seq1 = pF1KE3224.tfa, 1530 bp
seq2 = pF1KE3224/gi568815578f_309879.tfa (gi568815578f:309879_530427), 220549 bp

>pF1KE3224 1530
>gi568815578f:309879_530427 (Chr20)

1-22  (98880-98901)   100% ->
23-167  (100003-100147)   100% ->
168-261  (107648-107741)   100% ->
262-460  (107854-108052)   100% ->
461-582  (109469-109590)   100% ->
583-756  (109680-109853)   100% ->
757-917  (110993-111153)   100% ->
918-1029  (112249-112360)   100% ->
1030-1209  (117435-117614)   100% ->
1210-1308  (118613-118711)   100% ->
1309-1452  (119073-119216)   100% ->
1453-1530  (120472-120549)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAGAAGACCAAGAAAG         CAGAGGAAATGGCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  98880 ATGGACGAGAAGACCAAGAAAGGTG...CAGCAGAGGAAATGGCCCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTCACCCGAGCAGTGGCGGGCGGGGATGAACAGGTGGCAATGAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 CCTCACCCGAGCAGTGGCGGGCGGGGATGAACAGGTGGCAATGAAGTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCATCTGGCTGGCAGAGCAACGGGTGCCCCTGAGTGTGCAACTGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 CCATCTGGCTGGCAGAGCAACGGGTGCCCCTGAGTGTGCAACTGAAGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGTCTCCCCAACGCAGGACATCAG         GCTGTGGGTGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100122 GAGGTCTCCCCAACGCAGGACATCAGGTG...CAGGCTGTGGGTGAGCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGGATGCTCAGATGCACACCGTCACCATCTGGCTCACAGTGCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107663 GGAGGATGCTCAGATGCACACCGTCACCATCTGGCTCACAGTGCGCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATATGACAGTGGCGTCTCTCAAGGACATG         GTTTTTCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107713 ATATGACAGTGGCGTCTCTCAAGGACATGGTG...CAGGTTTTTCTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TATGGCTTCCCACCAGTCTTGCAGCAGTGGGTGATTGGGCAGCGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107866 TATGGCTTCCCACCAGTCTTGCAGCAGTGGGTGATTGGGCAGCGGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACGAGACCAGGAGACCCTGCACTCCCATGGGGTGCGGCAGAATGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107916 ACGAGACCAGGAGACCCTGCACTCCCATGGGGTGCGGCAGAATGGGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGCCTACCTCTATCTGCTGTCAGCCCGCAACACCTCCCTCAACCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107966 GTGCCTACCTCTATCTGCTGTCAGCCCGCAACACCTCCCTCAACCCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCTGCAGCGGGAGCGGCAGCTGCGGATGCTGGAAG         ATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108016 GAGCTGCAGCGGGAGCGGCAGCTGCGGATGCTGGAAGGTG...CAGATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGCTTCAAGGACCTCACGCTGCAGCCGCGGGGCCCTCTGGAGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109473 GGGCTTCAAGGACCTCACGCTGCAGCCGCGGGGCCCTCTGGAGCCAGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCCAAAGCCCGGGGTCCCCCAGGAACCCGGACGGGGGCAGCCAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109523 CCCCAAAGCCCGGGGTCCCCCAGGAACCCGGACGGGGGCAGCCAGATGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCCTGAGCCCCCACCG         GTGGGCTGGCAGTGCCCCGGGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109573 GTGCCTGAGCCCCCACCGGTA...CAGGTGGGCTGGCAGTGCCCCGGGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACCTTCATCAACAAGCCCACGCGGCCTGGCTGTGAGATGTGCTGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109703 CACCTTCATCAACAAGCCCACGCGGCCTGGCTGTGAGATGTGCTGCCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCGCCCCGAGGCCTACCAGGTCCCCGCCTCATACCAGCCCGACGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109753 