seq1 = pF1KE3220.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KE3220/gi568815590r_6403104.tfa (gi568815590r:6403104_6662934), 259831 bp

>pF1KE3220 1488
>gi568815590r:6403104_6662934 (Chr8)

(complement)

1-288  (100001-100288)   100% ->
289-444  (130448-130603)   100% ->
445-566  (135259-135380)   100% ->
567-799  (141525-141757)   99% ->
800-930  (142941-143071)   100% ->
931-1032  (148157-148258)   100% ->
1033-1199  (149091-149257)   99% ->
1200-1330  (153873-154003)   100% ->
1331-1488  (159674-159831)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCAGATTGTTTTCTTTACTCTGAGCTGTGATCTTGTCTTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCAGATTGTTTTCTTTACTCTGAGCTGTGATCTTGTCTTGGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTATAACAACTTTCGGAAGAGCATGGACAGCATAGGAAAGAAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCTATAACAACTTTCGGAAGAGCATGGACAGCATAGGAAAGAAGCAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCAGGTCCAGCATGGGTCCTGCAGCTACACTTTCCTCCTGCCAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCAGGTCCAGCATGGGTCCTGCAGCTACACTTTCCTCCTGCCAGAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAACTGCCGCTCTTCCTCCAGCCCCTACGTGTCCAATGCTGTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACAACTGCCGCTCTTCCTCCAGCCCCTACGTGTCCAATGCTGTGCAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACGCGCCGCTCGAATACGATGACTCGGTGCAGAGGCTGCAAGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACGCGCCGCTCGAATACGATGACTCGGTGCAGAGGCTGCAAGTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAACATCATGGAAAACAACACTCAGTGGCTAATGAAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100251 AGAACATCATGGAAAACAACACTCAGTGGCTAATGAAGGTA...TAGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGAATTATATCCAGGACAACATGAAGAAAGAAATGGTAGAGATACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130451 GAGAATTATATCCAGGACAACATGAAGAAAGAAATGGTAGAGATACAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAATGCAGTACAGAACCAGACGGCTGTGATGATAGAAATAGGGACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130501 GAATGCAGTACAGAACCAGACGGCTGTGATGATAGAAATAGGGACAAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTTGAACCAAACAGCGGAGCAAACGCGGAAGTTAACTGATGTGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130551 TGTTGAACCAAACAGCGGAGCAAACGCGGAAGTTAACTGATGTGGAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAA         GTATTAAATCAGACCACGAGACTTGAACTTCAGCTCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130601 CAAGTA...TAGGTATTAAATCAGACCACGAGACTTGAACTTCAGCTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAACACTCCCTCTCGACAAACAAATTGGAAAAACAGATTTTGGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135297 GGAACACTCCCTCTCGACAAACAAATTGGAAAAACAGATTTTGGACCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCAGTGAAATAAACAAATTGCAAGATAAGAACAG         TTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 135347 CCAGTGAAATAAACAAATTGCAAGATAAGAACAGGTA...AAGTTTCCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAAAGAAGGTGCTAGCTATGGAAGACAAGCACATCATCCAACTACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141532 GAAAAGAAGGTGCTAGCTATGGAAGACAAGCACATCATCCAACTACAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AATAAAAGAAGAGAAAGATCAGCTACAGGTGTTAGTATCCAAGCAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141582 AATAAAAGAAGAGAAAGATCAGCTACAGGTGTTAGTATCCAAGCAAAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCATCATTGAAGAACTAGAAAAAAAAATAGTGACTGCCACGGTGAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141632 CCATCATTGAAGAACTAGAAAAAAAAATAGTGACTGCCACGGTGAATAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCAGTTCTTCAAAAGCAGCAACATGATCTCATGGAGACAGTTAATAACTT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141682 TCAGTTCTTCAGAAGCAGCAACATGATCTCATGGAGACAGTTAATAACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACTGACTATGATGTCCACATCAAACT         CAGCTAAGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 141732 ACTGACTATGATGTCCACATCAAACTGTA...AAGCAGCTAAGGACCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGTTGCTAAAGAAGAACAAATCAGCTTCAGAGACTGTGCTGAAGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142956 CTGTTGCTAAAGAAGAACAAATCAGCTTCAGAGACTGTGCTGAAGTATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAATCAGGACACACCACGAATGGCATCTACACGTTAACATTCCCTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143006 AAATCAGGACACACCACGAATGGCATCTACACGTTAACATTCCCTAATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TACAGAAGAGATCAAG         GCCTACTGTGACATGGAAGCTGGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 143056 TACAGAAGAGATCAAGGTG...CAGGCCTACTGTGACATGGAAGCTGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GAGGCGGGTGGACAATTATTCAGCGACGTGAGGATGGCAGCGTTGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148182 GAGGCGGGTGGACAATTATTCAGCGACGTGAGGATGGCAGCGTTGATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGAGGACTTGGAAAGAATATAAAGTG         GGATTTGGTAACCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 148232 CAGAGGACTTGGAAAGAATATAAAGTGGTA...CAGGGATTTGGTAACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTCAGGAGAATATTGGCTGGGAAATGAGTTTGTTTCGCAACTGACTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149105 TTCAGGAGAATATTGGCTGGGAAATGAGTTTGTTTCGCAACTGACTAATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCAACGCTACGTGCTTAAAATACACCTTAAAGACTGGGAAGGGAATGAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149155 AGCAACGCTATGTGCTTAAAATACACCTTAAAGACTGGGAAGGGAATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCTTACTCATTGTATGAACATTTCTATCTCTCAAGTGAAGAACTCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149205 GCTTACTCATTGTATGAACATTTCTATCTCTCAAGTGAAGAACTCAATTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TAG         GATTCACCTTAAAGGACTTACAGGGACAGCCGGCAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149255 TAGGTA...CAGGATTCACCTTAAAGGACTTACAGGGACAGCCGGCAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TAAGCAGCATCAGCCAACCAGGAAATGATTTTAGCACAAAGGATGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153911 TAAGCAGCATCAGCCAACCAGGAAATGATTTTAGCACAAAGGATGGAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AACGACAAATGTATTTGCAAATGTTCACAAATGCTAACAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 153961 AACGACAAATGTATTTGCAAATGTTCACAAATGCTAACAGGAGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1331   GCTGGTGGTTTGATGCATGTGGTCCTTCCAACTTGAACGGAATGTACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159672 AGGCTGGTGGTTTGATGCATGTGGTCCTTCCAACTTGAACGGAATGTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATCCACAGAGGCAGAACACAAATAAGTTCAACGGCATTAAATGGTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159722 ATCCACAGAGGCAGAACACAAATAAGTTCAACGGCATTAAATGGTACTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TGGAAAGGCTCAGGCTATTCGCTCAAGGCCACAACCATGATGATCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159772 TGGAAAGGCTCAGGCTATTCGCTCAAGGCCACAACCATGATGATCCGACC

   1550     .    :
   1479 AGCAGATTTC
        ||||||||||
 159822 AGCAGATTTC