seq1 = pF1KE3323.tfa, 2751 bp
seq2 = pF1KE3323/gi568815577r_32634953.tfa (gi568815577r:32634953_32871668), 236716 bp

>pF1KE3323 2751
>gi568815577r:32634953_32871668 (Chr21)

(complement)

1-343  (100001-100343)   100% ->
344-472  (101727-101855)   100% ->
473-649  (107145-107321)   100% ->
650-871  (109352-109573)   100% ->
872-975  (110507-110610)   100% ->
976-1193  (111675-111892)   100% ->
1194-1383  (112400-112589)   100% ->
1384-1507  (116316-116439)   100% ->
1508-1607  (120451-120550)   100% ->
1608-1723  (120637-120752)   100% ->
1724-1923  (122971-123170)   100% ->
1924-2068  (125951-126095)   100% ->
2069-2190  (126756-126877)   100% ->
2191-2267  (127915-127991)   100% ->
2268-2334  (128355-128421)   100% ->
2335-2481  (133350-133496)   100% ->
2482-2636  (134261-134415)   100% ->
2637-2751  (136602-136716)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCGAAAGGCCCGGCGGGTGAACGTGCGCAAGCGGAACGACTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCGAAAGGCCCGGCGGGTGAACGTGCGCAAGCGGAACGACTCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGGAAGAGCGGGAACGCGATGAGGAGCAGGAGCCGCCGCCGTTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGGAAGAGCGGGAACGCGATGAGGAGCAGGAGCCGCCGCCGTTGTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCGCCGGGCACGGGCGAAGAGGCGGGCCCCGGTGGCGGCGACAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCGCCGGGCACGGGCGAAGAGGCGGGCCCCGGTGGCGGCGACAGGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTGGCGGGGAGTCGCTGCTGGGCCCGGGGCCGTCGCCGCCTTCCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTGGCGGGGAGTCGCTGCTGGGCCCGGGGCCGTCGCCGCCTTCCGCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACCCCGGGCCTCGGGGCTGAGGCCGGGGGCGGCTTCCCCGGCGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACCCCGGGCCTCGGGGCTGAGGCCGGGGGCGGCTTCCCCGGCGGCGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCCCGGCAACGGGCTGAAGCCGCGCAAGAGGCCTCGCGAGAACAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCCCGGCAACGGGCTGAAGCCGCGCAAGAGGCCTCGCGAGAACAAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCCCCGGGCCAGCCTGCTCAGCTTCCAGGACGAGGAGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100301 GTGCCCCGGGCCAGCCTGCTCAGCTTCCAGGACGAGGAGGAAGGTA...A

