seq1 = pF1KE3252.tfa, 1764 bp
seq2 = pF1KE3252/gi568815591f_37750375.tfa (gi568815591f:37750375_37997089), 246715 bp

>pF1KE3252 1764
>gi568815591f:37750375_37997089 (Chr7)

1-33  (99893-99925)   100% ->
34-91  (100004-100061)   100% ->
92-198  (100255-100361)   100% ->
199-270  (106900-106971)   100% ->
271-387  (111654-111770)   100% ->
388-454  (113022-113088)   100% ->
455-528  (113974-114047)   100% ->
529-621  (115151-115243)   100% ->
622-818  (117328-117524)   99% ->
819-994  (126458-126633)   100% ->
995-1139  (133929-134073)   100% ->
1140-1247  (134771-134878)   100% ->
1248-1399  (137903-138054)   100% ->
1400-1544  (144092-144236)   98% ->
1545-1764  (146496-146715)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAGCAAAAAACGAGAAGTCCAGTTACAG         ACAGTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  99893 ATGGCAAGCAAAAAACGAGAAGTCCAGTTACAGGTG...CAGACAGTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAATAATCAAAGCCTGTGGGATGAGATGTTGCAGAACAAAGGCTTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 CAATAATCAAAGCCTGTGGGATGAGATGTTGCAGAACAAAGGCTTAACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92          TGATTGATGTTTACCAAGCCTGGTGTGGACCTTGCAGAGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 GTA...TAGTGATTGATGTTTACCAAGCCTGGTGTGGACCTTGCAGAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGCAACCTTTATTCAGAAAATTGAAAAATGAACTGAACGAAGACGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100296 ATGCAACCTTTATTCAGAAAATTGAAAAATGAACTGAACGAAGACGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTGCATTTTGCTGTC         GCAGAAGCTGACAACATTGTGACTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100346 TCTGCATTTTGCTGTCGTA...CAGGCAGAAGCTGACAACATTGTGACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGCAGCCATTTAGAGATAAATGTGAACCTGTTTTTCTCTTTAGTGTT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106925 TGCAGCCATTTAGAGATAAATGTGAACCTGTTTTTCTCTTTAGTGTTGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271       AATGGCAAAATTATCGAAAAGATTCAGGGTGCAAATGCACCGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106975 ...TAGAATGGCAAAATTATCGAAAAGATTCAGGGTGCAAATGCACCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGTTAATAAAAAAGTTATTAATTTGATCGATGAGGAGAGAAAAATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111698 TGTTAATAAAAAAGTTATTAATTTGATCGATGAGGAGAGAAAAATTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGGTGAAATGGCTCGACCTCAG         TATCCTGAAATTCCATTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111748 CAGGTGAAATGGCTCGACCTCAGGTA...TAGTATCCTGAAATTCCATTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTAGACTCAGATTCAGAAGTTAGTGAAGAATCACCATGTGAAAGTGTTC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113040 GTAGACTCAGATTCAGAAGTTAGTGAAGAATCACCATGTGAAAGTGTTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455         AGGAATTATACAGTATTGCTATTATCAAACCGGATGCTGTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113090 TA...CAGAGGAATTATACAGTATTGCTATTATCAAACCGGATGCTGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTAGTAAAAAAGTTCTAGAAATTAAAAGAAAA         ATTACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114016 TTAGTAAAAAAGTTCTAGAAATTAAAAGAAAAGTA...AAGATTACCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GCTGGATTTATTATAGAAGCAGAGCATAAGACAGTGCTCACTGAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115160 GCTGGATTTATTATAGAAGCAGAGCATAAGACAGTGCTCACTGAAGAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGTTGTCAACTTCTATAGTCGAATAGCAGACCAG         CGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> ||||||
 115210 AGTTGTCAACTTCTATAGTCGAATAGCAGACCAGGTA...TAGTGTGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TCGAAGAGTTTGTCTCTTTTATGACAAGTGGCTTAAGCTATATTCTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117335 TCGAAGAGTTTGTCTCTTTTATGACAAGTGGCTTAAGCTATATTCTAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTATCTCAAGGAAGTAAACACAATCCTCCCTCTGAAGAAACCGAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117385 GTATCTCAAGGAAGTAAACACAATCCTCCCTCTGAAGAAACCGAACCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GACTGACACCGAACCTAACGAACGATCTGAGGATCAACCTGAGGTCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117435 GACTGACACCGAACCTAACGAACGATCTGAGGATCAACCTGAGGTCGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCCAGGTTACACCTGGAATGATGAAGAACAAACAAGACAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117485 