seq1 = pF1KE3345.tfa, 3057 bp
seq2 = pF1KE3345/gi568815591f_23610286.tfa (gi568815591f:23610286_23932363), 322078 bp

>pF1KE3345 3057
>gi568815591f:23610286_23932363 (Chr7)

1-50  (100001-100050)   100% ->
51-97  (101814-101860)   97% ->
98-150  (101949-102001)   100% ->
151-249  (107196-107294)   100% ->
250-324  (116956-117030)   100% ->
325-483  (118806-118964)   100% ->
484-842  (125253-125611)   100% ->
843-1017  (126619-126793)   100% ->
1018-1133  (142432-142547)   100% ->
1134-1293  (144030-144189)   100% ->
1294-1416  (152516-152638)   100% ->
1417-1596  (158710-158889)   100% ->
1597-1713  (159355-159471)   100% ->
1714-1833  (160720-160839)   100% ->
1834-1965  (161862-161993)   100% ->
1966-2067  (171134-171235)   100% ->
2068-2148  (173298-173378)   100% ->
2149-2274  (175193-175318)   100% ->
2275-2400  (176223-176348)   100% ->
2401-2487  (176553-176639)   100% ->
2488-2637  (177695-177844)   100% ->
2638-2760  (180539-180661)   100% ->
2761-2829  (204859-204927)   100% ->
2830-3057  (221851-222078)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGTCCAGGGTCACTCTTCTAGAGCTTCCGCAACGGAAAGTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGTCCAGGGTCACTCTTCTAGAGCTTCCGCAACGGAAAGTGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51          TTTTTCAGGAATTGTTCAGATGGATGAAGATACACATTACG
        >>>...>>>|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100051 GTC...TAGTTTTTCAGGAATTGTTCAAATGGATGAAGATACACATTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAAAG         TGGAAGATGTGGTTGGAAGTCACATAGAAGATGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101855 ATAAAGGTA...TAGTGGAAGATGTGGTTGGAAGTCACATAGAAGATGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTAACATTTTGGGCCCAG         AGTATCAATAGAAATAAGGATAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101984 GTAACATTTTGGGCCCAGGTA...TAGAGTATCAATAGAAATAAGGATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CATGAAGATTGGTTGCTCACTGTCTGAAGTTTGCCCCCAGGCCAGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107219 CATGAAGATTGGTTGCTCACTGTCTGAAGTTTGCCCCCAGGCCAGTTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTTTGGGGAATCTTGACCCAAACAAG         ATTTATGGTGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107269 TTTTGGGGAATCTTGACCCAAACAAGGTG...TAGATTTATGGTGGATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTTTCTGAAGATCAGTGTTGGTACAGATGCAAAGTACTGAAAATCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116971 TTTTCTGAAGATCAGTGTTGGTACAGATGCAAAGTACTGAAAATCATCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGTTGAAAAG         TGTCTGGTGAGGTACATTGACTATGGAAATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117021 CGTTGAAAAGGCA...CAGTGTCTGGTGAGGTACATTGACTATGGAAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CTGAAATTCTAAATCGATCTGATATAGTTGAAATTCCTTTGGAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118837 CTGAAATTCTAAATCGATCTGATATAGTTGAAATTCCTTTGGAGCTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTTTCTAGTGTTGCCAAAAAGTATAAACTTTGGGGACTACACATTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118887 TTTTCTAGTGTTGCCAAAAAGTATAAACTTTGGGGACTACACATTCCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGATCAAGAAGTTACCCAGTTTGATCAG         GGCACAACCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118937 TGATCAAGAAGTTACCCAGTTTGATCAGGCA...TAGGGCACAACCTTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGGGAGCTTGATTTTTGAAAAGGAAATAAAAATGAGAATTAAAGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125266 TGGGGAGCTTGATTTTTGAAAAGGAAATAAAAATGAGAATTAAAGCAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCTGAAGATGGAACAGTTATTGCTCAGGCTGAGTATGGCAGTGTGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125316 TCTGAAGATGGAACAGTTATTGCTCAGGCTGAGTATGGCAGTGTGGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGGGGAAGAGGTGCTTAAGAAAGGATTTGCAGAGAAATGCAGACTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125366 AGGGGAAGAGGTGCTTAAGAAAGGATTTGCAGAGAAATGCAGACTTGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCAGAACTGACATCTGTGAGGAAAAAAAATTGGATCCTGGTCAACTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125416 CCAGAACTGACATCTGTGAGGAAAAAAAATTGGATCCTGGTCAACTTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCAGGAACCTCAAAAGCCCCATTCCTTTGTGGGGGCATAGATCAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125466 CTCAGGAACCTCAAAAGCCCCATTCCTTTGTGGGGGCATAGATCAAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTCAACCTTCAGCAGGCCCAAGGGGCACTTAAGTGAGAAAATGACTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125516 GTCAACCTTCAGCAGGCCCAAGGGGCACTTAAGTGAGAAAATGACTCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTTGAAGGATGAAAATGATGCAGGCAATCTTATAACATTTCCAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 125566 ACTTGAAGGATGAAAATGATGCAGGCAATCTTATAACATTTCCAAAGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843      GGAAAGTTTGGCTGTTGGTGACTTTAATTTAGGGTCTAACGTCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125616 ..TAGGGAAAGTTTGGCTGTTGGTGACTTTAATTTAGGGTCTAACGTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTGGAAAAAATTAAGCAGGACCAGAAACTGATTGAAGAAAATGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126664 CCTGGAAAAAATTAAGCAGGACCAGAAACTGATTGAAGAAAATGAAAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTAAAACAGAGAAGGACGCTCTTCTTGAAAGTTATAAGGCGTTAGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126714 TTAAAACAGAGAAGGACGCTCTTCTTGAAAGTTATAAGGCGTTAGAATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAAGTAGAGCAGATTGCCCAGGAGCTGCAG         CAAGAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 126764 AAAGTAGAGCAGATTGCCCAGGAGCTGCAGGTA...CAGCAAGAGAAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGCTGCTGTGGATTTGACTAACCACTTAGAATACACTCTGAAGACCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142443 AGCTGCTGTGGATTTGACTAACCACTTAGAATACACTCTGAAGACCTATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TAGATACCAGAATGAAAAATCTGGCAGCTAAGATGGAAATACTGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142493 TAGATACCAGAATGAAAAATCTGGCAGCTAAGATGGAAATACTGAAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGAG         GCATGTCGACATCAGTGTCCGTTTCGGAAAAGACCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142543 ATGAGGTA...TAGGCATGTCGACATCAGTGTCCGTTTCGGAAAAGACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTCAGATGCTATACAAGTGTTGGATGAAGGGTGCTTTACTACTCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144066 TTCAGATGCTATACAAGTGTTGGATGAAGGGTGCTTTACTACTCCAGCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTTTGAATGGATTAGAGATAATATGGGCAGAATACAGTCTGGCTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144116 CTTTGAATGGATTAGAGATAATATGGGCAGAATACAGTCTGGCTCAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AATATTAAAACTTGTGAATATGTG         AGTGAAGGGAATATTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 144166 AATATTAAAACTTGTGAATATGTGGTG...CAGAGTGAAGGGAATATTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GATTGCCCAAAGAAATGAAATGCAGCAGAAGCTGTACATGTCAGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152533 GATTGCCCAAAGAAATGAAATGCAGCAGAAGCTGTACATGTCAGTAGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATTTTATTCTGGAAGTTGATGAGTCATCTCTTAATAAACGCTTAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152583 ATTTTATTCTGGAAGTTGATGAGTCATCTCTTAATAAACGCTTAAAAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTGCAG         GATTTGTCAGTCTCTTTAGAAGCAGTGTATGGACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152633 TTGCAGGTT...CAGGATTTGTCAGTCTCTTTAGAAGCAGTGTATGGACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGCCAAAGAAGGAGCAAATTCTGATGAAATACTTAAAAAATTTTATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158745 AGCCAAAGAAGGAGCAAATTCTGATGAAATACTTAAAAAATTTTATGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGAAGTGTGATAAAAGAGAGGAGTTCACCAGTGTTAGAAGTGAAACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158795 GGAAGTGTGATAAAAGAGAGGAGTTCACCAGTGTTAGAAGTGAAACAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCTTCTCTGCACCGTCTTGTAGCATGGTTCCAAAGAACCTTAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 158845 GCTTCTCTGCACCGTCTTGTAGCATGGTTCCAAAGAACCTTAAAGGTA..

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597     GTTTTTGACCTATCTGTGGAAGGATCACTGATTTCAGAAGACGCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158895 .GAGGTTTTTGACCTATCTGTGGAAGGATCACTGATTTCAGAAGACGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGATAATATTGATGAAATCCTAGAGAAGACTGAGTCAAGTGTCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159401 TGGATAATATTGATGAAATCCTAGAGAAGACTGAGTCAAGTGTCTGCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGCTGGAGATAGCTCTGGTT         GATCAAGGTGATGCAGACAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 159451 GAGCTGGAGATAGCTCTGGTTGTG...TAGGATCAAGGTGATGCAGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GGAGATAATTTCAAATACATATAGTCAAGTACTGCAAAAGATTCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160740 GGAGATAATTTCAAATACATATAGTCAAGTACTGCAAAAGATTCATTCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AGGAAAGGCTCATTGCCACAGTACAAGCTAAGTACAAGGACAGTATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160790 AGGAAAGGCTCATTGCCACAGTACAAGCTAAGTACAAGGACAGTATTGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834          TTTAAAAAGCAGCTTATTGAATATTTAAATAAGAGTCCCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160840 GTT...TAGTTTAAAAAGCAGCTTATTGAATATTTAAATAAGAGTCCCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGTGGATCACTTGCTATCCATTAAGAAGACATTGAAAAGCTTAAAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161903 TGTGGATCACTTGCTATCCATTAAGAAGACATTGAAAAGCTTAAAAGCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TACTCAGATGGAAATTGGTTGAAAAGAGTAATTTGGAAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 161953 