seq1 = pF1KE3338.tfa, 2925 bp
seq2 = pF1KE3338/gi568815589f_101435424.tfa (gi568815589f:101435424_101662419), 226996 bp

>pF1KE3338 2925
>gi568815589f:101435424_101662419 (Chr9)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-297  (104780-104947)   100% ->
298-451  (105067-105220)   98% ->
452-628  (105376-105552)   100% ->
629-747  (109344-109462)   100% ->
748-894  (111397-111543)   100% ->
895-972  (111714-111791)   100% ->
973-1092  (111976-112095)   100% ->
1093-1272  (115183-115362)   100% ->
1273-1408  (116261-116396)   100% ->
1409-1530  (116718-116839)   100% ->
1531-1901  (116960-117330)   100% ->
1902-2019  (118565-118682)   100% ->
2020-2169  (119271-119420)   100% ->
2170-2382  (121961-122173)   100% ->
2383-2508  (125378-125503)   100% ->
2509-2649  (125667-125807)   100% ->
2650-2751  (126487-126588)   100% ->
2752-2925  (126823-126996)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGAATTGGAAATAAAAGAGCAGCTGGAGAACCTGGCACCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGGAATTGGAAATAAAAGAGCAGCTGGAGAACCTGGCACCTCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTCCTGAGAAGAAGGCAGCTGTTGAAGATTCAGGGACCACAGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTCCTGAGAAGAAGGCAGCTGTTGAAGATTCAGGGACCACAGTGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAATTAAGCTAGGAGGTGTCTCTTCAACG         GAGGAACTAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 CAATTAAGCTAGGAGGTGTCTCTTCAACGGTA...CAGGAGGAACTAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTAGAACACTGCAAACCAAAAATCGCAAGCTGGCAGAAATGTTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104792 ATTAGAACACTGCAAACCAAAAATCGCAAGCTGGCAGAAATGTTGGATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGGCAGGCCATTGAAGATGAACTTCGTGAGCACATTGAAAAACTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104842 GCGGCAGGCCATTGAAGATGAACTTCGTGAGCACATTGAAAAACTGGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACGACAGGCCACTGATGATGCCTCACTATTGATTGTCAACCGATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104892 GACGACAGGCCACTGATGATGCCTCACTATTGATTGTCAACCGATACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGTCAG         TTTGATGAAAACATCCGTATCATCCTTAAACGTTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104942 AGTCAGGTA...CAGTTTGATGAAAACATCCGTATCATCCTTAAACGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGATCTGGAGCAGGGCTTGGGAGACCTACTCACAGAACGAAAAGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105102 TGATCTGGAGCAGGGCTTGGGAGACCTACTCACAGAACGAAAAGCCCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGTGCCTGAACCAGAACCAGACTCTGATAGCAATCAGGAGCGTAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105152 TTGTGCCTGAACCAGAACCAGACTCTGATAGCAATCAGGAGCGTAAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACCGAGAGAGAGGGGAAG          GGCAAGAGCCAGCTTTCTCTT
        |||||||||||||| -|||->>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105202 GACCGAGAGAGAGGC AAGTGTT...AAGGGCAAGAGCCAGCTTTCTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 TCCTTGCTACTTTGGCCAGCAGTTCCAGTGAAGAGATGGAGTCTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105397 TCCTTGCTACTTTGGCCAGCAGTTCCAGTGAAGAGATGGAGTCTCAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 CAGGAACGTGTGGAGTCTTCCCGCCGAGCCGTGTCCCAGATTGTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105447 CAGGAACGTGTGGAGTCTTCCCGCCGAGCCGTGTCCCAGATTGTGACTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 TTATGATAAATTGCAAGAAAAAGTGGAGCTCTTATCCCGGAAGCTAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105497 TTATGATAAATTGCAAGAAAAAGTGGAGCTCTTATCCCGGAAGCTAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 GTGGAG         ATAATCTGATAGTGGAGGAAGCAGTGCAGGAGCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105547 GTGGAGGTG...CAGATAATCTGATAGTGGAGGAAGCAGTGCAGGAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 AACTCTTTCCTCGCACAGGAGAATATGAGGCTACAGGAATTGACAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109379 AACTCTTTCCTCGCACAGGAGAATATGAGGCTACAGGAATTGACAGATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 TCTTCAGGAAAAGCATCGCACCATGTCTCAGGAG         TTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109429 TCTTCAGGAAAAGCATCGCACCATGTCTCAGGAGGTA...TAGTTCTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 AGTTGCAGAGTAAAGTGGAGACAGCCGAATCACGAGTGTCTGTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111404 AGTTGCAGAGTAAAGTGGAGACAGCCGAATCACGAGTGTCTGTCCTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 TCCATGATTGATGACCTGCAGTGGGATATTGACAAAATTCGAAAGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111454 TCCATGATTGATGACCTGCAGTGGGATATTGACAAAATTCGAAAGAGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 