seq1 = pF1KE3230.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KE3230/gi568815595f_38246869.tfa (gi568815595f:38246869_38513010), 266142 bp

>pF1KE3230 1608
>gi568815595f:38246869_38513010 (Chr3)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-140  (101682-101764)   100% ->
141-210  (113471-113540)   98% ->
211-291  (116069-116149)   100% ->
292-378  (118331-118417)   98% ->
379-507  (118740-118868)   100% ->
508-573  (119940-120005)   98% ->
574-646  (121317-121389)   100% ->
647-765  (123188-123306)   100% ->
766-847  (125787-125868)   100% ->
848-888  (127594-127634)   100% ->
889-1004  (128276-128391)   100% ->
1005-1120  (129249-129364)   100% ->
1121-1194  (130050-130123)   100% ->
1195-1291  (132378-132474)   100% ->
1292-1350  (148637-148695)   100% ->
1351-1438  (150204-150291)   100% ->
1439-1533  (154023-154117)   100% ->
1534-1608  (166068-166142)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCACGCCCCTCGCCGCTGCTGCCTGGGCTGGGACTTCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCACGCCCCTCGCCGCTGCTGCCTGGGCTGGGACTTCAGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCAG         GTAAAGGTTGTTGCTGTTGATGCAGAGTTGAATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCAGGTA...CAGGTAAAGGTTGTTGCTGTTGATGCAGAGTTGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTTCTATGAGGAAAGTGTGCATTTTGACAGAGATCTTCCAGAATTTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101716 TCTTCTATGAGGAAAGTGTGCATTTTGACAGAGATCTTCCAGAATTTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         GACTCAGGGCGGTGTTCATGTGCACAAGGATGGGCTGACGGT
        >>...>>>||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101766 TA...CAGGACTCAGGGTGGTGTTCATGTGCACAAGGATGGGCTGACGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACTTCTCCAGTACTAATGTGGGTCCAG         GCACTGGATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113513 CACTTCTCCAGTACTAATGTGGGTCCAGGTA...TAGGCACTGGATATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCTTGGAGAAGATGAAGGCTTCGGGCTTCGACTTCTCTCAAGTCCTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116082 TCTTGGAGAAGATGAAGGCTTCGGGCTTCGACTTCTCTCAAGTCCTAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGTCCGGGGCGGGCCAG         CAACACGGAAGTATATACTGGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 116132 TTGTCCGGGGCGGGCCAGGTT...CAGCAACACGGAAGTATATACTGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGCTGGAGCCCAGCAGGCACTGACAAGCTTATCACCAGACCTCCGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118354 GGCTGGAGCCCAGCAGGCACTGACAAGCTTATCACCAGACCTCCGGCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCAGCAGCTTCAG         GACTGTTTCTCCATCAGCGACTGCCCG
        |||||||||| |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118404 ACCAGCAGCTGCAGGTA...CAGGACTGTTTCTCCATCAGCGACTGCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTGTGGATGGACTCCAGCACCACAGCCCAGTGCCGCCAGCTGGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118767 GTGTGGATGGACTCCAGCACCACAGCCCAGTGCCGCCAGCTGGAGGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTGGGTGGTGCTCAGGCTCTCAGCTGCCTCACGGGGTCCCGTGCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118817 TGTGGGTGGTGCTCAGGCTCTCAGCTGCCTCACGGGGTCCCGTGCCTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AG         CGTTTTACAGGGAACCAAATTGCAAAAATTTACCAGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118867 AGGTA...CAGCGTTTTACAGGGAACCAAATTGCAAAAATTTACCAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AACCCCGAGGCCTACTCACATACAGAG         AGAATTTCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||| |||>>>...>>>||||||||||||||
