seq1 = pF1KE3272.tfa, 2025 bp
seq2 = pF1KE3272/gi568815589f_136227696.tfa (gi568815589f:136227696_136458217), 230522 bp

>pF1KE3272 2025
>gi568815589f:136227696_136458217 (Chr9)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-290  (106752-106973)   100% ->
291-426  (108271-108406)   100% ->
427-578  (109226-109377)   100% ->
579-702  (109746-109869)   100% ->
703-818  (110151-110266)   100% ->
819-974  (110860-111015)   100% ->
975-1083  (112012-112120)   100% ->
1084-1207  (113175-113298)   100% ->
1208-1278  (121002-121072)   100% ->
1279-1455  (121892-122068)   100% ->
1456-1612  (127995-128151)   100% ->
1613-1821  (128647-128855)   99% ->
1822-2025  (130319-130522)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCCCGGCCCCGCCCGCGGCCGACGAGCTCCCGGGCCCGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCCCGGCCCCGCCCGCGGCCGACGAGCTCCCGGGCCCGGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGCGCCTCTACTCCAG         GATGGAGGCGTCCTGCCTAGAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGCGCCTCTACTCCAGGTA...CAGGATGGAGGCGTCCTGCCTAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCGCTGGAGGGCGAGCGTCTGTGCAAGGCGGGCGACTTCAAGACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106775 TGGCGCTGGAGGGCGAGCGTCTGTGCAAGGCGGGCGACTTCAAGACAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGCCTTCTTTGAGGCTGCTGTGCAGGTGGGCACCGAGGACCTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106825 GTGGCCTTCTTTGAGGCTGCTGTGCAGGTGGGCACCGAGGACCTGAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGAGTGCCATCTACAGCCAGCTGGGCAACGCCTACTTCTACCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106875 ACTGAGTGCCATCTACAGCCAGCTGGGCAACGCCTACTTCTACCTGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCACGGCCGGGCGCTGGAATACCACAAGCATGACCTCCTGCTGGCGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106925 AGCACGGCCGGGCGCTGGAATACCACAAGCATGACCTCCTGCTGGCGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291         GACCATCGGTGACCGCATGGGGGAGGCCAAGGCCAGTGGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106975 TG...CAGGACCATCGGTGACCGCATGGGGGAGGCCAAGGCCAGTGGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGGGAAACACACTCAAGGTCCTGGGGCGCTTCGACGAGGCTGCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108313 CCTGGGAAACACACTCAAGGTCCTGGGGCGCTTCGACGAGGCTGCCGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGCCAGCGGCATCTGAGCATCGCCCAAGAGCAGGGAGACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108363 GCTGCCAGCGGCATCTGAGCATCGCCCAAGAGCAGGGAGACAAGGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GTTGGGGAGGCGAGGGCCCTCTACAACATCGGGAACGTGTACCACGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109223 CAGGTTGGGGAGGCGAGGGCCCTCTACAACATCGGGAACGTGTACCACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAGGCAAGCAACTGTCCTGGAACGCCGCAAACGCCACGCAGGACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109273 CAAAGGCAAGCAACTGTCCTGGAACGCCGCAAACGCCACGCAGGACCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCACCTGCCGCCCGATGTCCGAGAGACCCTGTGCAAGGCCTCCGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109323 GGCACCTGCCGCCCGATGTCCGAGAGACCCTGTGCAAGGCCTCCGAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACGA         GAGGAACCTGTCCCTGGTGAAGGAGCTGGGCGACCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109373 TACGAGTG...CAGGAGGAACCTGTCCCTGGTGAAGGAGCTGGGCGACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCGGCGCAGGGCAGGGCCTACGGCAACCTGGGCAACACCCACTATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109782 TGCGGCGCAGGGCAGGGCCTACGGCAACCTGGGCAACACCCACTATTTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGGGAACTTCACAGAGGCCACGACCTTCCACAAGGAG         CGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109832 TGGGGAACTTCACAGAGGCCACGACCTTCCACAAGGAGGTG...CAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGCCATTGCTAAGGAGTTTGGAGACAAGGCAGCCGAGAGGAGGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110154 CTGGCCATTGCTAAGGAGTTTGGAGACAAGGCAGCCGAGAGGAGGGCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCAACCTGGGGAACGCCCACGTCTTCCTGGGGCGCTTTGACGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110204 CAGCAACCTGGGGAACGCCCACGTCTTCCTGGGGCGCTTTGACGTGGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCGAGTACTACAA         GAAGACGCTGCAACTGTCTCGGCAGCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110254 CCGAGTACTACAAGTA...CAGGAAGACGCTGCAACTGTCTCGGCAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGGGACCAGGCAGTGGAGGCGCAGGCCTGCTACAGTCTGGGCAACACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110888 AGGGACCAGGCAGTGGAGGCGCAGGCCTGCTACAGTCTGGGCAACACCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACGCTGCTGCAGGACTACGAGCGCGCGGCCGAGTACCACCTGCGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110938 CACGCTGCTGCAGGACTACGAGCGCGCGGCCGAGTACCACCTGCGGCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGCTCATTGCCCAGGAGCTGGCCGACAG         AGTGGGCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110988 TGCTCATTGCCCAGGAGCTGGCCGACAGGTG...CAGAGTGGGCGAGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGGGCGTGCTGGAGCCTGGGAAATGCCTACGTGTCCATGGGGCGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112025 CGGGCGTGCTGGAGCCTGGGAAATGCCTACGTGTCCATGGGGCGCCCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCAGGCCCTGACCTTCGCCAAGAAGCACCTGCAGATCTCCCAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112075 GCAGGCCCTGACCTTCGCCAAGAAGCACCTGCAGATCTCCCAGGAGGTG.