seq1 = pF1KE3340.tfa, 2952 bp
seq2 = pF1KE3340/gi568815595f_134695632.tfa (gi568815595f:134695632_135359117), 663486 bp

>pF1KE3340 2952
>gi568815595f:134695632_135359117 (Chr3)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-123  (230185-230249)   100% ->
124-805  (255740-256421)   99% ->
806-961  (410817-410972)   100% ->
962-1297  (437083-437418)   100% ->
1298-1422  (458521-458645)   100% ->
1423-1585  (466387-466549)   100% ->
1586-1694  (470337-470445)   100% ->
1695-1759  (471311-471375)   100% ->
1760-1882  (484229-484351)   100% ->
1883-2130  (496945-497192)   100% ->
2131-2346  (505843-506058)   100% ->
2347-2496  (545517-545666)   100% ->
2497-2690  (552685-552878)   100% ->
2691-2846  (553705-553860)   100% ->
2847-2952  (563381-563486)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGGATTATCTACTACTGCTCCTCCTGGCATCCGCAGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTGGATTATCTACTACTGCTCCTCCTGGCATCCGCAGTGGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGGAAG         AAACGTTAATGGACACCAGAACGGCTACTGCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGGAAGGTA...CAGAAACGTTAATGGACACCAGAACGGCTACTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTGGGCTGGACGGCCAATCCTGCGTCCGGG         TGGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 230218 AGCTGGGCTGGACGGCCAATCCTGCGTCCGGGGTG...CAGTGGGAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCAGTGGCTACGATGAAAACCTGAACACCATCCGCACCTACCAGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255749 GTCAGTGGCTACGATGAAAACCTGAACACCATCCGCACCTACCAGGTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATGTCTTCGAGCCCAACCAGAACAATTGGCTGCTCACCACCTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255799 CAATGTCTTCGAGCCCAACCAGAACAATTGGCTGCTCACCACCTTCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCGGCGGGGGGCCCATCGCATCTACACAGAGATGCGCTTCACTGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255849 ACCGGCGGGGGGCCCATCGCATCTACACAGAGATGCGCTTCACTGTGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTGCAGCAGCCTCCCTAATGTCCCAGGATCCTGCAAGGAGACCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255899 GACTGCAGCAGCCTCCCTAATGTCCCAGGATCCTGCAAGGAGACCTTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTGTATTACTATGAGACTGACTCTGTCATTGCCACCAAGAAGTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255949 CTTGTATTACTATGAGACTGACTCTGTCATTGCCACCAAGAAGTCAGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTGGTCTGAGGCCCCCTACCTCAAAGTAGACACCATTGCTGCAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255999 TCTGGTCTGAGGCCCCCTACCTCAAAGTAGACACCATTGCTGCAGATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGTTTCTCCCAGGTGGACTTTGGGGGAAGGCTGATGAAGGTAAACACAGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256049 AGCTTCTCCCAGGTGGACTTTGGGGGAAGGCTGATGAAGGTAAACACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGTCAGGAGCTTTGGGCCTCTTACTCGGAATGGTTTTTACCTCGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256099 AGTCAGGAGCTTTGGGCCTCTTACTCGGAATGGTTTTTACCTCGCTTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGATTATGGAGCCTGTATGTCTCTTCTTTCTGTCCGTGTCTTCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256149 AGGATTATGGAGCCTGTATGTCTCTTCTTTCTGTCCGTGTCTTCTTCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGTGTCCCAGCATTGTGCAAAATTTTGCAGTGTTTCCAGAGACTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256199 AAGTGTCCCAGCATTGTGCAAAATTTTGCAGTGTTTCCAGAGACTATGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGGGGCAGAGAGCACATCTCTGGTGATTGCTCGGGGCACATGCATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256249 AGGGGCAGAGAGCACATCTCTGGTGATTGCTCGGGGCACATGCATCCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATGCAGAGGAAGTGGACGTGCCCATCAAACTCTACTGCAACGGGGATGGG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256299 ACGCAGAGGAAGTGGACGTGCCCATCAAACTCTACTGCAACGGGGATGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAATGGATGGTGCCTATTGGGCGATGCACCTGCAAGCCTGGCTATGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256349 GAATGGATGGTGCCTATTGGGCGATGCACCTGCAAGCCTGGCTATGAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGAGAACAGCGTGGCATGCAAGG         CTTGCCCTGCAGGGACAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 256399 TGAGAACAGCGTGGCATGCAAGGGTA...TAGCTTGCCCTGCAGGGACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCAAGGCCAGCCAGGAAGCTGAAGGCTGCTCCCACTGCCCCTCCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 410835 TCAAGGCCAGCCAGGAAGCTGAAGGCTGCTCCCACTGCCCCTCCAACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGCTCCCCTGCAGAGGCGTCTCCCATCTGCACCTGTCGGACCGGTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 