seq1 = pF1KE3249.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KE3249/gi568815597f_59221550.tfa (gi568815597f:59221550_59862581), 641032 bp

>pF1KE3249 1653
>gi568815597f:59221550_59862581 (Chr1)

1-201  (100001-100201)   99% ->
202-313  (118409-118520)   100% ->
314-465  (124698-124849)   100% ->
466-554  (157200-157288)   98% ->
555-670  (235412-235527)   100% ->
671-799  (290762-290890)   100% ->
800-903  (332575-332678)   100% ->
904-1011  (386254-386361)   100% ->
1012-1073  (404439-404500)   100% ->
1074-1221  (416679-416826)   100% ->
1222-1296  (438670-438744)   100% ->
1297-1417  (445734-445854)   100% ->
1418-1512  (452490-452584)   100% ->
1513-1574  (536382-536443)   100% ->
1575-1653  (540954-541032)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGTGGAGAACAGAAACCAGAGAGGTACTATGTGGGTGTGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGTGGAGAACAGAAACCAGAGAGGTACTATGTGGGTGTGGACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAACAGGCAGTGTCCGTGCAGCTCTGGTGGACCAGAGTGGGGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAACAGGCAGTGTCCGTGCAGCTCTGGTGGACCAGAGTGGGGTCCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCTTTTGCAGACCAGCCAATTAAGAAGTGGGAGCCCCAGTTCAACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100101 TGGCTTTTGCAGACCAGCCAATTAAGAATTGGGAGCCCCAGTTCAACCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATGAGCAGTCCTCCGAGGACATCTGGGCTGCGTGCTGTGTTGTCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATGAGCAGTCCTCCGAGGACATCTGGGCTGCGTGCTGTGTTGTCACAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         AAAGTTGTACAAGGGATTGATTTAAACCAAATTCGAGGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTA...CAGAAAGTTGTACAAGGGATTGATTTAAACCAAATTCGAGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGGTTTGATGCCACGTGTTCTCTGGTTGTTTTGGATAAGCAGTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118449 TTGGGTTTGATGCCACGTGTTCTCTGGTTGTTTTGGATAAGCAGTTTCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCATTACCAGTCAACCAGGAAG         GGGATTCCCATCGAAACGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118499 CCATTACCAGTCAACCAGGAAGGTA...TAGGGGATTCCCATCGAAACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCATGTGGCTGGACCATCGAGCAGTCAGTCAAGTTAACAGGATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124717 CATCATGTGGCTGGACCATCGAGCAGTCAGTCAAGTTAACAGGATCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGACCAAGCACAGTGTCCTCCAGTACGTCGGGGGGGTGATGTCTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124767 AGACCAAGCACAGTGTCCTCCAGTACGTCGGGGGGGTGATGTCTGTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGCAGGCCCCGAAACTTCTGTGGCTGAAAGAG         AACTTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 124817 ATGCAGGCCCCGAAACTTCTGTGGCTGAAAGAGGTG...CAGAACTTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAGATTTGCTGGGATAAGGCGGGACATTTCTTTGATCTCCCAGACTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 157208 AGAGATTTGCTGGGATAAGGCGGGACATTTCTTTGATCTCCCGGACTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TATCGTGGAAGGCAACAGGTGTCACAGCACG         GTCTCTCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 157258 TATCGTGGAAGGCAACAGGTGTCACAGCACGGTA...TAGGTCTCTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCCTGGTGTGTAAGTGGACATATTCAGCAGAGAAAGGCTGGGACGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235422 TCCCTGGTGTGTAAGTGGACATATTCAGCAGAGAAAGGCTGGGACGACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTTCTGGAAAATGATTGGTTTGGAAGACTTTGTTGCAGATAATTACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235472 TTTCTGGAAAATGATTGGTTTGGAAGACTTTGTTGCAGATAATTACAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAATAG         GAAACCAAGTGCTACCTCCTGGAGCTTCTCTTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235522 AAATAGGTA...CAGGAAACCAAGTGCTACCTCCTGGAGCTTCTCTTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATGGGCTCACACCAGAGGCAGCAAGAGACCTTGGCCTTCTCCCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290797 AATGGGCTCACACCAGAGGCAGCAAGAGACCTTGGCCTTCTCCCTGGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCGGTCGCAGCTTCACTCATTGATGCCCATGCAGGAGGACTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 