seq1 = pF1KE3248.tfa, 1713 bp
seq2 = pF1KE3248/gi568815595r_196371822.tfa (gi568815595r:196371822_196603173), 231352 bp

>pF1KE3248 1713
>gi568815595r:196371822_196603173 (Chr3)

(complement)

1-301  (100001-100301)   100% ->
302-378  (114491-114567)   100% ->
379-558  (115596-115775)   100% ->
559-680  (119283-119404)   100% ->
681-762  (127862-127943)   100% ->
763-1713  (130402-131352)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTACCCAAAGACGCCATCCCCTCGCTGTCCGAGTGCCAGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTACCCAAAGACGCCATCCCCTCGCTGTCCGAGTGCCAGTGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCTGCATGGAAATCCTCGTGGAGCCCGTCACCCTCCCGTGTAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCTGCATGGAAATCCTCGTGGAGCCCGTCACCCTCCCGTGTAACCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGTGTAAACCGTGCTTCCAGTCGACCGTCGAAAAGGCGAGTTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGTGTAAACCGTGCTTCCAGTCGACCGTCGAAAAGGCGAGTTTATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTCCCTTCTGTCGCCGCCGGGTATCGTCGTGGACTCGGTACCATACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTCCCTTCTGTCGCCGCCGGGTATCGTCGTGGACTCGGTACCATACCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGAAATTCTCTCGTCAACGTGGAACTGTGGACGATAATTCAAAAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAGAAATTCTCTCGTCAACGTGGAACTGTGGACGATAATTCAAAAACACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCCCAGGGAGTGCAAGCTTAGAGCGTCTGGCCAAGAATCAGAGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATCCCAGGGAGTGCAAGCTTAGAGCGTCTGGCCAAGAATCAGAGGAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 G         CTGATGACTATCAGCCAGTTCGTCTGCTCAGTAAACCTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTG...TAGCTGATGACTATCAGCCAGTTCGTCTGCTCAGTAAACCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAACTGAGAAGAGAATATGAAGAGGAAATAAGCAAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114531 GGAACTGAGAAGAGAATATGAAGAGGAAATAAGCAAGGTA...AAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGCAGAGCGACGGGCCAGCGAGGAAGAAGAAAACAAAGCCAGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115600 CGGCAGAGCGACGGGCCAGCGAGGAAGAAGAAAACAAAGCCAGTGAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACATACAGAGGTTGTTGGCAGAGGAGGAAGAAGAGGAAAAAAGACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115650 TACATACAGAGGTTGTTGGCAGAGGAGGAAGAAGAGGAAAAAAGACAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAAAAAAGGCGAAGAGCGATGGAAGAACAACTGAAAAGTGATGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115700 AGAAAAAAGGCGAAGAGCGATGGAAGAACAACTGAAAAGTGATGAGGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGCAAGAAAGCTAAGCATTGATATT         AACAATTTCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115750 TGGCAAGAAAGCTAAGCATTGATATTGTA...AAGAACAATTTCTGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGAAGTATCTCGGCTTCTCCCTTGAATTCCAGAAAATCTGATCCAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119298 GGAAGTATCTCGGCTTCTCCCTTGAATTCCAGAAAATCTGATCCAGTTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACCCAAGTCTGAAAAGAAAAGTAAGAACAAACAAAGAAACACTGGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119348 ACCCAAGTCTGAAAAGAAAAGTAAGAACAAACAAAGAAACACTGGAGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCAGAA         GTATTTGACACCGAAATCTCAGTTTGGGTCAGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119398 TTCAGAAGTA...TAGGTATTTGACACCGAAATCTCAGTTTGGGTCAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCACACTCTGAAGCTGTACAAGAAGTCAGGAAAGACTCCGTATCTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 127896 TCACACTCTGAAGCTGTACAAGAAGTCAGGAAAGACTCCGTATCTAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763        GACATTGACAGTAGTGATAGGAAAAGCCCAACAGGGCAAGACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127946 