410885 CGCTCCCCTGCAGAGGCGTCTCCCATCTGCACCTGTCGGACCGGTTATTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCGAGCGGACTTTGACCCTCCAGAAGTGGCATGCACTA         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 410935 CCGAGCGGACTTTGACCCTCCAGAAGTGGCATGCACTAGTA...CAGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCCCATCAGGTCCCCGCAATGTTATCTCCATCGTCAATGAGACGTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437086 TCCCATCAGGTCCCCGCAATGTTATCTCCATCGTCAATGAGACGTCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATTCTGGAGTGGCACCCTCCAAGGGAGACAGGTGGGCGGGATGATGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437136 ATTCTGGAGTGGCACCCTCCAAGGGAGACAGGTGGGCGGGATGATGTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTACAACATCATCTGCAAAAAGTGCCGGGCAGACCGCCGGAGCTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437186 CTACAACATCATCTGCAAAAAGTGCCGGGCAGACCGCCGGAGCTGCTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GCTGTGACGACAATGTGGAGTTTGTGCCCAGGCAGCTGGGCCTGACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437236 GCTGTGACGACAATGTGGAGTTTGTGCCCAGGCAGCTGGGCCTGACGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TGCCGCGTCTCCATCAGCAGCCTGTGGGCCCACACCCCCTACACCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437286 TGCCGCGTCTCCATCAGCAGCCTGTGGGCCCACACCCCCTACACCTTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CATCCAGGCCATCAATGGAGTCTCCAGCAAGAGTCCCTTCCCCCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437336 CATCCAGGCCATCAATGGAGTCTCCAGCAAGAGTCCCTTCCCCCCACAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ACGTCTCTGTCAACATCACCACAAACCAAGCCG         CCCCCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 437386 ACGTCTCTGTCAACATCACCACAAACCAAGCCGGTA...CAGCCCCCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ACCGTTCCCATCATGCACCAAGTCAGTGCCACTATGAGGAGCATCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 458529 ACCGTTCCCATCATGCACCAAGTCAGTGCCACTATGAGGAGCATCACCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GTCATGGCCACAGCCGGAGCAGCCCAATGGCATCATCCTGGACTATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 458579 GTCATGGCCACAGCCGGAGCAGCCCAATGGCATCATCCTGGACTATGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TCCGGTACTATGAGAAG         GAACACAATGAGTTCAACTCCTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 458629 TCCGGTACTATGAGAAGGTG...TAGGAACACAATGAGTTCAACTCCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 ATGGCCAGGAGTCAGACCAACACAGCAAGGATTGATGGGCTGCGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 466411 ATGGCCAGGAGTCAGACCAACACAGCAAGGATTGATGGGCTGCGGCCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CATGGTATATGTGGTACAGGTGCGTGCCCGCACTGTTGCTGGCTACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 466461 CATGGTATATGTGGTACAGGTGCGTGCCCGCACTGTTGCTGGCTACGGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AGTTCAGTGGCAAGATGTGCTTCCAGACTCTGACTGACG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 466511 AGTTCAGTGGCAAGATGTGCTTCCAGACTCTGACTGACGGTA...TAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GATTACAAGTCAGAGCTGAGGGAGCAGCTGCCCCTGATTGCTGGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 470339 GATTACAAGTCAGAGCTGAGGGAGCAGCTGCCCCTGATTGCTGGCTCGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AGCGGCCGGGGTCGTGTTCGTTGTGTCCTTGGTGGCCATCTCTATCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 470389 AGCGGCCGGGGTCGTGTTCGTTGTGTCCTTGGTGGCCATCTCTATCGTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GTAGCAG         GAAACGGGCTTATAGCAAAGAGGCTGTGTACAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 470439 GTAGCAGGTA...CAGGAAACGGGCTTATAGCAAAGAGGCTGTGTACAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GATAAGCTCCAGCATTACAGCACAGGCCGAG         GCTCCCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 471345 GATAAGCTCCAGCATTACAGCACAGGCCGAGGTA...AAGGCTCCCCAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GATGAAGATCTACATTGACCCCTTCACTTACGAGGATCCCAACGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 484239 GATGAAGATCTACATTGACCCCTTCACTTACGAGGATCCCAACGAAGCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TCCGGGAGTTTGCCAAGGAGATTGATGTATCTTTTGTGAAAATTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 484289 TCCGGGAGTTTGCCAAGGAGATTGATGTATCTTTTGTGAAAATTGAAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GTCATCGGAGCAG         GGGAGTTTGGAGAAGTGTACAAGGGGCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 484339 GTCATCGGAGCAGGTA...CAGGGGAGTTTGGAGAAGTGTACAAGGGGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TTTGAAACTGCCAGGCAAGAGGGAAATCTACGTGGCCATCAAGACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 