seq1 = pF1KE3303.tfa, 2256 bp
seq2 = pF1KE3303/gi568815595r_186050093.tfa (gi568815595r:186050093_186420459), 370367 bp

>pF1KE3303 2256
>gi568815595r:186050093_186420459 (Chr3)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-144  (113483-113559)   98% ->
145-310  (122231-122396)   100% ->
311-373  (122977-123039)   100% ->
374-544  (131580-131750)   99% ->
545-594  (135751-135800)   100% ->
595-669  (139716-139790)   100% ->
670-792  (140487-140609)   100% ->
793-910  (144796-144913)   100% ->
911-999  (148117-148205)   98% ->
1000-1092  (152683-152775)   100% ->
1093-1152  (155154-155213)   100% ->
1153-1232  (158682-158761)   100% ->
1233-1307  (159947-160021)   100% ->
1308-1393  (162521-162606)   100% ->
1394-1483  (167278-167367)   100% ->
1484-1644  (168541-168701)   100% ->
1645-1709  (177892-177956)   100% ->
1710-1800  (208575-208665)   100% ->
1801-1978  (232081-232258)   100% ->
1979-2099  (255442-255562)   100% ->
2100-2160  (258797-258857)   100% ->
2161-2256  (270272-270367)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGAAGAACGGTGGGTCTCCCTCACTCCAGAAGAATTTGACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGAAGAACGGTGGGTCTCCCTCACTCCAGAAGAATTTGACCAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGAAATATTCAGAAT         ATTCCTCTAAGAAGATAAAAGATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||| ||||||||||||||||
 100051 CCAGAAATATTCAGAATGTG...CAGATTCCTCCAAGAAGATAAAAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTGACTGAATTTAATGAGGGTGGGAGCCTCAAACAATATGACCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113507 CCTTGACTGAATTTAATGAGGGTGGGAGCCTCAAACAATATGACCCACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAG         CCGATTAGCTATGATGTCTTCAAGCTGTTCATGAGGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113557 GAGGTA...CAGCCGATTAGCTATGATGTCTTCAAGCTGTTCATGAGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTACCTGGAGGTGGACCTTCCCCAGCCACTGAGCACTCACCTCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122269 GTACCTGGAGGTGGACCTTCCCCAGCCACTGAGCACTCACCTCTTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTTCAGCCAGAAGCCCAGACACGAGACCTCTGACCACCCGACGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122319 CCTTCAGCCAGAAGCCCAGACACGAGACCTCTGACCACCCGACGGAGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAGCAACAGTGAGGCCAACAGCGCAG         ATACTAATATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122369 GCCAGCAACAGTGAGGCCAACAGCGCAGGTA...CAGATACTAATATACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAATGCAGATAATGCCACCAAAGCAGACGAGGCCTGTGCCCCTGATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122990 GAATGCAGATAATGCCACCAAAGCAGACGAGGCCTGTGCCCCTGATACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374          AATCAAATATGGCTGAGAAGCAAGCACCAGCTGAAGACCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123040 GTA...CAGAATCAAATATGGCTGAGAAGCAAGCACCAGCTGAAGACCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGGCTGCGAGCCCCCTGGAACCCCCCGTCCCTCGGTCTTCAAGCTCGGA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131621 GTGGCTGCGACCCCCCTGGAACCCCCCGTCCCTCGGTCTTCAAGCTCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATCCCCAGTGGTATACCTGAAGGATGTTGTGTGCTACCTGTCCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131671 ATCCCCAGTGGTATACCTGAAGGATGTTGTGTGCTACCTGTCCCTGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGACGGGGAGGCCTCAGGATAAGCTGGAGT         TCATGTTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 131721 AGACGGGGAGGCCTCAGGATAAGCTGGAGTGTA...CAGTCATGTTTCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCTATGATTCAGATGAGAACGGTCTCCTGGACCAAGCG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 135762 