seq1 = pF1KE3292.tfa, 2289 bp
seq2 = pF1KE3292/gi568815577f_37372682.tfa (gi568815577f:37372682_37612528), 239847 bp

>pF1KE3292 2289
>gi568815577f:37372682_37612528 (Chr21)

9-207  (100001-100199)   100% ->
208-327  (105500-105619)   100% ->
328-516  (107957-108145)   100% ->
517-664  (113786-113933)   100% ->
665-951  (117494-117780)   100% ->
952-1098  (120336-120482)   100% ->
1099-1239  (123437-123577)   100% ->
1240-1546  (132602-132908)   100% ->
1547-1671  (133418-133542)   100% ->
1672-2289  (139230-139847)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 AGGAGGAGAGACTTCAGCATGCAAACCTTCATCTGTTCGGCTTGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGAGGAGAGACTTCAGCATGCAAACCTTCATCTGTTCGGCTTGCACCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 CATTTTCATTCCATGCTGCTGGCCTTCAGATGGCTGGACAGATGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTTTCATTCCATGCTGCTGGCCTTCAGATGGCTGGACAGATGCCCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 TCACATCAGTACAGTGACCGTCGCCAGCCAAACATAAGTGACCAACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACATCAGTACAGTGACCGTCGCCAGCCAAACATAAGTGACCAACAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    159 TTCTGCCTTATCATATTCTGACCAGATTCAGCAACCTCTAACTAACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100151 TTCTGCCTTATCATATTCTGACCAGATTCAGCAACCTCTAACTAACCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    208         GTGATGCCTGATATTGTCATGTTACAGAGGCGGATGCCCCAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TA...AAGGTGATGCCTGATATTGTCATGTTACAGAGGCGGATGCCCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 ACCTTCCGTGACCCAGCAACTGCTCCCCTGAGAAAACTTTCTGTTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 ACCTTCCGTGACCCAGCAACTGCTCCCCTGAGAAAACTTTCTGTTGACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 GATCAAAACATACAAGCATATTAATGAG         GTTTACTATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105592 GATCAAAACATACAAGCATATTAATGAGGTA...CAGGTTTACTATGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 AAAAGAAGCGAAGACACCAACAGGGCCAGGGAGACGATTCTAGTCATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107970 AAAAGAAGCGAAGACACCAACAGGGCCAGGGAGACGATTCTAGTCATAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 AAGGAACGGAAGGTTTACAATGATGGTTATGATGATGATAACTATGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108020 AAGGAACGGAAGGTTTACAATGATGGTTATGATGATGATAACTATGATTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 TATTGTAAAAAACGGAGAAAAGTGGATGGATCGTTACGAAATTGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108070 TATTGTAAAAAACGGAGAAAAGTGGATGGATCGTTACGAAATTGACTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 TGATAGGCAAAGGTTCCTTTGGACAG         GTTGTAAAGGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108120 TGATAGGCAAAGGTTCCTTTGGACAGGTA...TAGGTTGTAAAGGCATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 GATCGTGTGGAGCAAGAATGGGTTGCCATTAAAATAATAAAGAACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113801 GATCGTGTGGAGCAAGAATGGGTTGCCATTAAAATAATAAAGAACAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 GGCTTTTCTGAATCAAGCACAGATAGAAGTGCGACTTCTTGAGCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113851 GGCTTTTCTGAATCAAGCACAGATAGAAGTGCGACTTCTTGAGCTCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632 ACAAACATGACACTGAAATGAAATACTACATAG         TGCATTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113901 ACAAACATGACACTGAAATGAAATACTACATAGGTA...CAGTGCATTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 AAACGCCACTTTATGTTTCGAAACCATCTCTGTTTAGTTTTTGAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117502 AAACGCCACTTTATGTTTCGAAACCATCTCTGTTTAGTTTTTGAAATGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 GTCCTACAACCTCTATGACTTGCTGAGAAACACCAATTTCCGAGGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117552 GTCCTACAACCTCTATGACTTGCTGAGAAACACCAATTTCCGAGGGGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 CTTTGAACCTAACACGAAAGTTTGCGCAACAGATGTGCACTGCACTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117602 CTTTGAACCTAACACGAAAGTTTGCGCAACAGATGTGCACTGCACTGCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823 TTCCTTGCGACTCCAGAACTTAGTATCATTCACTGTGATCTAAAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117652 TTCCTTGCGACTCCAGAACTTAGTATCATTCACTGTGATCTAAAACCTGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    873 AAATATCCTTCTTTGTAACCCCAAACGCAGTGCAATCAAGATAGTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117702 AAATATCCTTCTTTGTAACCCCAAACGCAGTGCAATCAAGATAGTTGACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923 TTGGCAGTTCTTGTCAGTTGGGGCAGAGG         ATATACCAGTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117752 TTGGCAGTTCTTGTCAGTTGGGGCAGAGGGTA...CAGATATACCAGTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964 ATTCAGAGTCGCTTTTATCGGTCTCCAGAGGTGCTACTGGGAATGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120348 ATTCAGAGTCGCTTTTATCGGTCTCCAGAGGTGCTACTGGGAATGCCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1014 TGACCTTGCCATTGATATGTGGTCCCTCGGGTGTATTTTGGTTGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120398 TGACCTTGCCATTGATATGTGGTCCCTCGGGTGTATTTTGGTTGAAATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1064 ACACTGGAGAACCTCTGTTCAGTGGTGCCAATGAG         GTAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120448 