seq1 = pF1KE3288.tfa, 2220 bp
seq2 = pF1KE3288/gi568815589r_82882680.tfa (gi568815589r:82882680_83162867), 280188 bp

>pF1KE3288 2220
>gi568815589r:82882680_83162867 (Chr9)

(complement)

1-431  (100001-100431)   100% ->
432-578  (136947-137093)   100% ->
579-669  (140442-140532)   100% ->
670-765  (146968-147063)   100% ->
766-843  (150357-150434)   100% ->
844-959  (153112-153227)   100% ->
960-1028  (155363-155431)   100% ->
1029-1113  (157368-157452)   100% ->
1114-1202  (158282-158370)   100% ->
1203-1437  (161738-161972)   100% ->
1438-1575  (162298-162435)   100% ->
1576-1723  (162552-162699)   100% ->
1724-1805  (164422-164503)   100% ->
1806-1920  (165742-165856)   100% ->
1921-2040  (169843-169962)   100% ->
2041-2117  (172401-172477)   100% ->
2118-2220  (180086-180188)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGGATGGGGACGGAGAGGAGCTGGCCCGGCTGCGCTCAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGGATGGGGACGGAGAGGAGCTGGCCCGGCTGCGCTCAGTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCCTGCGACGCGAACCGCTCGGGGCGCCTGGAGCGCGAGGAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCCTGCGACGCGAACCGCTCGGGGCGCCTGGAGCGCGAGGAGTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCACTGTGCACGGAGCTGCGGGTGCGGCCGGCCGACGCCGAGGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCACTGTGCACGGAGCTGCGGGTGCGGCCGGCCGACGCCGAGGCAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCAGCGGCTGGACGCCGACCGTGACGGCGCCATCACCTTCCAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCAGCGGCTGGACGCCGACCGTGACGGCGCCATCACCTTCCAGGAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGCGTGGCTTCCTCGGGTCCCTCCGCGGGGGGCGGCGCCGGGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGCGTGGCTTCCTCGGGTCCCTCCGCGGGGGGCGGCGCCGGGACTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTCCTCTGGATCCCGCGCCCGCCGTGTCTGAGGCGGGGCCGGAGACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTCCTCTGGATCCCGCGCCCGCCGTGTCTGAGGCGGGGCCGGAGACACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACAGCGAGGAGGACGAAGGCGACGAGGACGCGGCGGCGGCGCTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACAGCGAGGAGGACGAAGGCGACGAGGACGCGGCGGCGGCGCTGGCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCGTGCGGCCCGGCGAGTCCCGGCCGGGCTTGGCAGGATTTCCAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCGTGCGGCCCGGCGAGTCCCGGCCGGGCTTGGCAGGATTTCCAGGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GACTTGGGGACGAAGCCAAGTTCATTCCCAG         AGAAGAGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100401 GACTTGGGGACGAAGCCAAGTTCATTCCCAGGTG...CAGAGAAGAGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTTAGTACCTTGTACCAAAACATCAACCTTGTGGAGCCAAGATTAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136957 GTTAGTACCTTGTACCAAAACATCAACCTTGTGGAGCCAAGATTAATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCATATGAACATGTTATAAAGAACTTCATCCGTGAGATCAGACTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137007 GCCATATGAACATGTTATAAAGAACTTCATCCGTGAGATCAGACTTCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCACAGAAATGGAAAATTTGGCCATTGCGGTGAAGAG         AGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 137057 GCACAGAAATGGAAAATTTGGCCATTGCGGTGAAGAGGTA...CAGAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGGACAAGGCAGCTATGCAGTTGAGTGAGTTGGAAGAGGAAATGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140446 CAGGACAAGGCAGCTATGCAGTTGAGTGAGTTGGAAGAGGAAATGGATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAGGATTCAGGCTGCAGAACATAAGACACGGAAAGAC         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 140496 GAGGATTCAGGCTGCAGAACATAAGACACGGAAAGACGTG...TAGGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACGCAAAGCTGAGGAAGCCCTCAGTGACCTCAGACGTCAGTATGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146972 AACGCAAAGCTGAGGAAGCCCTCAGTGACCTCAGACGTCAGTATGAAACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAAGTAGGAGATCTGCAGGTGACCATTAAAAAGCTAAGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 147022 GAAGTAGGAGATCTGCAGGTGACCATTAAAAAGCTAAGAAAGGTA...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    766  CTCGAAGAACAATCAAAACGCGTAAGTCAAAAGGAAGATGTGGCTGCAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150356 GCTCGAAGAACAATCAAAACGCGTAAGTCAAAAGGAAGATGTGGCTGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGAAAAAACAAATTTATGATTTATCAATG         GAAAACCAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 150406 TGAAAAAACAAATTTATGATTTATCAATGGTA...CAGGAAAACCAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTTAAGAAAGACCTTTTAGAAGCACAGACAAACATAGCCTTTCTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153124 GTTAAGAAAGACCTTTTAGAAGCACAGACAAACATAGCCTTTCTTCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAGTTAGATGCTTTGAAAAGTGATTATGCTGATCAGAGTCTGAATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153174 TGAGTTAGATGCTTTGAAAAGTGATTATGCTGATCAGAGTCTGAATACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAAG         GGATCTGGAAATAATCCGAGCATACACAGAAGATCGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153224 AAAGGTA...CAGGGATCTGGAAATAATCCGAGCATACACAGAAGATCGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AATAGTCTTGAGAGGCAAATTGAAATACTCCA         AACAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 155400 