CTCTATGATTCAGATGAGAACGGTCTCCTGGACCAAGCGGTA...TAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATGGATTGCATTGTCAACCAAATGCTGCATATTGCCCAGTACCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139718 GATGGATTGCATTGTCAACCAAATGCTGCATATTGCCCAGTACCTGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGATCCCACAGAGCTGAGGCCT         ATATTGAAGGAGATGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 139768 GGGATCCCACAGAGCTGAGGCCTGTG...CAGATATTGAAGGAGATGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAAGGGATGGACTACGACCGGGACGGCTTTGTGTCTCTACAGGAATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140505 CAAGGGATGGACTACGACCGGGACGGCTTTGTGTCTCTACAGGAATGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCATGGAGGGATGACCACCATCCCATTGCTGGTCCTCCTGGGGATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140555 CCATGGAGGGATGACCACCATCCCATTGCTGGTCCTCCTGGGGATGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTCT         GGCTCCAAGGGGGATGGGCGGCACGCCTGGACCATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140605 ACTCTGTA...CAGGGCTCCAAGGGGGATGGGCGGCACGCCTGGACCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGCACTTCAAGAAACCAACCTACTGCAACTTCTGCCATATCATGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144832 AAGCACTTCAAGAAACCAACCTACTGCAACTTCTGCCATATCATGCTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGGCGTCCGCAAGCAAGGCCTGTGCTGCACTT         ACTGTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 144882 GGGCGTCCGCAAGCAAGGCCTGTGCTGCACTTGTG...CAGACTGTAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACACTGTCCACGAACGCTGTGTGTCCAAAAACATTCCTGGTTGTGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 148126 ACACTGTCCACGAACGCTGTGTGTCCAGAAACATTCCTGGTTGTGTCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACGTACTCAAAAGCCAAAAGGAGTGGTGAG         TTTCACCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 148176 ACGTACTCAAAAGCCAAAAGGAGTGGTGAGGTT...CAGTTTCACCGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ATGTGAATTATCAACGTTGTGTGACGGTGGGGAACTCAGAGACCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152694 ATGTGAATTATCAACGTTGTGTGACGGTGGGGAACTCAGAGACCACATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TACTGCCCACCTCCATATGCCCCATCACCCGG         GACAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 152744 TACTGCCCACCTCCATATGCCCCATCACCCGGGTA...CAGGACAGGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GGTGAGAAGTCTGATGGCTGCGTGTCCGCCAAGGGCGAACTTGTCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155163 GGTGAGAAGTCTGATGGCTGCGTGTCCGCCAAGGGCGAACTTGTCATGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 G         TATAAGATCATCCCCACCCCGGGTACCCACCCCCTGCTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155213 GGTA...AAGTATAAGATCATCCCCACCCCGGGTACCCACCCCCTGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCTTGGTGAACCCCAAGAGTGGAGGGAGACAAGGAGAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 158722 TCTTGGTGAACCCCAAGAGTGGAGGGAGACAAGGAGAAAGGTA...TAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 ATTCTTCGGAAATTCCACTATCTGCTCAACCCCAAACAAGTTTTCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159948 ATTCTTCGGAAATTCCACTATCTGCTCAACCCCAAACAAGTTTTCAACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGACAATGGGGGGCCTACTCCAGG         GTTGAACTTTTTCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 159998 GGACAATGGGGGGCCTACTCCAGGGTA...CAGGTTGAACTTTTTCCGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 ATACTCCAGACTTCCGTGTTTTGGCCTGTGGTGGAGATGGGACAGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162538 ATACTCCAGACTTCCGTGTTTTGGCCTGTGGTGGAGATGGGACAGTTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TGGATTTTGGATTGCATTG         ATAAGGCCAACTTTGCAAAGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 162588 TGGATTTTGGATTGCATTGGTA...CAGATAAGGCCAACTTTGCAAAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TCCACCAGTGGCTGTCCTGCCTCTTGGAACAGGAAATGACCTTGCCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167300 