seq1 = pF1KE3333.tfa, 2901 bp
seq2 = pF1KE3333/gi568815582r_25139819.tfa (gi568815582r:25139819_25357127), 217309 bp

>pF1KE3333 2901
>gi568815582r:25139819_25357127 (Chr16)

(complement)

1-399  (100001-100399)   100% ->
400-586  (101736-101922)   100% ->
587-678  (104091-104182)   100% ->
679-805  (105093-105219)   100% ->
806-1489  (109738-110421)   100% ->
1490-1981  (112852-113343)   99% ->
1982-2901  (116390-117309)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTCGCCCTCGACTCTCAGATCGACGCGCCCCTGGAGGTTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTCGCCCTCGACTCTCAGATCGACGCGCCCCTGGAGGTTGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGCCTAATAATGAAGGTGGAAAAGGACCCTGAGTGGGCATCAGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGCCTAATAATGAAGGTGGAAAAGGACCCTGAGTGGGCATCAGAGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGGAAGGATCGGATAGCTCTGAGACCTTCCGCAAATGCTTCAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTGGAAGGATCGGATAGCTCTGAGACCTTCCGCAAATGCTTCAGGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTGTTATGAGGATGTGACTGGACCCCATGAAGCTTTCAGTAAACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCTGTTATGAGGATGTGACTGGACCCCATGAAGCTTTCAGTAAACTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAACTTTGCTGCCGGTGGCTGAAGCCAGAAATGCGTTCCAAGGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAACTTTGCTGCCGGTGGCTGAAGCCAGAAATGCGTTCCAAGGAGCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TACTTGAGCTGCTGGTGATTGAGCAGTTTCTCACCATTTTACCCGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TACTTGAGCTGCTGGTGATTGAGCAGTTTCTCACCATTTTACCCGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTCAGGCTTGGGCACAGAAGCAGTGTCCGCAAAGTGGAGAGGAAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTCAGGCTTGGGCACAGAAGCAGTGTCCGCAAAGTGGAGAGGAAGCGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCCTGGTAGTGCATTTGGAGAAAGAGACTGGAAGACTAAGACAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100351 GGCCCTGGTAGTGCATTTGGAGAAAGAGACTGGAAGACTAAGACAGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400         GTCAGCAGTCCCGTGCACCGGGAGAAGCACTCCCCACTTGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TG...CAGGTCAGCAGTCCCGTGCACCGGGAGAAGCACTCCCCACTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCAGCGTGGGAGGTGGCAGACTTCCAGCCAGAGCAGGTGGAGACCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101778 GCAGCGTGGGAGGTGGCAGACTTCCAGCCAGAGCAGGTGGAGACCCAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGGGCGGTGTCTCGGGAGGAACCTGGAAGCCTCCACTCAGGACACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101828 CAGGGCGGTGTCTCGGGAGGAACCTGGAAGCCTCCACTCAGGACACCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AACAGCTGAACCGAAAGCGAGAACGTCGGCCCTTACCCAAGAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101878 AACAGCTGAACCGAAAGCGAGAACGTCGGCCCTTACCCAAGAATGGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587     CTCGGCCTTCTCCCTGGGTTCCTGCCCTTGCTGATGAATGGAATAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101928 .CAGCTCGGCCTTCTCCCTGGGTTCCTGCCCTTGCTGATGAATGGAATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTAGATCAGGAAGTGACAACCACACGGCTTCCTGCTGGGTCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104137 CCTAGATCAGGAAGTGACAACCACACGGCTTCCTGCTGGGTCCCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679      GAACCAGTGAAAGATGTCCACGTGGCCAGAGGCTTTTCCTACAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104187 ..CAGGAACCAGTGAAAGATGTCCACGTGGCCAGAGGCTTTTCCTACAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAGAGTGTGCATCAGATTCCTGCCCAAAGGGACCTCTACCGGGATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105138 AAGAGTGTGCATCAGATTCCTGCCCAAAGGGACCTCTACCGGGATTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAAGGAGAATGTTGGGAACGTGGTCTCCCTGG         GAAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105188 GAAGGAGAATGTTGGGAACGTGGTCTCCCTGGGTA...TAGGAAGTGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGTCTACATCTAACAAGATAACCCGGTTGGAACAGAGAAAGGAGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109747 TGTCTACATCTAACAAGATAACCCGGTTGGAACAGAGAAAGGAGCCATGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACTCTAGGTCTGCATTCCTCTAACAAGAGAAGTATCCTACGAAGCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109797 