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      ATCGGGGACCGCCATGGGGAGCTCACGGCCCGCATGAACGTGGCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112125 ..CAGATCGGGGACCGCCATGGGGAGCTCACGGCCCGCATGAACGTGGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGCTGCAGCTGGTGCTCGGCCGCCTGACCAGCCCGGCAGCCTCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113220 CAGCTGCAGCTGGTGCTCGGCCGCCTGACCAGCCCGGCAGCCTCAGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCCTGACCTGGCCGGCTATGAGGCCCAGG         GGGCCAGACCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113270 GCCTGACCTGGCCGGCTATGAGGCCCAGGGTG...CAGGGGCCAGACCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAGGACGCAGAGGCTGAGCGCGGAGACCTGGGACCTGCTGAGACTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121014 AGAGGACGCAGAGGCTGAGCGCGGAGACCTGGGACCTGCTGAGACTCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGGAGCGG         GAGCAGAATGGAGACAGCCACCATTCAGGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121064 CTGGAGCGGGTG...CAGGAGCAGAATGGAGACAGCCACCATTCAGGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTGGCGGGGGCCCAGCAGGGACTCGCTACCCCTCCCCGTGAGGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121924 CTGGCGGGGGCCCAGCAGGGACTCGCTACCCCTCCCCGTGAGGAGCAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGTACCAGGAAGGCCCGGACGCTGAGAGGAGGCCCCGGGAGGGCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121974 AGTACCAGGAAGGCCCGGACGCTGAGAGGAGGCCCCGGGAGGGCAGCCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCCCCGCTGGACAGCGCCGACGTCCGGGTGCACGTGCCACGCACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 122024 TCCCCGCTGGACAGCGCCGACGTCCGGGTGCACGTGCCACGCACGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456     AGCATCCCGAGGGCCCCGTCTTCGGACGAGGAGTGCTTCTTTGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122074 .CAGAGCATCCCGAGGGCCCCGTCTTCGGACGAGGAGTGCTTCTTTGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGTTGACCAAGTTCCAGAGCAGCCGCATGGACGACCAGCGTTGTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128041 TGTTGACCAAGTTCCAGAGCAGCCGCATGGACGACCAGCGTTGTCCCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GACGATGGCCAGGCCGGGGCTGCCGAGGCCACGGCCGCCCCCACCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128091 GACGATGGCCAGGCCGGGGCTGCCGAGGCCACGGCCGCCCCCACCCTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGACAGGATCG         CCCAGCCCTCAATGACGGCCTCGCCCCAGA
        |||||||||||>>>...>>>|||||||||| |||||||||||||||||||
 128141 GGACAGGATCGGTG...CAGCCCAGCCCTCGATGACGGCCTCGCCCCAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCGAGGAATTCTTCGACCTCATCGCCAGCTCCCAGAGCCGCCGGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128677 CCGAGGAATTCTTCGACCTCATCGCCAGCTCCCAGAGCCGCCGGCTGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GACCAGCGGGCCAGCGTGGGCAGCCTGCCGGGGCTGCGAATCACCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128727 GACCAGCGGGCCAGCGTGGGCAGCCTGCCGGGGCTGCGAATCACCCACAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CAATGCAGGGCACCTCCGAGGCCACGGCGAGCCCCAGGAGCCGGGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128777 CAATGCAGGGCACCTCCGAGGCCACGGCGAGCCCCAGGAGCCGGGGGACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ACTTCTTCAACATGCTCATCAAGTACCAG         TCCTCCAGGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128827 ACTTCTTCAACATGCTCATCAAGTACCAGGTG...CAGTCCTCCAGGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GATGACCAGCGCTGCCCACCACCTGACGTACTGCCCCGGGGCCCTACCAT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 130331 GATGACCAGCGCTGCCCGCCACCTGACGTACTGCCCCGGGGCCCTACCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCCGGACGAGGACTTCTTCAGCCTCATTCAGAGGGTGCAGGCTAAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130381 GCCGGACGAGGACTTCTTCAGCCTCATTCAGAGGGTGCAGGCTAAGCGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGGACGAGCAGCGGGTGGATCTCGCCGGGGGCCCGGAGCAGGGGGCAGGC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 130431 TGGACGAGCAGCGGGTGGACCTCGCCGGGGGCCCGGAGCAGGGGGCAGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGCCCGCCCGAGCCCCAGCAGCAGTGCCAGCCTGGTGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130481 GGCCCGCCCGAGCCCCAGCAGCAGTGCCAGCCTGGTGCGAGC