seq1 = pF1KE3256.tfa, 1791 bp
seq2 = pF1KE3256/gi568815597r_6493368.tfa (gi568815597r:6493368_6702817), 209450 bp

>pF1KE3256 1791
>gi568815597r:6493368_6702817 (Chr1)

(complement)

1-1021  (100001-101021)   100% ->
1022-1427  (103366-103771)   100% ->
1428-1500  (107261-107333)   100% ->
1501-1791  (109160-109450)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGACCGGCGCCCCTGGCCGTGCTTCCCTTCTCGGACCCCGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGACCGGCGCCCCTGGCCGTGCTTCCCTTCTCGGACCCCGCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCTGAGCCTGCTGCGCGGCCTGAGCCAGCTGCGCGCCGAGCGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCCTGAGCCTGCTGCGCGGCCTGAGCCAGCTGCGCGCCGAGCGCAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGACGTGACCCTGGAGGCGGCGGGCGGGCGCGACTTCCCGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGACGTGACCCTGGAGGCGGCGGGCGGGCGCGACTTCCCGGCGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGTGCGGTGCTGGCCGCCGCCAGCCCCTACTTCCGCGCCATGTTCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGTGCGGTGCTGGCCGCCGCCAGCCCCTACTTCCGCGCCATGTTCGCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCTGCGCGAGAGCCGCGCCGAGCGGGTGCGCCTGCACGGAGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCTGCGCGAGAGCCGCGCCGAGCGGGTGCGCCTGCACGGAGTGCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGACATGCTGCAGCTGCTGCTGGACTTCAGCTACACGGGCCGCGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGACATGCTGCAGCTGCTGCTGGACTTCAGCTACACGGGCCGCGTGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTAAGCGGCGACAACGCTGAGCCGCTGCTGCGCGCCGCCGACCTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTAAGCGGCGACAACGCTGAGCCGCTGCTGCGCGCCGCCGACCTGCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTCCCGGCCGTGAAGGAGGCGTGCGGGGCCTTCCTGCAGCAGCAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTTCCCGGCCGTGAAGGAGGCGTGCGGGGCCTTCCTGCAGCAGCAGCTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGGCCAACTGCCTGGACATGCAGGACTTCGCTGAGGCCTTCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTGGCCAACTGCCTGGACATGCAGGACTTCGCTGAGGCCTTCAGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCGGGACTGGCGAGCGCGGCGCAGCGGTTCATTCTGCGCCACGTGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCGGGACTGGCGAGCGCGGCGCAGCGGTTCATTCTGCGCCACGTGGGCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGGGCGCCGAGCAGCTGGAGCGGCTGCCACTGGCGCGCCTGCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGGGCGCCGAGCAGCTGGAGCGGCTGCCACTGGCGCGCCTGCTGCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCTGCGGGACGACGGGCTGTGTGTGCCCAAGGAGGAGGCCGCCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCTGCGGGACGACGGGCTGTGTGTGCCCAAGGAGGAGGCCGCCTACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGGCGCTGCGCTGGGTCCGCGCTGACCCGCCGCGCCGCGCCGCGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGGCGCTGCGCTGGGTCCGCGCTGACCCGCCGCGCCGCGCCGCGCACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCGCAGCTGCTGGAGGCCGTGCGCCTGCCCTTCGTGCGCCGCTTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCGCAGCTGCTGGAGGCCGTGCGCCTGCCCTTCGTGCGCCGCTTCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGTTGGCGCACGTCGAGGCCGAGCCGCTGGTGGCGCGCTGCCCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGTTGGCGCACGTCGAGGCCGAGCCGCTGGTGGCGCGCTGCCCACCCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGCGCCTGCTGCGCGAGGCGCGCGACTTCCAGGCGGCGCGCTACGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGCGCCTGCTGCGCGAGGCGCGCGACTTCCAGGCGGCGCGCTACGACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCACGACCGCGGGCCCTGTCCCCGAATGCGTCCTCGCCCGTCCACCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCACGACCGCGGGCCCTGTCCCCGAATGCGTCCTCGCCCGTCCACCGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCGCCGAGATCCTCGTGCTCGTGGGCGGCTGCGACCAGGACTGTGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCGCCGAGATCCTCGTGCTCGTGGGCGGCTGCGACCAGGACTGTGACGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGGTCACTGTCGACTGCTACAACCCGCAGACGGGTCAGTGGCGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGGTCACTGTCGACTGCTACAACCCGCAGACGGGTCAGTGGCGCTACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCCGAGTTCCCAGACCACCTGGGCGGAGGCTACAGCATCGTGGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCCGAGTTCCCAGACCACCTGGGCGGAGGCTACAGCATCGTGGCGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCAATGACATCTACGTGACGG         GTGGGTCCGATGGCTCCCGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101001 GCAATGACATCTACGTGACGGGTG...CAGGTGGGTCCGATGGCTCCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTCTATGACTGCGTGTGGAGGTACAACTCAAGCGTGAATGAGTGGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103386 CTCTATGACTGCGTGTGGAGGTACAACTCAAGCGTGAATGAGTGGGCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGTGGCGCCCATGCTGAAGGCCCGCGAGTACCACAGCTCCTCTGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103436 GGTGGCGCCCATGCTGAAGGCCCGCGAGTACCACAGCTCCTCTGTGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACGGACTGCTGTACGTGGTGGCCGCCGACAGCACCGAGCGCTATGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103486 ACGGACTGCTGTACGTGGTGGCCGCCGACAGCACCGAGCGCTATGACCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ACCACTGACTCCTGGGAGGCCCTGCAGCCCATGACCTACCCCATGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103536 ACCACTGACTCCTGGGAGGCCCTGCAGCCCATGACCTACCCCATGGACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CTGCTCCACCACTGCGTGCCGTGGCCGGCTCTATGCCATCGGCTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103586 CTGCTCCACCACTGCGTGCCGTGGCCGGCTCTATGCCATCGGCTCCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CTGGCAAGGAGACCATGGTGATGCAGTGCTACGACCCGGACACCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103636 CTGGCAAGGAGACCATGGTGATGCAGTGCTACGACCCGGACACCGACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TGGTCGCTGGTGGACTGCGGCCAGCTCCCGCCCTGGTCCTTCGCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103686 TGGTCGCTGGTGGACTGCGGCCAGCTCCCGCCCTGGTCCTTCGCCCCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GACTGCGACTCTAAACGGACTCATGTACTTTGTCAG         GGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103736 GACTGCGACTCTAAACGGACTCATGTACTTTGTCAGGTG...CAGGGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACTCCGCTGAGGTGGACGTGTACAACCCGACGAGGAACGAATGGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107266 ACTCCGCTGAGGTGGACGTGTACAACCCGACGAGGAACGAATGGGACAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 ATCCCGTCCATGAATCAG         GTACATGTGGGGGGCAGCCTGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107316 ATCCCGTCCATGAATCAGGTA...CAGGTACATGTGGGGGGCAGCCTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CGTCCTTGGGGGGAAGCTGTACGTCTCTGGGGGATACGACAATACATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109183 CGTCCTTGGGGGGAAGCTGTACGTCTCTGGGGGATACGACAATACATTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 AACTCTCGGACGTGGTAGAGGCCTATGACCCAGAGACTCGCGCGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109233 AACTCTCGGACGTGGTAGAGGCCTATGACCCAGAGACTCGCGCGTGGAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 GTGGTGGGGCGGCTCCCAGAACCCACCTTCTGGCATGGCAGTGTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109283 GTGGTGGGGCGGCTCCCAGAACCCACCTTCTGGCATGGCAGTGTCAGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CTTCCGCCAGTTCATGCCCCAGACCTTCTCGGGTGGGCGTGGCTTCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109333 CTTCCGCCAGTTCATGCCCCAGACCTTCTCGGGTGGGCGTGGCTTCGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TGGACAGTGGCAGCGATGACATGGACCCAGGCCGACCCCGGCCGCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109383 TGGACAGTGGCAGCGATGACATGGACCCAGGCCGACCCCGGCCGCCGCGG

   1800     .    :    .
   1774 GACCCCGATGAGCTGCAC
        ||||||||||||||||||
 109433 GACCCCGATGAGCTGCAC