seq1 = pF1KE3310.tfa, 2457 bp
seq2 = pF1KE3310/gi568815596r_127381047.tfa (gi568815596r:127381047_127623795), 242749 bp

>pF1KE3310 2457
>gi568815596r:127381047_127623795 (Chr2)

(complement)

1-34  (97588-97621)   100% ->
35-150  (100005-100120)   100% ->
151-1219  (118044-119112)   100% ->
1220-1409  (120220-120409)   100% ->
1410-1467  (120924-120981)   100% ->
1468-1565  (125559-125656)   100% ->
1566-1716  (127648-127798)   100% ->
1717-1799  (128842-128924)   100% ->
1800-1929  (130386-130515)   100% ->
1930-2047  (131708-131825)   100% ->
2048-2159  (133853-133964)   100% ->
2160-2216  (134561-134617)   100% ->
2217-2328  (137132-137243)   100% ->
2329-2457  (142621-142749)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCGGAATATTACAGCGGCGACCAGTCAG         ATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  97588 ATGGACTCGGAATATTACAGCGGCGACCAGTCAGGTG...CAGATGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGTGCTACCCCAGTACAGGATGAACGGGATTCAGGGTCAGACGGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 TGGTGCTACCCCAGTACAGGATGAACGGGATTCAGGGTCAGACGGTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGATGTAAATGAGCAACACTCCGGATCAGACACTGGAAGTGTAGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 ATGATGTAAATGAGCAACACTCCGGATCAGACACTGGAAGTGTAGAACGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTCAGAG         AATGAAACTAGTGATCGAGAAGATGGCCTCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100112 CATTCAGAGGTA...CAGAATGAAACTAGTGATCGAGAAGATGGCCTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAAGGACATCATGTGACAGACTCTGAGAACGATGAGCCCTTAAATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118076 CAAAGGACATCATGTGACAGACTCTGAGAACGATGAGCCCTTAAATCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCTAGTGACTCTGAAAGTGAGGAGCTTCACAGGCAAAAGGACAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118126 ATGCTAGTGACTCTGAAAGTGAGGAGCTTCACAGGCAAAAGGACAGCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGAATCTGAGGAACGTGCAGAGCCTCCTGCAAGCGATTCTGAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118176 TCTGAATCTGAGGAACGTGCAGAGCCTCCTGCAAGCGATTCTGAAAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGATGTCAATCAGCATGGGAGCGACTCTGAGAGTGAAGAGACCAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118226 GGATGTCAATCAGCATGGGAGCGACTCTGAGAGTGAAGAGACCAGGAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACCTGGTAGTGACTCTGAAAATGAGGAACTTCTTAATGGGCATGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118276 TACCTGGTAGTGACTCTGAAAATGAGGAACTTCTTAATGGGCATGCAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACTCAGAAAACGAAGATGTTGGGAAGCATCCCGCCAGTGATTCTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118326 GACTCAGAAAACGAAGATGTTGGGAAGCATCCCGCCAGTGATTCTGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAGGAGCTCCAGAAGAGTCCTGCTAGTGACTCTGAAACAGAAGATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118376 TGAGGAGCTCCAGAAGAGTCCTGCTAGTGACTCTGAAACAGAAGATGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAAAACCTCAAATCAGTGACTCTGAGAGTGAGGAACCCCCAAGGCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118426 TAAAACCTCAAATCAGTGACTCTGAGAGTGAGGAACCCCCAAGGCACCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCAGTGACTCCGAAAATGAGGAGCCTCCCAAACCTCGAATGAGTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118476 GCCAGTGACTCCGAAAATGAGGAGCCTCCCAAACCTCGAATGAGTGATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAAAGTGAGGAGCTTCCTAAACCTCAGGTCAGTGATTCAGAAAGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118526 TGAAAGTGAGGAGCTTCCTAAACCTCAGGTCAGTGATTCAGAAAGTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AACCCCCAAGGCACCAGGCCAGTGACTCTGAAAATGAGGAGCTTCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118576 