seq1 = pF1KE3244.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KE3244/gi568815581f_56734796.tfa (gi568815581f:56734796_56962788), 227993 bp

>pF1KE3244 1701
>gi568815581f:56734796_56962788 (Chr17)

1-464  (100001-100464)   100% ->
465-624  (109224-109383)   99% ->
625-744  (110895-111014)   100% ->
745-888  (113127-113270)   100% ->
889-1046  (113901-114058)   100% ->
1047-1098  (114386-114437)   100% ->
1099-1212  (121717-121830)   100% ->
1213-1284  (123799-123870)   100% ->
1285-1412  (126996-127123)   100% ->
1413-1524  (127345-127456)   100% ->
1525-1701  (127817-127993)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCGGAGAGGCGGCCGGCGCCGGGCTCGCCCTCCGAGGGCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCGGAGAGGCGGCCGGCGCCGGGCTCGCCCTCCGAGGGCCTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCGGACGGGCACCTGATCTTGTGGACGCTGTGCTCGGTCCTGCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGGACGGGCACCTGATCTTGTGGACGCTGTGCTCGGTCCTGCTGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTCATCACCTTCTGGTGTAGCCTCCAGCGGTCGCGCCGGCAGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTCATCACCTTCTGGTGTAGCCTCCAGCGGTCGCGCCGGCAGCTGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCAGGGACATCTTCCGCAAGAGCAAGCACGGGTGGCGCGACACGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCAGGGACATCTTCCGCAAGAGCAAGCACGGGTGGCGCGACACGGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTCAGCCAGCCCACCTACTGCTGCGTGTGCGCGCAGCACATTCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTCAGCCAGCCCACCTACTGCTGCGTGTGCGCGCAGCACATTCTGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGCCTTCTGCGACTGCTGCGGGCTCCGCGTGGACGAGGGCTGCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGCCTTCTGCGACTGCTGCGGGCTCCGCGTGGACGAGGGCTGCCTCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGCCGACAAGCGCTTCCAGTGCAAGGAGATTATGCTCAAGAATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGGCCGACAAGCGCTTCCAGTGCAAGGAGATTATGCTCAAGAATGACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGGTCCTGGACGCCATGCCCCACCACTGGATCCGGGGCAACGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGGTCCTGGACGCCATGCCCCACCACTGGATCCGGGGCAACGTGCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGTGCAGTTACTGTATGGTTTGCAAGCAGCAGTGTGGCTGTCAACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGTGCAGTTACTGTATGGTTTGCAAGCAGCAGTGTGGCTGTCAACCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTTGCGATTACAG         GTGCATTTGGTGCCAGAAAACAGTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTTGCGATTACAGGTA...CAGGTGCATTTGGTGCCAGAAAACAGTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGATGAGTGCATGAAAAATAGTTTAAAGAATGAAAAATGTGATTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109251 TGATGAGTGCATGAAAAATAGTTTAAAGAATGAAAAATGTGATTTTGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AATTCAAAAACCTAATCATTCCACCAAGTTATTTAACCTCCATTAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 109301 AATTCAAAAACCTAATCATTCCACCAAGTTATTTAACATCCATTAATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGCGTAAAGACAAAAAAACAGATTATGAAGTG         CTAGCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109351 ATGCGTAAAGACAAAAAAACAGATTATGAAGTGGTA...TAGCTAGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAAGCTTGGAAAGCAGTGGACCCCATTAATAATCCTGGCCAACTCTCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110903 TAAGCTTGGAAAGCAGTGGACCCCATTAATAATCCTGGCCAACTCTCGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTGGAACTAATATGGGAGAAGGACTGTTGGGAGAATTTAGGATCTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110953 GTGGAACTAATATGGGAGAAGGACTGTTGGGAGAATTTAGGATCTTGTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AATCCAGTCCAG         GTTTTTGATGTAACTAAAACTCCTCCTAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111003 AATCCAGTCCAGGTA...TAGGTTTTTGATGTAACTAAAACTCCTCCTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAAAGCCCTACAACTCTGTACTCTTCTCCCATATTATTCAGCTCGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113156 