seq1 = pF1KE3293.tfa, 2295 bp
seq2 = pF1KE3293/gi568815587f_113287885.tfa (gi568815587f:113287885_113500264), 212380 bp

>pF1KE3293 2295
>gi568815587f:113287885_113500264 (Chr11)

1-185  (100001-100185)   100% ->
186-480  (105597-105891)   100% ->
481-632  (107045-107196)   100% ->
633-682  (107475-107524)   100% ->
683-838  (108183-108338)   100% ->
839-957  (109340-109458)   100% ->
958-994  (110096-110132)   100% ->
995-2295  (111080-112380)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCGACCCCACCGAGCTGCGGCTGGGCAGCCTCCCCGTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCGACCCCACCGAGCTGCGGCTGGGCAGCCTCCCCGTCTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCGACGACTTCGAGGGCGACTGGCGCCTAGTGGCCAGCGGCGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCGACGACTTCGAGGGCGACTGGCGCCTAGTGGCCAGCGGCGGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGGTGTTCCAGGCGCGGCACAGGCGCTGGCGGACGGAGTACGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCAGGTGTTCCAGGCGCGGCACAGGCGCTGGCGGACGGAGTACGCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGTGCGCCCCCTGCCTTCCACCCGACGCCGCCAG         CTCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100151 AAGTGCGCCCCCTGCCTTCCACCCGACGCCGCCAGGTA...TAGCTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGAATTACCTCATTGAAGAAGCTGCCAAAATGAAGAAGATCAAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105603 TGTGAATTACCTCATTGAAGAAGCTGCCAAAATGAAGAAGATCAAGTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCACATCGTGTCTATCTACGGGGTGTGCAAGCAGCCCCTGGGTATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105653 AGCACATCGTGTCTATCTACGGGGTGTGCAAGCAGCCCCTGGGTATTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGAGTTTATGGCCAACGGCTCCCTGGAGAAGGTGCTGTCCACCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105703 ATGGAGTTTATGGCCAACGGCTCCCTGGAGAAGGTGCTGTCCACCCACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCTGCTGGAAGCTCAGGTTCCGCATCATCCATGAGACCAGCTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105753 CCTCTGCTGGAAGCTCAGGTTCCGCATCATCCATGAGACCAGCTTGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAACTTCCTGCACAGCATTAAGCCGCCTCTGCTCCACCTGGACCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105803 TGAACTTCCTGCACAGCATTAAGCCGCCTCTGCTCCACCTGGACCTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCGGGCAACATACTCCTGGACAGCAACATGCATGTCAAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105853 CCGGGCAACATACTCCTGGACAGCAACATGCATGTCAAAGTA...CAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTCAGACTTCGGCCTGTCCAAGTGGATGGAACAGTCCACCCGGATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107047 TTCAGACTTCGGCCTGTCCAAGTGGATGGAACAGTCCACCCGGATGCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACATCGAGAGGTCGGCTCTGCGGGGCATGCTCAGCTACATCCCCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107097 ACATCGAGAGGTCGGCTCTGCGGGGCATGCTCAGCTACATCCCCCCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATGTTCCTGGAGAGTAACAAGGCCCCAGGACCTAAATATGATGTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107147 ATGTTCCTGGAGAGTAACAAGGCCCCAGGACCTAAATATGATGTGTACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633          CTTTGCAATTGTCATCTGGGAGCTACTCACTCAGAAGAAAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107197 GTG...CAGCTTTGCAATTGTCATCTGGGAGCTACTCACTCAGAAGAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CATACTCAG         GGTTCAACATGATGATGATTATTATCCGAGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107516 CATACTCAGGTA...CAGGGTTCAACATGATGATGATTATTATCCGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCGGCAGGCATGCGGCCCTCCCTACAGCCTGTCTCTGACCAATGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108215 GCGGCAGGCATGCGGCCCTCCCTACAGCCTGTCTCTGACCAATGGCCAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGAGGCCCAGCAGATGGTGGACCTGATGAAACGCTGCTGGGACCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108265 CGAGGCCCAGCAGATGGTGGACCTGATGAAACGCTGCTGGGACCAGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCAAGAAGAGGCCATGCTTTCTAG         ACATTACCATCGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108315 CCAAGAAGAGGCCATGCTTTCTAGGTG...CAGACATTACCATCGAGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACATACTGCTGTCACTGCTGCAGAGTCGTGTGGCAGTCCCAGAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109357 GACATACTGCTGTCACTGCTGCAGAGTCGTGTGGCAGTCCCAGAGAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGCCCTGGCCAGGAAGGTGTCCTGCAAGCTGTCGCTGCGCCAGCCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109407 GGCCCTGGCCAGGAAGGTGTCCTGCAAGCTGTCGCTGCGCCAGCCCGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AG         GTTAATGAGGACATCAGCCAGGAACTGATGGACAGTG  
