seq1 = pF1KE3282.tfa, 2142 bp
seq2 = pF1KE3282/gi568815577f_31773772.tfa (gi568815577f:31773772_32099181), 325410 bp

>pF1KE3282 2142
>gi568815577f:31773772_32099181 (Chr21)

1-261  (99904-100164)   100% ->
262-554  (150697-150989)   100% ->
555-610  (166394-166449)   100% ->
611-746  (172265-172400)   100% ->
747-874  (185072-185199)   100% ->
875-1010  (194479-194614)   100% ->
1011-1173  (200784-200946)   100% ->
1174-1257  (209755-209838)   100% ->
1258-1305  (216358-216405)   100% ->
1306-1486  (221997-222177)   100% ->
1487-2142  (224755-225410)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCGGCGGCGGGGGACGGGCTCCTGGGGGAGCCGGCGGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99904 ATGCCGGCGGCGGCGGGGGACGGGCTCCTGGGGGAGCCGGCGGCGCCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCGGCGGCGGCGCGGAGGACGCGGCCAGGCCCGCGGCGGCCTGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99954 GGGCGGCGGCGGCGCGGAGGACGCGGCCAGGCCCGCGGCGGCCTGCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAGTTTCCTGCCTGCCTGGGTGAGCGGCGTGCCCCGCGAGCGGCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100004 GAAGTTTCCTGCCTGCCTGGGTGAGCGGCGTGCCCCGCGAGCGGCTCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTTCCAGCACCACAAGCGCGTGGGCAACTACCTCATCGGCAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100054 GACTTCCAGCACCACAAGCGCGTGGGCAACTACCTCATCGGCAGCAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGGCGAGGGCTCCTTTGCCAAGGTGCGCGAGGGGCTGCACGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100104 GCTGGGCGAGGGCTCCTTTGCCAAGGTGCGCGAGGGGCTGCACGTGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGGGAGAAG         GTGGCCATAAAAGTCATTGATAAGAAGAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100154 CCGGGGAGAAGGTG...TAGGTGGCCATAAAAGTCATTGATAAGAAGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAAAAAGGACACCTATGTCACCAAAAACCTGCGGCGAGAGGGTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150727 GCCAAAAAGGACACCTATGTCACCAAAAACCTGCGGCGAGAGGGTCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGCAGATGATCCGCCACCCCAATATCACTCAGCTCCTTGATATTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150777 CCAGCAGATGATCCGCCACCCCAATATCACTCAGCTCCTTGATATTTTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAACGGAAAACAGCTACTACCTGGTCATGGAGCTGTGCCCTGGGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150827 AAACGGAAAACAGCTACTACCTGGTCATGGAGCTGTGCCCTGGGGGCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGATGCACAAGATCTATGAGAAGAAGCGGCTGGAGGAGTCCGAAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150877 CTGATGCACAAGATCTATGAGAAGAAGCGGCTGGAGGAGTCCGAAGCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGATACATCCGACAGCTCATCTCTGCCGTAGAGCACCTGCACCGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150927 CAGATACATCCGACAGCTCATCTCTGCCGTAGAGCACCTGCACCGGGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGTGGTCCACAG         AGACTTGAAGATAGAGAATTTGCTACTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 150977 GGGTGGTCCACAGGTA...CAGAGACTTGAAGATAGAGAATTTGCTACTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATGAAGACAATAATATCAAGCTGATTG         ACTTTGGTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 166422 GATGAAGACAATAATATCAAGCTGATTGGTA...CAGACTTTGGTTTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAACTGCGCAGGGATCCTGGGTTACTCGGATCCGTTCAGCACACAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172278 CAACTGCGCAGGGATCCTGGGTTACTCGGATCCGTTCAGCACACAGTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAGCCCTGCCTACGCTGCACCTGAACTGCTCGCCAGGAAGAAATACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172328 GCAGCCCTGCCTACGCTGCACCTGAACTGCTCGCCAGGAAGAAATACGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCCAAAATCGATGTCTGGTCCAT         AGGTGTGAACATGTATGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 172378 CCCAAAATCGATGTCTGGTCCATGTG...CAGAGGTGTGAACATGTATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATGTTGACCGGGACGCTGCCTTTCACGGTGGAGCCTTTCAGCCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185090 CATGTTGACCGGGACGCTGCCTTTCACGGTGGAGCCTTTCAGCCTGAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTTTGTACCAGAAGATGGTAGACAAAGAAATGAACCCCCTCCCCACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185140 CTTTGTACCAGAAGATGGTAGACAAAGAAATGAACCCCCTCCCCACTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCTCCACAG         GTGCCATCAGTTTCCTGCGCTCTCTCCTGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 185190 CTCTCCACAGGTA...CAGGTGCCATCAGTTTCCTGCGCTCTCTCCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACCGGATCCTGTGAAGAGGCCAAATATTCAGCAGGCACTGGCGAATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194510 ACCGGATCCTGTGAAGAGGCCAAATATTCAGCAGGCACTGGCGAATCGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGCTTAATGAGAATTACACGGGCAAAGTGCCCTGTAATGTCACCTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194560 GGCTTAATGAGAATTACACGGGCAAAGTGCCCTGTAATGTCACCTATCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AACAG         