CAAAGCCCTACAACTCTGTACTCTTCTCCCATATTATTCAGCTCGAGTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTGTTTGTGGAGGGGATGGGACTGTAGGGTGGGTCCTGGATGCAGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113206 TTGTTTGTGGAGGGGATGGGACTGTAGGGTGGGTCCTGGATGCAGTTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACATGAAGATTAAG         GGACAAGAAAAGTACATTCCACAAGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113256 GACATGAAGATTAAGGTA...TAGGGACAAGAAAAGTACATTCCACAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGCAGTTTTGCCTCTGGGAACAGGCAACGATCTATCCAATACATTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113927 TGCAGTTTTGCCTCTGGGAACAGGCAACGATCTATCCAATACATTGGGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGGGTACAGGTTATGCTGGAGAAATTCCAGTTGCGCAGGTTTTGCGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113977 GGGGTACAGGTTATGCTGGAGAAATTCCAGTTGCGCAGGTTTTGCGAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTAATGGAAGCAGATGGAATTAAACTAGATCG         ATGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114027 GTAATGGAAGCAGATGGAATTAAACTAGATCGGTA...TAGATGGAAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCAAGTAACAAATAAAGGATACTACAACTTAAGAAAACCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114395 TCAAGTAACAAATAAAGGATACTACAACTTAAGAAAACCCAAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099   GAATTCACAATGAACAACTATTTTTCTGTTGGACCTGATGCTCTCATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121715 AGGAATTCACAATGAACAACTATTTTTCTGTTGGACCTGATGCTCTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCTCTCAATTTTCATGCTCATCGTGAGAAGGCACCATCTCTGTTTTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121765 GCTCTCAATTTTCATGCTCATCGTGAGAAGGCACCATCTCTGTTTTCTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAGAATTCTTAATAAG         GCGGTTTACTTATTCTATGGAACCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 121815 CAGAATTCTTAATAAGGTG...TAGGCGGTTTACTTATTCTATGGAACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAGATTGTTTAGTGCAAGAATGTAAAGATTTGAATAAAAAAGTTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 123824 AAGATTGTTTAGTGCAAGAATGTAAAGATTTGAATAAAAAAGTTGAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285       CTAGAACTGGATGGTGAGCGAGTAGCACTGCCCAGCTTGGAAGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123874 ...AAGCTAGAACTGGATGGTGAGCGAGTAGCACTGCCCAGCTTGGAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TATTATAGTTCTGAACATCGGATACTGGGGCGGTGGCTGCAGACTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127040 TATTATAGTTCTGAACATCGGATACTGGGGCGGTGGCTGCAGACTATGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AAGGGATGGGGGACGAGACTTACCCTCTAGCCAG         GCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 127090 AAGGGATGGGGGACGAGACTTACCCTCTAGCCAGGTA...TAGGCATGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GATGGTCTGCTGGAAGTCGTTGGAGTATATGGGTCTTTCCACTGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127352 GATGGTCTGCTGGAAGTCGTTGGAGTATATGGGTCTTTCCACTGTGCTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GATTCAAGTAAAACTGGCTAATCCTTTTCGAATAGGACAGGCACATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127402 GATTCAAGTAAAACTGGCTAATCCTTTTCGAATAGGACAGGCACATACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGAGG         CTGATTTTGAAGTGCTCCATGATGCCAATGCAGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127452 TGAGGGTA...CAGCTGATTTTGAAGTGCTCCATGATGCCAATGCAGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GATGGGGAGCCTTGGGCCCAAGGGCCCTGCACTGTCACCATAACTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127853 GATGGGGAGCCTTGGGCCCAAGGGCCCTGCACTGTCACCATAACTCACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GACACATGCAATGATGTTATATTTCTCTGGAGAACAAACAGATGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127903 GACACATGCAATGATGTTATATTTCTCTGGAGAACAAACAGATGATGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCTCTAGTACTTCGGATCAAGAAGATATAAAGGCGACTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127953 TCTCTAGTACTTCGGATCAAGAAGATATAAAGGCGACTGAA