seq1 = pF1KE3319.tfa, 2667 bp
seq2 = pF1KE3319/gi568815589f_128605299.tfa (gi568815589f:128605299_128820603), 215305 bp

>pF1KE3319 2667
>gi568815589f:128605299_128820603 (Chr9)

1-24  (97618-97641)   100% ->
25-265  (100005-100245)   100% ->
266-411  (100436-100581)   100% ->
412-523  (101415-101526)   100% ->
524-651  (101598-101725)   100% ->
652-835  (101924-102107)   100% ->
836-982  (107754-107900)   100% ->
983-1092  (107980-108089)   100% ->
1093-1236  (108201-108344)   100% ->
1237-1312  (108748-108823)   100% ->
1313-1481  (108899-109067)   100% ->
1482-1584  (109264-109366)   100% ->
1585-1652  (109500-109567)   100% ->
1653-1716  (109874-109937)   100% ->
1717-1808  (110071-110162)   100% ->
1809-1985  (111449-111625)   100% ->
1986-2048  (113027-113089)   100% ->
2049-2125  (113251-113327)   100% ->
2126-2268  (114388-114530)   100% ->
2269-2376  (114612-114719)   100% ->
2377-2457  (114905-114985)   100% ->
2458-2667  (115096-115305)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGGGGCGCCGCGGCAG         CCTGGGCCGAGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  97618 ATGGAGGAGGGGGCGCCGCGGCAGGTG...CAGCCTGGGCCGAGCCAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCCCCAGAGGATGAGAAGGAGGTGATCCGCCGGGCCATCCAGAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 GCCCCCAGAGGATGAGAAGGAGGTGATCCGCCGGGCCATCCAGAAAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGATCAAGGAGGGGGTGGAGAACCTGCGGCGCGTGGCCACAGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 TGAAGATCAAGGAGGGGGTGGAGAACCTGCGGCGCGTGGCCACAGACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCACTTGGGCCATGTGCAGCAGCTGCTGCGGTCCTCCAACCGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 CGCCACTTGGGCCATGTGCAGCAGCTGCTGCGGTCCTCCAACCGCCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCAGCTGCATGGCGAGCTGCGGGAGCTGCACGCCCGAATCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100172 GGAGCAGCTGCATGGCGAGCTGCGGGAGCTGCACGCCCGAATCCTGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGGCCCTGGGCCTGGCCCAGCTG         AGCCTGTGGCCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100222 CCGGCCCTGGGCCTGGCCCAGCTGGTG...CAGAGCCTGTGGCCTCAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCCGGCCGTGGGCAGAGCAGCTCAGGGCTCGGCACCTAGAGGCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100453 CCCCGGCCGTGGGCAGAGCAGCTCAGGGCTCGGCACCTAGAGGCTCTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGGCAGCTGCATGTGGAGCTGAAGGTGAAGCAGGGGGCTGAGAACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100503 GAGGCAGCTGCATGTGGAGCTGAAGGTGAAGCAGGGGGCTGAGAACATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCACACGTGCGCCAGTGGCACCCCCAAG         GAGAGGAAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100553 CCCACACGTGCGCCAGTGGCACCCCCAAGGTA...TAGGAGAGGAAGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGCAGCTGCCCAGCAGATGCTGCGGGACAGCCAGCTGAAGGTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 CTGGCAGCTGCCCAGCAGATGCTGCGGGACAGCCAGCTGAAGGTGGCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGCGGATGAAGATCAGCAGCCTGGAGGCCAGTGGGTCCCCGGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101477 GCTGCGGATGAAGATCAGCAGCCTGGAGGCCAGTGGGTCCCCGGAGCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          GGCCTGAGCTGCTGGCGGAGGAGCTACAGCATCGACTGCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 GTG...CAGGGCCTGAGCTGCTGGCGGAGGAGCTACAGCATCGACTGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTGAGGCAGCTGTGGCTGAGGGCGCCAAGAACGTGGTGAAACTGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101639 GTTGAGGCAGCTGTGGCTGAGGGCGCCAAGAACGTGGTGAAACTGCTTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAGCCGGAGAACACAGGACCGCAAGGCACTGGCTGAG         GCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101689 TAGCCGGAGAACACAGGACCGCAAGGCACTGGCTGAGGTC...CAGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGCCCAGCTACAGGAGTCCTCTCAGAAACTGGACCTCCTGCGCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101928 AGGCCCAGCTACAGGAGTCCTCTCAGAAACTGGACCTCCTGCGCCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGGAGCAGCTGCTGGAGCAACTGCCTCCTGCCCACCCTTTGCGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101978 TTGGAGCAGCTGCTGGAGCAACTGCCTCCTGCCCACCCTTTGCGCAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTGACCCGAGAGTTGCGGGCTGCGGTGCCTGGATACCCCCAGCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102028 