seq1 = pF1KE3265.tfa, 1932 bp
seq2 = pF1KE3265/gi568815586r_47945325.tfa (gi568815586r:47945325_48198125), 252801 bp

>pF1KE3265 1932
>gi568815586r:47945325_48198125 (Chr12)

(complement)

1-135  (100000-100132)   98% ->
136-220  (101699-101783)   100% ->
221-380  (109166-109325)   100% ->
381-552  (114364-114535)   100% ->
553-656  (123333-123436)   100% ->
657-940  (123519-123802)   100% ->
941-995  (126405-126459)   100% ->
996-1034  (131161-131199)   100% ->
1035-1119  (132446-132530)   100% ->
1120-1275  (132906-133061)   100% ->
1276-1407  (134285-134416)   100% ->
1408-1611  (148994-149197)   100% ->
1612-1691  (150046-150125)   100% ->
1692-1776  (151064-151148)   100% ->
1777-1872  (151675-151770)   100% ->
1873-1932  (152742-152801)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGATATTGCTGATAGGATGAGGATGGATGCTGGAGAAGTGACTTT
        |-|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A G ATGATATTGCTGATAGGATGAGGATGGATGCTGGAGAAGTGACTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGAACCACAACTCCGTATTCAAAACCCACCTCCTGCCACAAACAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 AGTGAACCACAACTCCGTATTCAAAACCCACCTCCTGCCACAAACAGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCCAGAGGACCAGCTTTCGCTTTCTGACCAGCAG         ATTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100098 TTCCAGAGGACCAGCTTTCGCTTTCTGACCAGCAGGTT...TAGATTTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTTCCAGGCAAGGACATTTGGACCGATCTTTTACATGTTCCACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101705 TCTTCCAGGCAAGGACATTTGGACCGATCTTTTACATGTTCCACAAGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCAGCTTATAATCCAAGCTATTACTCAG         ATAATCCTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101755 TGCAGCTTATAATCCAAGCTATTACTCAGGTA...TAGATAATCCTTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGACAGTTTTCTTGGCTCAGGCGATTTAAGAACCTTTGGCCAGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109178 CAGACAGTTTTCTTGGCTCAGGCGATTTAAGAACCTTTGGCCAGAGTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGGCCAATGGAGAAATTCTACCCCATCGTCAAGCTCATCTTTACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109228 AATGGCCAATGGAGAAATTCTACCCCATCGTCAAGCTCATCTTTACAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCAAGAAACAGCCGAAGTCTTTACCTCGAAACCCGAAAGACCTCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109278 ATCAAGAAACAGCCGAAGTCTTTACCTCGAAACCCGAAAGACCTCAAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        TGGATTATCAAACAGTTTTGCGGGAAAGTCAAACCATCACTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109328 T...TAGTGGATTATCAAACAGTTTTGCGGGAAAGTCAAACCATCACTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGTATCTGCATATGAAAAATCTTTTCCTATTAAACCTGTTCCAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114407 CATGTATCTGCATATGAAAAATCTTTTCCTATTAAACCTGTTCCAAGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCTTGGAGTGGTTCATGTCGTCGAAGTCTTTTGAGCCCCAAGAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114457 ATCTTGGAGTGGTTCATGTCGTCGAAGTCTTTTGAGCCCCAAGAAAACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGAGGCGACATGTTAGTACAGCAGAAGAG         ACAGTTCAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114507 AGAGGCGACATGTTAGTACAGCAGAAGAGGTA...TAGACAGTTCAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGAAAGAGAGATTTACAGACAGCTGCTACAGATGGTCACAGGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123345 GAAGAAAGAGAGATTTACAGACAGCTGCTACAGATGGTCACAGGGAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTTTACTATAGCCAAACCCACCACACATTTTCCTTTACACCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 123395 GTTTACTATAGCCAAACCCACCACACATTTTCCTTTACACCTGTG...TA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657  GTCTCGATGTCTTAGTTCCAGTAAAAATACTTTGAAAGACTCACTGTTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123518 GGTCTCGATGTCTTAGTTCCAGTAAAAATACTTTGAAAGACTCACTGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAAATGGAAACTCTTGTGCATCTCAGATCATTGGCTCTGATACTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123568 AAAAATGGAAACTCTTGTGCATCTCAGATCATTGGCTCTGATACTTCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCTGGATCTGCCAGCATTTTAACTAACCAGGAACAGCTGTCCCACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123618 ATCTGGATCTGCCAGCATTTTAACTAACCAGGAACAGCTGTCCCACAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TATATTCCCTATCTTCTTATACCCCAGATGTTGCATTTGGATCCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123668 TATATTCCCTATCTTCTTATACCCCAGATGTTGCATTTGGATCCAAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTGGTACTCTTCATCATCCCCATCATCACCACTCTGTTCCACATCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123718 TCTGGTACTCTTCATCATCCCCATCATCACCACTCTGTTCCACATCAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGATAACTTAGCAGCTTCAAATACACAATCTGAAG         GATCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123768 AGATAACTTAGCAGCTTCAAATACACAATCTGAAGGTA...TAGGATCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTCTGTGATTTTACTGAAAGTGAAAGATTCCCAGACTCCAACTCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 126411 ACTCTGTGATTTTACTGAAAGTGAAAGATTCCCAGACTCCAACTCCCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996         TTCTACTTTCTTCCAGGCAGAGCTGTGGATCAAAGAATT   
