seq1 = pF1KE3291.tfa, 2259 bp
seq2 = pF1KE3291/gi568815589r_36117368.tfa (gi568815589r:36117368_36376944), 259577 bp

>pF1KE3291 2259
>gi568815589r:36117368_36376944 (Chr9)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-257  (127548-127753)   100% ->
258-709  (130463-130914)   100% ->
710-862  (139961-140113)   100% ->
863-1075  (142813-143025)   100% ->
1076-1163  (147837-147924)   100% ->
1164-1374  (149487-149697)   100% ->
1375-1504  (153443-153572)   100% ->
1505-1726  (153947-154168)   100% ->
1727-1909  (156925-157107)   100% ->
1910-2026  (158646-158762)   100% ->
2027-2259  (159345-159577)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACCTATGGTTATCTGCAGAGGGAGTCATGCTTTCAAGGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACCTATGGTTATCTGCAGAGGGAGTCATGCTTTCAAGGACCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 T         GAACTCTATTTTAAGAACCTCTCAAAACGAAACAAGCAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTA...CAGGAACTCTATTTTAAGAACCTCTCAAAACGAAACAAGCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCATGGAGAAGAATGGAAATAACCGAAAGCTGCGGGTTTGTGTTGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127588 TCATGGAGAAGAATGGAAATAACCGAAAGCTGCGGGTTTGTGTTGCTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTAACCGTGCAGATTATTCTAAACTTGCCCCGATCATGTTTGGCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127638 TGTAACCGTGCAGATTATTCTAAACTTGCCCCGATCATGTTTGGCATTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACCGAACCTGAGTTCTTTGAACTTGATGTTGTGGTACTTGGCTCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127688 AACCGAACCTGAGTTCTTTGAACTTGATGTTGTGGTACTTGGCTCTCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGATAGATGACTATGG         AAATACATATCGAATGATTGAACAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127738 TGATAGATGACTATGGGTA...TAGAAATACATATCGAATGATTGAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGACTTTGACATTAACACCAGGCTACACACAATTGTGAGGGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130488 GATGACTTTGACATTAACACCAGGCTACACACAATTGTGAGGGGAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGGCAGCCATGGTGGAGTCAGTAGGCCTGGCCCTAGTGAAGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130538 TGAGGCAGCCATGGTGGAGTCAGTAGGCCTGGCCCTAGTGAAGCTGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTCCTTAATCGCCTGAAGCCTGATATCATGATTGTTCATGGAGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130588 ATGTCCTTAATCGCCTGAAGCCTGATATCATGATTGTTCATGGAGACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGATGCCCTGGCTCTGGCCACATCTGCTGCCTTGATGAACATCCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130638 TTTGATGCCCTGGCTCTGGCCACATCTGCTGCCTTGATGAACATCCGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTTCACATTGAAGGTGGGGAAGTCAGTGGGACCATTGATGACTCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130688 CCTTCACATTGAAGGTGGGGAAGTCAGTGGGACCATTGATGACTCTATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GACATGCCATAACAAAACTGGCTCATTATCATGTGTGCTGCACCCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130738 GACATGCCATAACAAAACTGGCTCATTATCATGTGTGCTGCACCCGCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCAGAGCAGCACCTGATATCCATGTGTGAGGACCATGATCGCATCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130788 GCAGAGCAGCACCTGATATCCATGTGTGAGGACCATGATCGCATCCTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGCAGGCTGCCCTTCCTATGACAAACTTCTCTCAGCCAAGAACAAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130838 GGCAGGCTGCCCTTCCTATGACAAACTTCTCTCAGCCAAGAACAAAGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACATGAGCATCATTCGCATGTGGCTAG         GTGATGATGTAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 130888 ACATGAGCATCATTCGCATGTGGCTAGGTA...CAGGTGATGATGTAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTAAAGATTACATTGTTGCACTACAGCACCCTGTGACCACTGACATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139975 TCTAAAGATTACATTGTTGCACTACAGCACCCTGTGACCACTGACATTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCATTCCATAAAAATGTTTGAATTAACATTGGATGCACTTATCTCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140025 GCATTCCATAAAAATGTTTGAATTAACATTGGATGCACTTATCTCATTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACAAGCGGACCCTAGTCCTGTTTCCAAATATTGACGCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 140075 ACAAGCGGACCCTAGTCCTGTTTCCAAATATTGACGCAGGTA...TAGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGCAAAGAGATGGTTCGAGTGATGCGGAAGAAGGGCATTGAGCATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142815 AGCAAAGAGATGGTTCGAGTGATGCGGAAGAAGGGCATTGAGCATCATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAACTTTCGTGCAGTTAAACACGTCCCATTTGACCAGTTTATACAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142865 CAACTTTCGTGCAGTTAAACACGTCCCATTTGACCAGTTTATACAGTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTGCCCATGCTGGCTGTATGATTGGGAACAGCAGCTGTGGGGTTCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142915 TTGCCCATGCTGGCTGTATGATTGGGAACAGCAGCTGTGGGGTTCGAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTTGGAGCTTTTGGAACACCTGTGATCAACCTGGGAACACGTCAGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142965 GTTGGAGCTTTTGGAACACCTGTGATCAACCTGGGAACACGTCAGATTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AAGAGAAACAG         