seq1 = pF1KE3234.tfa, 1638 bp
seq2 = pF1KE3234/gi568815584f_24015595.tfa (gi568815584f:24015595_24223306), 207712 bp

>pF1KE3234 1638
>gi568815584f:24015595_24223306 (Chr14)

1-155  (100001-100155)   100% ->
156-283  (101323-101450)   100% ->
284-411  (101672-101799)   100% ->
412-476  (102074-102138)   100% ->
477-577  (102461-102561)   100% ->
578-724  (102794-102940)   98% ->
725-779  (103156-103210)   100% ->
780-848  (103551-103619)   100% ->
849-906  (103965-104022)   100% ->
907-1092  (104117-104302)   100% ->
1093-1246  (105244-105397)   100% ->
1247-1399  (105771-105923)   100% ->
1400-1506  (107377-107483)   100% ->
1507-1638  (107581-107712)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATCGCGGAACAGCAGCAGTGCAGGATCCGGGTCCGGAGACCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATCGCGGAACAGCAGCAGTGCAGGATCCGGGTCCGGAGACCCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGGCTTGCCCCGAAGAGGGGCTGGCCTGCGTCGGAGTGAGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGGCTTGCCCCGAAGAGGGGCTGGCCTGCGTCGGAGTGAGGAAGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGAAGAGGATGAAGATGTGGATCTGGCCCAGGTACTGGCCTATCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGAAGAGGATGAAGATGTGGATCTGGCCCAGGTACTGGCCTATCTCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCAG         AGGCCAAGTGAGGTTGGTGCAGGGAGGAGGTGCAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCAGGTA...CAGAGGCCAAGTGAGGTTGGTGCAGGGAGGAGGTGCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATTTACAATTCATTCAGGCCCTCTTGGACTCAGAGGAAGAGAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101359 AAATTTACAATTCATTCAGGCCCTCTTGGACTCAGAGGAAGAGAATGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGCTTGGGATGGTCGTCTTGGGGATCGATACAACCCACCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101409 GAGCTTGGGATGGTCGTCTTGGGGATCGATACAACCCACCTGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  TGGATGCTACCCCTGACACCCGGGAGCTGGAATTCAATGAGATCAAGAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101671 GTGGATGCTACCCCTGACACCCGGGAGCTGGAATTCAATGAGATCAAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAAGTGGAACTGGCCACAGGGCAGCTGGGGCTTAGGCGGGCCGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101721 ACAAGTGGAACTGGCCACAGGGCAGCTGGGGCTTAGGCGGGCCGCCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCACAGCTTTCCTCGAATGTTGCACCAG         AGAGAACGGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101771 AGCACAGCTTTCCTCGAATGTTGCACCAGGTA...TAGAGAGAACGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCTGCCATCGGGGAAGCTTCTCCCTTGGAGAACAGTCTCGAGTGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102086 CTCTGCCATCGGGGAAGCTTCTCCCTTGGAGAACAGTCTCGAGTGATATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCA         CTTCTTGCCCAATGATCTGGGCTTCACTGATAGCTACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102136 TCAGTG...TAGCTTCTTGCCCAATGATCTGGGCTTCACTGATAGCTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCAGAAGGCTTTCTGTGGCATCTACAGCAAAGATGGTCAAATATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102499 CTCAGAAGGCTTTCTGTGGCATCTACAGCAAAGATGGTCAAATATTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTGCTTGCCAAG         ACCAGACAATCCGACTCTATGACTGCCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102549 TCTGCTTGCCAAGGTA...CAGACCAGACAATCCGACTCTATGACTGCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATATGGCCGTTTCCATAAATTCAAGAGCATCAAGGCCCGCGATGTAGGCT