 119979 AACCCCGAGGCCTACTCACATACGGAGGTT...CAGAGAATTTCTTTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAGTAGCTTTGCTGCTTCCCTGTTCCTTGGCTCTTACTCCCCTATTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121331 CAGTAGCTTTGCTGCTTCCCTGTTCCTTGGCTCTTACTCCCCTATTGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACAGTGATG         GTTCTGGAATGAATTTGTTGCAGATACAGGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121381 ACAGTGATGGTG...CAGGTTCTGGAATGAATTTGTTGCAGATACAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAAGTCTGGTCCCAGGCTTGCCTTGGTGCCTGTGCACCTCATTTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123220 AAAGTCTGGTCCCAGGCTTGCCTTGGTGCCTGTGCACCTCATTTAGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GAAGCTTAGCCCACCAGTACCATCATGCTCAGTTGTG         GGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123270 GAAGCTTAGCCCACCAGTACCATCATGCTCAGTTGTGGTA...CAGGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCATTTCTTCCTACTACGTCCAGCGCTACGGATTTCCTCCAGGATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125791 CCATTTCTTCCTACTACGTCCAGCGCTACGGATTTCCTCCAGGATGCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GTGGTGGCCTTCACTGGGGACAACCCAG         CGTCGCTGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125841 GTGGTGGCCTTCACTGGGGACAACCCAGGTG...CAGCGTCGCTGGCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CATGAGACTGGAGGAAGGTGACATTGCG         GTCAGCCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 127607 CATGAGACTGGAGGAAGGTGACATTGCGGTA...CAGGTCAGCCTGGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 CCAGTGACACCCTGTTTCTCTGGCTCCAAGAGCCCATGCCTGCCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128289 CCAGTGACACCCTGTTTCTCTGGCTCCAAGAGCCCATGCCTGCCCTGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GGCCACATCTTCTGCAACCCGGTTGACTCCCAGCACTACATGGCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128339 GGCCACATCTTCTGCAACCCGGTTGACTCCCAGCACTACATGGCACTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GTG         CTTTAAAAATGGCTCCCTCATGAGAGAGAAGATCCGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128389 GTGGTG...CAGCTTTAAAAATGGCTCCCTCATGAGAGAGAAGATCCGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ACGAGTCTGTATCCCGTTCCTGGAGCGATTTCTCTAAGGCACTGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129287 ACGAGTCTGTATCCCGTTCCTGGAGCGATTTCTCTAAGGCACTGCAGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ACAGAGATGGGCAACGGTGGAAACCTGG         GTTTTTATTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129337 ACAGAGATGGGCAACGGTGGAAACCTGGGTA...CAGGTTTTTATTTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TGTAATGGAGATCACCCCTGAAATTATTGGACGTCATAGGTTTAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130063 TGTAATGGAGATCACCCCTGAAATTATTGGACGTCATAGGTTTAACACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AAAACCACAAG         GTTGCAGCATTCCCTGGGGATGTGGAGGTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 130113 AAAACCACAAGGTA...CAGGTTGCAGCATTCCCTGGGGATGTGGAGGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CGAGCACTAATTGAAGGACAATTCATGGCCAAGAGGATTCACGCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132408 CGAGCACTAATTGAAGGACAATTCATGGCCAAGAGGATTCACGCAGAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CCTGGGCTATCGAGTCA         TGTCCAAGACAAAGATTTTGGCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 132458 CCTGGGCTATCGAGTCAGTA...CAGTGTCCAAGACAAAGATTTTGGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 CAGGAGGAGCATCTCACAATAGAGAAATCTTACAG         GTGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 148661 CAGGAGGAGCATCTCACAATAGAGAAATCTTACAGGTA...CAGGTGCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 GCAGATGTGTTTGATGCCCCGGTGTATGTTATAGACACTGCCAACTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150210 GCAGATGTGTTTGATGCCCCGGTGTATGTTATAGACACTGCCAACTCGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 CTGTGTGGGTTCTGCATACCGAGCTTTTCATG         GTCTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 150260 CTGTGTGGGTTCTGCATACCGAGCTTTTCATGGTA...TAGGTCTTGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1448 GTGGAACAGATGTGCCCTTTTCAGAGGTTGTGAAGTTAGCTCCAAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154032 GTGGAACAGATGTGCCCTTTTCAGAGGTTGTGAAGTTAGCTCCAAATCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 AGACTAGCTGCTACCCCAAGCCCGGGAGCTTCTCAG         GTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 154082 AGACTAGCTGCTACCCCAAGCCCGGGAGCTTCTCAGGTG...TAGGTCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1539 CGAGGCCCTTCTCCCCCAGTATGCCAAACTCGAGCAGAGAATCTTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166073 CGAGGCCCTTCTCCCCCAGTATGCCAAACTCGAGCAGAGAATCTTGTCTC

   1750     .    :    .    :
   1589 AGACCCGGGGGCCTCCGGAG
        ||||||||||||||||||||
 166123 AGACCCGGGGGCCTCCGGAG