seq1 = pF1KE3240.tfa, 1686 bp
seq2 = pF1KE3240/gi568815597f_77182314.tfa (gi568815597f:77182314_77658667), 476354 bp

>pF1KE3240 1686
>gi568815597f:77182314_77658667 (Chr1)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-247  (104628-104814)   100% ->
248-415  (111480-111647)   100% ->
416-585  (115246-115415)   100% ->
586-699  (115521-115634)   99% ->
700-891  (158064-158255)   100% ->
892-982  (228668-228758)   100% ->
983-1059  (235326-235402)   100% ->
1060-1102  (301004-301046)   100% ->
1103-1147  (303995-304039)   100% ->
1148-1311  (336251-336414)   100% ->
1312-1428  (339514-339630)   100% ->
1429-1620  (353534-353725)   100% ->
1621-1686  (376289-376354)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACACCAACGATGCCAAGGAGTATCTGGCCCGGAGGGAAATCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACACCAACGATGCCAAGGAGTATCTGGCCCGGAGGGAAATCCCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTTTTGAG         AGCCTTTTGAATGGACTGATGTGTTCTAAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTTTTGAGGTA...CAGAGCCTTTTGAATGGACTGATGTGTTCTAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGAAGATCCAGTAGAATACTTGGAAAGTTGTTTACAAAAAGTAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104659 CCGAAGATCCAGTAGAATACTTGGAAAGTTGTTTACAAAAAGTAAAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGTGGCTGTGACAAGGTGAAATGGGATACATTTGTAAGCCAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104709 CTGGGTGGCTGTGACAAGGTGAAATGGGATACATTTGTAAGCCAGGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGACCTTACCTCCACTAAATGGAGGACAGTCACGGAGATCCTTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104759 GAAGACCTTACCTCCACTAAATGGAGGACAGTCACGGAGATCCTTTCTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAAATG         TAATGCCTGAAAACTCAAACTTTCCATATCGGCGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104809 GAAATGGTA...CAGTAATGCCTGAAAACTCAAACTTTCCATATCGGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGACCGGCTCCCTCCAATCCATCAATTCTCCATAGAAAGTGACACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111515 TATGACCGGCTCCCTCCAATCCATCAATTCTCCATAGAAAGTGACACGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTCTCTGAGACTGCAGAGTTGATTGAGGAGTATGAGGTTTTTGATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111565 TCTCTCTGAGACTGCAGAGTTGATTGAGGAGTATGAGGTTTTTGATCCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAGACCTCGACCAAAAATCATTCTTGTTATAG         GTGGTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111615 CCAGACCTCGACCAAAAATCATTCTTGTTATAGGTA...TAGGTGGTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAGTGGAAAGGGTACTCAGAGTTTGAAAATTGCAGAACGATATGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115254 GGAAGTGGAAAGGGTACTCAGAGTTTGAAAATTGCAGAACGATATGGATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAATACATTTCTGTGGGAGAATTATTAAGAAAGAAGATCCACAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115304 CCAATACATTTCTGTGGGAGAATTATTAAGAAAGAAGATCCACAGTACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAGCAATAGGAAATGGAGTCTTATTGCCAAGATAATTACAACTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115354 GCAGCAATAGGAAATGGAGTCTTATTGCCAAGATAATTACAACTGGAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGGCCCCACAG         GAAACAACAATTACAGAGATAAAGCAAAA
        ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| |||||
 115404 TTGGCCCCACAGGTA...AAGGAAACAACAATTACAGAGATAAAACAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTGATGCAAATACCTGATGAAGAGGGCATTGTTATTGATGGATTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115550 ATTGATGCAAATACCTGATGAAGAGGGCATTGTTATTGATGGATTTCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGATGTTGCCCAGGCTCTATCTTTTGAGGACCAA         ATCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115600 GAGATGTTGCCCAGGCTCTATCTTTTGAGGACCAAGTA...CAGATCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCCCCGATTTGGTGGTATTCCTGGCTTGTGCTAATCAGAGACTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158070 ACCCCCGATTTGGTGGTATTCCTGGCTTGTGCTAATCAGAGACTCAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAGATTACTGAAGCGTGCAGAACAGCAGGGCCGACCAGACGACAATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158120 