290847 TGCGGTCGCAGCTTCACTCATTGATGCCCATGCAGGAGGACTAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800    GAGTGATTGGGGCAGATGTGAGAGGGCACGGCCTCATCTGTGAGGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332572 CAGGAGTGATTGGGGCAGATGTGAGAGGGCACGGCCTCATCTGTGAGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGCCAGTGACGTCACGGCTGGCTGTCATCTGTGGAACGTCTTCTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332622 CAGCCAGTGACGTCACGGCTGGCTGTCATCTGTGGAACGTCTTCTTGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATGGGG         ATCAGCAAAGACCCGATTTTTGTACCAGGCGTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332672 CATGGGGGTG...CAGATCAGCAAAGACCCGATTTTTGTACCAGGCGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGGGGCCTTATTTCTCAGCCATGGTACCTGGGTTCTGGCTGAATGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386288 GGGGGCCTTATTTCTCAGCCATGGTACCTGGGTTCTGGCTGAATGAAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGTCAGAGCGTTACTGGAAAATTG         ATAGACCACATGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 386338 GGTCAGAGCGTTACTGGAAAATTGGTA...CAGATAGACCACATGGTACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGGCCATGCTGCTTTTCCAGAACTACAAGTAAAGGCCACAGCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 404456 AGGCCATGCTGCTTTTCCAGAACTACAAGTAAAGGCCACAGCCAGGTA..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074     ATGCCAGAGTATATATGCATATTTGAACAGTCACCTGGATCTGATT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404506 .CAGATGCCAGAGTATATATGCATATTTGAACAGTCACCTGGATCTGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGAAGGCTCAGCCTGTGGGTTTCCTTACTGTTGATTTACATGTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416725 AAGAAGGCTCAGCCTGTGGGTTTCCTTACTGTTGATTTACATGTTTGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGATTTCCATGGCAACCGGTCTCCCTTAGCAGATCTGACACTAAAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416775 AGATTTCCATGGCAACCGGTCTCCCTTAGCAGATCTGACACTAAAGGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TG         GTCACCGGATTGAAACTGTCTCAGGACCTTGATGATCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416825 TGGTA...CAGGTCACCGGATTGAAACTGTCTCAGGACCTTGATGATCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCCATTCTCTACCTGGCCACAGTTCAAGCCATTGCT         TTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 438709 GCCATTCTCTACCTGGCCACAGTTCAAGCCATTGCTGTA...AAGTTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GACTCGCTTCATTATAGAAGCCATGGAGGCAGCAGGGCACTCAATCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 445739 GACTCGCTTCATTATAGAAGCCATGGAGGCAGCAGGGCACTCAATCAGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTCTTTTCCTATGTGGAGGCCTCAGCAAGAATCCCCTTTTTGTGCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 445789 CTCTTTTCCTATGTGGAGGCCTCAGCAAGAATCCCCTTTTTGTGCAAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CATGCGGACATTACTG         GCATGCCTGTGGTCCTGTCGCAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 445839 CATGCGGACATTACTGGTA...CAGGCATGCCTGTGGTCCTGTCGCAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGTGGAGTCCGTTCTTGTGGGTGCTGCTGTTCTGGGTGCCTGTGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 452515 GGTGGAGTCCGTTCTTGTGGGTGCTGCTGTTCTGGGTGCCTGTGCCTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GGGATTTCGCTTCTGTACAG         GAAGCAATGGCAAAAATGAGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 452565 GGGATTTCGCTTCTGTACAGGTA...TAGGAAGCAATGGCAAAAATGAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AAAGTTGGGAAAGTTGTGTTCCCGAGACTACAGGATAAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 536403 AAAGTTGGGAAAGTTGTGTTCCCGAGACTACAGGATAAAAAGTA...CAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 ATACTATGATAAGAAATACCAAGTATTCCTGAAGCTGGTTGAACACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 540954 ATACTATGATAAGAAATACCAAGTATTCCTGAAGCTGGTTGAACACCAGA

   1750     .    :    .    :    .
   1625 AGGAGTATTTGGCGATCATGAATGATGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 541004 AGGAGTATTTGGCGATCATGAATGATGAC