AGTGACCCGAGAGTTGCGGGCTGCGGTGCCTGGATACCCCCAGCCTTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGACACCTGTGAAGCCCACCGCCCTAACAG         GGACACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102078 GGACACCTGTGAAGCCCACCGCCCTAACAGGTA...CAGGGACACTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCCGCCTCCTGGGCTGTGAACAGTTGCTGACAGCCGTGCCTGGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107765 GTCCGCCTCCTGGGCTGTGAACAGTTGCTGACAGCCGTGCCTGGGCGCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCAGCGGCCGCACTGGCCAGCAGCCCCTCCGAGGGCTGGCTTCGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107815 CCCAGCGGCCGCACTGGCCAGCAGCCCCTCCGAGGGCTGGCTTCGGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGCCAAGCACCAGCGTGGCCGAGGCGAGCTTGCCA         GCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107865 AGGCCAAGCACCAGCGTGGCCGAGGCGAGCTTGCCAGTG...CAGGCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGCTGGCTGTGCTAAAGGTGGACAACCGTGTTGTGGGGCAGACGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 GTGCTGGCTGTGCTAAAGGTGGACAACCGTGTTGTGGGGCAGACGGGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGGGCAGGTGGCCGAACAGTCCTGGGACCAGACCTTTGTCATCCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108035 GGGGCAGGTGGCCGAACAGTCCTGGGACCAGACCTTTGTCATCCCACTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGCGA         GCCCGTGAGCTGGAGATTGGGGTACACTGGCGGGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108085 AGCGAGTA...CAGGCCCGTGAGCTGGAGATTGGGGTACACTGGCGGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGGCGGCAGCTATGTGGCGTGGCCTTCCTGAGACTTGAGGACTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108237 TGGCGGCAGCTATGTGGCGTGGCCTTCCTGAGACTTGAGGACTTCCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAATGCCTGTCACCAACTGTCCCTCAGCCTGGTACCGCAGGGACTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108287 CAATGCCTGTCACCAACTGTCCCTCAGCCTGGTACCGCAGGGACTGCTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTGCCCAG         GTGACCTTCTGCGATCCTGTCATTGAGAGGCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108337 TTGCCCAGGTG...CAGGTGACCTTCTGCGATCCTGTCATTGAGAGGCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCCCGGCTGCAGAGGCAGGAACGCATCTTCTCTAAACGCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108781 CCCCGGCTGCAGAGGCAGGAACGCATCTTCTCTAAACGCAGAGGTG...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313   GCCAGGACTTCCTGAGGGCTTCGCAGATGAACCTCGGCATGGCGGCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108897 AGGCCAGGACTTCCTGAGGGCTTCGCAGATGAACCTCGGCATGGCGGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GGGGGCGCCTCGTCATGAACCTGCTGCCCCCCTGCAGCTCCCCGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108947 GGGGGCGCCTCGTCATGAACCTGCTGCCCCCCTGCAGCTCCCCGAGCACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATCAGCCCCCCTAAAGGATGCCCTCGGACCCCAACAACACTGCGAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108997 ATCAGCCCCCCTAAAGGATGCCCTCGGACCCCAACAACACTGCGAGAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CTCTGACCCTGCCACTCCCAG         TAATTTCCTGCCCAAGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109047 CTCTGACCCTGCCACTCCCAGGTG...CAGTAATTTCCTGCCCAAGAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCCCCTTGGGTGAAGAGATGACACCCCCACCCAAGCCCCCACGCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109284 CCCCCTTGGGTGAAGAGATGACACCCCCACCCAAGCCCCCACGCCTCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTCCCCCAGGAGCCAACATCCGAGGAGACTCCG         CGCACCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109334 CTCCCCCAGGAGCCAACATCCGAGGAGACTCCGGTG...CAGCGCACCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 ACGTCCCCATATGGAGCCTAGGACTCGACGTGGGCCATCTCCACCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109508 ACGTCCCCATATGGAGCCTAGGACTCGACGTGGGCCATCTCCACCAGCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCCCCACCAG         GAAACCCCCTCGGCTTCAGGACTTCCGCTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109558 CCCCCACCAGGTA...CAGGAAACCCCCTCGGCTTCAGGACTTCCGCTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTAGCTGTGCTGGGCCGGGGACACTTTGGGAAG         GTCCTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109905 