496973 TTTGAAACTGCCAGGCAAGAGGGAAATCTACGTGGCCATCAAGACCCTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 AGGCAGGGTACTCGGAGAAGCAGCGTCGGGACTTTCTGAGTGAGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 497023 AGGCAGGGTACTCGGAGAAGCAGCGTCGGGACTTTCTGAGTGAGGCGAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 ATCATGGGCCAGTTCGACCATCCTAACATCATTCGCCTGGAGGGTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 497073 ATCATGGGCCAGTTCGACCATCCTAACATCATTCGCCTGGAGGGTGTGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CACCAAGAGTCGGCCTGTCATGATCATCACAGAGTTCATGGAGAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 497123 CACCAAGAGTCGGCCTGTCATGATCATCACAGAGTTCATGGAGAATGGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 CATTGGATTCTTTCCTCAGG         CAAAATGACGGGCAGTTCACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 497173 CATTGGATTCTTTCCTCAGGGTA...CAGCAAAATGACGGGCAGTTCACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GTGATCCAGCTTGTGGGTATGCTCAGGGGCATCGCTGCTGGCATGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 505864 GTGATCCAGCTTGTGGGTATGCTCAGGGGCATCGCTGCTGGCATGAAGTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CCTGGCTGAGATGAATTATGTGCATCGGGACCTGGCTGCTAGGAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 505914 CCTGGCTGAGATGAATTATGTGCATCGGGACCTGGCTGCTAGGAACATTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TGGTCAACAGTAACCTGGTGTGCAAGGTGTCCGACTTTGGCCTCTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 505964 TGGTCAACAGTAACCTGGTGTGCAAGGTGTCCGACTTTGGCCTCTCCCGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 TACCTCCAGGATGACACCTCAGATCCCACCTACACCAGCTCCTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 506014 TACCTCCAGGATGACACCTCAGATCCCACCTACACCAGCTCCTTGGTG..

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347     GGAGGGAAGATCCCTGTGAGATGGACAGCTCCAGAGGCCATCGCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 506064 .CAGGGAGGGAAGATCCCTGTGAGATGGACAGCTCCAGAGGCCATCGCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 ACCGCAAGTTCACTTCAGCCAGCGACGTTTGGAGCTATGGGATCGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 545563 ACCGCAAGTTCACTTCAGCCAGCGACGTTTGGAGCTATGGGATCGTCATG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 TGGGAAGTCATGTCATTTGGAGAGAGACCCTATTGGGATATGTCCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 545613 TGGGAAGTCATGTCATTTGGAGAGAGACCCTATTGGGATATGTCCAACCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 AGAT         GTCATCAATGCCATCGAGCAGGACTACCGGCTGCCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 545663 AGATGTG...CAGGTCATCAATGCCATCGAGCAGGACTACCGGCTGCCCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 CACCCATGGACTGTCCAGCTGCTCTACACCAGCTCATGCTGGACTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 552722 CACCCATGGACTGTCCAGCTGCTCTACACCAGCTCATGCTGGACTGTTGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 CAGAAGGACCGGAACAGCCGGCCCCGGTTTGCGGAGATTGTCAACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 552772 CAGAAGGACCGGAACAGCCGGCCCCGGTTTGCGGAGATTGTCAACACCCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 AGATAAGATGATCCGGAACCCGGCAAGTCTCAAGACTGTGGCAACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 552822 AGATAAGATGATCCGGAACCCGGCAAGTCTCAAGACTGTGGCAACCATCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 CCGCCGT         GCCTTCCCAGCCCCTGCTCGACCGCTCCATCCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 552872 CCGCCGTGTG...CAGGCCTTCCCAGCCCCTGCTCGACCGCTCCATCCCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 GACTTCACGGCCTTTACCACCGTGGATGACTGGCTCAGCGCCATCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 553739 GACTTCACGGCCTTTACCACCGTGGATGACTGGCTCAGCGCCATCAAAAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 GGTCCAGTACAGGGACAGCTTCCTCACTGCTGGCTTCACCTCCCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 553789 GGTCCAGTACAGGGACAGCTTCCTCACTGCTGGCTTCACCTCCCTCCAGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2825 TGGTCACCCAGATGACATCAGA         AGACCTCCTGAGAATAGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 553839 TGGTCACCCAGATGACATCAGAGTA...TAGAGACCTCCTGAGAATAGGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2866 ATCACCTTGGCAGGCCATCAGAAGAAGATCCTGAACAGCATTCATTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 563400 ATCACCTTGGCAGGCCATCAGAAGAAGATCCTGAACAGCATTCATTCTAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .
   2916 GAGGGTCCAGATAAGTCAGTCACCAACGGCAATGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 563450 GAGGGTCCAGATAAGTCAGTCACCAACGGCAATGGCA