seq1 = pF1KE3253.tfa, 1767 bp
seq2 = pF1KE3253/gi568815595r_39043058.tfa (gi568815595r:39043058_39246682), 203625 bp

>pF1KE3253 1767
>gi568815595r:39043058_39246682 (Chr3)

(complement)

1-205  (100001-100205)   100% ->
206-465  (101427-101686)   100% ->
466-780  (102232-102546)   100% ->
781-1767  (102639-103625)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGGGCTGTTGAAGAGGAAATTTGACCAGCTGGATGAGGACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGGGCTGTTGAAGAGGAAATTTGACCAGCTGGATGAGGACAACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGGTCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCTGGGTGCCAGTCTCGCTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGGTCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCTGGGTGCCAGTCTCGCTCCTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCAAGCTCTTCTGTCTCCCGTGCCTGGGACTCAGAGGAGGAAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCAAGCTCTTCTGTCTCCCGTGCCTGGGACTCAGAGGAGGAAGGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGGATCAGATGCCCCTGCCTGACCGTGACTTCTGCGGCCCCAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGGATCAGATGCCCCTGCCTGACCGTGACTTCTGCGGCCCCAGAAGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCC         CCCTGTCTATCCTGAAGCGGGCTCGCCGGGAGCGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCCGTG...TAGCCCTGTCTATCCTGAAGCGGGCTCGCCGGGAGCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGGCCGTGTAGCCTTTGATGGGATCACCGTCTTCTACTTCCCCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101463 CAGGCCGTGTAGCCTTTGATGGGATCACCGTCTTCTACTTCCCCCGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGGCTTCACCAGTGTGCCCAGCCGTGGTGGCTGTACTCTGGGTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101513 CAGGGCTTCACCAGTGTGCCCAGCCGTGGTGGCTGTACTCTGGGTATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTTCGCCACAGTGCTTGCCGTCGCTTCTCTTTGGCTGAGTTTGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101563 CCTTCGCCACAGTGCTTGCCGTCGCTTCTCTTTGGCTGAGTTTGCGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCAAGCCCGTGCACGGCACGAGAAGCTCCGCCAGCGCTTGAAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101613 AGCAAGCCCGTGCACGGCACGAGAAGCTCCGCCAGCGCTTGAAAGAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGTTGGAGATGCTGCAGTGGAAG         CTTTCGGCAGCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101663 AAGTTGGAGATGCTGCAGTGGAAGGTA...CAGCTTTCGGCAGCTGGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACCCCAGGCAGAGGCAGGGCTGCCACCTGTGGTGGATGCCATTGATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102249 ACCCCAGGCAGAGGCAGGGCTGCCACCTGTGGTGGATGCCATTGATGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTCTGTGGAGGAGGACTTGGCAGTCGCTGTGGCAGGTGGCCGGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102299 CCTCTGTGGAGGAGGACTTGGCAGTCGCTGTGGCAGGTGGCCGGTTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGTGAGCTTCCTACAGCCCTACCCAGCCCGGCGACGTCGAGCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102349 GAAGTGAGCTTCCTACAGCCCTACCCAGCCCGGCGACGTCGAGCTCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAGGGCTTCAGGTGTGCGAAGGATCGATCGGGAGGAGAAGCGGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102399 GAGGGCTTCAGGTGTGCGAAGGATCGATCGGGAGGAGAAGCGGGAGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGCACTGCGCCAATCCCGGGAGGATTGTGGCTGTCACTGCGATAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102449 AGGCACTGCGCCAATCCCGGGAGGATTGTGGCTGTCACTGCGATAGGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGCGACCCTGAGACCTGCAGCTGCAGCCTGGCAGGCATCAAGTGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102499 TGCGACCCTGAGACCTGCAGCTGCAGCCTGGCAGGCATCAAGTGCCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781        ATGGACCACACAGCATTCCCCTGTGGCTGCTGCAGGGAGGGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102549 