ACAGCGACTCAACCGACACTTAGCAGAAGTCCTAGAACGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111504 ACAGCGACTCAACCGACACTTAGCAGAAGTCCTAGAACGGGTC...TAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TGAATTCCAAAGGTTATAAGGTGTATGGAGCGGGGAGCAGTCTGTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111715 TGAATTCCAAAGGTTATAAGGTGTATGGAGCGGGGAGCAGTCTGTATGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 GGCACAATCACTATCAATGCTCGGAAG         TTTGAGGAAATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 111765 GGCACAATCACTATCAATGCTCGGAAGGTA...CAGTTTGAGGAAATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 TGCAGAGCTTGAGGAGAACAAAGAGTTGGCTCAGAACCGTCTCTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111990 TGCAGAGCTTGAGGAGAACAAAGAGTTGGCTCAGAACCGTCTCTGTGAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 TGGAGAAACTTCGGCAAGACTTTGAGGAGGTCACTACACAAAATGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112040 TGGAGAAACTTCGGCAAGACTTTGAGGAGGTCACTACACAAAATGAAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 CTGAAG         GTGGAATTGCGGAGTGCAGTGGAGCAAGTCGTTAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112090 CTGAAGGTA...AAGGTGGAATTGCGGAGTGCAGTGGAGCAAGTCGTTAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 GGAAACTCCAGAATATCGCTGCATGCAGTCACAGTTCTCCGTCTTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115218 GGAAACTCCAGAATATCGCTGCATGCAGTCACAGTTCTCCGTCTTGTATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 ATGAGAGCCTACAGTTGAAAGCACACTTGGATGAGGCTCGGACCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115268 ATGAGAGCCTACAGTTGAAAGCACACTTGGATGAGGCTCGGACCCTGCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228 CATGGCACCAGAGGAACCCACCAGCACCAGGTTGAGCTTATTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115318 CATGGCACCAGAGGAACCCACCAGCACCAGGTTGAGCTTATTGAGGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1273     CGAGATGAGGTTAGTCTTCATAAGAAGCTGAGGACTGAAGTAATTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115368 .TAGCGAGATGAGGTTAGTCTTCATAAGAAGCTGAGGACTGAAGTAATTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319 AGCTAGAAGATACATTGGCCCAGGTCCGCAAGGAGTATGAAATGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116307 AGCTAGAAGATACATTGGCCCAGGTCCGCAAGGAGTATGAAATGCTGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369 ATAGAATTTGAGCAGACCCTTGCTGCCAATGAACAAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 116357 ATAGAATTTGAGCAGACCCTTGCTGCCAATGAACAAGCAGGTA...AAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1410 CCCTATAAACAGGGAGATGCGCCACCTCATCAGTAGCCTCCAGAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116719 CCCTATAAACAGGGAGATGCGCCACCTCATCAGTAGCCTCCAGAATCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460 ATCACCAGCTGAAAGGGGAGGTCCTGAGATATAAGCGGAAATTGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116769 ATCACCAGCTGAAAGGGGAGGTCCTGAGATATAAGCGGAAATTGAGAGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1510 GCCCAGTCTGACCTGAACAAG         ACACGCCTGCGTAGTGGTAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116819 GCCCAGTCTGACCTGAACAAGGTA...CAGACACGCCTGCGTAGTGGTAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TGCCCTCCTGCAGTCCCAGTCTAGTACTGAGGACCCGAAGGATGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116980 TGCCCTCCTGCAGTCCCAGTCTAGTACTGAGGACCCGAAGGATGAGCCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CGGAGCTAAAACCAGATTCTGAGGACTTATCCTCCCAGTCCTCAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117030 CGGAGCTAAAACCAGATTCTGAGGACTTATCCTCCCAGTCCTCAGCTTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AAGGCATCTCAGGAGGATGCCAATGAAATCAAGTCTAAACGGGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117080 AAGGCATCTCAGGAGGATGCCAATGAAATCAAGTCTAAACGGGATGAAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 AGAACGAGAACGAGAAAGGAGGGAGAAGGAGAGGGAACGAGAAAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117130 AGAACGAGAACGAGAAAGGAGGGAGAAGGAGAGGGAACGAGAAAGAGAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 GGGAGAAGGAGAAGGAGAGAGAACGAGAGAAGCAGAAGCTAAAAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117180 GGGAGAAGGAGAAGGAGAGAGAACGAGAGAAGCAGAAGCTAAAAGAGTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GAAAAAGAGAGAGATTCTGCTAAGGATAAAGAGAAAGGCAAACATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117230 GAAAAAGAGAGAGATTCTGCTAAGGATAAAGAGAAAGGCAAACATGATGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 TGGACGGAAAAAGGAAGCAGAAATTATCAAACAATTGAAGATTGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117280 TGGACGGAAAAAGGAAGCAGAAATTATCAAACAATTGAAGATTGAACTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 