seq1 = pF1KE3250.tfa, 1731 bp
seq2 = pF1KE3250/gi568815579f_57533347.tfa (gi568815579f:57533347_57742178), 208832 bp

>pF1KE3250 1731
>gi568815579f:57533347_57742178 (Chr19)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-129  (100677-100715)   100% ->
130-256  (101283-101409)   100% ->
257-1731  (107358-108832)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCGGGTTCCCCCCGGGTCGCCCGCAGCTCCCGGTCCAGCTCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCGGGTTCCCCCCGGGTCGCCCGCAGCTCCCGGTCCAGCTCCGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGACTCGGATGGCGACCGCACTGAGGGACCCGGCTTCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 ACAGACTCGGATGGCGACCGCACTGAGGGACCCGGCTTCGGTG...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCCCATAGCTACAGAGGTGCTTTTCAAACTTACACAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100678 TTCCCATAGCTACAGAGGTGCTTTTCAAACTTACACAGGTA...TAGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGTGTGACCTTTGAAGATGTGGCCGTGTACTTCTCCTGGGAGGAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101286 AGTGTGACCTTTGAAGATGTGGCCGTGTACTTCTCCTGGGAGGAATGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTCCTTGATGAGGCTCAGAAACACCTGTACTTCGATGTGATGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101336 TCTCCTTGATGAGGCTCAGAAACACCTGTACTTCGATGTGATGCTGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTTGCACTTACGTCCTCCCTGG         GTTGTTGGTGTGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101386 ACTTTGCACTTACGTCCTCCCTGGGTA...TAGGTTGTTGGTGTGGAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAACATGAGGAAACACCTTCTGAACAGAGAATTTCTGGAGAAAGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107375 GAACATGAGGAAACACCTTCTGAACAGAGAATTTCTGGAGAAAGAGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACAGTTCAGGACTTCCAAAGAAGGTTCATCTTCCCAGAATGCCGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107425 ACAGTTCAGGACTTCCAAAGAAGGTTCATCTTCCCAGAATGCCGACTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAAATATGTTGCCTGGTCTTGAGAGATATTTTGCACTTGGCTGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107475 GTGAAATATGTTGCCTGGTCTTGAGAGATATTTTGCACTTGGCTGAACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAGGAACAAACTGCGGGCAGAAACTACACACATGTGGAAAACAATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107525 CAAGGAACAAACTGCGGGCAGAAACTACACACATGTGGAAAACAATTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCAGTGCAAATCTTCAACAGCACCAGAGGCAGCACATTACAGAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107575 CATCAGTGCAAATCTTCAACAGCACCAGAGGCAGCACATTACAGAGGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTTCAGAAGTTATGTGGACACTGCCTCGTTTACACAGAGTTGCATAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107625 CTTTCAGAAGTTATGTGGACACTGCCTCGTTTACACAGAGTTGCATAGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CATGTGTCGGAGAAACCCTTTACCTGCAGGGAGATCAGGAAAGACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107675 CATGTGTCGGAGAAACCCTTTACCTGCAGGGAGATCAGGAAAGACTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCCAACATGAGGTTTCTCCATCAAGACGCCACTCAAACAGGGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107725 GGCCAACATGAGGTTTCTCCATCAAGACGCCACTCAAACAGGGGAGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAAATAACAGTAACAAGTGTGCGGTGGCCTTTTACAGTGGAAAAAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107775 CAAATAACAGTAACAAGTGTGCGGTGGCCTTTTACAGTGGAAAAAGTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CACAACTGGGGAAAATGCAGTAAAGCCTTTAGCCACATAGACACACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107825 CACAACTGGGGAAAATGCAGTAAAGCCTTTAGCCACATAGACACACTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCAGGACCAGAGAATCCTCACTAGAGAAGGACTTTTTGAGTGCAGTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107875 TCAGGACCAGAGAATCCTCACTAGAGAAGGACTTTTTGAGTGCAGTAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GTGGGAAAGCATGTACGCGAAGATGTAACCTCATTCAGCACCAGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107925 GTGGGAAAGCATGTACGCGAAGATGTAACCTCATTCAGCACCAGAAAGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CACAGTGAAGAAAGGCCTTATGAATGCAATGAATGTGGAAAATTCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107975 CACAGTGAAGAAAGGCCTTATGAATGCAATGAATGTGGAAAATTCTTTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTACTACTCCAGTTTCATTATACATCAGAGAGTTCATACTGGAGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108025 CTACTACTCCAGTTTCATTATACATCAGAGAGTTCATACTGGAGAAAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CTTATGCGTGCCCTGAATGTGGGAAATCGTTTAGTCAGATATACAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108075 CTTATGCGTGCCCTGAATGTGGGAAATCGTTTAGTCAGATATACAGCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AATAGCCATAGGAAAGTTCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAATGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108125 AATAGCCATAGGAAAGTTCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAATGTGGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATGTGGGAAATCTTTTAGCCAAAGGTCCAACCTCATGCAGCATCGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108175 ATGTGGGAAATCTTTTAGCCAAAGGTCCAACCTCATGCAGCATCGCAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TTCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAATGCAGCGAATGTGGGAAATCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108225 TTCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAATGCAGCGAATGTGGGAAATCTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGCCAAAACTTTAGCCTGATCTACCACCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108275 AGCCAAAACTTTAGCCTGATCTACCACCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 ACCTCATGAGTGCAATGAATGTGGAAAATCCTTTAGCCGAAGCTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108325 ACCTCATGAGTGCAATGAATGTGGAAAATCCTTTAGCCGAAGCTCCAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TCATTCACCACCGGAGACTTCACACTGGAGAAAGACCCTATGAGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108375 TCATTCACCACCGGAGACTTCACACTGGAGAAAGACCCTATGAGTGCAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AAATGTGGGAAGTCATTTAAGCAAAGCTCCAGCTTCAGTTCACATCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108425 AAATGTGGGAAGTCATTTAAGCAAAGCTCCAGCTTCAGTTCACATCGGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGTCCACACAGGGGAAAGGCCTTATGTGTGTGGGGAATGTGGGAAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108475 AGTCCACACAGGGGAAAGGCCTTATGTGTGTGGGGAATGTGGGAAATCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TTAGCCATAGCTCCAACCTTAAGAACCACCAGAGAGTTCACACTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108525 TTAGCCATAGCTCCAACCTTAAGAACCACCAGAGAGTTCACACTGGAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AGACCTGTTGAGTGCAGTGAATGTAGCAAATCCTTTAGCTGTAAATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108575 AGACCTGTTGAGTGCAGTGAATGTAGCAAATCCTTTAGCTGTAAATCTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CCTCATTAAACACCTGAGAGTTCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108625 CCTCATTAAACACCTGAGAGTTCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAGTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GTGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCAAAGTTCTAGCCTCATTCAACACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108675 GTGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCAAAGTTCTAGCCTCATTCAACACCGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AGAGTTCACACGGGAAAAAGGCCTTATCAGTGCAGTCAATGTGGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108725 AGAGTTCACACGGGAAAAAGGCCTTATCAGTGCAGTCAATGTGGGAAATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CTTTGGCTGCAAATCTGTCCTCATTCAACACCAGAGAGTTCACATTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108775 CTTTGGCTGCAAATCTGTCCTCATTCAACACCAGAGAGTTCACATTGGAG

   1750     .
   1724 AAAAGCCT
        ||||||||
 108825 AAAAGCCT