ACTCTAGGTCTGCATTCCTCTAACAAGAGAAGTATCCTACGAAGCAACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGTCAAGGAAAAGTCAGTTCATGCTATTCAGGTCCCTGCAAGGAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109847 CGTCAAGGAAAAGTCAGTTCATGCTATTCAGGTCCCTGCAAGGAGTGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GAAAAACATGGAGAGAGCAGCAGCAGTGGGGTTTAGAAGATGAAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109897 GAAAAACATGGAGAGAGCAGCAGCAGTGGGGTTTAGAAGATGAAAAGATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCAGGTGTGCATTGGAGCTATGAGGAAACAAAGACTTTCCTGGCAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109947 GCAGGTGTGCATTGGAGCTATGAGGAAACAAAGACTTTCCTGGCAATTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAAAGAGTCTCGCTTTTATGAAACACTTCAGGCCTGTCCCCGAAATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109997 CAAAGAGTCTCGCTTTTATGAAACACTTCAGGCCTGTCCCCGAAATAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAGTGTATGGTGCTGTGGCTGAATGGTTGCGAGAATGTGGCTTCCTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110047 AAGTGTATGGTGCTGTGGCTGAATGGTTGCGAGAATGTGGCTTCCTTAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACCCCAGAACAGTGTCGAACCAAGTTCAAAAGTCTCCAGAAAAGCTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110097 ACCCCAGAACAGTGTCGAACCAAGTTCAAAAGTCTCCAGAAAAGCTATCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AAAGGTGAGAAATGGCCACATGCTAGAACCCTGCGCCTTCTTTGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110147 AAAGGTGAGAAATGGCCACATGCTAGAACCCTGCGCCTTCTTTGAGGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGGATGCTTTGTTGAACCCTGCAGCCCGTGCTCCGTCCACTGATAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110197 TGGATGCTTTGTTGAACCCTGCAGCCCGTGCTCCGTCCACTGATAAACCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AAGGAGATGATACCTGTCCCCAGACTGAAGAGAATTGCCATCAGTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110247 AAGGAGATGATACCTGTCCCCAGACTGAAGAGAATTGCCATCAGTGCTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GGAACACATCAGCTTGGTGGAGGAGGAGGAAGCTGCAGAAGATTCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110297 GGAACACATCAGCTTGGTGGAGGAGGAGGAAGCTGCAGAAGATTCTGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ATGATGAAATAGGCATCGAATTTATCCGCAAGTCTGAAATCCATGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110347 ATGATGAAATAGGCATCGAATTTATCCGCAAGTCTGAAATCCATGGTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCTGTCTTGTTTCAGAATCTCAGTG         GCGTGCACTGGGGCTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110397 CCTGTCTTGTTTCAGAATCTCAGTGGTA...CAGGCGTGCACTGGGGCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 TGAAGAAACCAAGACTTTTCTTGATATCCTCCGTGAGACTCGGTTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112868 TGAAGAAACCAAGACTTTTCTTGATATCCTCCGTGAGACTCGGTTTTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AAGCGCTTCAAGCCTGTCATCGGAAGAGCAAATTGTATGGGGCTGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112918 AAGCGCTTCAAGCCTGTCATCGGAAGAGCAAATTGTATGGGGCTGTAGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GAACAGCTTCGAGAGTGCGGCTTCCTCCGGACACCAGAACAGTGCCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112968 GAACAGCTTCGAGAGTGCGGCTTCCTCCGGACACCAGAACAGTGCCGAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CAAGTTCAAAAGCCTTCAGAAGAGTTACCGCAAGGTGAAAAATGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113018 CAAGTTCAAAAGCCTTCAGAAGAGTTACCGCAAGGTGAAAAATGGCCACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TGCTAGAGTCCTGCGCGTTCTACAAGGAGATGGATGCCCTGATTAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113068 TGCTAGAGTCCTGCGCGTTCTACAAGGAGATGGATGCCCTGATTAACTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CGGGCATCTGCTCCTTCCCCCAGCACCCCAGAGGAAGTCCCATCACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113118 CGGGCATCTGCTCCTTCCCCCAGCACCCCAGAGGAAGTCCCATCACCTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 AAGGCAAGAAAGAGGGGGTATTGAGGTTGAACCCCAGGATCCTACAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 113168 AAGGCAAGAAAGAGGGGGTATTGAGGTTGAACCCCAGGAACCTACAGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 GGGAACCTGAAGAGACCTCACAGGAGGCAGTAATAGAAGACTCTTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113218 GGGAACCTGAAGAGACCTCACAGGAGGCAGTAATAGAAGACTCTTGCAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 