seq1 = pF1KE3313.tfa, 2541 bp
seq2 = pF1KE3313/gi568815596r_169429828.tfa (gi568815596r:169429828_169672019), 242192 bp

>pF1KE3313 2541
>gi568815596r:169429828_169672019 (Chr2)

(complement)

1-377  (99991-100367)   100% ->
378-446  (102768-102836)   100% ->
447-572  (108670-108795)   100% ->
573-971  (111235-111633)   100% ->
972-1082  (114723-114833)   100% ->
1083-1214  (116765-116896)   99% ->
1215-1701  (125316-125802)   100% ->
1702-1816  (127185-127299)   100% ->
1817-1945  (131841-131969)   100% ->
1946-2074  (133879-134007)   99% ->
2075-2188  (134680-134793)   100% ->
2189-2327  (140530-140668)   100% ->
2328-2442  (141319-141433)   100% ->
2443-2541  (142094-142192)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAAAACACCTGTTTTCCTAGAGTCATTGGTTACAAATATGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99991 ATGAAAAAAACACCTGTTTTCCTAGAGTCATTGGTTACAAATATGCTTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTAAGAGCTATTTGTCCATTCTCCTGGAGAGTGTTTCAATTTCGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100041 TCTAAGAGCTATTTGTCCATTCTCCTGGAGAGTGTTTCAATTTCGACCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGTTGTGAACCACTAATTATTCAGATGAATAAGTGTACAGATGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100091 TCAGTTGTGAACCACTAATTATTCAGATGAATAAGTGTACAGATGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAATGTTTGGTTTTATTGAAAGAAACAAAGCCATACTTTCAGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100141 CAAATGTTTGGTTTTATTGAAAGAAACAAAGCCATACTTTCAGAAAAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTGGGATGTGCATTTGATATGCTTTGGAAGCTTCAAAAGCAGAAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100191 AGTGGGATGTGCATTTGATATGCTTTGGAAGCTTCAAAAGCAGAAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTGTTAAAAAATGCTGAGTATGTCAGAGACCATCCTCAATTTCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100241 GCCTGTTAAAAAATGCTGAGTATGTCAGAGACCATCCTCAATTTCTTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTCATAATTTAGCTACAAATAAATTCAAATTAATGAATGACGATACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100291 CTTCATAATTTAGCTACAAATAAATTCAAATTAATGAATGACGATACCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGAATGTGTTATACGTCACACAACA         GTTTGCTGGTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100341 GGTGAATGTGTTATACGTCACACAACAGTA...AAGGTTTGCTGGTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCATGACCCGCTAGTTGAAGCACTAGTTACAGAAGCATGGAGAAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102782 CCCATGACCCGCTAGTTGAAGCACTAGTTACAGAAGCATGGAGAAGGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAAG         GTTTGATATTAAACTGCTCTCAGAATTTTCCTCTTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102832 GAAAGGCA...TAGGTTTGATATTAAACTGCTCTCAGAATTTTCCTCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTAGCAGATCAGCATTTGTATTTTAGTCCATTAATGGGAAAAATAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108706 CCTAGCAGATCAGCATTTGTATTTTAGTCCATTAATGGGAAAAATAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATATTGTTCATAGGAACTTGGAAACCACACAGGACTTAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108756 ATATTGTTCATAGGAACTTGGAAACCACACAGGACTTAAGGTA...CAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCTTGTCTGTCTTGATGGTCAACATATCTTCTTTAATATCACGACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111236 TCCTTGTCTGTCTTGATGGTCAACATATCTTCTTTAATATCACGACATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAACAACAACTGGTGAACAAAACAGAACTTCTTTTTGACACCATAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111286 TCAACAACAACTGGTGAACAAAACAGAACTTCTTTTTGACACCATAGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTTCTGAGGTCAACGTTGCAAAAAGCATAGCAAAGTTTCTTCGAAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111336 CTTCTGAGGTCAACGTTGCAAAAAGCATAGCAAAGTTTCTTCGAAATGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGATATCGTTATCAACCACTATTAGAAAGATGTAATAACGTATTTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111386 