GGGAGAATGTTCTTCATGTCCGGGATGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 143015 AAGAGAAACAGGTA...TAGGGGAGAATGTTCTTCATGTCCGGGATGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACACCCAAGACAAAATATTGCAAGCACTGCACCTTCAGTTTGGTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147867 ACACCCAAGACAAAATATTGCAAGCACTGCACCTTCAGTTTGGTAAACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TACCCTTG         TTCAAAGATATATGGGGATGGAAATGCTGTTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 147917 TACCCTTGGTG...CAGTTCAAAGATATATGGGGATGGAAATGCTGTTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AAGGATTTTGAAGTTTCTCAAATCTATCGATCTTCAAGAGCCACTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149520 AAGGATTTTGAAGTTTCTCAAATCTATCGATCTTCAAGAGCCACTGCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGAAATTCTGCTTTCCTCCTGTGAAGGAGAATATCTCTCAAGATATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149570 AGAAATTCTGCTTTCCTCCTGTGAAGGAGAATATCTCTCAAGATATTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CATATTCTTGAAACTCTAAGTGCCTTGGCCGTTGATCTTGGCGGGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149620 CATATTCTTGAAACTCTAAGTGCCTTGGCCGTTGATCTTGGCGGGACGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCTCCGAGTTGCAATAGTCAGCATGAAG         GGTGAAATAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 149670 CCTCCGAGTTGCAATAGTCAGCATGAAGGTA...TAGGGTGAAATAGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGAAGTATACTCAGTTCAATCCTAAAACCTATGAAGAGAGGATTAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153456 AGAAGTATACTCAGTTCAATCCTAAAACCTATGAAGAGAGGATTAATTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 ATCCTACAGATGTGTGTGGAAGCTGCAGCAGAAGCTGTAAAACTGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153506 ATCCTACAGATGTGTGTGGAAGCTGCAGCAGAAGCTGTAAAACTGAACTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CAGAATTTTGGGAGTAG         GCATTTCCACAGGTGGCCGTGTAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 153556 CAGAATTTTGGGAGTAGGTA...CAGGCATTTCCACAGGTGGCCGTGTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ATCCTCGGGAAGGAATTGTGCTGCATTCAACCAAACTGATCCAAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153971 ATCCTCGGGAAGGAATTGTGCTGCATTCAACCAAACTGATCCAAGAGTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AACTCTGTGGACCTTAGGACCCCCCTTTCTGACACTTTGCATCTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154021 AACTCTGTGGACCTTAGGACCCCCCTTTCTGACACTTTGCATCTCCCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GTGGGTAGACAATGATGGCAACTGTGCTGCCCTGGCGGAAAGGAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154071 GTGGGTAGACAATGATGGCAACTGTGCTGCCCTGGCGGAAAGGAAATTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 GCCAAGGAAAGGGACTGGAAAACTTTGTTACACTTATCACAGGCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 154121 GCCAAGGAAAGGGACTGGAAAACTTTGTTACACTTATCACAGGCACAGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1727        GAATCGGTGGTGGAATTATCCATCAGCATGAATTGATCCACGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154171 A...TAGGAATCGGTGGTGGAATTATCCATCAGCATGAATTGATCCACGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AAGCTCCTTCTGTGCTGCAGAACTGGGCCACCTTGTTGTGTCTCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156968 AAGCTCCTTCTGTGCTGCAGAACTGGGCCACCTTGTTGTGTCTCTGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 GGCCTGATTGTTCCTGTGGAAGCCATGGGTGCATTGAAGCATACGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157018 GGCCTGATTGTTCCTGTGGAAGCCATGGGTGCATTGAAGCATACGCCTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GGAATGGCCTTGCAGAGGGAGGCAAAAAAGCTCCATGATG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 157068 GGAATGGCCTTGCAGAGGGAGGCAAAAAAGCTCCATGATGGTT...CAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GGACCTGCTCTTGGTGGAAGGGATGTCAGTGCCAAAAGATGAGGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158647 GGACCTGCTCTTGGTGGAAGGGATGTCAGTGCCAAAAGATGAGGCTGTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 GTGCGCTCCATCTCATCCAAGCTGCGAAACTTGGCAATGCGAAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158697 GTGCGCTCCATCTCATCCAAGCTGCGAAACTTGGCAATGCGAAGGCCCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 AGCATCCTAAGAACAG         CTGGAACAGCTTTGGGTCTTGGGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 158747 AGCATCCTAAGAACAGGTG...TAGCTGGAACAGCTTTGGGTCTTGGGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TGTGAACATCCTCCATACCATGAATCCCTCCCTTGTGATCCTCTCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159370 TGTGAACATCCTCCATACCATGAATCCCTCCCTTGTGATCCTCTCCGGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TCCTGGCCAGTCACTATATCCACATTGTCAAAGACGTCATTCGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159420 TCCTGGCCAGTCACTATATCCACATTGTCAAAGACGTCATTCGCCAGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GCCTTGTCCTCCGTGCAGGACGTGGATGTGGTGGTTTCGGATTTGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159470 GCCTTGTCCTCCGTGCAGGACGTGGATGTGGTGGTTTCGGATTTGGTTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CCCCGCCCTGCTGGGTGCTGCCAGCATGGTTCTGGACTACACAACACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159520 CCCCGCCCTGCTGGGTGCTGCCAGCATGGTTCTGGACTACACAACACGCA

   2350     .
   2252 GGATCTAC
        ||||||||
 159570 GGATCTAC