seq1 = pF1KE3239.tfa, 1677 bp
seq2 = pF1KE3239/gi568815589f_37700867.tfa (gi568815589f:37700867_37961505), 260639 bp

>pF1KE3239 1677
>gi568815589f:37700867_37961505 (Chr9)

1-539  (100001-100539)   100% ->
540-653  (118422-118535)   100% ->
654-851  (141223-141420)   100% ->
852-1054  (153914-154116)   100% ->
1055-1165  (156375-156485)   100% ->
1166-1311  (159182-159327)   100% ->
1312-1677  (160274-160639)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTCCCTTTGGGCCCCATAGCCCTGGAGGGGACGGATCGGCCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTCCCTTTGGGCCCCATAGCCCTGGAGGGGACGGATCGGCCGGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGCTGAGGAGCCGACGCCCCACGAGGGGCAGGCAGCAGCCACCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGCTGAGGAGCCGACGCCCCACGAGGGGCAGGCAGCAGCCACCGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCCTCGCCACTACATCCCGGGGCTGATGCGACCCATCCCCCTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCCTCGCCACTACATCCCGGGGCTGATGCGACCCATCCCCCTCCACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCGAAGCCCTCGCCGCCCCGGCGCCCCATCGCTGTCCCCGGCCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCGAAGCCCTCGCCGCCCCGGCGCCCCATCGCTGTCCCCGGCCCCGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCGGAGAGCTAGGGCTGCCTGGAGCTCCGGAGTCCTCAACTGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCGGAGAGCTAGGGCTGCCTGGAGCTCCGGAGTCCTCAACTGCCTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCCGGGAGAGCCGTCACCTCCCTCCCCTCCGTGCCGGCGGCCCGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCCGGGAGAGCCGTCACCTCCCTCCCCTCCGTGCCGGCGGCCCGGGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACTGCAGGGCCAAGAGCCGGGGCCGACACGGCCTCGGCGCGGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACTGCAGGGCCAAGAGCCGGGGCCGACACGGCCTCGGCGCGGGCCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCCCTGGCGCTAGGCTGTTCGGGTGGCTGAAAGAGCGCAGCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCCCTGGCGCTAGGCTGTTCGGGTGGCTGAAAGAGCGCAGCCTGGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGGGCTGTTCGTGGACCCGGCGCGGGACAATTTTCGCACCATGACTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGGGCTGTTCGTGGACCCGGCGCGGGACAATTTTCGCACCATGACTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCTACGGTTCCATCCACCCCGCGGACTCGGTGTACCTCAGCACCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCTACGGTTCCATCCACCCCGCGGACTCGGTGTACCTCAGCACCCGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACGGCGCCGTCTTCAACCTCGAGTACTCGCCCGACGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100501 CCACGGCGCCGTCTTCAACCTCGAGTACTCGCCCGACGGGTA...CAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGTGCTGACAGTTGCTTGTGAACAAACTGAAGTTCTGCTTTTTGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118424 CAGTGCTGACAGTTGCTTGTGAACAAACTGAAGTTCTGCTTTTTGACCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATATCTTCAAAGCACATAAAAACACTTTCTGAAGCTCATGAAGACTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118474 ATATCTTCAAAGCACATAAAAACACTTTCTGAAGCTCATGAAGACTGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AAATAATATCAG         ATTTCTTGATAACCGGCTGTTTGCTACCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 118524 AAATAATATCAGGTT...TAGATTTCTTGATAACCGGCTGTTTGCTACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCTCTGATGACACTACAATAGCACTATGGGATCTGAGAAAATTGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141252 GCTCTGATGACACTACAATAGCACTATGGGATCTGAGAAAATTGAACACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGTATGCACTTTACATGGTCACACTAGCTGGGTGAAGAACATCGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141302 AAAGTATGCACTTTACATGGTCACACTAGCTGGGTGAAGAACATCGAATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGATACTAATACAAGACTCTTAGTAACATCAGGATTTGATGGAAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141352 