAGTACCTGCTGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110784 GGAAACTGACGTG...CAGGGACGATGAGCTGTTCCAGTACCTGCTGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CTGGTGCAGGTGCTCAAGTACGAGTCCTACCTGGACTGCGAGCTGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111020 CTGGTGCAGGTGCTCAAGTACGAGTCCTACCTGGACTGCGAGCTGACCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 ATTCCTGCTGGACCGGGCCCTGGCCAACCGCAAGATCGGCCACTTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111070 ATTCCTGCTGGACCGGGCCCTGGCCAACCGCAAGATCGGCCACTTCCTTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TCTGGCACCTCCG         CTCCGAGATGCACGTGCCGTCGGTGGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111120 TCTGGCACCTCCGGTA...CAGCTCCGAGATGCACGTGCCGTCGGTGGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CTGCGCTTCGGCCTCATCCTGGAGGCCTACTGCAGGGGCAGCACCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111334 CTGCGCTTCGGCCTCATCCTGGAGGCCTACTGCAGGGGCAGCACCCACCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 CATGAAGGTGCTGATGAAGCAG         GGGGAAGCACTGAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111384 CATGAAGGTGCTGATGAAGCAGGTG...CAGGGGGAAGCACTGAGCAAAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TGAAGGCCCTGAATGACTTCGTCAAGCTGAGCTCTCAGAAGACCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111539 TGAAGGCCCTGAATGACTTCGTCAAGCTGAGCTCTCAGAAGACCCCCAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CCCCAGACCAAGGAGCTGATGCACTTGTGCATGCGGCAGGAGGCCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111589 CCCCAGACCAAGGAGCTGATGCACTTGTGCATGCGGCAGGAGGCCTACCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 AGAGGCCCTCTCCCACCTGCAGTCCCCACTCGACCCCAGCACCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111639 AGAGGCCCTCTCCCACCTGCAGTCCCCACTCGACCCCAGCACCCTGCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CTGAAGTCTG         CGTGGAGCAGTGCACCTTCATGGACTCCAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111689 CTGAAGTCTGGTG...CAGCGTGGAGCAGTGCACCTTCATGGACTCCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ATGAAGCCCCTGTGGATCATGTACAGCAACGAGGAGGCAGGCAGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111820 ATGAAGCCCCTGTGGATCATGTACAGCAACGAGGAGGCAGGCAGCGGCGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CAGCGTGGGCATCATCTTTAAGAACGGGGATG         ACCTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111870 CAGCGTGGGCATCATCTTTAAGAACGGGGATGGTG...CAGACCTCCGGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AGGACATGCTGACCCTGCAGATGATCCAGCTCATGGACGTCCTGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112082 AGGACATGCTGACCCTGCAGATGATCCAGCTCATGGACGTCCTGTGGAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 CAGGAGGGGCTGGACCTGAG         GATGACCCCCTATGGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112132 CAGGAGGGGCTGGACCTGAGGTG...TAGGATGACCCCCTATGGCTGCCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CCCCACCGGGGACCGCACAGGCCTCATTGAGGTGGTACTCCGTTCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112691 CCCCACCGGGGACCGCACAGGCCTCATTGAGGTGGTACTCCGTTCAGACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 CCATCGCCAACATCCAACTCAACAAGAGCAACATGGCAGCCACAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112741 CCATCGCCAACATCCAACTCAACAAGAGCAACATGGCAGCCACAGCCGCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 TTCAACAAGGATGCCCTGCTCAACTGGCTGAAGTCCAAGAACCCGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112791 TTCAACAAGGATGCCCTGCTCAACTGGCTGAAGTCCAAGAACCCGGGGTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2595       GGAGGCCCTGGATCGAGCCATTGAGGAGTTCACCCTCTCCTGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112841 ...CAGGGAGGCCCTGGATCGAGCCATTGAGGAGTTCACCCTCTCCTGTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 CTGGCTATTGTGTGGCCACATATGTGCTGGGCATTGGCGATCGGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113558 CTGGCTATTGTGTGGCCACATATGTGCTGGGCATTGGCGATCGGCACAGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 GACAACATCATGATCCGAGAGAGTGGGCAG         CTGTTCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113608 GACAACATCATGATCCGAGAGAGTGGGCAGGTA...CAGCTGTTCCACAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 TGATTTTGGCCACTTTCTGGGGAATTTCAAGACCAAGTTTGGAATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113832 TGATTTTGGCCACTTTCTGGGGAATTTCAAGACCAAGTTTGGAATCAACC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2780 GCGAGCGTGTCCCATTCATCCTCACCTATGACTTTGTCCATGTGATTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 113882 GCGAGCGTGTCCCATTCATCCTCACCTACGACTTTGTCCATGTGATTCAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2830 CAGGGGAAGACTAATAATAGTGAGAAATTTGAACG         GTTCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113932 CAGGGGAAGACTAATAATAGTGAGAAATTTGAACGGTG...CAGGTTCCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2871 GGGCTACTGTGAAAGGGCCTACACCATCCTGCGGCGCCACGGGCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114355 GGGCTACTGTGAAAGGGCCTACACCATCCTGCGGCGCCACGGGCTTCTCT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2921 TCCTCCACCTCTTTGCCCTGATGCGGGCGGCAGGCCTGCCTGAGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114405 TCCTCCACCTCTTTGCCCTGATGCGGGCGGCAGGCCTGCCTGAGCTCAGC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2971 TGCTCCAAAGACATCCAGTATCTCAAG         GACTCCCTGGCACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114455 TGCTCCAAAGACATCCAGTATCTCAAGGTA...CAGGACTCCCTGGCACT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3012 GGGGAAAACAGAGGAGGAGGCACTGAAGCACTTCCGAGTGAAGTTTAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116468 GGGGAAAACAGAGGAGGAGGCACTGAAGCACTTCCGAGTGAAGTTTAACG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3062 AAGCCCTCCGTGAGAGCTGGAAAACCAAAGTGAACTGGCTGGCCCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116518 AAGCCCTCCGTGAGAGCTGGAAAACCAAAGTGAACTGGCTGGCCCACAAC

   3300     .    :    .    :
   3112 GTGTCCAAAGACAACAGGCAG
        |||||||||||||||||||||
 116568 GTGTCCAAAGACAACAGGCAG