seq1 = pF1KE3231.tfa, 1617 bp
seq2 = pF1KE3231/gi568815590r_144255534.tfa (gi568815590r:144255534_144458447), 202914 bp

>pF1KE3231 1617
>gi568815590r:144255534_144458447 (Chr8)

(complement)

1-416  (100001-100416)   100% ->
417-575  (100662-100820)   100% ->
576-639  (100946-101009)   100% ->
640-771  (101327-101458)   100% ->
772-879  (101533-101640)   100% ->
880-993  (101735-101848)   100% ->
994-1225  (101917-102148)   100% ->
1226-1472  (102234-102480)   100% ->
1473-1617  (102770-102914)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCCCAGCCTCCCGGCAGGTCCGACGCAGAGCCCGGGCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCCCAGCCTCCCGGCAGGTCCGACGCAGAGCCCGGGCAGCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGCCCCGCTCGGCCGAGGACTGGTGGTGGGACCGGCTGGCGCCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGCCCCGCTCGGCCGAGGACTGGTGGTGGGACCGGCTGGCGCCGAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCGGGGTACCACCTGCTGCAGTCCGACAGCATGCTGCTGGTGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCGGGGTACCACCTGCTGCAGTCCGACAGCATGCTGCTGGTGCTGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAACCCGGCCCCGCCCGGCCCCGCGCACAGCGGCGCGCTTCCCGCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAACCCGGCCCCGCCCGGCCCCGCGCACAGCGGCGCGCTTCCCGCCGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCCCGGCAGCCGCCCCGGGGCCCCAGCGCCGCGGCCAAGCCCAAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCCCGGCAGCCGCCCCGGGGCCCCAGCGCCGCGGCCAAGCCCAAGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCTCAGGTCCGAGGCGGCGGCCGCGCCCGCACCCGCACCGGCACCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCTCAGGTCCGAGGCGGCGGCCGCGCCCGCACCCGCACCGGCACCCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCACGCCCGAGGAAGGGCCCGACGCGGGCTGGGGAGACCGCATTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCACGCCCGAGGAAGGGCCCGACGCGGGCTGGGGAGACCGCATTCCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAAATCCTGGTGCAGATTTTCGGGTTGTTGGTGGCGGCGGACGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAAATCCTGGTGCAGATTTTCGGGTTGTTGGTGGCGGCGGACGGCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCCCTTCCTGGGCAG         GGCTGCGCGCGTGTGCCGCCGCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCCCTTCCTGGGCAGGTA...CAGGGCTGCGCGCGTGTGCCGCCGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGGAGGCCGCTTCCCAACCCGCGCTCTGGCACACCGTGACCCTGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100687 CAGGAGGCCGCTTCCCAACCCGCGCTCTGGCACACCGTGACCCTGTCGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCCGCTGGTCGGCCGGCCTGCCAAGGGCGGGGTCAAGGCGGAGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100737 CCCGCTGGTCGGCCGGCCTGCCAAGGGCGGGGTCAAGGCGGAGAAGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCTTGCTTCCCTGGAGTGGCTTATGCCCAATCG         GTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100787 TCCTTGCTTCCCTGGAGTGGCTTATGCCCAATCGGTG...CAGGTTTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGCTCCAGAGGCTGACCCTCATCCACTGGAAGTCTCAGGTACACCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100953 CAGCTCCAGAGGCTGACCCTCATCCACTGGAAGTCTCAGGTACACCCCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTTGAAG         CTGGTAGGTGAGTGCTGTCCTCGGCTCACTTTCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101003 GTTGAAGGTG...CAGCTGGTAGGTGAGTGCTGTCCTCGGCTCACTTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAAGCTCTCCGGCTGCCACGGTGTGACTGCTGACGCTCTGGTCATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101361 TCAAGCTCTCCGGCTGCCACGGTGTGACTGCTGACGCTCTGGTCATGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCAAAGCCTGCTGCCAGCTCCATAGCCTGGACCTACAGCACTCCATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101411 