TCCACCAGTGGCTGTCCTGCCTCTTGGAACAGGAAATGACCTTGCCCGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GTCTCCGCTGGGGAGGAG         GTTATGAAGGGGGCAGCTTGACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 167350 GTCTCCGCTGGGGAGGAGGTG...CAGGTTATGAAGGGGGCAGCTTGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 AAAATCCTGAAAGACATTGAGCAGAGCCCCTTGGTGATGCTGGACCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168564 AAAATCCTGAAAGACATTGAGCAGAGCCCCTTGGTGATGCTGGACCGCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 GCATCTGGAAGTCATCCCCAGAGAGGAAGTGGAAAACGGGGACCAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168614 GCATCTGGAAGTCATCCCCAGAGAGGAAGTGGAAAACGGGGACCAGGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CATACAGCATCATGAACAACTATTTCTCCATTGGTGTG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 168664 CATACAGCATCATGAACAACTATTTCTCCATTGGTGTGGTG...CAGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GCTTCCATTGCACACAGATTCCATGTGATGAGAGAGAAACATCCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177895 GCTTCCATTGCACACAGATTCCATGTGATGAGAGAGAAACATCCTGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 ATTCAACAGCAG         GATGAAGAACAAGCTGTGGTACTTTGAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 177945 ATTCAACAGCAGGTA...CAGGATGAAGAACAAGCTGTGGTACTTTGAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 TTGGCACCTCGGAGACTTTTGCAGCGACCTGCAAGAAACTCCACGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208604 TTGGCACCTCGGAGACTTTTGCAGCGACCTGCAAGAAACTCCACGACCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 ATTGAGTTGGAG         TGTGATGGGGTTGGGGTGGACCTGAGCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 208654 ATTGAGTTGGAGGTA...CAGTGTGATGGGGTTGGGGTGGACCTGAGCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 CATCTTCCTGGAAGGCATTGCCATTCTCAACATTCCCAGCATGTACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232110 CATCTTCCTGGAAGGCATTGCCATTCTCAACATTCCCAGCATGTACGGAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 GCACCAATCTCTGGGGAGAAAACAAGAAGAACCGGGCTGTGATCCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232160 GCACCAATCTCTGGGGAGAAAACAAGAAGAACCGGGCTGTGATCCGGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 AGCAGGAAGGGTGTCACTGACCCCAAAGAACTGAAATTCTGCGTTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 232210 AGCAGGAAGGGTGTCACTGACCCCAAAGAACTGAAATTCTGCGTTCAAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979         ACCTCAGTGACCAGCTCCTTGAAGTGGTGGGGCTAGAAGGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232260 TA...CAGACCTCAGTGACCAGCTCCTTGAAGTGGTGGGGCTAGAAGGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 CCATGGAGATGGGGCAGATCTACACCGGCCTGAAGAGTGCAGGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255484 CCATGGAGATGGGGCAGATCTACACCGGCCTGAAGAGTGCAGGCAGGAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CTGGCCCAGTGCGCCTCTGTCACCATCAG         GACAAACAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 255534 CTGGCCCAGTGCGCCTCTGTCACCATCAGGTA...CAGGACAAACAAGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 GCTGCCAATGCAAGTGGATGGAGAACCCTGGATGCAGCCATGTTGCACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 258809 GCTGCCAATGCAAGTGGATGGAGAACCCTGGATGCAGCCATGTTGCACGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161         ATTAAAATTACTCACAAGAACCAAGCGCCCATGATGATGGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258859 TG...TAGATTAAAATTACTCACAAGAACCAAGCGCCCATGATGATGGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203 CCTCCCCAGAAGAGCAGCTTCTTCTCGTTGAGAAGGAAGAGCCGTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270314 CCTCCCCAGAAGAGCAGCTTCTTCTCGTTGAGAAGGAAGAGCCGTTCAAA

   2450 
   2253 AGAC
        ||||
 270364 AGAC