seq1 = pF1KE3350.tfa, 3108 bp
seq2 = pF1KE3350/gi568815597f_233228029.tfa (gi568815597f:233228029_233482708), 254680 bp

>pF1KE3350 3108
>gi568815597f:233228029_233482708 (Chr1)

1-805  (100001-100805)   100% ->
806-986  (118414-118594)   100% ->
987-1135  (125779-125927)   100% ->
1136-1311  (126808-126983)   100% ->
1312-1552  (134025-134265)   100% ->
1553-1675  (144010-144132)   100% ->
1676-1826  (147888-148038)   100% ->
1827-1924  (148402-148499)   100% ->
1925-2704  (150903-151682)   99% ->
2705-3108  (154277-154680)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTGCGGGGCGCCGCGGGAGCGACCGACACCCCGGTGTCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTGCGGGGCGCCGCGGGAGCGACCGACACCCCGGTGTCCTCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGGAGCCCCCGGCGGCTCAGCGTCCTCGTCGTCCACCTCCTCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGGAGCCCCCGGCGGCTCAGCGTCCTCGTCGTCCACCTCCTCGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCGGCCTCGGCGGGCGCGGGGCTGTGGGCCGCGCTCTATGACTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCGGCCTCGGCGGGCGCGGGGCTGTGGGCCGCGCTCTATGACTACGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCGCGGCGAGGACGAGCTGAGCCTGCGGCGCGGCCAGCTGGTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCGCGGCGAGGACGAGCTGAGCCTGCGGCGCGGCCAGCTGGTGGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGTCGCAGGACGCCGCCGTGTCGGGCGACGAGGGCTGGTGGGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGTCGCAGGACGCCGCCGTGTCGGGCGACGAGGGCTGGTGGGCAGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGTGCAGCGGCGCCTCGGCATCTTCCCCGCCAACTACGTGGCTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGTGCAGCGGCGCCTCGGCATCTTCCCCGCCAACTACGTGGCTCCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCCCGGCCGCCAGCCCCGCGCCGCCGCCCTCGCGGCCCAGCTCCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCCCGGCCGCCAGCCCCGCGCCGCCGCCCTCGCGGCCCAGCTCCCCGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACACGTCGCCTTCGAGCGGCTGGAGCTGAAGGAGCTCATCGGCGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACACGTCGCCTTCGAGCGGCTGGAGCTGAAGGAGCTCATCGGCGCTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCTTCGGGCAGGTGTACCGCGCCACCTGGCAGGGCCAGGAGGTGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCTTCGGGCAGGTGTACCGCGCCACCTGGCAGGGCCAGGAGGTGGCCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGGCGGCGCGCCAGGACCCGGAGCAGGACGCGGCGGCGGCTGCCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGGCGGCGCGCCAGGACCCGGAGCAGGACGCGGCGGCGGCTGCCGAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGTGCGGCGCGAGGCTCGGCTCTTCGCCATGCTGCGGCACCCCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGTGCGGCGCGAGGCTCGGCTCTTCGCCATGCTGCGGCACCCCAACATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCGAGCTGCGCGGCGTGTGCCTGCAGCAGCCGCACCTCTGCCTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCGAGCTGCGCGGCGTGTGCCTGCAGCAGCCGCACCTCTGCCTGGTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGTTCGCCCGCGGCGGAGCGCTCAACCGAGCGCTGGCCGCTGCCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGTTCGCCCGCGGCGGAGCGCTCAACCGAGCGCTGGCCGCTGCCAACGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGCCCCGGACCCGCGCGCGCCCGGCCCCCGCCGCGCGCGCCGCATCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGCCCCGGACCCGCGCGCGCCCGGCCCCCGCCGCGCGCGCCGCATCCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGCACGTGCTGGTCAACTGGGCCGTGCAGATAGCGCGGGGCATGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGCACGTGCTGGTCAACTGGGCCGTGCAGATAGCGCGGGGCATGCTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGCATGAGGAGGCCTTCGTGCCCATCCTGCACCGGGACCTCAAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGCATGAGGAGGCCTTCGTGCCCATCCTGCACCGGGACCTCAAGTCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAACA         TTTTGCTACTTGAGAAGATAGAACATGATGACATCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAACAGTA...TAGTTTTGCTACTTGAGAAGATAGAACATGATGACATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCAATAAAACTTTGAAGATTACAGATTTTGGGTTGGCGAGGGAATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118450 GCAATAAAACTTTGAAGATTACAGATTTTGGGTTGGCGAGGGAATGGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGGACCACCAAAATGAGCACAGCAGGCACCTATGCCTGGATGGCCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118500 AGGACCACCAAAATGAGCACAGCAGGCACCTATGCCTGGATGGCCCCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGTGATCAAGTCTTCCTTGTTTTCTAAGGGAAGCGACATCTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118550 AGTGATCAAGTCTTCCTTGTTTTCTAAGGGAAGCGACATCTGGAGGTG..