CCCAGGTTACACCTGGAATGATGAAGAACAAACAAGACAGGTA...CAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTACAAGAATATCTGGAAAGACAACATTTAGCTCAGCTCTGTGACATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126459 TTACAAGAATATCTGGAAAGACAACATTTAGCTCAGCTCTGTGACATTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGAGGATGCAGCTAATGTTGCTAAGTTCATGGATGCTTTCTTCCCCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126509 AGAGGATGCAGCTAATGTTGCTAAGTTCATGGATGCTTTCTTCCCCGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTAAAAAAATGAAAAGCATGAAATTAGAAAAGACATTGGCATTACTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126559 TTAAAAAAATGAAAAGCATGAAATTAGAAAAGACATTGGCATTACTTCGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCAAATCTCTTTCATGAAAGGAAAG         ATGATGTTTTGCGTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 126609 CCAAATCTCTTTCATGAAAGGAAAGGTA...TAGATGATGTTTTGCGTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TATTAAAGATGAAGACTTCAAAATACTGGAGCAAAGACAAGTAGTATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133945 TATTAAAGATGAAGACTTCAAAATACTGGAGCAAAGACAAGTAGTATTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CGGAAAAAGAAGCACAAGCACTGTGCAAGGAATATGAAAATGAAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133995 CGGAAAAAGAAGCACAAGCACTGTGCAAGGAATATGAAAATGAAGACTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTAATAAACTTATAGAAAACATGACCAG         TGGTCCATCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 134045 TTTAATAAACTTATAGAAAACATGACCAGGTA...TAGTGGTCCATCTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGCCCTTGTTTTATTGAGAGACAATGGCTTGCAATACTGGAAACAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134783 AGCCCTTGTTTTATTGAGAGACAATGGCTTGCAATACTGGAAACAATTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGGACCAAGAACTGTTGAAGAAGCCATTGAATATTTTCCAGAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 134833 TGGGACCAAGAACTGTTGAAGAAGCCATTGAATATTTTCCAGAGAGGTA.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1248      TTTATGTGCACAGTTTGCGATGGACAGTTTGCCGGTCAACCAGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134883 ..AAGTTTATGTGCACAGTTTGCGATGGACAGTTTGCCGGTCAACCAGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GTATGGCAGCGATTCATTAGAAACCGCTGAAAGGGAAATACAGCATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137948 GTATGGCAGCGATTCATTAGAAACCGCTGAAAGGGAAATACAGCATTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTCCTCTTCAAAGCACTTTAGGCTTGATTAAACCTCATGCAACAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137998 TTCCTCTTCAAAGCACTTTAGGCTTGATTAAACCTCATGCAACAAGTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAAAGAG         AGCAGATCCTGAAGATAGTTAAGGAGGCTGGATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138048 CAAAGAGGTA...TAGAGCAGATCCTGAAGATAGTTAAGGAGGCTGGATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGATCTGACACAGGTGAAGAAAATGTTCCTAACTCCTGAGCAAACTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
 144126 TGATCTGACACAGGTGAAGAAAATGTTCCTAACTCCTGAGCAAATAGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAATTTATCCAAAAGTAACAGGAAAAGACTTTTATAAAGATTTATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144176 AAATTTATCCAAAAGTAACAGGAAAAGACTTTTATAAAGATTTATTGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATGTTATCTGT         GGGTCCATCTATGGTCATGATTCTGACCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 144226 ATGTTATCTGTGTA...CAGGGGTCCATCTATGGTCATGATTCTGACCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GTGGAATGCTGTTGCAGAATGGAGACGATTGATGGGCCCAACAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146526 GTGGAATGCTGTTGCAGAATGGAGACGATTGATGGGCCCAACAGACCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AAGAAGCAAAATTACTTTCCCCTGACTCCATCCGAGCCCAGTTTGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146576 AAGAAGCAAAATTACTTTCCCCTGACTCCATCCGAGCCCAGTTTGGAATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AGTAAATTGAAAAACATTGTCCATGGAGCATCTAACGCCTATGAAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146626 AGTAAATTGAAAAACATTGTCCATGGAGCATCTAACGCCTATGAAGCAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGAGGTTGTTAATAGACTCTTTGAGGATCCTGAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146676 AGAGGTTGTTAATAGACTCTTTGAGGATCCTGAGGAAAAC