GCCAAAGCCTGCTGCCAGCTCCATAGCCTGGACCTACAGCACTCCATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772        GTGGAGTCCACAGCTGTGGTGAGCTTCTTGGAGGAGGCAGGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101461 G...CAGGTGGAGTCCACAGCTGTGGTGAGCTTCTTGGAGGAGGCAGGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCGAATGCGCAAGTTGTGGCTGACCTACAGCTCCCAGACGACAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101576 CCCGAATGCGCAAGTTGTGGCTGACCTACAGCTCCCAGACGACAGCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGGGCGCACTGCTG         GGCAGCTGCTGCCCCCAGCTCCAGGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101626 CTGGGCGCACTGCTGGTA...CAGGGCAGCTGCTGCCCCCAGCTCCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTGGAGGTGAGCACCGGCATCAACCGTAATAGCATTCCCCTTCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101761 CCTGGAGGTGAGCACCGGCATCAACCGTAATAGCATTCCCCTTCAGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTGTCGAGGCTCTGCAGAAAGGCTGCCCTCAGCTCCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101811 CTGTCGAGGCTCTGCAGAAAGGCTGCCCTCAGCTCCAGGTA...CAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGCGGCTGTTGAACCTGATGTGGCTGCCCAAGCCTCCGGGACGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101920 CTGCGGCTGTTGAACCTGATGTGGCTGCCCAAGCCTCCGGGACGAGGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGCTCCCGGACCAGGCTTCCCTAGCCTAGAGGAGCTCTGCCTGGCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101970 GGCTCCCGGACCAGGCTTCCCTAGCCTAGAGGAGCTCTGCCTGGCGAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAACCTGCAACTTTGTGAGCAACGAGGTCCTGGGCCGCCTACTCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102020 CAACCTGCAACTTTGTGAGCAACGAGGTCCTGGGCCGCCTACTCCACGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCTCCCAACCTGCGCTTACTGGATCTTCGTGGCTGTGCGCGCATCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102070 TCTCCCAACCTGCGCTTACTGGATCTTCGTGGCTGTGCGCGCATCACGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGCTGGCCTTCAGGATCTGCCATGTCGGG         AGCTGGAGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102120 GGCTGGCCTTCAGGATCTGCCATGTCGGGGTC...CAGAGCTGGAGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTCATCTGGGCCTGTATGGCACGTCAGACCGGCTGACTCTAGCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102246 TTCATCTGGGCCTGTATGGCACGTCAGACCGGCTGACTCTAGCCAAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGCAGCCCCTTTTTGACCCAGAAGTGGTGCCATACACTGCGAGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102296 GGCAGCCCCTTTTTGACCCAGAAGTGGTGCCATACACTGCGAGAACTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTTGAGTGGCCAGGGGTTCAGTGAGAAGGACCTGGAGCAGGCCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102346 CTTGAGTGGCCAGGGGTTCAGTGAGAAGGACCTGGAGCAGGCCCTGGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCTTCTTAAGCACCCCTGGGGGCTCACACCCAGCCCTGTGCTCTCTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102396 CCTTCTTAAGCACCCCTGGGGGCTCACACCCAGCCCTGTGCTCTCTTAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTCAGGGGCACCCGGGTCACACCAAGCACTGTCAG         CTCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102446 CTCAGGGGCACCCGGGTCACACCAAGCACTGTCAGGTC...CAGCTCTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GATCAGCAGCTGCCCGGGCCTGCTCTACCTCAACCTGGAGTCCTGCCGCT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102776 GATCAGCGGCTGCCCGGGCCTGCTCTACCTCAACCTGGAGTCCTGCCGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCCTTCCCCGGGGTCTGAAGCGGGCCTACCGGGGCCTGGAGGAAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102826 GCCTTCCCCGGGGTCTGAAGCGGGCCTACCGGGGCCTGGAGGAAGTCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1579 TGGTGTCTGGAGCAGCTGCTCACCAGCCCCTCACCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102876 TGGTGTCTGGAGCAGCTGCTCACCAGCCCCTCACCCAGC