GATTTCTCTGGAAGATCTGAGCCCGAGCGTCGTGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194610 AACAGGTA...CAGGATTTCTCTGGAAGATCTGAGCCCGAGCGTCGTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCACATGACCGAGAAGCTGGGTTACAAGAACAGCGACGTGATCAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200820 GCACATGACCGAGAAGCTGGGTTACAAGAACAGCGACGTGATCAACACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCTCTCCAACCGCGCCTGCCACATCCTGGCCATCTACTTCCTCTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200870 TGCTCTCCAACCGCGCCTGCCACATCCTGGCCATCTACTTCCTCTTAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAGAAACTGGAGCGCTATTTGTCAGGG         AAATCTGACATCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 200920 AAGAAACTGGAGCGCTATTTGTCAGGGGTA...TAGAAATCTGACATCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGACAGCCTCTGCTACAAGACCCGGCTCTACCAGATAGAAAAGTACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209769 GGACAGCCTCTGCTACAAGACCCGGCTCTACCAGATAGAAAAGTACAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCCCCAAGGAGTCCTATGAG         GCCTCTCTGGACACCTGGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 209819 CCCCCAAGGAGTCCTATGAGGTG...CAGGCCTCTCTGGACACCTGGACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CGAGATCTTGAATTCCATGCCGTGCAG         GATAAAAAGCCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 216379 CGAGATCTTGAATTCCATGCCGTGCAGGTA...TAGGATAAAAAGCCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGAACAAGAAAAAAGAGGGGATTTTCTTCATCGACCATTCTCCAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222011 AGAACAAGAAAAAAGAGGGGATTTTCTTCATCGACCATTCTCCAAGAAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGACAAGAACCTGCCCTCGCACAAACAGCCCTCAGGCTCGCTTATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222061 TGGACAAGAACCTGCCCTCGCACAAACAGCCCTCAGGCTCGCTTATGACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAGATTCAGAACACCAAAGCCCTCCTGAAGGACCGGAAGGCCTCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222111 CAGATTCAGAACACCAAAGCCCTCCTGAAGGACCGGAAGGCCTCCAAGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAGCTTCCCCGACAAAG         ATTCCTTTGGCTGCCGCAATATTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 222161 CAGCTTCCCCGACAAAGGTG...CAGATTCCTTTGGCTGCCGCAATATTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TCCGCAAAACCTCAGATTCCAATTGTGTGGCTTCTTCTTCCATGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224779 TCCGCAAAACCTCAGATTCCAATTGTGTGGCTTCTTCTTCCATGGAGTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATCCCCGTGCCACCGCCCAGGACCCCGAGGATTGTGAAGAAACCGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224829 ATCCCCGTGCCACCGCCCAGGACCCCGAGGATTGTGAAGAAACCGGAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCATCAGCCAGGGCCCGGAAGCACTGGCATCCCCCACAAGGAAGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224879 CCATCAGCCAGGGCCCGGAAGCACTGGCATCCCCCACAAGGAAGACCCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGATGCTGGACATGGTGCGCTCCTTCGAGTCTGTGGATCGCGACGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224929 TGATGCTGGACATGGTGCGCTCCTTCGAGTCTGTGGATCGCGACGACCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GTAGAAGTGCTGTCTCCCTCTCATCACTACAGGATTCTGAACTCCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224979 GTAGAAGTGCTGTCTCCCTCTCATCACTACAGGATTCTGAACTCCCCGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CAGCTTGGCTCGCAGAAATTCCAGCGAGAGGACGCTGTCCCCGGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225029 CAGCTTGGCTCGCAGAAATTCCAGCGAGAGGACGCTGTCCCCGGGTCTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CATCCGGAAGCATGTCGCCTCTCCATACTCCTTTGCATCCAACTCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225079 CATCCGGAAGCATGTCGCCTCTCCATACTCCTTTGCATCCAACTCTGGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TCTTTTGCTCACGAAGATAAGAACAGCCCCCCAAAAGAGGAGGGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225129 TCTTTTGCTCACGAAGATAAGAACAGCCCCCCAAAAGAGGAGGGCCTGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TTGCCCACCTCCGGTTCCCAGCAATGGCCCCATGCAGCCTCTGGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225179 TTGCCCACCTCCGGTTCCCAGCAATGGCCCCATGCAGCCTCTGGGGAGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CCAATTGTGTGAAAAGCCGAGGCCGGTTCCCTATGATGGGCATCGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225229 CCAATTGTGTGAAAAGCCGAGGCCGGTTCCCTATGATGGGCATCGGACAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 ATGTTAAGGAAGCGCCATCAGAGTCTGCAGCCATCTGCAGATAGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225279 ATGTTAAGGAAGCGCCATCAGAGTCTGCAGCCATCTGCAGATAGGCCCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GGAGGCCAGCCTGCCCCCACTGCAGCCCCTAGCCCCTGTGAACCTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225329 GGAGGCCAGCCTGCCCCCACTGCAGCCCCTAGCCCCTGTGAACCTTGCCT

   2200     .    :    .    :    .    :
   2111 TTGACATGGCCGATGGGGTCAAGACCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 225379 TTGACATGGCCGATGGGGTCAAGACCCAGTGC