seq1 = pF1KE3281.tfa, 2136 bp
seq2 = pF1KE3281/gi568815595r_27156297.tfa (gi568815595r:27156297_27452882), 296586 bp

>pF1KE3281 2136
>gi568815595r:27156297_27452882 (Chr3)

(complement)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-132  (100358-100418)   100% ->
133-263  (106667-106797)   100% ->
264-362  (108513-108611)   100% ->
363-447  (130622-130706)   100% ->
448-489  (138545-138586)   100% ->
490-568  (140706-140784)   100% ->
569-636  (141867-141934)   100% ->
637-716  (143878-143957)   100% ->
717-803  (144938-145024)   100% ->
804-1028  (147912-148136)   100% ->
1029-1168  (151048-151187)   100% ->
1169-1230  (155643-155704)   100% ->
1231-1308  (157193-157270)   100% ->
1309-1373  (159231-159295)   100% ->
1374-1476  (161297-161399)   100% ->
1477-1605  (161493-161621)   100% ->
1606-1743  (162129-162266)   99% ->
1744-1789  (165140-165185)   100% ->
1790-1911  (167922-168043)   100% ->
1912-2014  (168179-168281)   100% ->
2015-2090  (196512-196587)   98% ->
2091-2136  (237003-237048)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGATCAAGATAAAAAGGTGAAGACCACAGAAAAATCAACTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGATCAAGATAAAAAGGTGAAGACCACAGAAAAATCAACTGATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGCAAGAAATCACCATCAG         GGACTATTCAGATCTTAAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 ACAGCAAGAAATCACCATCAGGTA...TAGGGACTATTCAGATCTTAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACTTCGGTGCCTTTTGAACGTCCAATCAAGCAAACAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100378 GACTTCGGTGCCTTTTGAACGTCCAATCAAGCAAACAACAGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTTCCAGCCATTAACTTCGATAGTGCCCAAAATAGCATGACGAAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106667 CTTCCAGCCATTAACTTCGATAGTGCCCAAAATAGCATGACGAAGTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCCGCCATCAGGGCGGGTGGACACAGAGCTCGGGGTCAGTGGCATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106717 GCCCGCCATCAGGGCGGGTGGACACAGAGCTCGGGGTCAGTGGCATGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCACAGAAGCTGTTGAACTTGAAAATTTTAG         TATAAACTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106767 CCACAGAAGCTGTTGAACTTGAAAATTTTAGGTA...CAGTATAAACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAATGAGAGAAATTTCAGCAAACATCCTCAGCGTAAACTATTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108523 AAGAATGAGAGAAATTTCAGCAAACATCCTCAGCGTAAACTATTTCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATCTTTACCGCCTTGGTGAAAAATAGACTCATAAGCAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108573 GATCTTTACCGCCTTGGTGAAAAATAGACTCATAAGCAGGTA...CAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGTGGGTTAATCGAGCCCCATCTATTCATTTTCTGAGAGTGTTAATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130624 AGTGGGTTAATCGAGCCCCATCTATTCATTTTCTGAGAGTGTTAATCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGAGGCTACTAATGAGGGATCCATGTTATCAG         GAAATACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 130674 CTGAGGCTACTAATGAGGGATCCATGTTATCAGGTT...TAGGAAATACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCATAGCTTGGGTGGGATTGAAAACCTAGCTCAG         TATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 138553 CCATAGCTTGGGTGGGATTGAAAACCTAGCTCAGGTA...CAGTATATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGATTGTAGCCAATGAGTACCTCGGCTATGGAGAAGAGCAGCACACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140713 AGATTGTAGCCAATGAGTACCTCGGCTATGGAGAAGAGCAGCACACTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACAAGCTGGTCAACATGACAT         ATATTTTTCAAAAACTTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 140763 GACAAGCTGGTCAACATGACATGTA...TAGATATTTTTCAAAAACTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGCAGTCAAAGATCAAAGAGAATGGGTCACCACAAGTGGAGCCCACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 141886 TGCAGTCAAAGATCAAAGAGAATGGGTCACCACAAGTGGAGCCCACAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637         ACATTAGTAAATTTACTTGGTGCCCGAGATACTAATGTTCTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141936 TG...CAGACATTAGTAAATTTACTTGGTGCCCGAGATACTAATGTTCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TTGGGTTCCCTTCTGGCTCTGGCTAGTTTAGCAGAAAG         TCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 143920 TTGGGTTCCCTTCTGGCTCTGGCTAGTTTAGCAGAAAGGTA...TAGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AGAATGTAGGGAGAAGATAAGTGAACTCAACATTGTAGAAAATCTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144941 AGAATGTAGGGAGAAGATAAGTGAACTCAACATTGTAGAAAATCTGTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGATTTTACATGAATATGACTTGCTTTCTAAAAG         ACTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 144991 TGATTTTACATGAATATGACTTGCTTTCTAAAAGGTA...CAGACTAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GCGGAGTTGCTGCGCCTACTTTGTGCAGAGCCCCAGGTGAAAGAGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147919 GCGGAGTTGCTGCGCCTACTTTGTGCAGAGCCCCAGGTGAAAGAGCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GAAGCTCTATGAGGGGATACCGGTCCTCCTCAGTCTGCTCCACTCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147969 GAAGCTCTATGAGGGGATACCGGTCCTCCTCAGTCTGCTCCACTCTGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ACTTGAAGCTCCTCTGGAGCATTGTCTGGATTCTGGTACAGGTTTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148019 ACTTGAAGCTCCTCTGGAGCATTGTCTGGATTCTGGTACAGGTTTGTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GACCCTGAGACCAGCGTGGAAATTCGCATTTGGGGAGGCATCAAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148069 GACCCTGAGACCAGCGTGGAAATTCGCATTTGGGGAGGCATCAAACAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TCTTCATATTTTACAAGG         AGACAGAAATTTTGTTTCTGATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 148119 TCTTCATATTTTACAAGGGTG...CAGAGACAGAAATTTTGTTTCTGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACTCCTCCATTGGAAGCCTGTCCAGTGCAAATGCTGCAGGCCGAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151071 ACTCCTCCATTGGAAGCCTGTCCAGTGCAAATGCTGCAGGCCGAATCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CAGCTTCATTTATCAGAAGACTTGAGCCCTAGGGAAATACAAGAAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151121 CAGCTTCATTTATCAGAAGACTTGAGCCCTAGGGAAATACAAGAAAATAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TTTCTCACTTCAAGCAG         CCTGCTGTGCTGCCCTCACTGAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 151171 TTTCTCACTTCAAGCAGGTA...CAGCCTGCTGTGCTGCCCTCACTGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGGTGCTCAATGACACCAATGCCCACCAGGTGGTTCAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 155667 TGGTGCTCAATGACACCAATGCCCACCAGGTGGTTCAGGTG...CAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AATGGTGTATATACAATAGCAAAATTAATTTTACCAAATAAGCAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157196 AATGGTGTATATACAATAGCAAAATTAATTTTACCAAATAAGCAAAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGCAGCAAAAAGTAATCTATTACAG         TGTTATGCTTTCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 157246 TGCAGCAAAAAGTAATCTATTACAGGTA...TAGTGTTATGCTTTCAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CCTTGAGATTTCTCTTCAGTATGGAAAGAAACAGACCACTCTTTAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 159247 CCTTGAGATTTCTCTTCAGTATGGAAAGAAACAGACCACTCTTTAAAAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374         ACTTTTCCCCACAGACTTGTTTGAGATCTTCATTGACATAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159297 TA...TAGACTTTTCCCCACAGACTTGTTTGAGATCTTCATTGACATAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GCATTATGTACGTGATATCAGTGCTTATGAAGAATTGGTATCCAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161339 GCATTATGTACGTGATATCAGTGCTTATGAAGAATTGGTATCCAAGCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 ATTTATTAGTG         GAGGATGAACTGAAGCAAATTGCTGAAAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 161389 ATTTATTAGTGGTA...TAGGAGGATGAACTGAAGCAAATTGCTGAAAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 ATTGAAAGCATTAATCAGAACAAAGCTCCTTTGAAATATATAGGCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161523 ATTGAAAGCATTAATCAGAACAAAGCTCCTTTGAAATATATAGGCAACTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TGCAATTTTGGATCATCTTGGAAGTGGAGCTTTTGGCTGTGTTTACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 161573 TGCAATTTTGGATCATCTTGGAAGTGGAGCTTTTGGCTGTGTTTACAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606         GTTAGAAAGCATAGTGGTCAAAATCTTTTAGCAATGAAAGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161623 TG...TAGGTTAGAAAGCATAGTGGTCAAAATCTTTTAGCAATGAAAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GTCAATTTACATAACCCAGCATTTGGGAAGGATAAGAAAGATCGAGACAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 162171 GTCAATTTACATAACCCAGCATTTGGAAAGGATAAGAAAGATCGAGACAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CAGCGTAAGGAATATTGTTTCTGAATTAACAATAATTAAAGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 162221 CAGCGTAAGGAATATTGTTTCTGAATTAACAATAATTAAAGAGCAGGTA.