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    344   AAAATGAAGAAGTTTTCAAAGTGAAGAAATCAAGTTATAGCAAAAAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101725 AGAAAATGAAGAAGTTTTCAAAGTGAAGAAATCAAGTTATAGCAAAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAGTAAAATTGCTCAAGAAGGAATATAAAGAAGATCTTGAAAAATCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101775 TAGTAAAATTGCTCAAGAAGGAATATAAAGAAGATCTTGAAAAATCGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTAAGACAGAACTCAACTCATCAGCTGAAA         GTGAACAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101825 ATTAAGACAGAACTCAACTCATCAGCTGAAAGTA...TAGGTGAACAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTGGACAAAACAGGACATGTTAAGGATACAAATCAAGAAGATGGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107155 TTTGGACAAAACAGGACATGTTAAGGATACAAATCAAGAAGATGGAGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCATCAGTGAACATGGTGAAGATGAAATGGATATGGAAAGTGAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107205 TCATCAGTGAACATGGTGAAGATGAAATGGATATGGAAAGTGAAAAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGAAAAGCCAAAGACTGGTGGAGCTTTTTCAAATGCTTTATCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107255 GAAGAAAAGCCAAAGACTGGTGGAGCTTTTTCAAATGCTTTATCTTCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAATGTTCTTCGTCCAG         GAGAAATTCCAGATGCAGCTTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107305 GAATGTTCTTCGTCCAGGTG...TAGGAGAAATTCCAGATGCAGCTTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TACATGCTGCAAGGAAAAAGCGCCAAATGGCCCGAGAATTGGGAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109376 TACATGCTGCAAGGAAAAAGCGCCAAATGGCCCGAGAATTGGGAGATTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACTCCTCATGATAATGAGCCTGGTAAAGGCCGCCTTGTTAGAGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109426 ACTCCTCATGATAATGAGCCTGGTAAAGGCCGCCTTGTTAGAGAAGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAATGATGCCAGTGATGATGAAGATGACGATGAGAAACGCCGGATAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109476 GAATGATGCCAGTGATGATGAAGATGACGATGAGAAACGCCGGATAGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTTCTGTGAAAGAAAAGTCACAAAGACAAAAAATTGCTGAGGAAATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109526 TTTCTGTGAAAGAAAAGTCACAAAGACAAAAAATTGCTGAGGAAATAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872        GAATTGAGGGGAGTGATGATGATGCTTTAGTAACTGGAGAACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109576 A...TAGGAATTGAGGGGAGTGATGATGATGCTTTAGTAACTGGAGAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGATGAAGAGCTCAGCCGATGGGAACAGGAGCAGATAAGGAAAGGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110550 GGATGAAGAGCTCAGCCGATGGGAACAGGAGCAGATAAGGAAAGGAATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATATCCCTCAG         GTTCAAGCCAGTCAACCCGCAGAAGTGAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110600 ATATCCCTCAGGTA...TAGGTTCAAGCCAGTCAACCCGCAGAAGTGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ATGTACTACCAGAACACTTACCAGACAATGCCTTACGGCTCATCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111705 ATGTACTACCAGAACACTTACCAGACAATGCCTTACGGCTCATCCTATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CATTCCTTATAGTTATACGGCCTATGGATCATCAGATGCCAAATCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111755 CATTCCTTATAGTTATACGGCCTATGGATCATCAGATGCCAAATCTCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAACAGATAATACAGTCCCTTTCAAAACTCCCAGTAATGAGATGACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111805 AAACAGATAATACAGTCCCTTTCAAAACTCCCAGTAATGAGATGACTCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GTTACTATTGATTTGGTAAAGAAACAGCTTAAAGACAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111855 GTTACTATTGATTTGGTAAAGAAACAGCTTAAAGACAGGTA...AAGGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGACTCCATGAAAGAATTGCACAAAACAAATCGACAGCAGCATGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112403 GGACTCCATGAAAGAATTGCACAAAACAAATCGACAGCAGCATGAGAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATCTGCAAAGCCGAGTGGACTCTACCAGGGCTATTGAAAGATTAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112453 ATCTGCAAAGCCGAGTGGACTCTACCAGGGCTATTGAAAGATTAGAAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TCTTCTGGGGGTATTGGTGAACGGTATAAATTTTTGCAAGAAATGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112503 TCTTCTGGGGGTATTGGTGAACGGTATAAATTTTTGCAAGAAATGCGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GTATGTCCAAGACTTGCTTGAGTGTTTCAGTGAAAAG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 112553 GTATGTCCAAGACTTGCTTGAGTGTTTCAGTGAAAAGGTA...CAGGTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CACTGATTAATGAACTTGAATCAGCAATACATCAGCTGTACAAACAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116320 CACTGATTAATGAACTTGAATCAGCAATACATCAGCTGTACAAACAGCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCTTCCCGCCTTGTCCAAAGACGACAAGATGATATTAAAGATGAATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116370 GCTTCCCGCCTTGTCCAAAGACGACAAGATGATATTAAAGATGAATCTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GGAGTTTTCAAGCCATTCAA         ACAAAGCTCTGATGGCACCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116420 GGAGTTTTCAAGCCATTCAAGTC...CAGACAAAGCTCTGATGGCACCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ATCTTGACTCCTTTGGACGCGATCGGGCACTGTATCAAGAGCATGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120472 