AGATATCGTTATCAACCACTATTAGAAAGATGTAATAACGTATTTTTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TAATGTGGACCACCTTGATTTGGATTCCATCAGTAAAATACTTAGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111436 TAATGTGGACCACCTTGATTTGGATTCCATCAGTAAAATACTTAGTGTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACAAATTTCTACAATTTAATAGTTTTGAATTTATTATAATGGCTAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111486 ACAAATTTCTACAATTTAATAGTTTTGAATTTATTATAATGGCTAAAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAGCTAACTGAAATGATTCCTCTGTGTAATCATCCTGCTAGCTTTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111536 AAGCTAACTGAAATGATTCCTCTGTGTAATCATCCTGCTAGCTTTGTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ATTGTTTGTAGCATTGGGACCCATTGCAGGACCTGAAGAAAAGAAACA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111586 ATTGTTTGTAGCATTGGGACCCATTGCAGGACCTGAAGAAAAGAAACAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    972        ACTTAAATCAACTATGTTATTGATGTCAGAGGACCTAACTGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111636 A...TAGACTTAAATCAACTATGTTATTGATGTCAGAGGACCTAACTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAGCAAGCCCTGGCAGTGTTGGGAGCAATGGGAGATATGGAAAGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114766 GAGCAAGCCCTGGCAGTGTTGGGAGCAATGGGAGATATGGAAAGCAGAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTCATGTCTGATTAAAAG         AGTTACTTCAGTTCTGCATAAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114816 CTCATGTCTGATTAAAAGGTA...TAGAGTTACTTCAGTTCTGCATAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATTTGGATGGCTATAAACCATTAGAGTTGTTGAAGATAACTCAAGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 116788 ATTTGGATGGCTATAAACCATTAGAGTTGTTGAAGATAACTCAAGAATTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACTTTTCTGCATTTCCAAAGGAAGGAGTTTTTTGCGAAACTTAGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116838 ACTTTTCTGCATTTCCAAAGGAAGGAGTTTTTTGCGAAACTTAGAGAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ACTGCTTAG         TTATTTGAAAAATAGTTTCATACCAACTGAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116888 ACTGCTTAGGTA...CAGTTATTTGAAAAATAGTTTCATACCAACTGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGTCTGTTCTGGTCCGTGCTATTTCCCTGCTCCCTTCTCCTCACTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125348 TGTCTGTTCTGGTCCGTGCTATTTCCCTGCTCCCTTCTCCTCACTTGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GAAGTGGGGATATCCCGAATTGAAGCCGTTTTACCACAGTGTGACCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125398 GAAGTGGGGATATCCCGAATTGAAGCCGTTTTACCACAGTGTGACCTAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TAACCTGAGTAGTTTTGCCACATCTGTTTTAAGATGGATTCAGCATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125448 TAACCTGAGTAGTTTTGCCACATCTGTTTTAAGATGGATTCAGCATGATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACATGTATTTGGATAATATGACTGCGAAACAACTGAAACTACTTCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125498 ACATGTATTTGGATAATATGACTGCGAAACAACTGAAACTACTTCAAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TTAGATCACTATGGTCGTCAGAGACTACAACACAGCAACAGTTTGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125548 TTAGATCACTATGGTCGTCAGAGACTACAACACAGCAACAGTTTGGATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GTTACGGAAGGAACTTAAATCTCTCAAAGGAAACACGTTTCCTGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125598 GTTACGGAAGGAACTTAAATCTCTCAAAGGAAACACGTTTCCTGAGTCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TTCTTGAAGAAATGATTGCTACTTTACAGCATTTCATGGATGATATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125648 TTCTTGAAGAAATGATTGCTACTTTACAGCATTTCATGGATGATATTAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TACATAAATGTTGGGGAGATTGCATCTTTTATTTCTAGTACTGATTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125698 TACATAAATGTTGGGGAGATTGCATCTTTTATTTCTAGTACTGATTACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CAGTACTTTGCTACTAGATAGGATAGCCTCAGTGGCTGTTCAGCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125748 