CGCGCCCCGAGGCCTACCAGGTCCCCGCCTCATACCAGCCCGACGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCGAGCGCGCCTGGCGGGCGAGGAGGAGGCGCTGCGTCAGTACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109803 GAGCGAGCGCGCCTGGCGGGCGAGGAGGAGGCGCTGCGTCAGTACCAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 G         CGGAAGCAGCAGCAGCAGGAGGGGAACTACCTGCAGCACG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109853 GGTG...CAGCGGAAGCAGCAGCAGCAGGAGGGGAACTACCTGCAGCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCAGCTGGACCAGAGGAGCCTGGTGCTGAACACGGAGCCCGCCGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111033 TCCAGCTGGACCAGAGGAGCCTGGTGCTGAACACGGAGCCCGCCGAGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCGTGTGCTACTCGGTGCTGGCGCCCGGCGAGGCCGTGGTGCTGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111083 CCCGTGTGCTACTCGGTGCTGGCGCCCGGCGAGGCCGTGGTGCTGCGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTGTCTGCACACCTTCTGCAG         GGAGTGCCTGCAGGGCACCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111133 GTGTCTGCACACCTTCTGCAGGTG...TAGGGAGTGCCTGCAGGGCACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCGCAACAGCCAGGAGGCGGAGGTCTCCTGCCCCTTCATTGACAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112269 TCCGCAACAGCCAGGAGGCGGAGGTCTCCTGCCCCTTCATTGACAACACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACTCGTGCTCGGGCAAGCTGCTGGAGAGGGAGATCAAGGCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112319 TACTCGTGCTCGGGCAAGCTGCTGGAGAGGGAGATCAAGGCGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030  CTCCTGACCCCTGAGGATTACCAGCGATTTCTAGACCTGGGCATCTCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117434 GCTCCTGACCCCTGAGGATTACCAGCGATTTCTAGACCTGGGCATCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGCTGAAAACCGCAGTGCCTTCAGCTACCATTGCAAGACCCCAGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117484 TTGCTGAAAACCGCAGTGCCTTCAGCTACCATTGCAAGACCCCAGATTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGGGATGGTGCTTCTTTGAGGATGATGTCAATGAGTTCACCTGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117534 AAGGGATGGTGCTTCTTTGAGGATGATGTCAATGAGTTCACCTGCCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GTGTTTCCACGTCAACTGCCTGCTCTGCAAG         GCCATCCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117584 GTGTTTCCACGTCAACTGCCTGCTCTGCAAGGTG...CAGGCCATCCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCAGATGAACTGCAAGGAGTATCAGGAGGACCTGGCCCTGCGGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118623 AGCAGATGAACTGCAAGGAGTATCAGGAGGACCTGGCCCTGCGGGCTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AACGATGTGGCTGCCCGGCAGACGACAGAGATGCTGAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118673 AACGATGTGGCTGCCCGGCAGACGACAGAGATGCTGAAGGTG...CAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GATGCTGCAGCAGGGCGAGGCCATGCGCTGCCCCCAGTGCCAGATCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119075 GATGCTGCAGCAGGGCGAGGCCATGCGCTGCCCCCAGTGCCAGATCGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TACAGAAGAAGGACGGCTGCGACTGGATCCGCTGCACCGTCTGCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119125 TACAGAAGAAGGACGGCTGCGACTGGATCCGCTGCACCGTCTGCCACACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAGATCTGCTGGGTCACCAAGGGCCCACGCTGGGGCCCTGGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119175 GAGATCTGCTGGGTCACCAAGGGCCCACGCTGGGGCCCTGGGGTG...TA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1453  GGCCCAGGAGACACCAGCGGGGGCTGCCGCTGCAGGGTAAATGGGATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120471 GGGCCCAGGAGACACCAGCGGGGGCTGCCGCTGCAGGGTAAATGGGATTC

   1600     .    :    .    :    .
   1502 CTTGCCACCCAAGCTGTCAGAACTGCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 120521 CTTGCCACCCAAGCTGTCAGAACTGCCAC