ATCTTGACTCCTTTGGACGCGATCGGGCACTGTATCAAGAGCATGCAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CGTCGCATTGCAGAGCGGGAGGCCAGGAG         GACTCGTCGTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120522 CGTCGCATTGCAGAGCGGGAGGCCAGGAGGTA...TAGGACTCGTCGTAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 ACAAGCCAGAGAACAAACCGGTAAGATGGCAGATCACCTTGAAGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120649 ACAAGCCAGAGAACAAACCGGTAAGATGGCAGATCACCTTGAAGGCCTTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCAGTGATGATGAAGAAACTTCTACAGATATTACTAATTTCAATCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120699 CCAGTGATGATGAAGAAACTTCTACAGATATTACTAATTTCAATCTGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AAAG         ATCGAATTTCAAAAGAATCCGGCAAAGTTTTTGAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120749 AAAGGTT...TAGATCGAATTTCAAAAGAATCCGGCAAAGTTTTTGAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TGTCCTTGAAAGTTTCTATTCAATTGACTGTATTAAATCACAGTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123008 TGTCCTTGAAAGTTTCTATTCAATTGACTGTATTAAATCACAGTTTGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CATGGCGTTCAAAATACTACACATCCTACAAAGATGCTTACATTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123058 CATGGCGTTCAAAATACTACACATCCTACAAAGATGCTTACATTGGCCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TGTTTGCCAAAATTATTCAACCCCCTCATACGACTTCAGCTCCTCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123108 TGTTTGCCAAAATTATTCAACCCCCTCATACGACTTCAGCTCCTCACTTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GACTCCTCTTGAG         GCAAAATGTCGTGACTTTGAGAATATGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123158 GACTCCTCTTGAGGTG...TAGGCAAAATGTCGTGACTTTGAGAATATGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TGTGGTTTGAATCTTTGCTGTTTTATGGTTGTGAAGAACGAGAGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125979 TGTGGTTTGAATCTTTGCTGTTTTATGGTTGTGAAGAACGAGAGCAAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AAAGATGATGTAGATGTTGCCCTACTACCTACCATTGTGGAAAAGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126029 AAAGATGATGTAGATGTTGCCCTACTACCTACCATTGTGGAAAAGGTGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TCTTCCTAAACTAACAG         TGATAGCTGAAAATATGTGGGACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 126079 TCTTCCTAAACTAACAGGTA...TAGTGATAGCTGAAAATATGTGGGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CTTTTTCTACAACACAGACTTCAAGAATGGTGGGAATTACACTAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126780 CTTTTTCTACAACACAGACTTCAAGAATGGTGGGAATTACACTAAAATTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 ATCAATGGATATCCTTCAGTAGTGAATGCAGAAAATAAAAATACACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126830 ATCAATGGATATCCTTCAGTAGTGAATGCAGAAAATAAAAATACACAGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2191        GTATACCTAAAGGCACTTTTATTGAGAATGAGAAGAACTTTAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126880 A...TAGGTATACCTAAAGGCACTTTTATTGAGAATGAGAAGAACTTTAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 ATGATGATGTATTTATGCCCTTATATCCCAAAAA         TGTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 127958 ATGATGATGTATTTATGCCCTTATATCCCAAAAAGTA...TAGTGTCTTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 GAAAATAAAAATTCTGGGCCTTACTTGTTTTTTCAACGACAGTTTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128362 GAAAATAAAAATTCTGGGCCTTACTTGTTTTTTCAACGACAGTTTTGGTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 TTCAGTTAAG         CTGTTAGGCAATTTTCTTCAGTGGTATGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 128412 TTCAGTTAAGGTA...CAGCTGTTAGGCAATTTTCTTCAGTGGTATGGCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 TTTTCTCAAATAAAACTCTGCAAGAGTTATCAATAGATGGTTTATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133381 TTTTCTCAAATAAAACTCTGCAAGAGTTATCAATAGATGGTTTATTAAAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 CGATATATTCTCATGGCTTTTCAGAATTCAGAATATGGAGATGACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133431 CGATATATTCTCATGGCTTTTCAGAATTCAGAATATGGAGATGACAGCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 CAAAAAAGCCCAAAAT         GTAATCAATTGTTTCCCCAAACAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 133481 CAAAAAAGCCCAAAATGTG...CAGGTAATCAATTGTTTCCCCAAACAAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 GGTTCATGAATCTGAAAGGAGAAAGGACTATTTCTCAGTTAGAAAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134286 GGTTCATGAATCTGAAAGGAGAAAGGACTATTTCTCAGTTAGAAAACTTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 TGCCGATACCTTGTACACTTAGCGGATACAATTTATAGAAATAGTATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134336 TGCCGATACCTTGTACACTTAGCGGATACAATTTATAGAAATAGTATCGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 GTGTTCTGATGTGGAAAAAAGAAATGCAAG         GGAAAACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134386 GTGTTCTGATGTGGAAAAAAGAAATGCAAGGTA...TAGGGAAAACATAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 AACAGATAGTAAAACTCCTTGCAAGTGTTCGAGCTTTGGATCATGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136613 AACAGATAGTAAAACTCCTTGCAAGTGTTCGAGCTTTGGATCATGCTATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 TCTGTTGCAAGTGACCACAATGTGAAAGAATTTAAGTCTTTGATCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136663 TCTGTTGCAAGTGACCACAATGTGAAAGAATTTAAGTCTTTGATCGAAGG

   2900 
   2748 AAAA
        ||||
 136713 AAAA