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987     CTATGGAGTGCTGCTGTGGGAACTGCTCACCGGAGAAGTCCCCTAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118600 .TAGCTATGGAGTGCTGCTGTGGGAACTGCTCACCGGAGAAGTCCCCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CGGGGCATTGATGGCCTCGCCGTGGCTTATGGGGTAGCAGTCAATAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125825 CGGGGCATTGATGGCCTCGCCGTGGCTTATGGGGTAGCAGTCAATAAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CACTTTGCCCATTCCATCCACCTGCCCTGAGCCGTTTGCCAAGCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125875 CACTTTGCCCATTCCATCCACCTGCCCTGAGCCGTTTGCCAAGCTCATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AAG         AATGCTGGCAACAAGACCCTCATATTCGTCCATCGTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125925 AAGGTA...TAGAATGCTGGCAACAAGACCCTCATATTCGTCCATCGTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCCTTAATTCTCGAACAGTTGACTGCTATTGAAGGGGCAGTGATGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126846 GCCTTAATTCTCGAACAGTTGACTGCTATTGAAGGGGCAGTGATGACTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GATGCCTCAAGAATCTTTTCATTCCATGCAAGATGACTGGAAACTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126896 GATGCCTCAAGAATCTTTTCATTCCATGCAAGATGACTGGAAACTAGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TTCAACAAATGTTTGATGAGTTGAGAACAAAGGAAAAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 126946 TTCAACAAATGTTTGATGAGTTGAGAACAAAGGAAAAGGTG...CAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTGCGATCCCGGGAAGAGGAGCTGACTCGGGCGGCTCTGCAGCAGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134028 CTGCGATCCCGGGAAGAGGAGCTGACTCGGGCGGCTCTGCAGCAGAAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TCAGGAGGAGCTGCTAAAGCGGCGTGAGCAGCAGCTGGCAGAGCGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134078 TCAGGAGGAGCTGCTAAAGCGGCGTGAGCAGCAGCTGGCAGAGCGCGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TCGACGTGCTGGAGCGGGAACTTAACATTCTGATATTCCAGCTAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134128 TCGACGTGCTGGAGCGGGAACTTAACATTCTGATATTCCAGCTAAACCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GAGAAGCCCAAGGTAAAGAAGAGGAAGGGCAAGTTTAAGAGAAGTCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134178 GAGAAGCCCAAGGTAAAGAAGAGGAAGGGCAAGTTTAAGAGAAGTCGTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 AAAGCTCAAAGATGGACATCGAATCAGTTTACCTTCAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134228 AAAGCTCAAAGATGGACATCGAATCAGTTTACCTTCAGGTA...CAGATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TCCAGCACAAGATAACCGTGCAGGCCTCTCCCAACTTGGACAAACGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144013 TCCAGCACAAGATAACCGTGCAGGCCTCTCCCAACTTGGACAAACGGCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 AGCCTGAACAGCAGCAGTTCCAGTCCCCCGAGCAGCCCCACAATGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144063 AGCCTGAACAGCAGCAGTTCCAGTCCCCCGAGCAGCCCCACAATGATGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCGACTCCGAGCCATACAGT         TGACTTCAGATGAAAGCAATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 144113 CCGACTCCGAGCCATACAGTGTG...TAGTGACTTCAGATGAAAGCAATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AAACTTGGGGAAGGAACACAGTCTTTCGACAAGAAGAATTTGAGGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147909 AAACTTGGGGAAGGAACACAGTCTTTCGACAAGAAGAATTTGAGGATGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AAAAGGAATTTTAAGAAAAAAGGTTGTACCTGGGGACCAAATTCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147959 AAAAGGAATTTTAAGAAAAAAGGTTGTACCTGGGGACCAAATTCCATTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 AATGAAAGATAGAACAGATTGCAAAGAAAG         GATAAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 148009 AATGAAAGATAGAACAGATTGCAAAGAAAGGTA...TAGGATAAGACCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TCTCCGATGGCAACAGTCCTTGGTCAACTATCTTAATAAAAAATCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148413 TCTCCGATGGCAACAGTCCTTGGTCAACTATCTTAATAAAAAATCAGAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 ACCATGCCCTTGGCTTCATTGTTTGTGGACCAGCCAG         GGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 148463 ACCATGCCCTTGGCTTCATTGTTTGTGGACCAGCCAGGTA...TAGGGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CTGTGAAGAGCCAAAACTTTCCCCTGATGGATTAGAACACAGAAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150907 CTGTGAAGAGCCAAAACTTTCCCCTGATGGATTAGAACACAGAAAACCAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 AACAAATAAAATTGCCTAGTCAGGCCTACATTGATCTACCTCTTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150957 AACAAATAAAATTGCCTAGTCAGGCCTACATTGATCTACCTCTTGGGAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 GATGCTCAGAGAGAGAATCCTGCAGAAGCTGAAAGCTGGGAGGAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151007 GATGCTCAGAGAGAGAATCCTGCAGAAGCTGAAAGCTGGGAGGAGGCAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 CTCTGCGAATGCTGCCACAGTCTCCATTGAGATGACTCCTACGAATAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151057 CTCTGCGAATGCTGCCACAGTCTCCATTGAGATGACTCCTACGAATAGTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 TGAGTAGATCCCCCCAGAGAAAGAAAACGGAGTCAGCTCTGTATGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151107 TGAGTAGATCCCCCCAGAGAAAGAAAACGGAGTCAGCTCTGTATGGGTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 ACCATCCTTCTGGCATCGGTGGCTCTGGGACTGGACCTCAGAGATCTTCA