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 102822 ATATGGCCGTTTCCGTAAATTCAAGAGCATCAAGGCCCGCGACGTAGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAGCGTCTTGGATGTGGCCTTCACCCCTGATGGGAACCACTTCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102872 GGAGCGTCTTGGATGTGGCCTTCACCCCTGATGGGAACCACTTCCTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTAGCTGGTCTGATTACA         TTCATATCTGCAATATCTATGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102922 TCTAGCTGGTCTGATTACAGTG...TAGTTCATATCTGCAATATCTATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAGGGAGATACACACACTGCCCTGGATCTCAG         GCCAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103178 TGAGGGAGATACACACACTGCCCTGGATCTCAGGTA...TAGGCCAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCGTCGCTTTGCTGTCTTCTCCATTGCTGTCTCCTCAGATGGACGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103559 AGCGTCGCTTTGCTGTCTTCTCCATTGCTGTCTCCTCAGATGGACGAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTACTAGGAGG         GGCCAATGATGGCTGCCTGTATGTCTTTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103609 GTACTAGGAGGGTA...CAGGGCCAATGATGGCTGCCTGTATGTCTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCGAGAACAGAACCGGCGCACCCTTCAG         ATTGAGTCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103995 CCGAGAACAGAACCGGCGCACCCTTCAGGTA...TAGATTGAGTCCCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGGATGATGTGAATGCAGTGGCCTTTGCTGATATAAGCTCCCAAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 AGGATGATGTGAATGCAGTGGCCTTTGCTGATATAAGCTCCCAAATCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTCTCTGGGGGAGATGATGCCATCTGCAAAGTGTGGGATCGACGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 TTCTCTGGGGGAGATGATGCCATCTGCAAAGTGTGGGATCGACGCACCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCGGGAGGATGACCCCAAGCCTGTGGGTGCACTGGCTGGACACCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104230 GCGGGAGGATGACCCCAAGCCTGTGGGTGCACTGGCTGGACACCAGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCATCACCTTCATTGACAGCAAG         GGTGATGCCCGGTATCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104280 GCATCACCTTCATTGACAGCAAGGTG...TAGGGTGATGCCCGGTATCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCTCCAACTCTAAAGACCAGACCATCAAACTCTGGGATATCCGACGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105262 ATCTCCAACTCTAAAGACCAGACCATCAAACTCTGGGATATCCGACGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTCCAGCCGGGAAGGCATGGAAGCTTCACGCCAGGCTGCCACACAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105312 TTCCAGCCGGGAAGGCATGGAAGCTTCACGCCAGGCTGCCACACAGCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACTGGGACTATCGGTGGCAGCAAGTGCCCAAAAAAG         CCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105362 ACTGGGACTATCGGTGGCAGCAAGTGCCCAAAAAAGGTG...CAGCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CGGAAGCTGAAGCTCCCAGGGGACAGCTCCTTGATGACCTACCGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105776 CGGAAGCTGAAGCTCCCAGGGGACAGCTCCTTGATGACCTACCGGGGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGGAGTGCTGCACACCCTCATCCGCTGCCGGTTCTCCCCCATTCATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105826 CGGAGTGCTGCACACCCTCATCCGCTGCCGGTTCTCCCCCATTCATAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTGGCCAGCAGTTCATCTACAGTGGCTGCTCCACTGGCAAAGTGGTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105876 CTGGCCAGCAGTTCATCTACAGTGGCTGCTCCACTGGCAAAGTGGTTGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400        TGTACGACCTTCTAAGTGGCCACATTGTGAAGAAGCTGACCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105926 A...CAGTGTACGACCTTCTAAGTGGCCACATTGTGAAGAAGCTGACCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCACAAGGCCTGTGTGCGTGACGTCAGTTGGCACCCCTTTGAAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107420 CCACAAGGCCTGTGTGCGTGACGTCAGTTGGCACCCCTTTGAAGAGAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTGTCAGCAGTTCG         TGGGACGGGAACCTGCGTCTGTGGCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107470 TTGTCAGCAGTTCGGTG...CAGTGGGACGGGAACCTGCGTCTGTGGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TACCGCCAGGCTGAGTACTTCCAGGATGACATGCCAGAATCTGAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107608 TACCGCCAGGCTGAGTACTTCCAGGATGACATGCCAGAATCTGAGGAATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGCCAGCGCCCCTGCCCCAGTGCCCCAATCCTCTACACCCTTTTCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107658 TGCCAGCGCCCCTGCCCCAGTGCCCCAATCCTCTACACCCTTTTCCTCAC

   1750     .
   1634 CCCAG
        |||||
 107708 CCCAG