TGATACTAATACAAGACTCTTAGTAACATCAGGATTTGATGGAAATGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTATTTGGGACACTAACAG         GTATACAGAAGATGGGTGTCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 141402 TTATTTGGGACACTAACAGGTT...TAGGTATACAGAAGATGGGTGTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CATAAGAAATTCTTTCACACACGTTTTCTCATGCGAATGAGGTTAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153936 CATAAGAAATTCTTTCACACACGTTTTCTCATGCGAATGAGGTTAACACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGATTGTTCCAAAATGTTGATTTCAACGTCCTCTGGATATCTCTTAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153986 AGATTGTTCCAAAATGTTGATTTCAACGTCCTCTGGATATCTCTTAATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGCATGACCTTGACTTAACTAAGTCTTTAGAAGTAGGCAGCTATCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154036 TGCATGACCTTGACTTAACTAAGTCTTTAGAAGTAGGCAGCTATCCCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTAAGAGCAAGAAGAACTACTTCAAGTTCAG         ATTTGACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 154086 TTAAGAGCAAGAAGAACTACTTCAAGTTCAGGTA...AAGATTTGACCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TTCATCAAGTTCATCTGGTCCTAGAGTTTCTGGCTCACCTTGTCATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156385 TTCATCAAGTTCATCTGGTCCTAGAGTTTCTGGCTCACCTTGTCATCATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGATTCTAATTCTTCTGAGAAACACATGTCACGAGCCTCTCAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156435 GTGATTCTAATTCTTCTGAGAAACACATGTCACGAGCCTCTCAAAGAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 G         GAGTTTCACCACGAAATAGTCTTGAAGTCGTAACCCCTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156485 GGTA...CAGGAGTTTCACCACGAAATAGTCTTGAAGTCGTAACCCCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 AGTTCTTGGTGAGAGTGACCACGGAAACTGCATCACGTCCTTACAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159222 AGTTCTTGGTGAGAGTGACCACGGAAACTGCATCACGTCCTTACAGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ACCCAAAAGGCTGGGCCACTCTTCTTCGGTGCTCAAGCAACAGTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159272 ACCCAAAAGGCTGGGCCACTCTTCTTCGGTGCTCAAGCAACAGTGATGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GAGGAG         TGTACTTGTGTCTATGAATTCCAAGAAGGAGCTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159322 GAGGAGGTA...TAGTGTACTTGTGTCTATGAATTCCAAGAAGGAGCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGTGCGACCTGTCTCACCTCGCTGTTCTCTACGACTGACTCATTACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160309 AGTGCGACCTGTCTCACCTCGCTGTTCTCTACGACTGACTCATTACATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AAGAAGCCAATGTAGGCAGGGGTTACATCAAAGAACTTTGCTTCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160359 AAGAAGCCAATGTAGGCAGGGGTTACATCAAAGAACTTTGCTTCAGCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GATGGACGAATGATTTCTTCCCCACATGGCTATGGGATTCGCTTGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160409 GATGGACGAATGATTTCTTCCCCACATGGCTATGGGATTCGCTTGTTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 ATTTGACAAACAGTGCAGTGAACTTGTTGACTGCTTGCCCAAAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160459 ATTTGACAAACAGTGCAGTGAACTTGTTGACTGCTTGCCCAAAGAAGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GTCCCCTGCGGGTGATCCGTTCTCTGTACTCTCATAATGATGTGGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160509 GTCCCCTGCGGGTGATCCGTTCTCTGTACTCTCATAATGATGTGGTACTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 ACAACAAAGTTCTCTCCAACACATTGTCAGATTGCCTCAGGGTGCCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160559 ACAACAAAGTTCTCTCCAACACATTGTCAGATTGCCTCAGGGTGCCTTAG

   1700     .    :    .    :    .    :
   1647 TGGACGGGTTTCTTTGTATCAGCCAAAGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 160609 TGGACGGGTTTCTTTGTATCAGCCAAAGTTT