seq1 = pF1KE3314.tfa, 2565 bp
seq2 = pF1KE3314/gi568815597f_162619064.tfa (gi568815597f:162619064_162880243), 261180 bp

>pF1KE3314 2565
>gi568815597f:162619064_162880243 (Chr1)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-185  (134032-134134)   100% ->
186-417  (135561-135792)   100% ->
418-565  (136093-136240)   100% ->
566-671  (136601-136706)   100% ->
672-855  (140733-140916)   100% ->
856-1099  (142148-142391)   100% ->
1100-1162  (146938-147000)   100% ->
1163-1293  (148166-148296)   100% ->
1294-1504  (151239-151449)   100% ->
1505-1728  (152961-153184)   100% ->
1729-1856  (154406-154533)   100% ->
1857-2048  (156589-156780)   100% ->
2049-2283  (157073-157307)   100% ->
2284-2433  (159517-159666)   100% ->
2434-2565  (161049-161180)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCCTGATTCCCAGAATGCTCTTGGTGCTGTTCCTGCTGCTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCCTGATTCCCAGAATGCTCTTGGTGCTGTTCCTGCTGCTGCCTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGAGTTCTGCAAAAGCTCAGGTTAATCCAG         CTATATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 CTTGAGTTCTGCAAAAGCTCAGGTTAATCCAGGTA...TAGCTATATGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTATCCTCTGGGCATGTCAGGAGGCCAGATTCCAGATGAGGACATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134041 GCTATCCTCTGGGCATGTCAGGAGGCCAGATTCCAGATGAGGACATCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTTCCAGTCAGTGGTCAGAGTCCACAGCTGCCAAATATGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134091 GCTTCCAGTCAGTGGTCAGAGTCCACAGCTGCCAAATATGGAAGGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GCTGGACTCAGAAGAAGGGGATGGAGCCTGGTGCCCTGAGATTCCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135558 AAGGCTGGACTCAGAAGAAGGGGATGGAGCCTGGTGCCCTGAGATTCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAACCTGATGACCTGAAGGAGTTTCTGCAGATTGACTTGCACACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135608 TGGAACCTGATGACCTGAAGGAGTTTCTGCAGATTGACTTGCACACCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATTTTATCACTCTGGTGGGGACCCAGGGGCGCCATGCAGGAGGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135658 CATTTTATCACTCTGGTGGGGACCCAGGGGCGCCATGCAGGAGGTCATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCGAGTTTGCCCCCATGTACAAGATCAATTACAGTCGGGATGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135708 CATCGAGTTTGCCCCCATGTACAAGATCAATTACAGTCGGGATGGCACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGGATCTCTTGGCGGAACCGTCATGGGAAACAG         GTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 135758 GCTGGATCTCTTGGCGGAACCGTCATGGGAAACAGGTA...CAGGTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGGAAATAGTAACCCCTATGACATTTTCCTAAAGGACTTGGAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136099 GATGGAAATAGTAACCCCTATGACATTTTCCTAAAGGACTTGGAGCCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTGTAGCCAGATTTGTCCGGTTCATTCCAGTCACCGACCACTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136149 CATTGTAGCCAGATTTGTCCGGTTCATTCCAGTCACCGACCACTCCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGTGTGTATGAGAGTGGAGCTTTACGGCTGTGTCTGGCTAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 136199 ATGTGTGTATGAGAGTGGAGCTTTACGGCTGTGTCTGGCTAGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    566  ATGGCTTGGTGTCTTACAATGCTCCAGCTGGGCAGCAGTTTGTACTCCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136600 GATGGCTTGGTGTCTTACAATGCTCCAGCTGGGCAGCAGTTTGTACTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGAGGTTCCATCATTTATCTGAATGATTCTGTCTATGATGGAGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136650 TGGAGGTTCCATCATTTATCTGAATGATTCTGTCTATGATGGAGCTGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GATACAG         CATGACAGAAGGGCTAGGCCAATTGACCGATGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136700 GATACAGGTA...CAGCATGACAGAAGGGCTAGGCCAATTGACCGATGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGTCTGGCCTGGACGATTTCACCCAGACCCATGAATACCACGTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140767 