seq1 = pF1KE3259.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KE3259/gi568815596f_165474359.tfa (gi568815596f:165474359_165779750), 305392 bp

>pF1KE3259 1851
>gi568815596f:165474359_165779750 (Chr2)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-244  (120685-120855)   100% ->
245-504  (183403-183662)   100% ->
505-801  (201954-202250)   100% ->
802-1851  (204343-205392)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTGTGCTTTATTTCTGAGAGTGAAGATTTTACAGCGTGTGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTGTGCTTTATTTCTGAGAGTGAAGATTTTACAGCGTGTGTGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGTCGTTATATAGTGCACGCAG         GTACATGTGACAGCACTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 TAGTCGTTATATAGTGCACGCAGGTA...CAGGTACATGTGACAGCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCGATGAGTGGAATTTTAAAGAGGAAGTTTGAAGAAGTTGACGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120703 CAGCGATGAGTGGAATTTTAAAGAGGAAGTTTGAAGAAGTTGACGGCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCACCCTGCTCCTCTGTGAGGGAATCAGATGATGAAGTTTCCAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120753 TCACCCTGCTCCTCTGTGAGGGAATCAGATGATGAAGTTTCCAGCAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTGCTGACAGTGGGGACAGTGTCAATCCATCCACTTCTAGTCATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120803 AAGTGCTGACAGTGGGGACAGTGTCAATCCATCCACTTCTAGTCATTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCC         CTTCCTCCATTCTCAAAAGGGAGAAACGACTGAGGACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120853 CCCGTG...CAGCTTCCTCCATTCTCAAAAGGGAGAAACGACTGAGGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAATGTACATTTTAGTTGTGTCACCGTGTACTACTTCACCAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183441 AAGAATGTACATTTTAGTTGTGTCACCGTGTACTACTTCACCAGGAGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGCTTCACAAGTGTGCCCAGTCAAGGGGGAAGCACCCTGGGGATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183491 AGGCTTCACAAGTGTGCCCAGTCAAGGGGGAAGCACCCTGGGGATGTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCGCCATAACAGCGTGCGCCAGTACACTCTTGGCGAGTTTGCAAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183541 GCCGCCATAACAGCGTGCGCCAGTACACTCTTGGCGAGTTTGCAAGGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGAGAGGCTCCACCGGGAGATGTTGAGAGAACACCTTAGGGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183591 CAGGAGAGGCTCCACCGGGAGATGTTGAGAGAACACCTTAGGGAGGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGAACTCCTTAAAACTAAAG         ATGACTAAGAATGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 183641 GCTGAACTCCTTAAAACTAAAGGTA...TAGATGACTAAGAATGGCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGAATCAGAAGAAGCCAGCACTCTTACACTGGATGACATTTCTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201973 TAGAATCAGAAGAAGCCAGCACTCTTACACTGGATGACATTTCTGATGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACATTGACCTGGACAACACAGAGGTAGATGAGTACTTCTTCCTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202023 GACATTGACCTGGACAACACAGAGGTAGATGAGTACTTCTTCCTACAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTGCCAACAAAAAAACGAAGAGCTCTGCTGCGTGCCTCTGGAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202073 TTTGCCAACAAAAAAACGAAGAGCTCTGCTGCGTGCCTCTGGAGTGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGATTGACGTGGAAGAAAAGCACGAACTCCGAGCCATCCGCCTCTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202123 AGATTGACGTGGAAGAAAAGCACGAACTCCGAGCCATCCGCCTCTCACGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGGACTGTGGCTGTGACTGCCGAGTGTTCTGTGATCCAGACACGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202173 GAGGACTGTGGCTGTGACTGCCGAGTGTTCTGTGATCCAGACACGTGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTGCAGCCTGGCTGGCATTAAGTGCCAG         GTGGATCGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 202223 CTGCAGCCTGGCTGGCATTAAGTGCCAGGTA...AAGGTGGATCGTATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTTTCCCATGCGGCTGCACTAAAGAAGGATGTAGTAACACAGCAGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204356 CTTTCCCATGCGGCTGCACTAAAGAAGGATGTAGTAACACAGCAGGTAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATTGAATTTAATCCTATCCGTGTTCGGACTCACTTTTTGCACACAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204406 