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109457 AGGTG...CAGGTTAATGAGGACATCAGCCAGGAACTGATGGACAGTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995        ACTCAGGAAACTACCTGAAGCGGGCCCTTCAGCTCTCCGACCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110135 G...CAGACTCAGGAAACTACCTGAAGCGGGCCCTTCAGCTCTCCGACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TAAGAATTTGGTCCCGAGAGATGAGGAACTGTGTATCTATGAGAACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111123 TAAGAATTTGGTCCCGAGAGATGAGGAACTGTGTATCTATGAGAACAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCACCCCCCTCCACTTCCTGGTGGCCCAGGGCAGTGTGGAGCAGGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111173 TCACCCCCCTCCACTTCCTGGTGGCCCAGGGCAGTGTGGAGCAGGTGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTGCTGCTGGCCCACGAGGTAGACGTGGACTGCCAGACGGCCTCTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111223 TTGCTGCTGGCCCACGAGGTAGACGTGGACTGCCAGACGGCCTCTGGATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CACGCCCCTCCTGATCGCCGCCCAGGACCAGCAACCCGACCTCTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111273 CACGCCCCTCCTGATCGCCGCCCAGGACCAGCAACCCGACCTCTGTGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGCTTTTGGCACATGGTGCTGATGCCAACCGAGTGGATGAGGATGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111323 TGCTTTTGGCACATGGTGCTGATGCCAACCGAGTGGATGAGGATGGCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCCCCACTGCACTTTGCAGCCCAGAATGGGGATGACGGCACTGCGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111373 GCCCCACTGCACTTTGCAGCCCAGAATGGGGATGACGGCACTGCGCGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GCTCCTGGACCACGGGGCCTGTGTGGATGCCCAGGAACGTGAAGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111423 GCTCCTGGACCACGGGGCCTGTGTGGATGCCCAGGAACGTGAAGGGTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCCCTCTTCACCTGGCTGCACAGAATAACTTTGAGAATGTGGCACGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111473 CCCCTCTTCACCTGGCTGCACAGAATAACTTTGAGAATGTGGCACGGCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGGTCTCCCGTCAGGCTGACCCCAACCTGCATGAGGCTGAGGGCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111523 CTGGTCTCCCGTCAGGCTGACCCCAACCTGCATGAGGCTGAGGGCAAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CCCCCTCCATGTGGCCGCCTACTTTGGCCATGTTAGCCTGGTCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111573 CCCCCTCCATGTGGCCGCCTACTTTGGCCATGTTAGCCTGGTCAAGCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TGACCAGCCAGGGGGCTGAGTTGGATGCTCAGCAGAGAAACCTGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111623 TGACCAGCCAGGGGGCTGAGTTGGATGCTCAGCAGAGAAACCTGAGAACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CCACTGCACCTGGCAGTAGAGCGGGGCAAAGTGAGGGCCATCCAACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111673 CCACTGCACCTGGCAGTAGAGCGGGGCAAAGTGAGGGCCATCCAACACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GCTGAAGAGTGGAGCGGTCCCTGATGCCCTTGACCAGAGCGGCTACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111723 GCTGAAGAGTGGAGCGGTCCCTGATGCCCTTGACCAGAGCGGCTACGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CACTGCACACTGCAGCTGCCAGGGGCAAATACCTGATCTGCAAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111773 CACTGCACACTGCAGCTGCCAGGGGCAAATACCTGATCTGCAAGATGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CTCAGGTACGGAGCCAGCCTTGAGCTGCCCACCCACCAGGGCTGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111823 CTCAGGTACGGAGCCAGCCTTGAGCTGCCCACCCACCAGGGCTGGACACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CCTGCATCTAGCAGCCTACAAGGGCCACCTGGAGATCATCCATCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111873 CCTGCATCTAGCAGCCTACAAGGGCCACCTGGAGATCATCCATCTGCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 CAGAGAGCCACGCAAACATGGGTGCTCTTGGAGCTGTGAACTGGACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111923 CAGAGAGCCACGCAAACATGGGTGCTCTTGGAGCTGTGAACTGGACTCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CTGCACCTAGCTGCACGCCACGGGGAGGAGGCGGTGGTGTCAGCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111973 CTGCACCTAGCTGCACGCCACGGGGAGGAGGCGGTGGTGTCAGCACTGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 GCAGTGTGGGGCTGACCCCAATGCTGCAGAGCAGTCAGGCTGGACACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112023 GCAGTGTGGGGCTGACCCCAATGCTGCAGAGCAGTCAGGCTGGACACCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 TCCACCTGGCGGTCCAGAGGAGCACCTTCCTGAGTGTCATCAACCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112073 TCCACCTGGCGGTCCAGAGGAGCACCTTCCTGAGTGTCATCAACCTCCTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 GAACATCACGCAAATGTCCACGCCCGCAACAAGGTGGGCTGGACACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112123 GAACATCACGCAAATGTCCACGCCCGCAACAAGGTGGGCTGGACACCCGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CCACCTGGCCGCCCTCAAGGGCAACACAGCCATCCTCAAAGTGCTGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112173 CCACCTGGCCGCCCTCAAGGGCAACACAGCCATCCTCAAAGTGCTGGTCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 AGGCAGGCGCCCAGCTGGACGTCCAGGATGGAGTGAGCTGCACACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112223 AGGCAGGCGCCCAGCTGGACGTCCAGGATGGAGTGAGCTGCACACCCCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 CAACTGGCCCTCCGCAGCCGAAAGCAGGGCATCATGTCCTTCCTAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112273 CAACTGGCCCTCCGCAGCCGAAAGCAGGGCATCATGTCCTTCCTAGAGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 CAAGGAGCCGTCAGTGGCCACTCTGGGTGGTTCTAAGCCAGGAGCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112323 CAAGGAGCCGTCAGTGGCCACTCTGGGTGGTTCTAAGCCAGGAGCCGAGA

   2350     .
   2288 TGGAAATT
        ||||||||
 112373 TGGAAATT