seq1 = pF1KE3245.tfa, 1704 bp
seq2 = pF1KE3245/gi568815592f_7290003.tfa (gi568815592f:7290003_7514384), 224382 bp

>pF1KE3245 1704
>gi568815592f:7290003_7514384 (Chr6)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-276  (103097-103301)   100% ->
277-367  (105051-105141)   100% ->
368-437  (106701-106770)   100% ->
438-480  (108696-108738)   100% ->
481-573  (110956-111048)   100% ->
574-686  (112601-112713)   100% ->
687-767  (112815-112895)   100% ->
768-854  (113939-114025)   100% ->
855-992  (114416-114553)   100% ->
993-1096  (114916-115019)   100% ->
1097-1203  (115247-115353)   100% ->
1204-1269  (120384-120449)   100% ->
1270-1389  (121330-121449)   100% ->
1390-1443  (122887-122940)   100% ->
1444-1596  (124236-124388)   100% ->
1597-1704  (127329-127436)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTACCGGCGGCTTCTCATGAGCCGGGTGGTCCCCGGGCAATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTACCGGCGGCTTCTCATGAGCCGGGTGGTCCCCGGGCAATTCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACGCGGACTCCTCTGACAG         TGAAAACAGAGACTTGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 CGACGCGGACTCCTCTGACAGGTA...TAGTGAAAACAGAGACTTGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGTCAAAGAGAAGGATGACATTCTGTTTGAAGACCTTCAAGACAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103117 CAGTCAAAGAGAAGGATGACATTCTGTTTGAAGACCTTCAAGACAATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGAGAATGGTGAAGGTGAAATAGAAGATGAGGAGGAGGAGGGTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103167 AATGAGAATGGTGAAGGTGAAATAGAAGATGAGGAGGAGGAGGGTTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGATGATGATGATGACTGGGACTGGGATGAAGGAGTTGGAAAACTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103217 CGATGATGATGATGACTGGGACTGGGATGAAGGAGTTGGAAAACTCGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGTTATGTCTGGAATGGAGGAAGCAACCCACAG         GCAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103267 AGGGTTATGTCTGGAATGGAGGAAGCAACCCACAGGTA...TAGGCAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGACAGACCTCCGACAGCAGTTCAGCCAAAATGTCTACTCCAGCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105057 CGACAGACCTCCGACAGCAGTTCAGCCAAAATGTCTACTCCAGCAGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTCTTACGGAAATTTGAGAATAAAATTAATTTAG         ATAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105107 GGTCTTACGGAAATTTGAGAATAAAATTAATTTAGGTG...TAGATAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAATGTTACTGATTCCGTCATAAATAAAGTCACCGAAAAGTCTAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106707 TAAATGTTACTGATTCCGTCATAAATAAAGTCACCGAAAAGTCTAGACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGAAGCAGATAT         GTATCGCATCAAAGATAAGGCAGACAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106757 AAGGAAGCAGATATGTA...TAGGTATCGCATCAAAGATAAGGCAGACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCAACTGTAGAACAG         GTGTTGGATCCCAGAACAAGAATGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108723 AGCAACTGTAGAACAGGTA...TAGGTGTTGGATCCCAGAACAAGAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTTTATTCAAGATGTTGACTAGAGGAATCATAACAGAGATAAATGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110981 TTTTATTCAAGATGTTGACTAGAGGAATCATAACAGAGATAAATGGCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATTAGCACAGGAAAAGAA         GCTAATGTATACCATGCTAGCAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111031 ATTAGCACAGGAAAAGAAGTG...TAGGCTAATGTATACCATGCTAGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCAAATGGAGAGAGCAGAGCAATCAAAATTTATAAAACTTCTATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112624 AGCAAATGGAGAGAGCAGAGCAATCAAAATTTATAAAACTTCTATTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTTCAAAGATCGGGATAAATATGTAAGTGGAGAATTCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112674 TGTTCAAAGATCGGGATAAATATGTAAGTGGAGAATTCAGGTA...AAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTTCGTCATGGCTATTGTAAAGGAAACCCTAGGAAAATGGTGAAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112816 TTTCGTCATGGCTATTGTAAAGGAAACCCTAGGAAAATGGTGAAAACTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCAGAAAAAGAAATGAGGAACTTAATCAG         GCTAAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112866 