ATTGAATTTAATCCTATCCGTGTTCGGACTCACTTTTTGCACACAATAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GAAACTTGAACTGGAGAAAAACCGAGAGCAGCAAATCCCCACGCTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204456 GAAACTTGAACTGGAGAAAAACCGAGAGCAGCAAATCCCCACGCTGAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCTGCCACAGTGAGATAAGTGCTCACAGTAGTTCTATGGGCCCTGTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204506 GCTGCCACAGTGAGATAAGTGCTCACAGTAGTTCTATGGGCCCTGTCGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CACTCCGTAGAATATTCAATCGCAGACAGTTTTGAGATTGAAACTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204556 CACTCCGTAGAATATTCAATCGCAGACAGTTTTGAGATTGAAACTGAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCAGGCTGCAGTGCTGCACCTGCAGTCGGCTGAAGAATTAGATTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204606 CCAGGCTGCAGTGCTGCACCTGCAGTCGGCTGAAGAATTAGATTGCCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GAGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGATGGGAGCAGCTTTTGCAGCGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204656 GAGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGATGGGAGCAGCTTTTGCAGCGGAGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACAGATTCTAGCACGCAAAGCTTGGCACCTAGTGAGTCAGACGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204706 ACAGATTCTAGCACGCAAAGCTTGGCACCTAGTGAGTCAGACGAGGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGATGACGATGATGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204756 GGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGATGACGATGATGACAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GAGATGGCTTCGTGGAAGGTTTGGGCACCCATGCCGAAGTTGTCCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204806 GAGATGGCTTCGTGGAAGGTTTGGGCACCCATGCCGAAGTTGTCCCTCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CCTTCAGTTCTTTGTTATTCTGATGGCACCGCCGTTCACGAAAGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204856 CCTTCAGTTCTTTGTTATTCTGATGGCACCGCCGTTCACGAAAGCCATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AAAGAATGCTTCTTTTTATGCCAACTCTTCAACTCTGTATTACCAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204906 AAAGAATGCTTCTTTTTATGCCAACTCTTCAACTCTGTATTACCAAATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ATAGCCACATTCCAGGAACTCCAAATCAGATCTCTGAGAACTATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204956 ATAGCCACATTCCAGGAACTCCAAATCAGATCTCTGAGAACTATTCTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AGAGACACTGTCAAAAATGGTACCCTTTCGCTGGTGCCTTACACTATGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 205006 AGAGACACTGTCAAAAATGGTACCCTTTCGCTGGTGCCTTACACCATGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCCGGAGCAATTCGTTGACTATGCCCGACAAGCAGAAGAGGCCTATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205056 CCCGGAGCAATTCGTTGACTATGCCCGACAAGCAGAAGAGGCCTATGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CCTCCCACTACCCAGCTGCCAACCCCTCTGTAATCGTTTGCTGCTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205106 CCTCCCACTACCCAGCTGCCAACCCCTCTGTAATCGTTTGCTGCTCCTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TCCGAAAATGATAGCGGTGTGCCCTGCAATAGTTTATATCCTGAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205156 TCCGAAAATGATAGCGGTGTGCCCTGCAATAGTTTATATCCTGAACACAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GTCCAATCACCCTCAAGTGGAATTTCACTCATACTTGAAAGGCCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205206 GTCCAATCACCCTCAAGTGGAATTTCACTCATACTTGAAAGGCCCCTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 AAGAAGGGTTTGTCTCTGCATTGAATGGTGACAGTCACATTTCAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205256 AAGAAGGGTTTGTCTCTGCATTGAATGGTGACAGTCACATTTCAGAGCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 CCTGCTGAAAATTCTTTGAGCCTTGCAGAAAAGAGCATATTGCATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205306 CCTGCTGAAAATTCTTTGAGCCTTGCAGAAAAGAGCATATTGCATGAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1815 GTGCATCAAATCACCCGTGGTTGAGACAGTCCCTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205356 GTGCATCAAATCACCCGTGGTTGAGACAGTCCCTGTT