seq1 = pF1KE3296.tfa, 2322 bp
seq2 = pF1KE3296/gi568815582r_74523931.tfa (gi568815582r:74523931_74761449), 237519 bp

>pF1KE3296 2322
>gi568815582r:74523931_74761449 (Chr16)

(complement)

1-518  (100001-100518)   99% ->
519-721  (109328-109530)   100% ->
722-792  (112248-112318)   100% ->
793-987  (116715-116909)   100% ->
988-1079  (116997-117088)   100% ->
1080-1194  (123480-123594)   100% ->
1195-1426  (124873-125104)   99% ->
1427-1577  (128777-128927)   100% ->
1578-1754  (130493-130669)   98% ->
1755-1969  (132784-132998)   100% ->
1970-2181  (134896-135107)   100% ->
2182-2322  (137379-137519)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCATGAAGCAATGGAATATGATGTTCAGGTGCAGTTAAATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCATGAAGCAATGGAATATGATGTTCAGGTGCAGTTAAATCATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAACAACAGCCAGCTCCTGCTGGCATGGCCAGCAGCCAAGGGGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAACAACAGCCAGCTCCTGCTGGCATGGCCAGCAGCCAAGGGGGACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTCCTCCAGCCTGTTCCTGCTGATGTGGTCAGCAGCCAGGGGGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTCCTCCAGCCTGTTCCTGCTGATGTGGTCAGCAGCCAGGGGGTACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCATCCTCCAGCCAGCTCCTGCTGAGGTGATCAGCAGCCAAGCGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCATCCTCCAGCCAGCTCCTGCTGAGGTGATCAGCAGCCAAGCGACACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCCCTGCTCCAGCCTGCTCCGCAACTGTCTGTTGACCTGACAGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCCCTGCTCCAGCCTGCTCCGCAACTGTCTGTTGACCTGACAGAAGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGTCTTGGGAGAAGACAATGTGGAGAACATCAATCCAAGAACTTCAGAA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGTCTTGGGAGAAGACACTGTGGAGAACATCAATCCAAGAACTTCAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAACATAGGCAGGGATCTGATGGTAATCACACCATCCCAGCATCTTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAACATAGGCAGGGATCTGATGGTAATCACACCATCCCAGCATCTTCGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCATTCAATGACCAACTTCATCAGCGGACTGCAGAGACTTCATGGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCATTCAATGACCAACTTCATCAGCGGACTGCAGAGACTTCATGGCATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGAATTCCTGAGACCTTCATCTTCAAACCACAGTGTAGGGCCAATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGAATTCCTGAGACCTTCATCTTCAAACCACAGTGTAGGGCCAATGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACAAGAAGGAGGGTATCTGCTTCACGGAGGGCAAGAGCCGGAGGGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACAAGAAGGAGGGTATCTGCTTCACGGAGGGCAAGAGCCGGAGGGTCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAGGACAGACAGTGCCAG         GTTGAGAGCACCATTGGATGCTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100501 GAGGACAGACAGTGCCAGGTA...TAGGTTGAGAGCACCATTGGATGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTTTCAGGTGAGCAGGACCCAGCCTGACTTGCCAGCTACCACTTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109351 ACTTTCAGGTGAGCAGGACCCAGCCTGACTTGCCAGCTACCACTTATGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCAGAGACTAGGAATCCTGTATCTGAAGAGTTGCAGGTGTCTAGTAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109401 TCAGAGACTAGGAATCCTGTATCTGAAGAGTTGCAGGTGTCTAGTAGTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGATTCTGACAGTGACAGCTCTGCAGAGTATGGAGGGGTTGTTGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109451 TGATTCTGACAGTGACAGCTCTGCAGAGTATGGAGGGGTTGTTGACCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGAGGAATCTGGAGCTGTCATTTTAGAAG         AGCAACTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109501 CAGAGGAATCTGGAGCTGTCATTTTAGAAGGTC...CAGAGCAACTAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGTGTCTCAGCAGAGCAAGAAGTTACATGTATCGATGGAGGCAAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112259 GGTGTCTCAGCAGAGCAAGAAGTTACATGTATCGATGGAGGCAAGACCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCCCAAACAG         CCATCTCCCCAGAAGTCTGAGCCTCTGCTAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112309 CCCCAAACAGGTA...TAGCCATCTCCCCAGAAGTCTGAGCCTCTGCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTTCTGCTTCTATGGATGAGGAAGAAGGGGACACTTGTACAATATGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116746 CTTCTGCTTCTATGGATGAGGAAGAAGGGGACACTTGTACAATATGTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAACAGTGGACCAATGCTGGGGACCACCGGCTCTCAGCATTACGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116796 GAACAGTGGACCAATGCTGGGGACCACCGGCTCTCAGCATTACGCTGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCATCTCTTTGGGTATAGGTGCATTTCCACGTGGCTTAAAGGACAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116846 GCATCTCTTTGGGTATAGGTGCATTTCCACGTGGCTTAAAGGACAAGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GAAAATGTCCCCAG         TGCAACAAGAAAGCCAGGCACAGTGAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116896 GAAAATGTCCCCAGGTA...TAGTGCAACAAGAAAGCCAGGCACAGTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATTGTCGTCCTTTATGCCCGAACCCTGAGAGCTTTGGACACTAGTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117024 ATTGTCGTCCTTTATGCCCGAACCCTGAGAGCTTTGGACACTAGTGAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGAGCGCATGAAAAG         TTCCCTACTGAAGGAACAGATGCTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117074 