AACCCCCAAGGCACCAGGCCAGTGACTCTGAAAATGAGGAGCTTCCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCTCGTATCAGTGACTCAGAAAGTGAGGACCCTCCGAGGCACCAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118626 CCTCGTATCAGTGACTCAGAAAGTGAGGACCCTCCGAGGCACCAGGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGACTCAGAAAATGAAGAGCTTCCCAAACCCCGAATCAGTGATTCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118676 TGACTCAGAAAATGAAGAGCTTCCCAAACCCCGAATCAGTGATTCGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGAGGATCCCCCAAGGAACCAGGCCAGTGATTCGGAAAATGAGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118726 GTGAGGATCCCCCAAGGAACCAGGCCAGTGATTCGGAAAATGAGGAGCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCCAAACCCCGAGTCAGTGACTCTGAGAGTGAGGGGCCTCAGAAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118776 CCCAAACCCCGAGTCAGTGACTCTGAGAGTGAGGGGCCTCAGAAGGGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGCCAGTGACTCAGAAACTGAGGATGCGTCCAGACACAAACAGAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118826 TGCCAGTGACTCAGAAACTGAGGATGCGTCCAGACACAAACAGAAGCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGTCAGATGATGACAGCGACAGGGAGAATAAGGGAGAGGATACAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118876 AGTCAGATGATGACAGCGACAGGGAGAATAAGGGAGAGGATACAGAAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CAGAATGACTCCTTCCATTCAGACAGCCATATGGACAGAAAAAAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118926 CAGAATGACTCCTTCCATTCAGACAGCCATATGGACAGAAAAAAGTTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAGTTCTGATAGTGAGGAGGAAGAACACAAAAAGCAAAAAATGGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118976 CAGTTCTGATAGTGAGGAGGAAGAACACAAAAAGCAAAAAATGGACAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ATGAAGATGAAAAAGAGGGTGAGGAGGAGAAAGTAGCGAAGAGAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119026 ATGAAGATGAAAAAGAGGGTGAGGAGGAGAAAGTAGCGAAGAGAAAAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GCTGTGCTTTCTGATAGTGAAGATGAAGAGAAAGCAT         CAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119076 GCTGTGCTTTCTGATAGTGAAGATGAAGAGAAAGCATGTA...CAGCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AAAGAAGAGTCGTGTTGTCTCTGATGCAGATGACTCTGACAGTGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120224 AAAGAAGAGTCGTGTTGTCTCTGATGCAGATGACTCTGACAGTGATGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TATCAGACAAGTCAGGCAAAAGAGAGAAGACCATAGCATCTGACAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120274 TATCAGACAAGTCAGGCAAAAGAGAGAAGACCATAGCATCTGACAGTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAAGAAGCTGGGAAAGAATTGTCTGATAAGAAAAATGAAGAGAAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120324 GAAGAAGCTGGGAAAGAATTGTCTGATAAGAAAAATGAAGAGAAGGATCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GTTTGGGAGTGACAGTGAGTCAGGCAATGAAGAAGA         AAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120374 GTTTGGGAGTGACAGTGAGTCAGGCAATGAAGAAGAGTA...TAGAAATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTATTGCAGACATATTTGGAGAATCTGGTGATGAAGAGGAAGAAGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120929 TTATTGCAGACATATTTGGAGAATCTGGTGATGAAGAGGAAGAAGAATTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ACA         GGTTTTAACCAAGAAGATCTGGAAGAAGAAAAAGGTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120979 ACAGTA...TAGGGTTTTAACCAAGAAGATCTGGAAGAAGAAAAAGGTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AACACAGGTAAAAGAAGCAGAAGATTCAGATTCTGATGATAACATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125597 AACACAGGTAAAAGAAGCAGAAGATTCAGATTCTGATGATAACATAAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GAGGAAAACA         TATGGACTTTCTGTCAGATTTTGAGATGATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125647 GAGGAAAACAGTA...TAGTATGGACTTTCTGTCAGATTTTGAGATGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TTGCAGCGAAAAAAGAGCATGAGTGGCAAGCGCAGACGGAACCGCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127679 