seq1 = pF1KE3287.tfa, 2220 bp
seq2 = pF1KE3287/gi568815595f_122464427.tfa (gi568815595f:122464427_122671744), 207318 bp

>pF1KE3287 2220
>gi568815595f:122464427_122671744 (Chr3)

1-187  (100001-100187)   99% ->
188-399  (101433-101644)   100% ->
400-1935  (104063-105598)   100% ->
1936-2153  (106029-106246)   100% ->
2154-2220  (107252-107318)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCCACCTGCGCCCACCGTCCCCGCTCCTCGTGCGGGTGTACAA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCCACCTGCGCCCGCCGTCCCCGCTCCTCGTGCGGGTGTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCGGCCCCCGAGTACGAAGGAAGCTGGAGAGCTACTTCCAGAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCGGCCCCCGAGTACGAAGGAAGCTGGAGAGCTACTTCCAGAGCTCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTCCTCGGGCGGCGGGGAGTGCACGGTCAGCACCCAGGAACACGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTCCTCGGGCGGCGGGGAGTGCACGGTCAGCACCCAGGAACACGAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGGCACCTTCCGGGTGGAGTTCAGTGAAAGGGCAG         CTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 CCGGGCACCTTCCGGGTGGAGTTCAGTGAAAGGGCAGGTG...AAGCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGAGAGTGTTGAAAAAAGGAGAGCACCAAATACTTGTTGACGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101437 GGAGAGAGTGTTGAAAAAAGGAGAGCACCAAATACTTGTTGACGAAAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTGCCCATTTTCCTGGTACCCACTGAAAATTCAATAAAGAAGAACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101487 CTGTGCCCATTTTCCTGGTACCCACTGAAAATTCAATAAAGAAGAACACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGACCTCAAATTTCTTCACTGACACAATCACAAGCAGAAACACCGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101537 AGACCTCAAATTTCTTCACTGACACAATCACAAGCAGAAACACCGTCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGATATGCATCAACATGAAGGACATATTCCTAATGCTGTGGATTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101587 TGATATGCATCAACATGAAGGACATATTCCTAATGCTGTGGATTCCTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCAAAAG         ATCTTTCTTACTGTAACAGCTGACCTGAACTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101637 TCCAAAAGGTG...CAGATCTTTCTTACTGTAACAGCTGACCTGAACTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACCTGTTCTCCAAAGAGCAGAGGGCATACATAACCACACTGTGCCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104096 AACCTGTTCTCCAAAGAGCAGAGGGCATACATAACCACACTGTGCCCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATCAGAAAAATGGAAGGTCACGATGGAATTGAGAAGGTGTGTGGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104146 TATCAGAAAAATGGAAGGTCACGATGGAATTGAGAAGGTGTGTGGTGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCAAGACATTGAAAGAATACATCAATTTTTGAGTGAGCAGTTCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104196 TCCAAGACATTGAAAGAATACATCAATTTTTGAGTGAGCAGTTCCTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGTGAGCAGAAACAACAATTTTCCCCTTCAATGACAGAGAGGAAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104246 AGTGAGCAGAAACAACAATTTTCCCCTTCAATGACAGAGAGGAAGCCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGTCAGCAGGAGAGGGACAGCTGCATTTCTCCTTCTGAACCAGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104296 CAGTCAGCAGGAGAGGGACAGCTGCATTTCTCCTTCTGAACCAGAAACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGCAGAACAAAAAAGCAACTATTTTGAAGTTCCCTTGCCTTACTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104346 AGGCAGAACAAAAAAGCAACTATTTTGAAGTTCCCTTGCCTTACTTTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TACTTTAAATATATCTGTCCTGATAAAATCAACTCAATAGAGAAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104396 TACTTTAAATATATCTGTCCTGATAAAATCAACTCAATAGAGAAAAGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGGTGTAAACATTGAAATCCAGGAGAGTTCTCCAAATATGGTCTGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104446 TGGTGTAAACATTGAAATCCAGGAGAGTTCTCCAAATATGGTCTGTTTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATTTCACCTCAAGTCGATCAGGTGACCTGGAAGCAGCTCGTGAGTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104496 ATTTCACCTCAAGTCGATCAGGTGACCTGGAAGCAGCTCGTGAGTCTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCTAGTGAATTTCAGAAGAACACAGAACCTCTGAAGCAAGAATGTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104546 GCTAGTGAATTTCAGAAGAACACAGAACCTCTGAAGCAAGAATGTGTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTTAGCAGACAGTAAGCAGGCAAATAAATTCAAACAGGAATTGAATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104596 TTTAGCAGACAGTAAGCAGGCAAATAAATTCAAACAGGAATTGAATCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGTTTACAAAGCTCCTTATAAAGGAGAAAGGAGGCGAATTAACTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104646 AGTTTACAAAGCTCCTTATAAAGGAGAAAGGAGGCGAATTAACTCTCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGGACCCAAGATGACATTTCAGCTGCCAAACAAAAAATCTCTGAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104696 