G...CAGATGGACCACACAGCATTCCCCTGTGGCTGCTGCAGGGAGGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GTGAGAACCCCATGGGCCGTGTGGAATTTAATCAGGCAAGAGTTCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102682 GTGAGAACCCCATGGGCCGTGTGGAATTTAATCAGGCAAGAGTTCAGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CATTTCATCCACACACTCACCCGCCTGCAGTTGGAACAGGAGGCTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102732 CATTTCATCCACACACTCACCCGCCTGCAGTTGGAACAGGAGGCTGAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTTTAGGGAGCTGGAGGCCCCTGCCCAGGGCAGCCCACCCAGCCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102782 CTTTAGGGAGCTGGAGGCCCCTGCCCAGGGCAGCCCACCCAGCCCTGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGAGGCCCTGGTCCCTACTTTCCCACTGGCCAAGCCCCCCATGAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102832 AGGAGGCCCTGGTCCCTACTTTCCCACTGGCCAAGCCCCCCATGAACAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GAGCTGGGAGACAACAGCTGCAGCAGCGACATGACTGATTCTTCCACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 102882 GAGCTGGGAGACAACAGCTGCAGCAGCGACATGACTGATTCTTCTACAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATCTTCATCAGCATCGGGCACTAGTGAGGCTCCTGACTGCCCCACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102932 ATCTTCATCAGCATCGGGCACTAGTGAGGCTCCTGACTGCCCCACCCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CAGGCCTGCCTGGCCCTGGCTTCCAGCCTGGCGTTGATGATGACAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102982 CAGGCCTGCCTGGCCCTGGCTTCCAGCCTGGCGTTGATGATGACAGCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCACGCATCTTGAGTTTCAGTGACTCTGACTTCGGTGGGGAGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 GCACGCATCTTGAGTTTCAGTGACTCTGACTTCGGTGGGGAGGAGGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AGAGGAGGAAGGGAGCGTGGGGAACCTGGACAACCTCAGCTGCTTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103082 AGAGGAGGAAGGGAGCGTGGGGAACCTGGACAACCTCAGCTGCTTCCATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CAGCTGACATCTTTGGTACTAGTGACCCTGGTGGCCTGGCCAGCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103132 CAGCTGACATCTTTGGTACTAGTGACCCTGGTGGCCTGGCCAGCTGGACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CACAGCTATTCTGGCTGTAGCTTCACATCAGGCATCCTGGATGAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 103182 CACAGCTATTCTGGCTGTAGCTTCACATCAGGCGTCCTGGATGAGAATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CAACCTGGATGCCAGCTGCTTCCTAAATGGTGGCCTTGAAGGGTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103232 CAACCTGGATGCCAGCTGCTTCCTAAATGGTGGCCTTGAAGGGTCAAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AAGGCAGCCTTCCTGGCACCTCAGTGCCACCCAGCATGGACGCTGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103282 AAGGCAGCCTTCCTGGCACCTCAGTGCCACCCAGCATGGACGCTGGCCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AGTAGCTCAGTGGATCTCAGCTTGTCTTCTTGTGACTCCTTTGAGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103332 AGTAGCTCAGTGGATCTCAGCTTGTCTTCTTGTGACTCCTTTGAGTTACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CCAGGCTCTGCCAGATTATAGTCTGGGGCCTCACTACACATCACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103382 CCAGGCTCTGCCAGATTATAGTCTGGGGCCTCACTACACATCACAGAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TGTCTGACAGCCTGGACAACATCGAGGCACCTCACTTCCCCCTGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103432 TGTCTGACAGCCTGGACAACATCGAGGCACCTCACTTCCCCCTGCCTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CTGTCTCCACCTGGGGATGCCAGCAGTTGCTTCCTGGAGTCCCTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103482 CTGTCTCCACCTGGGGATGCCAGCAGTTGCTTCCTGGAGTCCCTCATGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CTTCTCCGAGCCAGCCGCCGAAGCCCTAGATCCCTTTATTGACAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103532 CTTCTCCGAGCCAGCCGCCGAAGCCCTAGATCCCTTTATTGACAGCCAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TTGAGGACACTGTCCCAGCATCTCTAATGGAGCCTGTGCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103582 TTGAGGACACTGTCCCAGCATCTCTAATGGAGCCTGTGCCGGTG