GTGTCTGGCCTGGACGATTTCACCCAGACCCATGAATACCACGTGTGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGGCTATGACTATGTGGGCTGGCGGAACGAGAGTGCCACCAATGGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140817 CGGCTATGACTATGTGGGCTGGCGGAACGAGAGTGCCACCAATGGCTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGAGATCATGTTTGAATTTGACCGCATCAGGAATTTCACTACCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140867 TTGAGATCATGTTTGAATTTGACCGCATCAGGAATTTCACTACCATGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          GTCCACTGCAACAACATGTTTGCTAAAGGTGTGAAGATCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140917 GTC...CAGGTCCACTGCAACAACATGTTTGCTAAAGGTGTGAAGATCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAAGGAGGTACAGTGCTACTTCCGCTCTGAAGCCAGTGAGTGGGAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142189 TAAGGAGGTACAGTGCTACTTCCGCTCTGAAGCCAGTGAGTGGGAACCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGCCATTTCCTTCCCCCTTGTCCTGGATGACGTCAACCCCAGTGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142239 ATGCCATTTCCTTCCCCCTTGTCCTGGATGACGTCAACCCCAGTGCTCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTTGTCACGGTGCCTCTCCACCACCGAATGGCCAGTGCCATCAAGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142289 TTTGTCACGGTGCCTCTCCACCACCGAATGGCCAGTGCCATCAAGTGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATACCATTTTGCAGATACCTGGATGATGTTCAGTGAGATCACCTTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142339 ATACCATTTTGCAGATACCTGGATGATGTTCAGTGAGATCACCTTCCAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAG         ATGCTGCAATGTACAACAACTCTGAAGCCCTGCCCACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142389 CAGGTA...CAGATGCTGCAATGTACAACAACTCTGAAGCCCTGCCCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTCCTATGGCACCCACAACCTATG         ATCCAATGCTTAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 146976 TCTCCTATGGCACCCACAACCTATGGTA...CAGATCCAATGCTTAAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGATGACAGCAACACTCGGATCCTGATTGGCTGCTTGGTGGCCATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148182 TGATGACAGCAACACTCGGATCCTGATTGGCTGCTTGGTGGCCATCATCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTATCCTCCTGGCCATCATTGTCATCATCCTCTGGAGGCAGTTCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148232 TTATCCTCCTGGCCATCATTGTCATCATCCTCTGGAGGCAGTTCTGGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAAATGCTGGAGAAG         GCTTCTCGGAGGATGCTGGATGATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 148282 AAAATGCTGGAGAAGGTG...CAGGCTTCTCGGAGGATGCTGGATGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AATGACAGTCAGCCTTTCCCTGCCAAGTGATTCTAGCATGTTCAACAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151265 AATGACAGTCAGCCTTTCCCTGCCAAGTGATTCTAGCATGTTCAACAATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCGCTCCTCATCACCTAGTGAACAAGGGTCCAACTCGACTTACGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151315 ACCGCTCCTCATCACCTAGTGAACAAGGGTCCAACTCGACTTACGATCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATCTTTCCCCTTCGCCCTGACTACCAGGAGCCATCCAGGCTGATACGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151365 ATCTTTCCCCTTCGCCCTGACTACCAGGAGCCATCCAGGCTGATACGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ACTCCCAGAATTTGCTCCAGGGGAGGAGGAGTCAG         GCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 151415 ACTCCCAGAATTTGCTCCAGGGGAGGAGGAGTCAGGTG...CAGGCTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCGGTGTTGTGAAGCCAGTCCAGCCCAGTGGCCCTGAGGGGGTGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152967 GCGGTGTTGTGAAGCCAGTCCAGCCCAGTGGCCCTGAGGGGGTGCCCCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TATGCAGAGGCTGACATAGTGAACCTCCAAGGAGTGACAGGAGGCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153017 TATGCAGAGGCTGACATAGTGAACCTCCAAGGAGTGACAGGAGGCAACAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ATACTCAGTGCCTGCCGTCACCATGGACCTGCTCTCAGGAAAAGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153067 