GGGACCCAAGATGACATTTCAGCTGCCAAACAAAAAATCTCTGAAGCTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGTCAAGATACCTGTGAAACTATTTGCTGCCAATTACATGATGAATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104746 TGTCAAGATACCTGTGAAACTATTTGCTGCCAATTACATGATGAATGTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTGAGGTTGATAGTGCCCACTATAAACTTTTAGAAACTGAATTACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104796 TTGAGGTTGATAGTGCCCACTATAAACTTTTAGAAACTGAATTACTACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GAGATATCAGAGATCGAAAAAAGGTATGACATTTGCAGCAAGGTTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104846 GAGATATCAGAGATCGAAAAAAGGTATGACATTTGCAGCAAGGTTTCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GAAAGGTCAGAAAACCTGCATTCTGTTTGAATCCAAGGACAGGCAGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104896 GAAAGGTCAGAAAACCTGCATTCTGTTTGAATCCAAGGACAGGCAGGTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ATCTATCTGTGCATGCTTATGCAAGTTTCATCGATGCCTTTCAACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104946 ATCTATCTGTGCATGCTTATGCAAGTTTCATCGATGCCTTTCAACATGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCATGTCAGTTGATGAGAGAAGTTCTTTTACTGAAGTCTTTGGGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104996 TCATGTCAGTTGATGAGAGAAGTTCTTTTACTGAAGTCTTTGGGCAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GAGAAAGCACTTACATCAGACCAAGTTTGCTGATGACTTTAGAAAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105046 GAGAAAGCACTTACATCAGACCAAGTTTGCTGATGACTTTAGAAAAAGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ATCCAAATGTACACTTTGTGCTAAATCAAGAGTCAATGACTTTGACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105096 ATCCAAATGTACACTTTGTGCTAAATCAAGAGTCAATGACTTTGACTGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TTGCCAAATCACCTTGCAAAGGCGAAGCAGTATGTTCTAAAAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105146 TTGCCAAATCACCTTGCAAAGGCGAAGCAGTATGTTCTAAAAGGAGGAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 AATGTCTTCATTGGCTGGAAAGAAATTGAAAGAGGGTCATGAAACACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105196 AATGTCTTCATTGGCTGGAAAGAAATTGAAAGAGGGTCATGAAACACCGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TGGACATTGATAGCGATGATTCCAAAGCAGCTTCTCCGCCACTCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105246 TGGACATTGATAGCGATGATTCCAAAGCAGCTTCTCCGCCACTCAAGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TCTGTGAGTTCTGAGGCCTCAGAACTGGACAAGAAGGAAAAGGGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105296 TCTGTGAGTTCTGAGGCCTCAGAACTGGACAAGAAGGAAAAGGGCATCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGTCATCTGTATGGACACCATTAGTAACAAAAAAGTGCTACCAAAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105346 TGTCATCTGTATGGACACCATTAGTAACAAAAAAGTGCTACCAAAGTGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AGCATGAATTCTGCGCCCCTTGTATCAACAAAGCCATGTCATATAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105396 AGCATGAATTCTGCGCCCCTTGTATCAACAAAGCCATGTCATATAAGCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 ATCTGTCCCACATGCCAGACTTCCTATGGTATTCAGAAAGGAAATCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105446 ATCTGTCCCACATGCCAGACTTCCTATGGTATTCAGAAAGGAAATCAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 AGAGGGAAGCATGGTTTTCACTGTTTCAAGAGACTCACTTCCAGGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105496 AGAGGGAAGCATGGTTTTCACTGTTTCAAGAGACTCACTTCCAGGTTATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 AGTCCTTTGGCACCATTGTGATTACTTATTCTATGAAAGCAGGCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105546 AGTCCTTTGGCACCATTGTGATTACTTATTCTATGAAAGCAGGCATACAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 ACA         GAAGAACACCCAAACCCAGGAAAGAGATACCCTGGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105596 ACAGTA...CAGGAAGAACACCCAAACCCAGGAAAGAGATACCCTGGAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 ACAGCGAACTGCATACTTGCCTGATAATAAGGAAGGAAGGAAGGTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106067 ACAGCGAACTGCATACTTGCCTGATAATAAGGAAGGAAGGAAGGTTTTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 AACTGCTTTATAGGGCCTTTGACCAAAAGCTGATTTTTACAGTGGGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106117 AACTGCTTTATAGGGCCTTTGACCAAAAGCTGATTTTTACAGTGGGGTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 TCTCGCGTATTAGGAGTCTCAGATGTCATCACTTGGAATGATATTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106167 TCTCGCGTATTAGGAGTCTCAGATGTCATCACTTGGAATGATATTCACCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 CAAAACATCCCGGTTTGGAGGACCAGAAAT         GTATGGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106217 CAAAACATCCCGGTTTGGAGGACCAGAAATGTG...CAGGTATGGCTATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 CTGATCCTTCTTACCTGAAACGTGTCAAAGAGGAGCTGAAAGCCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107263 CTGATCCTTCTTACCTGAAACGTGTCAAAGAGGAGCTGAAAGCCAAAGGA

   2250     .
   2215 ATTGAG
        ||||||
 107313 ATTGAG