TTAGCTGTGCTGGGCCGGGGACACTTTGGGAAGGTA...CAGGTCCTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGTCCAGTTCAAGGGGACAGGGAAATACTACGCCATCAAAGCACTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110079 GGTCCAGTTCAAGGGGACAGGGAAATACTACGCCATCAAAGCACTGAAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGCAGGAGGTGCTCAGCCGGGACGAGATAGAGAG         CCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110129 AGCAGGAGGTGCTCAGCCGGGACGAGATAGAGAGGTG...TAGCCTGTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TGCGAGAAGCGGATCCTGGAGGCTGTGGGCTGCACAGGGCACCCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111456 TGCGAGAAGCGGATCCTGGAGGCTGTGGGCTGCACAGGGCACCCTTTCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GCTCTCCCTCCTTGCCTGCTTCCAGACCTCCAGCCATGCCTGCTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111506 GCTCTCCCTCCTTGCCTGCTTCCAGACCTCCAGCCATGCCTGCTTTGTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CTGAGTTTGTGCCTGGTGGTGACCTCATGATGCAGATCCACGAGGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111556 CTGAGTTTGTGCCTGGTGGTGACCTCATGATGCAGATCCACGAGGATGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TTCCCCGAGCCCCAGGCCCG         CTTCTACGTGGCTTGTGTTGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111606 TTCCCCGAGCCCCAGGCCCGGTG...CAGCTTCTACGTGGCTTGTGTTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CCTGGGGCTGCAGTTCTTACACGAGAAGAAGATCATTTACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113048 CCTGGGGCTGCAGTTCTTACACGAGAAGAAGATCATTTACAGGTG...CA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2049  GGACCTGAAGTTGGATAACCTTCTGCTGGATGCCCAGGGATTCCTGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113250 GGGACCTGAAGTTGGATAACCTTCTGCTGGATGCCCAGGGATTCCTGAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 ATCGCAGACTTTGGACTCTGCAAGGAAG         GGATCGGCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113300 ATCGCAGACTTTGGACTCTGCAAGGAAGGTG...CAGGGATCGGCTTCGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 GGACCGGACTAGCACCTTCTGTGGCACCCCGGAGTTCCTGGCTCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114401 GGACCGGACTAGCACCTTCTGTGGCACCCCGGAGTTCCTGGCTCCCGAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TGCTGACCCAGGAGGCATACACACGGGCTGTGGACTGGTGGGGGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114451 TGCTGACCCAGGAGGCATACACACGGGCTGTGGACTGGTGGGGGCTGGGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GTGCTGCTCTACGAGATGCTGGTGGGTGAG         TGCCCGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114501 GTGCTGCTCTACGAGATGCTGGTGGGTGAGGTG...CAGTGCCCGTTCCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 AGGGGACACAGAGGAAGAGGTGTTTGACTGCATCGTCAACATGGACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114623 AGGGGACACAGAGGAAGAGGTGTTTGACTGCATCGTCAACATGGACGCCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 CCTACCCCGGCTTTCTGTCGGTGCAAGGGCTTGAGTTCATTCAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114673 CCTACCCCGGCTTTCTGTCGGTGCAAGGGCTTGAGTTCATTCAGAAGGTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2377       CTCCTCCAGAAGTGCCCGGAGAAGCGCCTCGGGGCAGGTGAGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114723 ...CAGCTCCTCCAGAAGTGCCCGGAGAAGCGCCTCGGGGCAGGTGAGCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 GGATGCCGAGGAGATCAAGGTCCAGCCATTCTTCAGG         ACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114949 GGATGCCGAGGAGATCAAGGTCCAGCCATTCTTCAGGGTG...CAGACCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 CCAACTGGCAAGCCCTGCTCGCCCGCACCATCCAGCCCCCCTTCGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115100 CCAACTGGCAAGCCCTGCTCGCCCGCACCATCCAGCCCCCCTTCGTGCCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 ACCCTGTGTGGCCCTGCGGACCTGCGCTACTTTGAGGGCGAGTTCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115150 ACCCTGTGTGGCCCTGCGGACCTGCGCTACTTTGAGGGCGAGTTCACAGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 GCTGCCGCCTGCCCTGACCCCACCTGCACCCCACAGCCTCCTCACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115200 GCTGCCGCCTGCCCTGACCCCACCTGCACCCCACAGCCTCCTCACTGCCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 GCCAACAGGCCGCCTTCCGGGACTTCGACTTTGTGTCAGAGCGATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115250 GCCAACAGGCCGCCTTCCGGGACTTCGACTTTGTGTCAGAGCGATTCCTG

   2850     .
   2662 GAACCC
        ||||||
 115300 GAACCC