GGAGCGCATGAAAAGGTA...TAGTTCCCTACTGAAGGAACAGATGCTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGAAACAGGCCGAGTTAGAATCAGCACAGTGCCGACTCCAACTGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123506 GGAAACAGGCCGAGTTAGAATCAGCACAGTGCCGACTCCAACTGCAGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTCACTGATAAGTGCACTAGGCTTCAAAGGCGTGTTCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 123556 CTCACTGATAAGTGCACTAGGCTTCAAAGGCGTGTTCAGGTA...TAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTTGCAAAAACTTACATCACATCAAAGTCAGAATTTACAGCAACCCAGGG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124875 CTTGCAAAAACTTACGTCACATCAAAGTCAGAATTTACAGCAACCCAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GCTCCCAAGCATGGGTCCTGAGCTGCTCACCCTCCAGCCAGGGCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124925 GCTCCCAAGCATGGGTCCTGAGCTGCTCACCCTCCAGCCAGGGCCAGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AAGCACAAGTACCACTTCCAAAAGACCTTCACAGTATCTCAGGCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124975 AAGCACAAGTACCACTTCCAAAAGACCTTCACAGTATCTCAGGCAGGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTGCCGGATCATGGCATACTGTGATGCTCTGAGCTGCCTGGTGATATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125025 CTGCCGGATCATGGCATACTGTGATGCTCTGAGCTGCCTGGTGATATCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGCCTTCTCCTCAGGCCTCTTTTCTTCCAG         GCTTTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125075 AGCCTTCTCCTCAGGCCTCTTTTCTTCCAGGTA...CAGGCTTTGGTGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGATGTTGAGTACTGCCAACATGAAGAGCAGTCAGTACATTCCGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128788 AAGATGTTGAGTACTGCCAACATGAAGAGCAGTCAGTACATTCCGATGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGGCAAACAGATCCGTGGACTGGCGTTTAGCAGTTACCTCAGAGGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128838 TGGCAAACAGATCCGTGGACTGGCGTTTAGCAGTTACCTCAGAGGCTTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TACTCTCTGCTTCCCTAGACAACACTATTAAACTGACCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 128888 TACTCTCTGCTTCCCTAGACAACACTATTAAACTGACCAGGTG...CAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTGGAGACAAATACCGTGGTCCAGACTTATAATGCTGGACGTCCAGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 130494 CTGGAGACAAATACCGTGGTCCAGACTTATAATGCTGGACGTCCTGTCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GAGCTGTTGCTGGTGTCTTGATGAGGCTAACTACATCTATGCTGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130544 GAGCTGTTGCTGGTGTCTTGATGAGGCTAACTACATCTATGCTGGACTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CCAATGGTTCAGTTCTGGTATATGACGTGCGAAACACGAGCAGTCATGTG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130594 CCAATGGTTCAATTCTGGTATATGACGTGCGAAACACGAGCAGTCATGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CAGGAGTTAGTAGCTCAGAAAGCCAG         ATGCCCACTGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 130644 CAGGAGTTAGTAGCTCAGAAAGCCAGGTA...CAGATGCCCACTGGTCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CCTGTCATACATGCCCAGAGCTGCCTCAGCTGCATTTCCATATGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132799 CCTGTCATACATGCCCAGAGCTGCCTCAGCTGCATTTCCATATGGTGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TGCTGGCTGGAACCTTGGAGGATGCTTCATTCTGGGAACAGAAAATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132849 TGCTGGCTGGAACCTTGGAGGATGCTTCATTCTGGGAACAGAAAATGGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 TTTTCTCATTGGCCTCATGTGCTGCCCTTGGAGCCAGGGGGCTGCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132899 TTTTCTCATTGGCCTCATGTGCTGCCCTTGGAGCCAGGGGGCTGCATAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CTTTCAGACAGAGAACAGCTCCCGGCACTGTCTTGTGACCTACAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132949 CTTTCAGACAGAGAACAGCTCCCGGCACTGTCTTGTGACCTACAGGCCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970          ATAAAAATCACACCACCATACGAAGTGTGCTGATGGAAATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132999 GTA...TAGATAAAAATCACACCACCATACGAAGTGTGCTGATGGAAATG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 TCCTACCGACTGGATGACACTGGAAATCCAATCTGCTCCTGCCAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134937 TCCTACCGACTGGATGACACTGGAAATCCAATCTGCTCCTGCCAGCCTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 ACATACATTTTTTGGAGGACCTACTTGCAAACTATTGACCAAAAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134987 ACATACATTTTTTGGAGGACCTACTTGCAAACTATTGACCAAAAATGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TTTTCCAAAGCCCAGAGAATGATGGCAACATCCTGGTGTGTACTGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135037 TTTTCCAAAGCCCAGAGAATGATGGCAACATCCTGGTGTGTACTGGGGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GAAGCAGCAAATTCTGCCCTG         CTGTGGGATGCTGCCAGTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 135087 GAAGCAGCAAATTCTGCCCTGGTG...TAGCTGTGGGATGCTGCCAGTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CTCGTTGCTCCAGGACCTACAGACCGATCAGCCTGTGTTGGACATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137399 CTCGTTGCTCCAGGACCTACAGACCGATCAGCCTGTGTTGGACATCTGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 CATTTGAGGTGAACCGTAACAGCTACTTGGCTACCTTAACAGAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137449 CATTTGAGGTGAACCGTAACAGCTACTTGGCTACCTTAACAGAGAAGATG

   2400     .    :    .    :
   2302 GTCCACATCTATAAGTGGGAG
        |||||||||||||||||||||
 137499 GTCCACATCTATAAGTGGGAG