A         GAAGGCACAGGAGAGCCAAAAGGAGATGAAACTATTGCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117330 AGTA...TAGGAAGGCACAGGAGAGCCAAAAGGAGATGAAACTATTGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 GATATGTACCGTTCTGCCCCAAAGGAACAGAGAGACAAAGTTCAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118605 GATATGTACCGTTCTGCCCCAAAGGAACAGAGAGACAAAGTTCAGCTGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 GGCAGCTGAGAAGAAGTCTAAGGCAGAG         TTGGAAGATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118655 GGCAGCTGAGAAGAAGTCTAAGGCAGAGGTA...TAGTTGGAAGATCTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 GGCAAAGACTCAAGGATCTGGAAGATAAAGAGAAGAAAGAGAACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119284 GGCAAAGACTCAAGGATCTGGAAGATAAAGAGAAGAAAGAGAACAAGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 ATGGCTGATGAGGATGCCTTGAGGAAGATCCGGGCAGTGGAGGAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119334 ATGGCTGATGAGGATGCCTTGAGGAAGATCCGGGCAGTGGAGGAGCAGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 AGAATACCTACAGAAGAAGCTAGCCATGGCCAAGCAG         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119384 AGAATACCTACAGAAGAAGCTAGCCATGGCCAAGCAGGTG...TAGGAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 AAGAAGCACTCCTCTCTGAAATGGATGTCACAGGCCAGGCCTTTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121965 AAGAAGCACTCCTCTCTGAAATGGATGTCACAGGCCAGGCCTTTGAAGAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 ATGCAGGAGCAAAATATCCGTTTGATGCAGCAATTGCGGGAGAAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122015 ATGCAGGAGCAAAATATCCGTTTGATGCAGCAATTGCGGGAGAAGGATGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 TGCAAATTTCAAGCTCATGTCAGAGCGTATCAAGTCCAATCAGATCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122065 TGCAAATTTCAAGCTCATGTCAGAGCGTATCAAGTCCAATCAGATCCATA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2324 AGTTGCTTAAAGAAGAGAAGGAGGAGCTGGCAGACCAGGTGTTGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122115 AGTTGCTTAAAGAAGAGAAGGAGGAGCTGGCAGACCAGGTGTTGACTCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2374 AAGACTCAG         GTTGATGCCCAGCTACAGGTAGTAAGGAAACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 122165 AAGACTCAGGTA...AAGGTTGATGCCCAGCTACAGGTAGTAAGGAAACT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415 GGAAGAGAAGGAGCATCTGTTACAGAGCAACATTGGCACAGGGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125410 GGAAGAGAAGGAGCATCTGTTACAGAGCAACATTGGCACAGGGGAGAAAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2465 AGCTGGGTCTTAGGACCCAAGCCTTAGAGATGAATAAACGCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125460 AGCTGGGTCTTAGGACCCAAGCCTTAGAGATGAATAAACGCAAGGTA...

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2509    GCAATGGAGGCAGCCCAGCTTGCAGATGACCTCAAAGCACAACTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125664 TAGGCAATGGAGGCAGCCCAGCTTGCAGATGACCTCAAAGCACAACTGGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2556 GTTGGCTCAGAAGAAGCTACATGATTTTCAGGATGAGATCGTGGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125714 GTTGGCTCAGAAGAAGCTACATGATTTTCAGGATGAGATCGTGGAGAACA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2606 GTGTTACCAAAGAAAAGGACATGTTCAATTTCAAACGAGCCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125764 GTGTTACCAAAGAAAAGGACATGTTCAATTTCAAACGAGCCCAGGTA...

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2650    GAGGACATCTCTAGACTTCGCAGGAAGCTGGAGACCACAAAGAAACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126484 CAGGAGGACATCTCTAGACTTCGCAGGAAGCTGGAGACCACAAAGAAACC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2697 AGACAATGTACCCAAGTGTGATGAGATTCTGATGGAAGAGATTAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126534 AGACAATGTACCCAAGTGTGATGAGATTCTGATGGAAGAGATTAAGGATT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2747 ACAAG         GCACGCTTGACCTGTCCGTGCTGTAACATGCGTAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126584 ACAAGGTT...TAGGCACGCTTGACCTGTCCGTGCTGTAACATGCGTAAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2788 AAGGATGCTGTTCTTACTAAGTGTTTTCATGTCTTCTGCTTTGAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126859 AAGGATGCTGTTCTTACTAAGTGTTTTCATGTCTTCTGCTTTGAGTGTGT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2838 GAAGACACGCTATGACACCCGCCAGCGCAAATGTCCCAAGTGTAATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126909 GAAGACACGCTATGACACCCGCCAGCGCAAATGTCCCAAGTGTAATGCTG

   3050     .    :    .    :    .    :    .
   2888 CTTTTGGTGCCAATGATTTTCATCGCATCTACATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126959 CTTTTGGTGCCAATGATTTTCATCGCATCTACATTGGT