CAGTACTTTGCTACTAGATAGGATAGCCTCAGTGGCTGTTCAGCAGATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AAAAG         ATCCATCCTTTTACAATCCCTGCTATTATTCGTCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125798 AAAAGGTG...CAGATCCATCCTTTTACAATCCCTGCTATTATTCGTCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 TTCAGCGTATTGAACTATGATCCACCTCAAAGGGATGAATTTTTGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127221 TTCAGCGTATTGAACTATGATCCACCTCAAAGGGATGAATTTTTGGGAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TTGCGTGCAACATCTTAATTCTTACTTAG         GTATATTGGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 127271 TTGCGTGCAACATCTTAATTCTTACTTAGGTA...TAGGTATATTGGATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CTTTTATATTAGTGTTTCTTGGTTTCTCTTTGGCCACACTTGAATATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131853 CTTTTATATTAGTGTTTCTTGGTTTCTCTTTGGCCACACTTGAATATTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CCAGAAGATCTGCTAAAGGCAATTTTTAACATCAAATTCTTAGCTAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131903 CCAGAAGATCTGCTAAAGGCAATTTTTAACATCAAATTCTTAGCTAGATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 GGATTCTCAACTTGAAA         TTTTATCTCCATCTCGAAGTGCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 131953 GGATTCTCAACTTGAAAGTA...CAGTTTTATCTCCATCTCGAAGTGCAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GAGTCCAGTTTCATCTTATGGAATTAAATAGATCAGTCTGCTTGGAATGC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 133903 GAGTCCAGTTTCATCTTATGGAGTTAAATAGATCAGTCTGCTTGGAATGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CCTGAGTTTCAGATTCCATGGTTTCATGACCGCTTCTGTCAACAATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133953 CCTGAGTTTCAGATTCCATGGTTTCATGACCGCTTCTGTCAACAATATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 TAAAG         GTATTGGTGGCATGGATGGAACACAACAGCAGATTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134003 TAAAGGTT...AAGGTATTGGTGGCATGGATGGAACACAACAGCAGATTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TTAAAATGTTAGCAGAGGTACTAGGAGGAATCAATTGTGTAAAAGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134716 TTAAAATGTTAGCAGAGGTACTAGGAGGAATCAATTGTGTAAAAGCCTCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GTTCTTACGCCTTATTACCACAAAGTAG         ATTTTGAGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134766 GTTCTTACGCCTTATTACCACAAAGTAGGTA...AAGATTTTGAGTGTAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CTTGGATAAAAGAAAAAAACCTCTTCCGTATGGAAGCCATAATATAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140543 CTTGGATAAAAGAAAAAAACCTCTTCCGTATGGAAGCCATAATATAGCAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TGGGACAACTACCAGAAATGCCCTGGGAATCAAATATCGAAATAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140593 TGGGACAACTACCAGAAATGCCCTGGGAATCAAATATCGAAATAGTTGGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 TCAAGGCTGCCACCAGGGGCTGAAAG         GATTGCTTTGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 140643 TCAAGGCTGCCACCAGGGGCTGAAAGGTA...TAGGATTGCTTTGGAATT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 TTTGGATTCAAAAGCACTTTGTAGAAATATCCCTCACATGAAAGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141334 TTTGGATTCAAAAGCACTTTGTAGAAATATCCCTCACATGAAAGGAAAAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 CTGCTATGAAAAAACGACATTTGGAAATTCTGGGGTATCGTGTAATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141384 CTGCTATGAAAAAACGACATTTGGAAATTCTGGGGTATCGTGTAATTCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443          ATTTCCCAGTTTGAATGGAACTCTATGGCACTGTCAACAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141434 GTA...CAGATTTCCCAGTTTGAATGGAACTCTATGGCACTGTCAACAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 GGATGCTCGGATGGACTACCTGAGAGAATGTATATTTGGAGAAGTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142135 GGATGCTCGGATGGACTACCTGAGAGAATGTATATTTGGAGAAGTCAAGT

   2650     .
   2534 CATGTTTG
        ||||||||
 142185 CATGTTTG