seq1 = pF1KE3238.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KE3238/gi568815596r_181438187.tfa (gi568815596r:181438187_181757006), 318820 bp

>pF1KE3238 1596
>gi568815596r:181438187_181757006 (Chr2)

(complement)

1-238  (100001-100238)   100% ->
239-481  (152928-153170)   100% ->
482-613  (183123-183254)   100% ->
614-677  (190886-190949)   100% ->
678-820  (198299-198441)   100% ->
821-895  (207299-207373)   100% ->
896-1073  (208150-208327)   100% ->
1074-1133  (208403-208462)   100% ->
1134-1159  (209160-209185)   100% ->
1160-1268  (209281-209389)   100% ->
1269-1365  (212211-212307)   100% ->
1366-1538  (217743-217915)   99% ->
1539-1596  (218763-218820)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTGGAGGAGGCGCAGGAACCGGGTGAGTGCCCTGGAGGGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCTGGAGGAGGCGCAGGAACCGGGTGAGTGCCCTGGAGGGCGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGAAGAGGCGCCCCCGGAGGCTGCCGCTGTGCCTCCGGCGCTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGAAGAGGCGCCCCCGGAGGCTGCCGCTGTGCCTCCGGCGCTGTTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCCCCGCAGCAGACGGAGGCGGCGGCCGAGCGGATTCTGCTCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCCCCGCAGCAGACGGAGGCGGCGGCCGAGCGGATTCTGCTCCGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTTCGAGATCGGGAGGGACAGTTGTGACGTGGTGCTGAGCGAGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCTTCGAGATCGGGAGGGACAGTTGTGACGTGGTGCTGAGCGAGCGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTGCGGTGGCGGCCCATTCAGCCCGAGCGCCCGGCGG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100201 ACTGCGGTGGCGGCCCATTCAGCCCGAGCGCCCGGCGGGTG...CAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTCTAAGTATGACTTGCTATGTAAAGAAGAATTTATTGAACTCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152931 ATTCTAAGTATGACTTGCTATGTAAAGAAGAATTTATTGAACTCAAAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATATTCTCTGTGAAACTGAAACGGCGTTGTTCTGTTAAACAGCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152981 ATATTCTCTGTGAAACTGAAACGGCGTTGTTCTGTTAAACAGCAGAGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGTACTTTATTAGGTATCACACTCTTCATCTGCTTGAAAAAGGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153031 TGGTACTTTATTAGGTATCACACTCTTCATCTGCTTGAAAAAGGAACAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATAAACTAAAGAATTCTACACTTGATCTTATTAATTTAAGTGAAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153081 ATAAACTAAAGAATTCTACACTTGATCTTATTAATTTAAGTGAAGACCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTGACATATGGTTTAGACAGTTCAAGAAAATATTGGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 153131 TGTGACATATGGTTTAGACAGTTCAAGAAAATATTGGCAGGTA...TAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTTCCAAACAGACCGAAGTCATTAAAAATACTCCTTAACCCCCAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183124 CTTTCCAAACAGACCGAAGTCATTAAAAATACTCCTTAACCCCCAAAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACAAAAAAGAAGCTACCCAGGTTTATTATGAGAAGGTTGAACCTCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183174 ACAAAAAAGAAGCTACCCAGGTTTATTATGAGAAGGTTGAACCTCTGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGCTTGCAGGAATAAAAACTGATGTAACAA         TAATGGAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 183224 AAGCTTGCAGGAATAAAAACTGATGTAACAAGTA...TAGTAATGGAATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAAGGGCACGCTCTGTCACTGCTTAAGGAATGTGAACTCCAGGGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190896 TGAAGGGCACGCTCTGTCACTGCTTAAGGAATGTGAACTCCAGGGATTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGG         TGTTGTCTGTGTTGGTGGAGATGGATCTGCTAGCGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190946 ATGGGTA...TAGTGTTGTCTGTGTTGGTGGAGATGGATCTGCTAGCGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTAGCCCATGCTTTGCTTCTGAGAGCTCAGAAGAATGCTGGGATGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198336 GTAGCCCATGCTTTGCTTCTGAGAGCTCAGAAGAATGCTGGGATGGAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGACCGAATCCTGACTCCTGTCAGAGCACAGCTTCCACTTGGCTTAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198386 AGACCGAATCCTGACTCCTGTCAGAGCACAGCTTCCACTTGGCTTAATAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGCAG         GATCTACCAATGTATTGGCACATTCTCTTCATGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198436 CAGCAGGCA...CAGGATCTACCAATGTATTGGCACATTCTCTTCATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTTCCTCATGTGATAACTGCAACATTGCACATTATAATGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 207334 GTTCCTCATGTGATAACTGCAACATTGCACATTATAATGGGTA...AAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCATGTACAGCTGGTCGACGTCTGCACCTTCAGCACCGCTGGCAAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208151 GCATGTACAGCTGGTCGACGTCTGCACCTTCAGCACCGCTGGCAAGCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTCGCTTTGGGTTCTCAGCCATGTTTGGCTTTGGTGGAAGAACTTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208201 TTCGCTTTGGGTTCTCAGCCATGTTTGGCTTTGGTGGAAGAACTTTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGCAGAAAAATATCGATGGATGTCCCCTAACCAACGGAGAGATTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208251 CTGGCAGAAAAATATCGATGGATGTCCCCTAACCAACGGAGAGATTTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTTGTTAAGGCACTGGCAAAACTTAA         GGCAGAAGACTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 208301 TGTTGTTAAGGCACTGGCAAAACTTAAGTA...TAGGGCAGAAGACTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAATATCATTTTTACCATTTAACAGCTCTGATGATGTGCAAGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 208417 AAATATCATTTTTACCATTTAACAGCTCTGATGATGTGCAAGAAAGGTA.