AAGATTACTGAAGCGTGCAGAACAGCAGGGCCGACCAGACGACAATGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGCTACCCAAAGGAGACTAATGAACTTCAAGCAGAATGCTGCTCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158170 AAGCTACCCAAAGGAGACTAATGAACTTCAAGCAGAATGCTGCTCCATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTTAAATACTTCCAGGAAAAGGGGCTCATCATGACA         TTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 158220 GTTAAATACTTCCAGGAAAAGGGGCTCATCATGACAGTA...CAGTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCCGACCGCGATGAGGATGAGGTGTTCTATGACATCAGCATGGCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228673 TGCCGACCGCGATGAGGATGAGGTGTTCTATGACATCAGCATGGCAGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAACAAGTTATTTCCAAACAAAGAGGCTGCAGCAG         GTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 228723 ACAACAAGTTATTTCCAAACAAAGAGGCTGCAGCAGGTA...TAGGTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTGACCTTGATCCTTCGATGATATTGGACACTGGAGAGATCATTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235331 AGTGACCTTGATCCTTCGATGATATTGGACACTGGAGAGATCATTGATAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGGATCTGATTATGAAGATCAG         GGTGATGACCAGTTAAATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 235381 AGGATCTGATTATGAAGATCAGGTA...CAGGGTGATGACCAGTTAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TATTTGGAGAGGACACTATGGGAG         GTTTCATGGAAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 301023 TATTTGGAGAGGACACTATGGGAGGTG...AAGGTTTCATGGAAGATTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGAAAGTGTAAAATTATTTTCATAATTG         GTGGTCCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 304012 AGAAAGTGTAAAATTATTTTCATAATTGGTG...AAGGTGGTCCTGGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGGCAAAGGCACACAGTGTGAAAAGCTGGTGGAAAAATATGGATTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336264 TGGCAAAGGCACACAGTGTGAAAAGCTGGTGGAAAAATATGGATTTACAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATCTCTCAACTGGCGAGCTCCTGCGTGAGGAACTGGCATCAGAATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336314 ATCTCTCAACTGGCGAGCTCCTGCGTGAGGAACTGGCATCAGAATCTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGAAGCAAATTGATCAGAGACATTATGGAACGTGGAGACCTGGTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336364 AGAAGCAAATTGATCAGAGACATTATGGAACGTGGAGACCTGGTGCCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 A         GGCATCGTTTTGGAGCTCCTGAAGGAGGCCATGGTGGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336414 AGTA...CAGGGCATCGTTTTGGAGCTCCTGAAGGAGGCCATGGTGGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCCTCGGGGACACCAGGGGCTTCCTGATTGACGGCTATCCTCGGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339554 GCCTCGGGGACACCAGGGGCTTCCTGATTGACGGCTATCCTCGGGAGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGCAAGGGGAAGAGTTCGGACGCAGG         ATTGGAGACCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 339604 AAGCAAGGGGAAGAGTTCGGACGCAGGGTG...CAGATTGGAGACCCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GTTGGTGATCTGTATGGACTGCTCGGCAGACACCATGACCAACCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353548 GTTGGTGATCTGTATGGACTGCTCGGCAGACACCATGACCAACCGCCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCCAAAGGAGCCGGAGCAGCCTGCCTGTGGACGACACCACCAAGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353598 TCCAAAGGAGCCGGAGCAGCCTGCCTGTGGACGACACCACCAAGACCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCCAAGCGCCTAGAAGCCTACTACCGAGCGTCCATCCCCGTGATCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353648 GCCAAGCGCCTAGAAGCCTACTACCGAGCGTCCATCCCCGTGATCGCCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTACGAGACAAAAACACAGCTACACAAG         ATAAATGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 353698 CTACGAGACAAAAACACAGCTACACAAGGCG...TAGATAAATGCAGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GAACACCAGAGGACGTTTTTCTTCAACTCTGCACAGCTATTGACTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 376302 GAACACCAGAGGACGTTTTTCTTCAACTCTGCACAGCTATTGACTCTATT

   1800 
   1684 TTC
        |||
 376352 TTC