TACTCAGATGGAAATTGGTTGAAAAGAGTAATTTGGAAGAGGTA...AAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TCAGATGATCCTGATGGCTCTCAAATTGAGAAAATAAAAGAAGAAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171134 TCAGATGATCCTGATGGCTCTCAAATTGAGAAAATAAAAGAAGAAATAAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TCAGCTGCGCAATAATGTCTTTCAGGAAATTTATCATGAGAGAGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171184 TCAGCTGCGCAATAATGTCTTTCAGGAAATTTATCATGAGAGAGAGGAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AT         GAGATGCTAACTAGTTTGGCACAGAAATGGTTCCCTGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171234 ATGTA...TAGGAGATGCTAACTAGTTTGGCACAGAAATGGTTCCCTGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CTGCCTCTGCTTCATCCTGAAATAGGATTACTCAAATACATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 173337 CTGCCTCTGCTTCATCCTGAAATAGGATTACTCAAATACATGGTA...TA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2149  AACTCTGGTGGTCTCCTTACAATGAGCTTGGAACGAGATCTTCTTGATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175192 GAACTCTGGTGGTCTCCTTACAATGAGCTTGGAACGAGATCTTCTTGATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 CTGAGCCCATGAAGGAACTTAGCAGCAAGCGTCCTTTGGTACGTTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175242 CTGAGCCCATGAAGGAACTTAGCAGCAAGCGTCCTTTGGTACGTTCTGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GTTAATGGGCAGATAATTCTGTTAAAG         GGCTATTCTGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 175292 GTTAATGGGCAGATAATTCTGTTAAAGGTA...AAGGGCTATTCTGTGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 TGTTGACACAGAAGCCAAGGTGATTGAGAGAGCAGCCACCTACCATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176237 TGTTGACACAGAAGCCAAGGTGATTGAGAGAGCAGCCACCTACCATAGAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CTTGGAGAGAAGCTGAAGGAGACTCAGGGTTACTGCCATTGATATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176287 CTTGGAGAGAAGCTGAAGGAGACTCAGGGTTACTGCCATTGATATTCCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 TTTTTATGTAAG         TCTGATCCTATGGCTTATCTGATGGTCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 176337 TTTTTATGTAAGGTA...TAGTCTGATCCTATGGCTTATCTGATGGTCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 ATACTACCCTAGGGCAAACCTGAATGCTGTTCAAGCCAACATGCCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176582 ATACTACCCTAGGGCAAACCTGAATGCTGTTCAAGCCAACATGCCTTTAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 ATTCAGAA         GAAACTTTAAAGGTCATGAAAGGTGTTGCCCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 176632 ATTCAGAAGTA...TAGGAAACTTTAAAGGTCATGAAAGGTGTTGCCCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 GGTCTGCATACATTGCATAAGGCTGACATAATTCATGGATCACTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177728 GGTCTGCATACATTGCATAAGGCTGACATAATTCATGGATCACTTCATCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 GAACAATGTATTTGCTTTAAACCGTGAACAAGGAATTGTTGGAGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177778 GAACAATGTATTTGCTTTAAACCGTGAACAAGGAATTGTTGGAGATTTTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 ACTTCACCAAATCTGTG         AGTCAGCGAGCCTCGGTGAACATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 177828 ACTTCACCAAATCTGTGGTA...CAGAGTCAGCGAGCCTCGGTGAACATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 ATGGTTGGTGACTTGAGTTTGATGTCACCTGAGTTGAAAATGGGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180563 ATGGTTGGTGACTTGAGTTTGATGTCACCTGAGTTGAAAATGGGAAAACC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 TGCTTCTCCAGGTTCAGACTTATATGCTTATGGCTGCCTCTTATTATGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 180613 TGCTTCTCCAGGTTCAGACTTATATGCTTATGGCTGCCTCTTATTATGGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2761         CTTTCTGTTCAAAATCAGGAGTTTGAGATAAATAAAGATGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180663 TA...CAGCTTTCTGTTCAAAATCAGGAGTTTGAGATAAATAAAGATGGA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 ATCCCCAAAGTGGATCAGTTTCATCTG         GATGATAAAGTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 204901 ATCCCCAAAGTGGATCAGTTTCATCTGGTA...CAGGATGATAAAGTCAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844 ATCCCTCCTCTGTAGCTTGATATGTTATAGAAGTTCAATGACTGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221865 ATCCCTCCTCTGTAGCTTGATATGTTATAGAAGTTCAATGACTGCTGAAC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2894 AAGTTTTAAATGCTGAATGTTTCTTGATGCCAAAGGAGCAATCAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221915 AAGTTTTAAATGCTGAATGTTTCTTGATGCCAAAGGAGCAATCAGTTCCA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2944 AACCCAGAAAAAGATACTGAATACACCCTATATAAAAAGGAAGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221965 AACCCAGAAAAAGATACTGAATACACCCTATATAAAAAGGAAGAAGAAAT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2994 AAAGACGGAGAACTTGGATAAATGTATGGAGAAGACAAGAAATGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222015 AAAGACGGAGAACTTGGATAAATGTATGGAGAAGACAAGAAATGGTGAAG

   3250     .    :
   3044 CCAACTTTGATTGT
        ||||||||||||||
 222065 CCAACTTTGATTGT