ACACTGGAGAACCTCTGTTCAGTGGTGCCAATGAGGTA...CAGGTAGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105 CAGATGAATAAAATAGTGGAAGTTCTGGGTATTCCACCTGCTCATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123443 CAGATGAATAAAATAGTGGAAGTTCTGGGTATTCCACCTGCTCATATTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155 TGACCAAGCACCAAAAGCAAGAAAGTTCTTTGAGAAGTTGCCAGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123493 TGACCAAGCACCAAAAGCAAGAAAGTTCTTTGAGAAGTTGCCAGATGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1205 CTTGGAACTTAAAGAAGACCAAAGATGGAAAACGG         GAGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123543 CTTGGAACTTAAAGAAGACCAAAGATGGAAAACGGGTA...CAGGAGTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1246 AAACCACCAGGAACCCGTAAACTTCATAACATTCTTGGAGTGGAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132608 AAACCACCAGGAACCCGTAAACTTCATAACATTCTTGGAGTGGAAACAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1296 AGGACCTGGTGGGCGACGTGCTGGGGAGTCAGGTCATACGGTCGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132658 AGGACCTGGTGGGCGACGTGCTGGGGAGTCAGGTCATACGGTCGCTGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1346 ACTTGAAGTTCAAAGACCTCATTTTAAGGATGCTTGATTATGACCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132708 ACTTGAAGTTCAAAGACCTCATTTTAAGGATGCTTGATTATGACCCCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1396 ACTCGAATTCAACCTTATTATGCTCTGCAGCACAGTTTCTTCAAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132758 ACTCGAATTCAACCTTATTATGCTCTGCAGCACAGTTTCTTCAAGAAAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446 AGCTGATGAAGGTACAAATACAAGTAATAGTGTATCTACAAGCCCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132808 AGCTGATGAAGGTACAAATACAAGTAATAGTGTATCTACAAGCCCCGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1496 TGGAGCAGTCTCAGTCTTCGGGCACCACCTCCAGTACATCGTCAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132858 TGGAGCAGTCTCAGTCTTCGGGCACCACCTCCAGTACATCGTCAAGCTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1546 G         GTGGCTCATCGGGGACAAGCAACAGTGGGAGAGCCCGGTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132908 GGTC...CAGGTGGCTCATCGGGGACAAGCAACAGTGGGAGAGCCCGGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1587 GGATCCGACGCACCAGCATCGGCACAGTGGTGGGCACTTCACAGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133458 GGATCCGACGCACCAGCATCGGCACAGTGGTGGGCACTTCACAGCTGCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1637 TGCAGGCCATGGACTGCGAGACACACAGTCCCCAG         GTGCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 133508 TGCAGGCCATGGACTGCGAGACACACAGTCCCCAGGTG...CAGGTGCGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1678 CAGCAATTTCCTGCTCCTCTTGGTTGGTCAGGCACTGAAGCTCCTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139236 CAGCAATTTCCTGCTCCTCTTGGTTGGTCAGGCACTGAAGCTCCTACACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1728 GGTCACTGTTGAAACTCATCCTGTTCAAGAAACAACCTTTCATGTAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139286 GGTCACTGTTGAAACTCATCCTGTTCAAGAAACAACCTTTCATGTAGCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1778 CTCAACAGAATGCATTGCATCATCACCATGGTAACAGTTCCCATCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139336 CTCAACAGAATGCATTGCATCATCACCATGGTAACAGTTCCCATCACCAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1828 CACCACCACCACCACCATCACCACCACCATGGACAACAAGCCTTGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139386 CACCACCACCACCACCATCACCACCACCATGGACAACAAGCCTTGGGTAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1878 CCGGACCAGGCCAAGGGTCTACAATTCTCCAACGAATAGCTCCTCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139436 CCGGACCAGGCCAAGGGTCTACAATTCTCCAACGAATAGCTCCTCTACCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1928 AAGATTCTATGGAGGTTGGCCACAGTCACCACTCCATGACATCCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139486 AAGATTCTATGGAGGTTGGCCACAGTCACCACTCCATGACATCCCTGTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1978 TCCTCAACGACTTCTTCCTCGACATCTTCCTCCTCTACTGGTAACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139536 TCCTCAACGACTTCTTCCTCGACATCTTCCTCCTCTACTGGTAACCAAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2028 CAATCAGGCCTACCAGAATCGCCCAGTGGCTGCTAATACCTTGGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139586 CAATCAGGCCTACCAGAATCGCCCAGTGGCTGCTAATACCTTGGACTTTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2078 GACAGAATGGAGCTATGGACGTTAATTTGACCGTCTACTCCAATCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139636 GACAGAATGGAGCTATGGACGTTAATTTGACCGTCTACTCCAATCCCCGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2128 CAAGAGACTGGCATAGCTGGACATCCAACATACCAATTTTCTGCTAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139686 CAAGAGACTGGCATAGCTGGACATCCAACATACCAATTTTCTGCTAATAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2178 AGGTCCTGCACATTACATGACTGAAGGACATCTGACAATGAGGCAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139736 AGGTCCTGCACATTACATGACTGAAGGACATCTGACAATGAGGCAAGGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2228 CTGATAGAGAAGAGTCCCCCATGACAGGAGTTTGTGTGCAACAGAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139786 CTGATAGAGAAGAGTCCCCCATGACAGGAGTTTGTGTGCAACAGAGTCCT

   2350     .    :
   2278 GTAGCTAGCTCG
        ||||||||||||
 139836 GTAGCTAGCTCG