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134      GAGGGCACAGGGATCTCCCAAATCTG         ACTGTAATGA
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 208467 ..TAGGAGGGCACAGGGATCTCCCAAATCTGGTG...TAGACTGTAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCAATGGCAAATGATCCAGGGTCAGTTCTTGAATGTCAGCATTATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209291 TCAATGGCAAATGATCCAGGGTCAGTTCTTGAATGTCAGCATTATGGCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTCCTTGCCTGTGTTCAGTGGCACCTAGAGGCTTGGCACCTAATACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 209341 TTCCTTGCCTGTGTTCAGTGGCACCTAGAGGCTTGGCACCTAATACCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269         ATTAAATAATGGAAGTATGGCTCTTATAATTGCCCGAAACAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209391 TT...CAGATTAAATAATGGAAGTATGGCTCTTATAATTGCCCGAAACAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTCTCGGCCAGAATTTATAAAACACCTGAAAAGATATGCCAGTGTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212253 TTCTCGGCCAGAATTTATAAAACACCTGAAAAGATATGCCAGTGTAAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATCAG         TTCAATTTTCCATTTGTTGAGACTTACACTGTTGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212303 ATCAGGTA...TAGTTCAATTTTCCATTTGTTGAGACTTACACTGTTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAAGTAAAAGTTCATCCAAGGAATAATACTGGTGGATATAATCCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217779 GAAGTAAAAGTTCATCCAAGGAATAATACTGGTGGATATAATCCAGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGAGGAGGATGAAACTGCTTCAGAAAATTGTTTCCCTTGGAATGTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217829 GGAGGAGGATGAAACTGCTTCAGAAAATTGTTTCCCTTGGAATGTAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GTGATTTAATGGAAGTTGCATCAGAGGTCCATATTAG         ATTG
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 217879 GTGACTTAATGGAAGTTGCATCAGAGGTCCATATTAGGTA...CAGATTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CATCCAAGACTTATCAGTCTTTATGGAGGAAGCATGGAAGAAATGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218767 CATCCAAGACTTATCAGTCTTTATGGAGGAAGCATGGAAGAAATGATTCC

   1700 
   1593 AAAG
        ||||
 218817 AAAG