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1744      CTTTATCATCCCAACATTGTACGTTATTACAAAACATTTCTGGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162271 ..TAGCTTTATCATCCCAACATTGTACGTTATTACAAAACATTTCTGGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 A         ATGATAGGTTGTACATAGTTATGGAGCTGATAGAAGGAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165185 AGTA...TAGATGATAGGTTGTACATAGTTATGGAGCTGATAGAAGGAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 CCCGCTTGGAGAGCATTTCAGTTCTTTGAAGGAAAAACATCACCATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167962 CCCGCTTGGAGAGCATTTCAGTTCTTTGAAGGAAAAACATCACCATTTTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 CTGAAGAAAGACTATGGAAAATATTTATACAG         CTGTGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 168012 CTGAAGAAAGACTATGGAAAATATTTATACAGGTA...AAGCTGTGCTTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1921 GCTCTTCGATACTTACACAAGGAGAAGAGGATTGTCCATAGAGATCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168188 GCTCTTCGATACTTACACAAGGAGAAGAGGATTGTCCATAGAGATCTGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 ACCAAACAACATTATGTTGGGGGATAAGGACAAAGTAACCGTTA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 168238 ACCAAACAACATTATGTTGGGGGATAAGGACAAAGTAACCGTTAGTA...

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015    CTGACTTTGGCCTGGCAAAGCAAAAACAAGAAAACAGTAAACTCACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 196509 TAGCTGACTTTGGCCTGGCAAAGCAAAAACAAGAAAACAGTAAACTCACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2062 TCTGTGGTTGGAACAATCCTGTATTCTTG         TGTGCAGCACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 196559 TCTGTGGTTGGAACAATCCTGTATTCTTGGTA...AAGTGTGCAGCACCT

   2300     .    :    .    :    .    :
   2103 CTACCTTCGCTCTCCTGCTCCTGCTCTGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237015 CTACCTTCGCTCTCCTGCTCCTGCTCTGGCCACA