        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 151157 ACCGTCCTTCTGGCATCGGTGGCTCTGGGACTGGACCTCAGAGAGCTTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 TAAAGCACAGGCTGCTGAAGAACCGTTGCCCAAGGAAGAGAAGAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151207 TAAAGCACAGGCTGCTGAAGAACCGTTGCCCAAGGAAGAGAAGAAGAAAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 GAGAGGGAATCTTCCAGCGGGCTTCCAAGTCCCGCAGAAGTGCCAGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 151257 GAGAGGGAATCTTCCAGCGGGCTTCCAAGTCCCGCAGAAGCGCCAGTCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 CCCACAAGCCTGCCATCCACCGGTGGGGAGGCCAGCAGCCCACCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 151307 CCCACAAGCCTGCCATCCACCTGTGGGGAGGCCAGCAGCCCACCCTCCCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 GCCACTGTCAAGTGCCCTGGGCATCCTCTCCACACCTTCTTTCTCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151357 GCCACTGTCAAGTGCCCTGGGCATCCTCTCCACACCTTCTTTCTCCACAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2429 AGTGCCTGCTGCAGATGGACAGTGAAGATCCACTGGTGGACAGTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151407 AGTGCCTGCTGCAGATGGACAGTGAAGATCCACTGGTGGACAGTGCACCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2479 GTCACTTGTGACTCTGAGATGCTCACTCCGGATTTTTGTCCCACTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151457 GTCACTTGTGACTCTGAGATGCTCACTCCGGATTTTTGTCCCACTGCCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2529 AGGAAGTGGTCGTGAGCCAGCCCTCATGCCAAGACTTGACACTGATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151507 AGGAAGTGGTCGTGAGCCAGCCCTCATGCCAAGACTTGACACTGATTGTA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2579 GTGTATCAAGAAACTTGCCGTCTTCCTTCCTACAGCAGACATGTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151557 GTGTATCAAGAAACTTGCCGTCTTCCTTCCTACAGCAGACATGTGGGAAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 GTACCTTACTGTGCTTCTTCAAAACATAGACCGTCACATCACAGACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151607 GTACCTTACTGTGCTTCTTCAAAACATAGACCGTCACATCACAGACGGAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2679 CATGTCTGATGGAAATCCGACCCCAA         CTGGTGCAACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 151657 CATGTCTGATGGAAATCCGACCCCAAGTA...CAGCTGGTGCAACTATTA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2720 TCTCAGCCACTGGAGCCTCTGCACTGCCACTCTGCCCCTCACCTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154292 TCTCAGCCACTGGAGCCTCTGCACTGCCACTCTGCCCCTCACCTGCTCCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2770 CACAGTCATCTGCCAAGGGAGGTCTCACCCAAGAAGCACAGCACTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154342 CACAGTCATCTGCCAAGGGAGGTCTCACCCAAGAAGCACAGCACTGTCCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2820 CATCGTGCCTCAGCGTCGCCCTGCCTCCCTGAGAAGCCGCTCAGATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154392 CATCGTGCCTCAGCGTCGCCCTGCCTCCCTGAGAAGCCGCTCAGATCTGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2870 CTCAGGCTTACCCACAGACAGCAGTGTCTCAGCTGGCACAGACTGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154442 CTCAGGCTTACCCACAGACAGCAGTGTCTCAGCTGGCACAGACTGCCTGT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2920 GTAGTGGGTCGCCCAGGACCACATCCCACCCAATTCCTCGCTGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154492 GTAGTGGGTCGCCCAGGACCACATCCCACCCAATTCCTCGCTGCCAAGGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2970 GAGAACTAAATCCCATGTGCCTTCATTACTGGATGCTGACGTGGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154542 GAGAACTAAATCCCATGTGCCTTCATTACTGGATGCTGACGTGGAAGGTC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3020 AGAGCAGGGACTACACTGTGCCACTGTGCAGAATGAGGAGCAAAACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154592 AGAGCAGGGACTACACTGTGCCACTGTGCAGAATGAGGAGCAAAACCAGC

   3150     .    :    .    :    .    :    .
   3070 CGGCCATCTATATATGAACTGGAGAAAGAATTCCTGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154642 CGGCCATCTATATATGAACTGGAGAAAGAATTCCTGTCT