seq1 = pF1KE3290.tfa, 2241 bp
seq2 = pF1KE3290/gi568815578f_31657477.tfa (gi568815578f:31657477_31901077), 243601 bp

>pF1KE3290 2241
>gi568815578f:31657477_31901077 (Chr20)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-229  (102581-102703)   100% ->
230-356  (109080-109206)   100% ->
357-485  (112867-112995)   100% ->
486-608  (114084-114206)   100% ->
609-730  (118391-118512)   100% ->
731-882  (120011-120162)   100% ->
883-1054  (121337-121508)   100% ->
1055-1196  (124773-124914)   100% ->
1197-1413  (126229-126445)   100% ->
1414-1509  (135259-135354)   100% ->
1510-1686  (136372-136548)   100% ->
1687-1833  (136926-137072)   100% ->
1834-1945  (139928-140039)   100% ->
1946-2133  (140889-141076)   100% ->
2134-2241  (143494-143601)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACAAGTTAAAAGCTCTTATTCCTATGATGCCCCCTCGGATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACAAGTTAAAAGCTCTTATTCCTATGATGCCCCCTCGGATTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATTTTTCATCCTTGGATGATGAAGGAGATACTCAAAACATAGATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATTTTTCATCCTTGGATGATGAAGGAGATACTCAAAACATAGATTCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTTTG         AGGAGAAGGCCAATTTGGAGAATAAGTTACTGGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTTTGGTA...CAGAGGAGAAGGCCAATTTGGAGAATAAGTTACTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAATGGAACTGGAGGGCTTTTTCAGGGCAAAACTCCTTTGAGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102616 AAGAATGGAACTGGAGGGCTTTTTCAGGGCAAAACTCCTTTGAGAAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAATCTTCAGCAAGCTATTGTCACACCTTTGAAACCAG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102666 TAATCTTCAGCAAGCTATTGTCACACCTTTGAAACCAGGTA...CAGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAACACTTACTACAAAGAGGCAGAAAAAGAAAATCTTGTGGAACAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109083 ACAACACTTACTACAAAGAGGCAGAAAAAGAAAATCTTGTGGAACAATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCCGTCAAATGCTTGTTCTTCCCTGGAAGTTGAGGCAGCCATATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109133 ATTCCGTCAAATGCTTGTTCTTCCCTGGAAGTTGAGGCAGCCATATCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAAACTCCAGCCCAGCCTCAGAG         AAGATCTCTTAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109183 AAAAACTCCAGCCCAGCCTCAGAGGTA...TAGAAGATCTCTTAGGCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCTCAGAAGGATTTGGAACAGAAAGAAAAGCATCATGTAAAAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112884 CTGCTCAGAAGGATTTGGAACAGAAAGAAAAGCATCATGTAAAAATGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAAGAGATGTGCCACTCCTGTAATCATCGATGAAATTCTACCCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112934 GCCAAGAGATGTGCCACTCCTGTAATCATCGATGAAATTCTACCCTCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAATGAAAGT         TTCTAACAACAAAAAGAAGCCAGAGGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112984 GAAAATGAAAGTGTG...AAGTTCTAACAACAAAAAGAAGCCAGAGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGGCAGTGCTCATCAAGATACTGCTGAAAAGAATGCATCTTCCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114113 AAGGCAGTGCTCATCAAGATACTGCTGAAAAGAATGCATCTTCCCCAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAGCCAAGGGTAGACATACTGTGCCTTGTATGCCACCTGCAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114163 AAAGCCAAGGGTAGACATACTGTGCCTTGTATGCCACCTGCAAAGTA...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609    GCAGAAGTTTCTAAAAAGTACTGAGGAGCAAGAGCTGGAGAAGAGTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118388 TAGGCAGAAGTTTCTAAAAAGTACTGAGGAGCAAGAGCTGGAGAAGAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAAAATGCAGCAAGAGGTGGTGGAGATGCGGAAAAAGAATGAAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118438 TGAAAATGCAGCAAGAGGTGGTGGAGATGCGGAAAAAGAATGAAGAATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGAAACTTGCTCTGGCTGGAATAG         GGCAACCTGTGAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 118488 AAGAAACTTGCTCTGGCTGGAATAGGTG...CAGGGCAACCTGTGAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATCAGTGAGCCAGGTCACCAAATCAGTTGACTTCCACTTCCGCACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120027 ATCAGTGAGCCAGGTCACCAAATCAGTTGACTTCCACTTCCGCACAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCGAATCAAACAACATCCTAAGAACCAGGAGGAATATAAGGAAGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120077 AGCGAATCAAACAACATCCTAAGAACCAGGAGGAATATAAGGAAGTGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTACATCTGAACTACGAAAGCATCCTTCATCTCCT         GCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120127 TTTACATCTGAACTACGAAAGCATCCTTCATCTCCTGTA...CAGGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTGACTAAGGGATGTACCATTGTTAAGCCTTTCAACCTGTCCCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121342 AGTGACTAAGGGATGTACCATTGTTAAGCCTTTCAACCTGTCCCAAGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGAAAAGAACATTTGATGAAACAGTTTCTACATATGTGCCCCTTGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121392 AGAAAAGAACATTTGATGAAACAGTTTCTACATATGTGCCCCTTGCACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAAGTTGAAGACTTCCATAAACGAACCCCTAACAGATATCATTTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121442 CAAGTTGAAGACTTCCATAAACGAACCCCTAACAGATATCATTTGAGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAGAAGGATGATATTA         ACCTGTTACCCTCCAAATCTTCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121492 CAAGAAGGATGATATTAGTA...CAGACCTGTTACCCTCCAAATCTTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGACCAAGATTTGCAGAGACCCACAGACTCCTGTACTGCAAACCAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124797 TGACCAAGATTTGCAGAGACCCACAGACTCCTGTACTGCAAACCAAACAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGTGCACGGGCTGTGACCTGCAAAAGTACAGCAGAGCTGGAGGCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124847 CGTGCACGGGCTGTGACCTGCAAAAGTACAGCAGAGCTGGAGGCTGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTCGAGAAATTGCAACA         ATACAAATTCAAAGCACGTGAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124897 GCTCGAGAAATTGCAACAGTA...CAGATACAAATTCAAAGCACGTGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTGATCCCAGAATACTTGAAGGTGGGCCCATCTTGCCCAAGAAACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126252 TTGATCCCAGAATACTTGAAGGTGGGCCCATCTTGCCCAAGAAACCACCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGAAACCACCCACCGAGCCTATTGGCTTTGATTTGGAAATTGAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126302 GTGAAACCACCCACCGAGCCTATTGGCTTTGATTTGGAAATTGAGAAAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AATCCAGGAGCGAGAATCAAAGAAGAAAACAGAGGATGAACACTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126352 AATCCAGGAGCGAGAATCAAAGAAGAAAACAGAGGATGAACACTTTGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTCATTCCAGACCTTGCCCTACTAAGATTTTGGAAGATGTTGTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126402 TTCATTCCAGACCTTGCCCTACTAAGATTTTGGAAGATGTTGTGGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1414    GGTGTTCCTGAAAAGAAGGTACTTCCAATCACCGTCCCCAAGTCACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135256 CAGGGTGTTCCTGAAAAGAAGGTACTTCCAATCACCGTCCCCAAGTCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGCCTTTGCATTGAAGAACAGAATTCGAATGCCCACCAAAGAAGATGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 135306 AGCCTTTGCATTGAAGAACAGAATTCGAATGCCCACCAAAGAAGATGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1510         GAAGAGGACGAACCGGTAGTGATAAAAGCTCAACCTGTGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135356 TG...TAGGAAGAGGACGAACCGGTAGTGATAAAAGCTCAACCTGTGCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CATTATGGGGTGCCTTTTAAGCCCCAAATCCCAGAGGCAAGAACTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136414 CATTATGGGGTGCCTTTTAAGCCCCAAATCCCAGAGGCAAGAACTGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AATATGCCCTTTCTCGTTTGATTCTCGAGACAAAGAACGTCAGTTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136464 AATATGCCCTTTCTCGTTTGATTCTCGAGACAAAGAACGTCAGTTACAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGGAGAAGAAAATAAAAGAACTGCAGAAAGGGGAG         GTGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 136514 AGGAGAAGAAAATAAAAGAACTGCAGAAAGGGGAGGTA...TAGGTGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AAGTTCAAGGCACTTCCCTTGCCTCATTTTGACACCATTAACCTGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136932 AAGTTCAAGGCACTTCCCTTGCCTCATTTTGACACCATTAACCTGCCAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GAAGAAGGTAAAGAATGTGACCCAGATTGAACCTTTCTGCTTGGAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136982 GAAGAAGGTAAAGAATGTGACCCAGATTGAACCTTTCTGCTTGGAGACTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ACAGAAGAGGTGCTCTGAAGGCACAGACTTGGAAGCACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 137032 ACAGAAGAGGTGCTCTGAAGGCACAGACTTGGAAGCACCAGGTA...TAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTGGAAGAAGAACTGAGACAGCAGAAAGAAGCAGCTTGTTTCAAGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139928 CTGGAAGAAGAACTGAGACAGCAGAAAGAAGCAGCTTGTTTCAAGGCTCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TCCAAACACCGTCATCTCTCAGGAGCCCTTTGTTCCCAAGAAAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139978 TCCAAACACCGTCATCTCTCAGGAGCCCTTTGTTCCCAAGAAAGAGAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AATCAGTTGCTG         AGGGCCTTTCTGGTTCTCTAGTTCAGGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 140028 AATCAGTTGCTGGTA...TAGAGGGCCTTTCTGGTTCTCTAGTTCAGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CCTTTTCAGCTGGCTACTGAGAAGAGAGCCAAAGAGCGGCAGGAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140918 CCTTTTCAGCTGGCTACTGAGAAGAGAGCCAAAGAGCGGCAGGAGCTGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GAAGAGAATGGCTGAGGTAGAAGCCCAGAAAGCCCAGCAGTTGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140968 GAAGAGAATGGCTGAGGTAGAAGCCCAGAAAGCCCAGCAGTTGGAGGAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CCAGACTACAGGAGGAAGAGCAGAAAAAAGAGGAGCTGGCCAGGCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141018 CCAGACTACAGGAGGAAGAGCAGAAAAAAGAGGAGCTGGCCAGGCTACGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AGAGAACTG         GTGCATAAGGCAAATCCAATACGCAAGTACCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 141068 AGAGAACTGGTA...CAGGTGCATAAGGCAAATCCAATACGCAAGTACCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GGGTCTGGAGATAAAGTCAAGTGACCAGCCTCTGACTGTGCCTGTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143526 GGGTCTGGAGATAAAGTCAAGTGACCAGCCTCTGACTGTGCCTGTATCTC

   2350     .    :    .    :    .
   2216 CCAAATTCTCCACTCGATTCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||
 143576 CCAAATTCTCCACTCGATTCCACTGC