AATAGTCTTGAGAGGCAAATTGAAATACTCCAGTA...CAGAACAGCTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCGGAAGCTACATGACAGTAATGATGGCCTTAGAAGTGCCCTTGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157377 CCGGAAGCTACATGACAGTAATGATGGCCTTAGAAGTGCCCTTGAAAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTTATAGCAAGTTCAACAGATCTTTG         CATATAAATAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 157427 GTTATAGCAAGTTCAACAGATCTTTGGTA...CAGCATATAAATAATATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCACCAGGGAATACAATTTCTAGAAGCAGTCCCAAATTCATTGGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158297 TCACCAGGGAATACAATTTCTAGAAGCAGTCCCAAATTCATTGGTCATTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCTCAACCTCTAGGCTATGACAG         GTCATCCCGCTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 158347 CCCTCAACCTCTAGGCTATGACAGGTA...CAGGTCATCCCGCTCTTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGTGGATGAGGACTGTGACTCCCTGGCCCTCTGTGATCCTCTGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161755 ATGTGGATGAGGACTGTGACTCCCTGGCCCTCTGTGATCCTCTGCAGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACAAATTGTGAAGTTGACAGCCTGCCTGAAAGCTGCTTCGACAGCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161805 ACAAATTGTGAAGTTGACAGCCTGCCTGAAAGCTGCTTCGACAGCGGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTCTACCTTGAGAGATCCCAATGAGTATGACTCAGAAGTGGAATACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161855 GTCTACCTTGAGAGATCCCAATGAGTATGACTCAGAAGTGGAATACAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCAGAGGGGATTTCAGAGGTCACACGGGGTGCAGGAGAGCTTTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161905 ACCAGAGGGGATTTCAGAGGTCACACGGGGTGCAGGAGAGCTTTGGAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GATGCTTCAGACACAGAT         GTTCCTGACATAAGGGATGAAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 161955 GATGCTTCAGACACAGATGTA...TAGGTTCCTGACATAAGGGATGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GACATTTGGTTTAGAAGATGTGGCTTCCGTCTTAGACTGGAAGCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162321 GACATTTGGTTTAGAAGATGTGGCTTCCGTCTTAGACTGGAAGCCCCAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GGTCTGTTAGTGAAGGCAGCATTGTTAGTTCATCAAGAAAGCCCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162371 GGTCTGTTAGTGAAGGCAGCATTGTTAGTTCATCAAGAAAGCCCATCTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GCACTCTCGCCCCAG         ACAGACCTGGTAGATGACAACGCTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 162421 GCACTCTCGCCCCAGGTA...CAGACAGACCTGGTAGATGACAACGCTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ATCTTTTAGCTCACAGAAGGCTTACAAGATTGTACTTGCTGGGGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162578 ATCTTTTAGCTCACAGAAGGCTTACAAGATTGTACTTGCTGGGGACGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CAGTGGGGAAGTCTAGTTTCCTCATGAGACTTTGCAAGAATGAATTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162628 CAGTGGGGAAGTCTAGTTTCCTCATGAGACTTTGCAAGAATGAATTTCGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GAAAATATAAGCGCCACCCTGG         GAGTTGATTTCCAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 162678 GAAAATATAAGCGCCACCCTGGGTA...CAGGAGTTGATTTCCAAATGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AACCCTCATTGTGGATGGAGAACGAACAGTTCTGCAGCTCTGGGATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164441 AACCCTCATTGTGGATGGAGAACGAACAGTTCTGCAGCTCTGGGATACAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CTGGTCAGGAGAG         ATTCAGAAGTATTGCCAAGTCTTACTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 164491 CTGGTCAGGAGAGGCA...CAGATTCAGAAGTATTGCCAAGTCTTACTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AGAAAGGCAGATGGTGTTTTGCTGCTGTATGATGTTACATGTGAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165770 AGAAAGGCAGATGGTGTTTTGCTGCTGTATGATGTTACATGTGAGAAAAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CTTTCTTAACATACGAGAATGGGTAGATATGATTGAG         GATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 165820 CTTTCTTAACATACGAGAATGGGTAGATATGATTGAGGTA...TAGGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CAGCCCATGAGACTGTTCCCATTATGCTGGTAGGAAACAAGGCTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169847 CAGCCCATGAGACTGTTCCCATTATGCTGGTAGGAAACAAGGCTGACATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CGTGACACTGCTGCTACAGAGGGACAAAAATGTGTCCCAGGGCACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169897 CGTGACACTGCTGCTACAGAGGGACAAAAATGTGTCCCAGGGCACTTTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 AGAGAAACTGGCCATG         ACGTATGGGGCATTATTCTGTGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 169947 AGAGAAACTGGCCATGGTA...CAGACGTATGGGGCATTATTCTGTGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CAAGTGCCAAAGATGGTTCTAACATAGTGGAGGCTGTTCTGCACCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172426 CAAGTGCCAAAGATGGTTCTAACATAGTGGAGGCTGTTCTGCACCTTGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CG         AGAAGTGAAAAAGAGAACTGACAAGGATGACAGCAGATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172476 CGGTA...CAGAGAAGTGAAAAAGAGAACTGACAAGGATGACAGCAGATC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CATTACCAATCTAACCGGGACCAATTCCAAAAAGTCACCACAGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180125 CATTACCAATCTAACCGGGACCAATTCCAAAAAGTCACCACAGATGAAGA

   2350     .    :
   2207 ATTGTTGCAATGGC
        ||||||||||||||
 180175 ATTGTTGCAATGGC