ATACTCAGTGCCTGCCGTCACCATGGACCTGCTCTCAGGAAAAGATGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTGTGGAGGAGTTCCCCAGGAAACTCCTAACTTTCAAAGAGAAGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153117 CTGTGGAGGAGTTCCCCAGGAAACTCCTAACTTTCAAAGAGAAGCTGGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GAAGGACAGTTTGGGGAG         GTTCATCTCTGTGAAGTGGAGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 153167 GAAGGACAGTTTGGGGAGGTG...TAGGTTCATCTCTGTGAAGTGGAGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AATGGAAAAATTCAAAGACAAAGATTTTGCCCTAGATGTCAGTGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154429 AATGGAAAAATTCAAAGACAAAGATTTTGCCCTAGATGTCAGTGCCAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AGCCTGTCCTGGTGGCTGTGAAAATGCTCCGAGCAGATGCCAACAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154479 AGCCTGTCCTGGTGGCTGTGAAAATGCTCCGAGCAGATGCCAACAAGAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GCCAG         GAATGATTTTCTTAAGGAGATAAAGATCATGTCTCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154529 GCCAGGTC...AAGGAATGATTTTCTTAAGGAGATAAAGATCATGTCTCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GCTCAAGGACCCAAACATCATCCATCTATTAGCTGTGTGTATCACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156625 GCTCAAGGACCCAAACATCATCCATCTATTAGCTGTGTGTATCACTGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 ACCCTCTCTGTATGATCACTGAATACATGGAGAATGGAGATCTCAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156675 ACCCTCTCTGTATGATCACTGAATACATGGAGAATGGAGATCTCAATCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 TTTCTTTCCCGCCACGAGCCCCCTAATTCTTCCTCCAGCGATGTACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156725 TTTCTTTCCCGCCACGAGCCCCCTAATTCTTCCTCCAGCGATGTACGCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGTCAG         TTACACCAATCTGAAGTTTATGGCTACCCAAATTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156775 TGTCAGGTA...CAGTTACACCAATCTGAAGTTTATGGCTACCCAAATTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CCTCTGGCATGAAGTACCTTTCCTCTCTTAATTTTGTTCACCGAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157108 CCTCTGGCATGAAGTACCTTTCCTCTCTTAATTTTGTTCACCGAGATCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GCCACACGAAACTGTTTAGTGGGTAAGAACTACACAATCAAGATAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157158 GCCACACGAAACTGTTTAGTGGGTAAGAACTACACAATCAAGATAGCTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CTTTGGAATGAGCAGGAACCTGTACAGTGGTGACTATTACCGGATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157208 CTTTGGAATGAGCAGGAACCTGTACAGTGGTGACTATTACCGGATCCAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 GCCGGGCAGTGCTCCCTATCCGCTGGATGTCTTGGGAGAGTATCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157258 GCCGGGCAGTGCTCCCTATCCGCTGGATGTCTTGGGAGAGTATCTTGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284          GGCAAGTTCACTACAGCAAGTGATGTGTGGGCCTTTGGGGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157308 GTA...TAGGGCAAGTTCACTACAGCAAGTGATGTGTGGGCCTTTGGGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 TACTTTGTGGGAGACTTTCACCTTTTGTCAAGAACAGCCCTATTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159558 TACTTTGTGGGAGACTTTCACCTTTTGTCAAGAACAGCCCTATTCCCAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 TGTCAGATGAACAGGTTATTGAGAATACTGGAGAGTTCTTCCGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159608 TGTCAGATGAACAGGTTATTGAGAATACTGGAGAGTTCTTCCGAGACCAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 GGGAGGCAG         ACTTACCTCCCTCAACCAGCCATTTGTCCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 159658 GGGAGGCAGGTA...AAGACTTACCTCCCTCAACCAGCCATTTGTCCTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 CTCTGTGTATAAGCTGATGCTCAGCTGCTGGAGAAGAGATACGAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161081 CTCTGTGTATAAGCTGATGCTCAGCTGCTGGAGAAGAGATACGAAGAACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 GTCCCTCATTCCAAGAAATCCACCTTCTGCTCCTTCAACAAGGCGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161131 GTCCCTCATTCCAAGAAATCCACCTTCTGCTCCTTCAACAAGGCGACGAG