seq1 = pF1KE3227.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE3227/gi568815596f_171334578.tfa (gi568815596f:171334578_171581111), 246534 bp

>pF1KE3227 1560
>gi568815596f:171334578_171581111 (Chr2)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-230  (100506-100609)   100% ->
231-321  (108946-109036)   100% ->
322-458  (114104-114240)   100% ->
459-537  (115302-115380)   100% ->
538-627  (118547-118636)   100% ->
628-732  (123394-123498)   100% ->
733-838  (123795-123900)   100% ->
839-981  (134311-134453)   100% ->
982-1091  (139289-139398)   100% ->
1092-1182  (142283-142373)   100% ->
1183-1266  (143410-143493)   100% ->
1267-1422  (145461-145616)   100% ->
1423-1560  (146397-146534)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCCGACCCGGAAGCCCAACGTGTGCAGCCGGCTGAGTCGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCCGACCCGGAAGCCCAACGTGTGCAGCCGGCTGAGTCGCCGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGCTGCTTCTCGCGCGACGCAGGCGTGGTGCAGAGGACCAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGGCTGCTTCTCGCGCGACGCAGGCGTGGTGCAGAGGACCAACCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCCTGCGGGCGCTGGTGTGCCAG         GAAAGTACTAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 GCATCCTGCGGGCGCTGGTGTGCCAGGTG...TAGGAAAGTACTAAATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAATGTCTGGACAACTCATTCCAGGTCACCTATAGCCTATGAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100521 AAGAATGTCTGGACAACTCATTCCAGGTCACCTATAGCCTATGAGAGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGAATATATTTTGACAATTATCGGCGCTGTGTCAGCAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100571 AAGAATATATTTTGACAATTATCGGCGCTGTGTCAGCAGGTA...CAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGCATCTGAGCCAAGAAAACTTTATGAAATGCCAAAATGTTCCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108948 TTGCATCTGAGCCAAGAAAACTTTATGAAATGCCAAAATGTTCCAAATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAAATAGAGGATGCTTTATTATGGGAATGCCCAGTG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108998 GAAAAAATAGAGGATGCTTTATTATGGGAATGCCCAGTGGTA...TAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATATACTTCCCAATTCATCAGATTATAAGTCCTCACTCATAGCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114106 AGATATACTTCCCAATTCATCAGATTATAAGTCCTCACTCATAGCACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCTCATAATTGGCTACTTCGTATATCAGCAACTACGGGAAAAATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114156 CTGCTCATAATTGGCTACTTCGTATATCAGCAACTACGGGAAAAATCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAAAATATATCTTGCACCTTATTGCAAATTCAG         ATACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114206 GAGAAAATATATCTTGCACCTTATTGCAAATTCAGGTA...AAGATACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGCTGGGACACTCCTCAAGAAGTCATTGCAGTTAAGTCAGCTCAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115308 GAGCTGGGACACTCCTCAAGAAGTCATTGCAGTTAAGTCAGCTCAGAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGGCTCAGCAGTGGCCCGGCAG         GCAGGCATTCAACAACAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115358 GAGGCTCAGCAGTGGCCCGGCAGGTA...TAGGCAGGCATTCAACAACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTTTGCTGTACCTTGCAGTGTTCCGAGTTCTACCTTTTTCACTTGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118565 GTTTTGCTGTACCTTGCAGTGTTCCGAGTTCTACCTTTTTCACTTGTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATTCTAGAGATCAACAAAAAG         ATTTTTGGGAACGTTACAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118615 GATTCTAGAGATCAACAAAAAGGTA...CAGATTTTTGGGAACGTTACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGCTACCTTGTCTCATGGAATACTGATTGTGATGTACAGCTCAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123413 ATGCTACCTTGTCTCATGGAATACTGATTGTGATGTACAGCTCAGGACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTCAGACTCTATAGCTTCCAAACCATCGCTGAACAG         TTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123463 GTCAGACTCTATAGCTTCCAAACCATCGCTGAACAGGTA...TAGTTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCAACAGAAACTTGACTTAGGGTGTGCATGCAGATGGGGTGGGACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123800 GCAACAGAAACTTGACTTAGGGTGTGCATGCAGATGGGGTGGGACTACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAACTGTAGGAGAGGCTCCTTTTGGCATTCCTTGTAATATTAAAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123850 GAACTGTAGGAGAGGCTCCTTTTGGCATTCCTTGTAATATTAAAATCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 G         ACATGCCACCACTGCTCTTTGAGGTGTCATCCCTGGAGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123900 GGTA...CAGACATGCCACCACTGCTCTTTGAGGTGTCATCCCTGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCTTTTCAGATTGGAGGCCATCCTTGGCACTACATCGTCACACCTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134351 TGCTTTTCAGATTGGAGGCCATCCTTGGCACTACATCGTCACACCTAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGAAGAAACAGAAAGGAGTTTTCCATATTTGTGCCCTAAAAGACAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134401 AGAAGAAACAGAAAGGAGTTTTCCATATTTGTGCCCTAAAAGACAATTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTG         GCAAAAAATGGGATCCAAGAAATGGATTGTTGTTCTCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134451 CTGGTA...CAGGCAAAAAATGGGATCCAAGAAATGGATTGTTGTTCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAATCTGACTGGATCTATTTCCATCCTGATGCTTCTGGTAGAATAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139327 AGAATCTGACTGGATCTATTTCCATCCTGATGCTTCTGGTAGAATAATAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGTTGGTCCAAATCAAGTCAA         AGTTTTGAAGCTAACTGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 139377 ATGTTGGTCCAAATCAAGTCAAGTG...CAGAGTTTTGAAGCTAACTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATAGAAAATAATAGTTCTCAGCATCAGATCTCTGAAGATTTTGTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142302 ATAGAAAATAATAGTTCTCAGCATCAGATCTCTGAAGATTTTGTCATTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCCAACAGGGAGAACCATAAA         AATGAAAATGTACTCACTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 142352 GGCCAACAGGGAGAACCATAAAGTA...TAGAATGAAAATGTACTCACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTACAGCTTCTGGACGGGTGGTAAAAAAAAGTTTTAACCTTCTGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143429 TTACAGCTTCTGGACGGGTGGTAAAAAAAAGTTTTAACCTTCTGGATGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACCCAGAACAAGAG         ACTTTCAAAATTGTGGACTATGAAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 143479 GACCCAGAACAAGAGGTA...AAGACTTTCAAAATTGTGGACTATGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGAGTTAGATTTGCTTTCTGTGGTAGCTGTTACTCAAATAGATGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145487 TGAGTTAGATTTGCTTTCTGTGGTAGCTGTTACTCAAATAGATGCTGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GAAAAGCTCACCTGGATTTCCACTGTAATGAATATGGAACTTTACTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145537 GAAAAGCTCACCTGGATTTCCACTGTAATGAATATGGAACTTTACTTAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AGCATTCCACTAGTGGAGTCATGGGATGTG         ACATATAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 145587 AGCATTCCACTAGTGGAGTCATGGGATGTGGTG...CAGACATATAGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGAAGTCTACTTTGACAGAGACTTGGTGCTACACATAGAGCAGAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146408 TGAAGTCTACTTTGACAGAGACTTGGTGCTACACATAGAGCAGAAACCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ACAGAGTCTTCAGCTGCTATGTTTACCAGATGATATGTGACACTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146458 ACAGAGTCTTCAGCTGCTATGTTTACCAGATGATATGTGACACTGGGGAA

   1650     .    :    .    :    .
   1534 GAAGAAGAAACCATAAACAGAAGCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||
 146508 GAAGAAGAAACCATAAACAGAAGCTGT