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 126461 TA...TAGTTCTACTTTCTTCCAGGCAGAGCTGTGGATCAAAGAATTGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035       AACTAGTGTTTATGATTCTCGAGCACGAGAAAGATTGCGCCAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131203 ...TAGAACTAGTGTTTATGATTCTCGAGCACGAGAAAGATTGCGCCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGAAGAACAGAAGGCATTGGCCTTACAGCTTCAAAACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132490 TTGAAGAACAGAAGGCATTGGCCTTACAGCTTCAAAACCAGGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGATTGCAGGAGCGGGAACATTCAGTACATGATTCAGTAGAACTACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132906 AGATTGCAGGAGCGGGAACATTCAGTACATGATTCAGTAGAACTACATCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCGTGTACCTCTTGAAAAGGAGATTCCTGTTACTGTTGTCCAAGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132956 TCGTGTACCTCTTGAAAAGGAGATTCCTGTTACTGTTGTCCAAGAAACAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAAAAAAAGGTCATAAATTAACTGATAGTGAAGATGAATTTCCTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133006 AAAAAAAAGGTCATAAATTAACTGATAGTGAAGATGAATTTCCTGAAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACAGAG         GAAATGGAGAAAGAAATAAAGAATGTATTTCGTAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133056 ACAGAGGTA...TAGGAAATGGAGAAAGAAATAAAGAATGTATTTCGTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGGGAATCAGGATGAAGTTCTCAGTGAAGCATTTCGCCTGACCATTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134320 TGGGAATCAGGATGAAGTTCTCAGTGAAGCATTTCGCCTGACCATTACAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCAAAGATATTCAAACTCTAAACCATCTGAATTGGCTCAATGATGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 134370 GCAAAGATATTCAAACTCTAAACCATCTGAATTGGCTCAATGATGAGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1408       ATCATCAATTTCTACATGAATATGCTGATGGAGCGAAGTAAAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134420 ...CAGATCATCAATTTCTACATGAATATGCTGATGGAGCGAAGTAAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GAAGGGCTTGCCAAGTGTGCATGCATTTAATACCTTTTTCTTCACTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149038 GAAGGGCTTGCCAAGTGTGCATGCATTTAATACCTTTTTCTTCACTAAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TAAAAACGGCTGGTTATCAGGCAGTGAAACGTTGGACAAAGAAAGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149088 TAAAAACGGCTGGTTATCAGGCAGTGAAACGTTGGACAAAGAAAGTAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTATTTTCTGTTGACATTCTTTTGGTGCCCATTCACCTGGGAGTACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149138 GTATTTTCTGTTGACATTCTTTTGGTGCCCATTCACCTGGGAGTACACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GTGTCTAGCT         GTTGTGGACTTTAGAAAGAAGAATATTACCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 149188 GTGTCTAGCTGTG...CAGGTTGTGGACTTTAGAAAGAAGAATATTACCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATTACGACTCCATGGGTGGGATAAACAATGAAGCCTGCAGAATACTCTT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 150077 ATTACGACTCCATGGGTGGGATAAACAATGAAGCCTGCAGAATACTCTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692         GCAATACCTAAAGCAAGAAAGCATTGACAAGAAAAGGAAAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150127 TA...TAGGCAATACCTAAAGCAAGAAAGCATTGACAAGAAAAGGAAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GTTTGACACCAATGGCTGGCAGCTTTTCAGCAAGAAAAGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 151106 GTTTGACACCAATGGCTGGCAGCTTTTCAGCAAGAAAAGCCAGGTA...C

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1777   GAGATTCCTCAGCAGATGAATGGAAGTGACTGTGGGATGTTTGCCTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151673 AGGAGATTCCTCAGCAGATGAATGGAAGTGACTGTGGGATGTTTGCCTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AAATATGCTGACTGTATTACCAAAGACAGACCAATCAACTTCACACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 151723 AAATATGCTGACTGTATTACCAAAGACAGACCAATCAACTTCACACAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1873        CAACACATGCCATACTTCCGGAAGCGGATGGTCTGGGAGATCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151773 G...CAGCAACACATGCCATACTTCCGGAAGCGGATGGTCTGGGAGATCC

   2050     .    :    .
   1916 TCCACCGAAAACTCTTG
        |||||||||||||||||
 152785 TCCACCGAAAACTCTTG