GAGAGAATGAGCGAGGAGGAAATTGTGCAAGAGCCAGAGTTCCAGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113268 GAGAGAATGAGCGAGGAGGAAATTGTGCAAGAGCCAGAGTTCCAGGGACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 TCCAGGTCTACTGCAGAGCCCAAATG         ATTTTGAAATCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113318 TCCAGGTCTACTGCAGAGCCCAAATGGTA...CAGATTTTGAAATCGGAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 GTAGCATCAAGGAGGATCCAACACAGATAGTATATAAGGACATGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116405 GTAGCATCAAGGAGGATCCAACACAGATAGTATATAAGGACATGGAACAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 CATAGGGCATTAATAGAAAAGTCTAAAAGAGTTGTTTCCCAGAGTACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116455 CATAGGGCATTAATAGAAAAGTCTAAAAGAGTTGTTTCCCAGAGTACCGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 CCCCAGCAAATATCGCAAAAGGGAATGCATCTCAGGAAGACAATGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116505 CCCCAGCAAATATCGCAAAAGGGAATGCATCTCAGGAAGACAATGGGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 ATCTTCAAGGAATTAGACAGGGAAAGCCGATGTCTCAGCCTAGAGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116555 ATCTTCAAGGAATTAGACAGGGAAAGCCGATGTCTCAGCCTAGAGATTTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 GGGAAAGCCGTTGTGCATCAGAGGCCTTTTGTGGGGAAGAGACCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116605 GGGAAAGCCGTTGTGCATCAGAGGCCTTTTGTGGGGAAGAGACCCTACAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 ACTTCTCAAATATGGAGAAAGCTTTGGAAGGAGCACTCGTCTGATGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116655 ACTTCTCAAATATGGAGAAAGCTTTGGAAGGAGCACTCGTCTGATGTGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 GGATGACCCACCACAAGGAGAATCCTTACAAGTGTGGTGTCTGTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116705 GGATGACCCACCACAAGGAGAATCCTTACAAGTGTGGTGTCTGTGGGAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347 TGCTTTGGTAGAAGCAGGAGCCTGATCAGACACCAAAGAATCCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116755 TGCTTTGGTAGAAGCAGGAGCCTGATCAGACACCAAAGAATCCACACAGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2397 CGAAAAACCTTTTAAATGTCTTGACTGTGGAAAAAGCTTTAATGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116805 CGAAAAACCTTTTAAATGTCTTGACTGTGGAAAAAGCTTTAATGACTCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2447 CAAATTTTGGTGCCCACCAGAGAATCCACACAGGAGAGAAACCCTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116855 CAAATTTTGGTGCCCACCAGAGAATCCACACAGGAGAGAAACCCTACAGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2497 TGCGGAGAGTGTGGAAAATGCTTTAGTCAGAGCTCTAGTCTTATTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116905 TGCGGAGAGTGTGGAAAATGCTTTAGTCAGAGCTCTAGTCTTATTATACA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2547 TCAGAGAACGCACACCGGTGAGAAGCCCTATCAGTGTGGAGAGTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116955 TCAGAGAACGCACACCGGTGAGAAGCCCTATCAGTGTGGAGAGTGTGGGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2597 AAAGTTTCACCAACAGTTCTCATTTCAGCGCCCACCGGAGAGTTCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117005 AAAGTTTCACCAACAGTTCTCATTTCAGCGCCCACCGGAGAGTTCACACT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2647 GGGGAGAATCCCTACAAATGTGTGGACTGTGAAAAAAGTTTCAATAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117055 GGGGAGAATCCCTACAAATGTGTGGACTGTGAAAAAAGTTTCAATAACTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2697 TACGAGATTTCGAGAACATCGGAGAATACACACTGGAGAGAAGCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117105 TACGAGATTTCGAGAACATCGGAGAATACACACTGGAGAGAAGCCCTATG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2747 GATGTGCCCAGTGTGGCAAACGTTTCAGTAAGAGTTCTGTTCTTACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117155 GATGTGCCCAGTGTGGCAAACGTTTCAGTAAGAGTTCTGTTCTTACCAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2797 CATCGGGAAGTTCATGTGAGAGAAAAGCCTCTGCCACACCCTCCATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117205 CATCGGGAAGTTCATGTGAGAGAAAAGCCTCTGCCACACCCTCCATCTCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2847 GTATTGCCCTGAGAACCCACATAAGGGAAAGACTGATGAATTTAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117255 GTATTGCCCTGAGAACCCACATAAGGGAAAGACTGATGAATTTAGGAAAA

   2950     .
   2897 CTTTT
        |||||
 117305 CTTTT