TTGCAGCGAAAAAAGAGCATGAGTGGCAAGCGCAGACGGAACCGCGATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TGGCACCTTTATTAGTGATGCAGACGACGTCGTGAGTGCCATGATCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127729 TGGCACCTTTATTAGTGATGCAGACGACGTCGTGAGTGCCATGATCGTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AGATGAATGAAGCTGCTGAG         GAAGACAGACAGTTGAACAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 127779 AGATGAATGAAGCTGCTGAGGTG...TAGGAAGACAGACAGTTGAACAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CAAAAAAAGCCAGCACTGAAAAAATTAACTTTACTGCCTGCTGTAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128863 CAAAAAAAGCCAGCACTGAAAAAATTAACTTTACTGCCTGCTGTAGTTAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GCACCTTAAGAA         GCAGGACCTTAAAGAAACATTCATTGACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 128913 GCACCTTAAGAAGTA...CAGGCAGGACCTTAAAGAAACATTCATTGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GTGGTGTGATGTCTGCCATCAAAGAATGGCTCTCACCTCTACCAGATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130415 GTGGTGTGATGTCTGCCATCAAAGAATGGCTCTCACCTCTACCAGATAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 AGTTTGCCTGCACTCAAGATCCGGGAGGAGCTGCTGAAGATCCTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130465 AGTTTGCCTGCACTCAAGATCCGGGAGGAGCTGCTGAAGATCCTGCAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 G         CTGCCTAGTGTGAGCCAGGAGACCCTGAAGCATAGTGGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130515 GGTT...CAGCTGCCTAGTGTGAGCCAGGAGACCCTGAAGCATAGTGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TTGGACGAGCAGTGATGTATCTCTATAAACACCCCAAGGAGTCAAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131748 TTGGACGAGCAGTGATGTATCTCTATAAACACCCCAAGGAGTCAAGGTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AACAAGGACATGGCAGGGAAATTAATCA         ATGAGTGGTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 131798 AACAAGGACATGGCAGGGAAATTAATCAGTA...CAGATGAGTGGTCTAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GCCTATATTTGGTCTTACCTCAAACTACAAAGGAATGACAAGAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133866 GCCTATATTTGGTCTTACCTCAAACTACAAAGGAATGACAAGAGAAGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 GGGAGCAGAGAGATCTAGAACAGATGCCTCAACGACGAAGAATGAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 133916 GGGAGCAGAGAGATCTAGAACAGATGCCTCAACGACGAAGAATGAACAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2160         CACTGGTGGTCAGACACCCAGAAGAGACCTGGAAAAGGTGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133966 TA...CAGCACTGGTGGTCAGACACCCAGAAGAGACCTGGAAAAGGTGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GACAGGAGAGGAGAA         GGCTCTTAGACCTGGAGATCCTGGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134603 GACAGGAGAGGAGAAGTA...CAGGGCTCTTAGACCTGGAGATCCTGGAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 TCTGTGCCCGTGCAAGGGTCCCAATGCCTTCAAACAAGGACTATGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137158 TCTGTGCCCGTGCAAGGGTCCCAATGCCTTCAAACAAGGACTATGTTGTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 AGGCCCAAATGGAATGTGGAAATGGAGTCATCCAGG         TTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 137208 AGGCCCAAATGGAATGTGGAAATGGAGTCATCCAGGGTA...TAGTTTCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 GGCGACCTCCAAGAAGGGTATCAGTCGACTGGATAAACAGATGAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142626 GGCGACCTCCAAGAAGGGTATCAGTCGACTGGATAAACAGATGAGAAAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 TCACAGATATAAGGAAAAAAAGCAGATCTGCACACGCAGTGAAAATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142676 TCACAGATATAAGGAAAAAAAGCAGATCTGCACACGCAGTGAAAATCAGC

   2550     .    :    .    :
   2434 ATTGAGGGCAACAAAATGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||
 142726 ATTGAGGGCAACAAAATGCCATTG