A...CAGGACATTGACAGTAGTGATAGGAAAAGCCCAACAGGGCAAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGAAATAGAAGATATGCCGACACTTTCTCCACAGATATCCCTTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130445 CAGAAATAGAAGATATGCCGACACTTTCTCCACAGATATCCCTTGGAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGAGAACAAGGTGCAGATTCTTCAATAGAGTCCCCTATGCCATGGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130495 GGAGAACAAGGTGCAGATTCTTCAATAGAGTCCCCTATGCCATGGTTATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCCTGTGGTGCCGAATGGTACCATGAAGGAAACGTCAAAACAAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130545 TGCCTGTGGTGCCGAATGGTACCATGAAGGAAACGTCAAAACAAGACCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCAATCATGGGAAAGAGTTATGTGTCTTAAGTCACGAGCGACCTAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130595 GCAATCATGGGAAAGAGTTATGTGTCTTAAGTCACGAGCGACCTAAAACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGAGTTCCCTACTCGAAAGAAACTGCAGTTATGCCTTGTGGCAGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130645 AGAGTTCCCTACTCGAAAGAAACTGCAGTTATGCCTTGTGGCAGAACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AAGTGGGTGCGCCCCCACATCAGGGGTGACACAGACAAATGGAAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130695 AAGTGGGTGCGCCCCCACATCAGGGGTGACACAGACAAATGGAAACAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAGGTGAGACAGAAAATGAAGAGTCGTGCCTACTGATCAGTAAGGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130745 CAGGTGAGACAGAAAATGAAGAGTCGTGCCTACTGATCAGTAAGGAGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCCAAAAGAAAAAACCAAGAATCTTCCTTTGAAGCAGTCAAGGATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130795 TCCAAAAGAAAAAACCAAGAATCTTCCTTTGAAGCAGTCAAGGATCCATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTTTTCTGCAAAAAGAAGAAAAGTGTCCCCCGAATCTTCCCCAGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130845 CTTTTCTGCAAAAAGAAGAAAAGTGTCCCCCGAATCTTCCCCAGATCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AGGAAACAGAAATAAACTTTACCCAAAAACTGATAGATTTGGAGCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130895 AGGAAACAGAAATAAACTTTACCCAAAAACTGATAGATTTGGAGCATCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTGTTTGAGAGACATAAACAAGAAGAACAGGACAGGTTATTGGCATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130945 CTGTTTGAGAGACATAAACAAGAAGAACAGGACAGGTTATTGGCATTACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 ACTTCAGAAGGAGGTGGATAAAGAGCAAATGGTGCCAAACCGGCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130995 ACTTCAGAAGGAGGTGGATAAAGAGCAAATGGTGCCAAACCGGCAAAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GATCCCCAGATGAGTATCACTTACGCGCTACATCCTCCCCTCCAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131045 GATCCCCAGATGAGTATCACTTACGCGCTACATCCTCCCCTCCAGACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GTGCTAAATGGACAGAGGAAGAATCCCAAAGATGGGAACTTCAAAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131095 GTGCTAAATGGACAGAGGAAGAATCCCAAAGATGGGAACTTCAAAAGGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AACTCACACAAAGCATCCAACACCAGAGAGAGGCTCAAGGGACAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131145 AACTCACACAAAGCATCCAACACCAGAGAGAGGCTCAAGGGACAAAAATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GGCAAGTGTCTTTAAAGATGCAGTTGAAGCAGTCAGTTAATAGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131195 GGCAAGTGTCTTTAAAGATGCAGTTGAAGCAGTCAGTTAATAGAAGAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ATGCCAAATTCTACTAGAGATCACTGTAAGGTATCCAAAAGTGCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131245 ATGCCAAATTCTACTAGAGATCACTGTAAGGTATCCAAAAGTGCTCACTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCTACAGCCTAGCATTTCACAGAAAAGTGTTTTTCAGATGTTTCAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131295 CCTACAGCCTAGCATTTCACAGAAAAGTGTTTTTCAGATGTTTCAGAGAT

   1750     .
   1706 GCACAAAG
        ||||||||
 131345 GCACAAAG