GGCAGAAAAAGAAATGAGGAACTTAATCAGGTG...CAGGCTAAACACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CAGAGATACCATGTCCAGAACCAATAATGCTAAGAAGTCATGTTCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113950 CAGAGATACCATGTCCAGAACCAATAATGCTAAGAAGTCATGTTCTTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATGAGTTTCATCGGTAAAGATGACAT         GCCTGCACCACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114000 ATGAGTTTCATCGGTAAAGATGACATGTA...AAGGCCTGCACCACTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAAAAATGTCCAGTTATCAGAATCCAAGGCTCGGGAGTTGTACCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114431 GAAAAATGTCCAGTTATCAGAATCCAAGGCTCGGGAGTTGTACCTGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCATTCAGTACATGAGAAGAATGTATCAGGATGCCAGACTTGTCCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114481 TCATTCAGTACATGAGAAGAATGTATCAGGATGCCAGACTTGTCCATGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GATCTCAGTGAATTTAACATGCT         GTACCACGGTGGAGGCGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114531 GATCTCAGTGAATTTAACATGCTGTG...TAGGTACCACGGTGGAGGCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GTATATCATTGACGTGTCTCAGTCCGTGGAGCACGACCACCCACATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114934 GTATATCATTGACGTGTCTCAGTCCGTGGAGCACGACCACCCACATGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGAGTTCTTGAGAAAGGATTGCGCCAACGTCAATG         ATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114984 TGGAGTTCTTGAGAAAGGATTGCGCCAACGTCAATGGTG...CAGATTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TTTATGAGGCACAGTGTTGCTGTCATGACTGTGCGGGAGCTCTTTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115252 TTTATGAGGCACAGTGTTGCTGTCATGACTGTGCGGGAGCTCTTTGAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGTCACAGATCCATCCATTACACATGAGAACATGGATGCTTATCTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115302 TGTCACAGATCCATCCATTACACATGAGAACATGGATGCTTATCTCTCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AG         GCCATGGAAATAGCATCTCAAAGGACCAAGGAAGAACGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115352 AGGTA...AAGGCCATGGAAATAGCATCTCAAAGGACCAAGGAAGAACGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TCTAGCCAAGATCATGTGGATGAAGAG         GTGTTTAAGCGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120423 TCTAGCCAAGATCATGTGGATGAAGAGGTA...TAGGTGTTTAAGCGAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 ATATATTCCTAGAACCTTGAATGAAGTGAAAAATTATGAGAGGGATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121344 ATATATTCCTAGAACCTTGAATGAAGTGAAAAATTATGAGAGGGATATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ACATAATTATGAAATTGAAGGAAGAGGACATGGCCATGAATGCCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121394 ACATAATTATGAAATTGAAGGAAGAGGACATGGCCATGAATGCCCAACAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GATAAT         ATTCTATACCAGACTGTTACAGGATTGAAGAAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121444 GATAATGTA...AAGATTCTATACCAGACTGTTACAGGATTGAAGAAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TTTGTCAGGAGTTCAGAAG         GTCCCTGCACTCCTAGAAAATC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122922 TTTGTCAGGAGTTCAGAAGGTA...AAGGTCCCTGCACTCCTAGAAAATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 AAGTGGAGGAAAGGACTTGTTCTGATTCAGAAGATATTGGAAGCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124258 AAGTGGAGGAAAGGACTTGTTCTGATTCAGAAGATATTGGAAGCTCTGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TGCTCTGACACAGACTCTGAAGAGCAGGGAGACCATGCCCGCCCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124308 TGCTCTGACACAGACTCTGAAGAGCAGGGAGACCATGCCCGCCCCAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 ACACACCACGGACCCTGACATTGATAAAAAA         GAAAGAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124358 ACACACCACGGACCCTGACATTGATAAAAAAGTA...CAGGAAAGAAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AGATGGTCAAGGAAGCCCAGAGAGAGAAAAGAAAAAACAAAATTCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127339 AGATGGTCAAGGAAGCCCAGAGAGAGAAAAGAAAAAACAAAATTCCTAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1657 CATGTGAAAAAAAGAAAGGAGAAGACAGCCAAGACGAAAAAAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127389 CATGTGAAAAAAAGAAAGGAGAAGACAGCCAAGACGAAAAAAGGCAAA